沙皇俄国在与我国签订《中俄尼布楚条约》后，又挑拨蒙古族准噶尔部头目噶尔丹发动叛乱。制造我国内部的民族不和。
元朝灭亡后，蒙古族的大部分退回塞外，逐渐形成了漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三大部分；漠南蒙古是清朝最可靠的盟友，漠西蒙古不肯与清朝合作。
漠西蒙古的准噶尔部首领噶尔丹野心勃勃地妄想夺取大片领土，康熙皇帝劝他返回阿尔泰地区，他不但不听，反而想和康熙皇帝较量一下，而且他的行动受到了沙俄的支持，他自以为有了靠山，更加无法无天。
康熙帝看到噶尔丹这样猖狂，而且又威胁到内地的安全，就在康熙二十九年（公元1690年）下令征讨噶尔丹。康熙皇帝御驾亲征，在离北京只有七百里的乌兰布通和准噶尔兵交战。
噶尔丹在乌兰布通摆好了阵势。他依山列成“驼城”，用几万峰骆驼，把它们的脚捆住，让它们卧在地上，在驼背上搭起箱垛，盖上湿毡。士兵们隐藏在“驼城”里发射火器或弓箭；清军隔河列阵，先用大炮轰击“驼城”，炸死不少骆驼，骑兵和步兵随后冲杀过来，大败准噶尔兵。噶尔丹看到清军很强大，知道自己打不过，当晚就把军队撤到高处，第二天一大早就派人来求和。
康熙皇帝接到噶尔丹乞降的报告，担心受骗，命令清军防备噶尔丹，但为时已晚，噶尔丹已经逃走了。
噶尔丹虽然遭受失败，但仍不死心，与俄国的关系也越来越密切，扬言要兴兵深入内地。
康熙皇帝忍无可忍，决定第二次亲征，兵分三路，中路由他亲率。中路军要穿过茫茫沙漠，在沙漠里行军，粮草常常接济不上。康熙皇帝和土兵一起吃干肉，喝马奶，日夜兼程，走了七十多天，才探听到噶尔丹的消息。有的大臣怕苦怕累，听说敌人还很远，就很泄气，劝康熙说：“道路迂回曲折，很难走，粮食又供应不上，走了七十多天，还不见敌人，皇上不如暂时先回去吧！”康熙听了非常生气，坚定严肃地说：“朕已告祭了天地宗庙，现在还没见到敌人就回去，让朕如何面对天下百姓？”他当即下令开拔，直奔敌人驻地——克鲁伦河。
噶尔丹根本不相信康熙皇帝会亲征到此，当看到克鲁伦河南岸清营的黄幄龙旗的时候，吓得六神无主，自言自语地说：“哪能来得那么容易！”然后，连夜向西逃去，丢下了无数营帐和贵重的军需备品。
两天以后，西路清军在昭莫多山下和噶尔丹相遇并进行了决战双方整整打了一天，最后清军分作两路，一路横冲入阵，一路偷袭敌军的辎重，噶尔丹阵营大乱，清军大获全胜，杀死叛军一千多人，俘虏了三千多人，这样，噶尔丹的主力几乎完全被消灭了。
康熙皇帝在取得昭莫多的胜利之后，决定将噶尔丹叛军彻底消灭，康熙三十六年（公元1697年），他第三次亲征，这时的噶尔丹已经众叛亲离了。他左右的亲信不是远逃就是投奔了清营。无论噶尔丹驻扎在哪儿，都不断地有告急的警报，连觉都睡不了。他常常迷惑地对别人说：“世界上的人真是不一样吗？听说皇帝走到沙滩，沙滩就要涌山甘泉，石头上也会长出青草，是天在助他吗；如今我该如何是好呢？”噶尔丹走投无路，最终自杀了。
这次叛乱被平息以后，蒙占地区逐渐安定下来。