弗雷泽后来放弃了关于图腾崇拜源自于灵魂信仰的理论；他在了解了斯宾塞和吉兰的考察报告之后，采纳了社会学的理论。然而，他自己也意识到导致他得出第二个关于图腾崇拜的理论的那种动机过于“理性化”了，它其实已暗含了一个极度复杂、不可再被称为具有原始性的社会组织。此时，在他看来法术合作社会是图腾崇拜的果实而非种子。他试图寻找某种比较简单的因素，即这些结构背后的某种原始迷信，并从中去追溯图腾崇拜的起源。最后，他终于在阿龙塔人的那个奇怪的怀孕故事中，找到了这一原初因素。
我在前面已解释过，阿龙塔人抹杀了性动作与怀孕间的关系。当一位妇女感到自己是妈妈的那一刻，一个一直在离这位妇女最近的、亡灵云集在图腾中心里等待托生的灵魂，钻入了她的体内。她将生下这个原为灵魂的孩子，孩子将和在同一中心等待托生的所有灵魂一样，拥有相同的图腾。这种怀孕理论无法解释图腾崇拜，因为它预设了图腾的存在。不过，让我们再往回跨一步并假设，本来这位妇女就相信在第一次感到自己是位妈妈的那一刻，脑海中所浮现的动物、植物、石头或其他什么东西真的会设法进入她体内，并于后来以人形降生。那样的话，人与其图腾间的同一性将在母亲的这种信念中找到一个事实性基础，其余所有的图腾习俗（族外婚除外）也都与此信念相一致。一个人将拒绝食用这种动物或植物，因为这么做也就等于是在吃他自己。然而，他会出于某种原因偶然在食用其图腾时以某种礼仪形式分得一羹。这样他就可以加强自己与图腾的认同，而这正是图腾崇拜之精髓。里弗斯对班克斯群岛的土著人所做的某些考察结果似乎证实，人类与其图腾间的直认同是以一种类似的怀孕理论为基础的。
因此，图腾崇拜的终极源泉是蒙味人对人和动物繁殖后代的的过程一无所知，尤其是对男（雄）性在受精过程中的作用一无所知。这一无知一定是由受精时动作与孩子的出生（或对胎动的首次知觉）间的漫长间隔造成的。因此，图腾崇拜是女性心理而非男性心理创造的：其根基一定在于“孕妇的病态幻觉”。确实，在女人一生中的这一神秘时刻，当她首次知道自己要做妈妈时，能深深打动她的任何事情都极易被她认同为自己体内的孩子。这种母亲的幻想极为自然，也似乎非常普遍，算得上是图腾崇拜的根基了。
弗雷泽理论中这第三个理论的一个主要不同观点，与用来反对他的第二个理论（或曰社会学的理论）的那个观点完全相同，阿龙塔人似乎离图腾崇拜的发端相去甚远。他们对父性（paternity）的否定似乎并非出于这种原始的无知；在一些方面，他们也利用着父亲遗传。他们牺牲父性，似乎只是以为这样就能光耀自己祖先的灵魂。他们将处女受孕的神话扩展为一种普遍的怀孕理论；但这一点还不足以说明，为什么人们会认为，他们竟和基督神话起源时代的那些古老民族一样，对制约受孕的那些条件一无所知。
关于图腾崇拜起源的另一个心理学的理论，是由荷兰人威尔肯提出来的，这一理论将图腾崇拜与灵魂轮回的信仰联系了起来。“人们偏信死人的亡灵在其体内得到托生的那只动物，变成了族民、祖先，并受到同样的敬重。”然而，轮回的信仰似乎更可能来自于图腾崇拜而不是相反。
还有一个图腾起源理论是由一些杰出的美国人类文化学家，如博亚士（Franz Boas）、希尔—托特（C.Hill—Tout）及其他一些学者所提出。这一理论以对北美印第安图腾氏族的考察强果为依据，强调图腾原本是一位祖先的守护神灵，他得于梦并将其传给了自己的后代。我们早已领教过，要得出图腾是由个体传承这样的观点，该有多么困难；除此以外，来自澳洲的证据也丝毫佐证不了图腾源自守护神灵的理论。
我们要讨论的心理学的理论中最后一个由冯特提出。它以两个事实为依据。“首先，原初的图腾以及后来最常见的图腾是动物；其实，最早期的图腾就是灵魂动物。”灵魂动物（如鸟、蛇、蝎、鼠）都是灵魂合适的栖身之处。由于灵魂的行动快捷、飘荡于大气之中，并具有其他一些非凡品质，所以它们一旦离开了人的躯体，极有可能产生攻击或引起恐慌。图腾动物正是由“精气灵魂”（breath—soul）向动物转形而来。因此，在冯特看来，图腾崇拜与神灵信仰，即泛灵论有着直接的关系。
经济学的理论
