自从萨尔浒之战以后，努尔哈赤在短短几年的时间里，先后攻克了七十多座城池，东北大部落入后金手中，明朝廷一片慌乱。就在这样的形势下，袁崇焕挺身而出，上疏皇帝，请求带兵与后金作战。朝廷正愁无人可用，便越级提升他，命他监军关外。
经过仔细考察，袁崇焕认为只有坚守关外，才能保卫关内，因此，他力排众议，决定把宁远（今辽宁兴城县）当做一个坚固据点来牵制后金。
天启六年（公元1626年），努尔哈赤率大军渡过辽河，直抵宁远城下。他先向袁崇焕劝降，被严辞拒绝后，努尔哈赤决定攻城。
这年正月二十四日，后金开始进攻宁远城。经过几天血战，后金兵终于凿破了几处城墙，幸亏天寒，墙土冻住了，城墙才没有塌，但也已十分危急了。袁崇焕非常冷静，命人拉出十一门红夷大炮，对后金兵就近射击，后金兵被炮弹打得伤亡惨重，努尔哈赤也被打伤，只得铩（shā）羽而归。这是明与后金战争中最大的一场胜利，历史上称为“宁远大捷”。努尔哈赤从未打过这样的败仗，气愤难平，加上伤势恶化，于这年八月去世了。
努尔哈赤死后，皇太极登上汗位，他又发动了进攻锦州与宁远的战役。这次败得更惨，后金兵死伤无数，历史上称之为“宁锦大捷”。
不久，明熹宗死了，崇祯即位。他很想有所作为，但他有一个很大的缺点，那就是疑心太重。针对这点，皇太极想出了一条可以除掉袁崇焕的毒计。
崇祯二年（公元1629年），皇太极率后金兵避开宁锦防线，挥师直奔北京，袁崇焕忙率军追赶，两军在北京城下打了好几仗，不分胜负。不料这时候，京城里却流传着袁崇焕引后金兵入关的谣言。崇祯听了，虽不全信，却也有些怀疑了。袁崇焕率军在城外经过血战，打退了后金兵，但崇祯疑神疑鬼，不许他率军队入城休息。
在此之前，当后金兵临北京城下时，曾抓到两个太监，皇太极假装和部将在靠近关押太监的牢房附近大声议事，说：“今天撤兵是计谋，和袁督师早就商量好了，这回大事可成了。”太监把这一切都听在耳里，然后，后金守兵又假装大意，让两个太监跑了。他们一回到北京，立即向崇祯汇报，崇祯本来便对立有大功的袁崇焕不放心，这回又听了谣言和太监的汇报，便认定袁崇焕勾结后金。于是在第二天，借口议事，把袁崇焕骗入京城，然后宣布“罪状”，将他关押起来。
袁崇焕被捕以后，他的将士们十分焦急。大家决心以杀敌立功这一形式向朝廷表明自己的元帅是忠于大明的。但崇祯帝认定袁崇焕通敌卖国，在第二年八月，他命令把“叛徒”袁崇焕处以凌迟之刑。这位爱国将领一心保卫大明，却蒙受投敌叛国的奇耻大辱，身遭酷刑，含冤地下，兄弟妻子被流放到三千里之外的穷荒之地。
崇祯因刚愎自用、疑心太重而自毁长城，不久便受到了惩罚。袁崇焕被处死后，他的将士有的不辞而别，有的走投无路降了后金，结果这支极有战斗力的队伍就这样解散了。袁崇焕一死，明朝再没有可用将才，皇太极不久便扫平了东北，他死后，他的弟弟多尔衮率后金兵攻入中原，建立了清王朝。