图腾观念的形成，多是生活依赖对象的经济价值以宗教的方式在意识中的历史沉淀。远古人类是在超现实观念的支配下，才产生了相应的图腾物，以保证基本食物来源和人身不受到经常性的危害。图腾崇拜的起源除在本质上起因于经济关系外，也在一定程度上反映了一些社会的实际需要。
在虚幻地相信自己和各种植物、动物有着亲属关系的原始人的意识里，反映了由图腾崇拜所产生的各种现实的、必须执行的需求。如，在澳大利亚的704种图腾中，有56种是自然现象或是与动物无关的事物，如风、太阳、水等等。这种与大多数图腾是以动物为崇拜对象的矛盾，反映了图腾崇拜的产生和各种现实的、必须执行的要求。澳大利亚图腾崇拜中的现象，实质上反映了这样一个事实：社会已经发展到了一个更高的水平，各个狩猎集团之间的劳动分工已经更加发展了，“手工业技术”产生了，有些集团获得了在澳大利亚沙漠中极为稀少的水，另一些则得到了制造工具和武器所必须的石头。在这种情况下，产生了呼风唤雨和召请太阳的新的需要。整个图腾崇拜的目的，在于证实现有的一切都是理所当然的。而在这些理所当然的需要之后，反映的仍然是经济关系的实质，及由经济关系所决定的社会关系。
关于图腾崇拜起源于经济关系的观点，许多资产阶级的社会学者，都十会肯定经济因素的实际作用。例如，卓姆略写道：图腾组织的目的是调整财产的转移；天主教僧侣史密特写道：在交换过程中所成的经济关系，往往是神话的基础（这里的神话指图腾崇拜）；海顿也指出食物的获得与交换的作用。然而他们的一些理论基本上是唯心的，有时是本末倒置的，其中的主要表现是忽略生产，而只说分配、流通和交换。
从图腾物上，也可以清晰地看到经济关系的决定作用。
图腾崇拜的发展及实质
原始人类崇拜的图腾既可以是无生命的自然物，也可以是有生命的动植物，一般以动物作为图腾的居多。也有的将动物躯体的一部分作为图腾的。如，袋鼠腰子上的脂肪和负鼠的尾巴。这种图腾的存在，说明了图腾集团的数量很大，而动物品种却极度贫乏。特别是在植物非常少的地方，禽兽成了主要的生活资料，所以大部分的图腾都是动物。可是在赤或热带地区，植物非常丰富，所以人类把自己比作植物而不比作动物。而在马六甲半岛的矮黑人又相信，他们的灵魂和动物的灵魂都起源于植物。如他们认为鱼的灵魂起源于海带。
摩尔根在他的《古代社会》中，曾举出易落魁人的氏族，特别是塞讷卡部落的氏族。这个部落内有8个氏族，都以动物的名称命名：狼、熊、龟、海貂、鹿、鹬、苍鹰、鹰。而中国则有商族以某种鸟作为祖先图腾的，如在《诗经·玄鸟》中记载：“天命玄鸟，降而生商。”在所有这些图腾崇拜中，人们最为贯注的、投射最多的是对本民族、本祖先的崇拜情感。
图腾崇拜在灵魂，祖先崇拜的过程中逐步演化，最终脱离自由崇拜。由于部族是由氏族融合而成，所以，部族的图腾是由融合为部族的各氏族的图腾演化、综合而成。而部族的图腾作为对氏族图腾的综合，就越来越远离真实的自然物了。作为虚幻的图腾，它仅仅是部族标志的存在物，与各种构成它的本来的自然物已失去了真实的联系。并将这种部族的图腾，当作大家共同祖先的名字和象征去敬重。到后来，图腾就只具有被崇拜的原始祖先的象征意义了。
以我国著名图腾龙凤为例，就是经历了上述的演化过程。龙是以蛇身为主体综合各氏族的图腾物而成。它综合了兽类的四脚，马的毛，鬣的尾，鹿的脚，狗的爪，鱼的鳞和须。凤也如此，《注文》中指出：“凤，神鸟也。无老曰，凤之象也：鸣前麟后，蛇颈鱼尾，鹳颡鸳腮，龙文龟背，燕颔鸡喙，五色备举，出于东方君子之国。”
最终，人们崇拜的只是由图腾物所标志的民族祖先，而并非构成图腾的自然物本身。
图腾崇拜实质上是原始的自然崇拜和原始的祖先崇拜相结合的崇拜。在氏族形成过程中，原始人的思维能力还不能把自己和周围的自然界区别开来，还完全不了解男女交合的生殖作用，当基于氏族相互区别的需要而探索本氏族的起源时，就很自然地追溯到与他们生存最关切的周围的动植物身上，从而把图腾作为自己的“祖先”。特别值得提出的是，澳在利亚土著所崇拜的并不是图腾动物本身，而是与这种动机共有的“祖先”，一种半人关物的幻想物。对于现存的图腾植物他们视作兄弟，父亲等。有些部落的人把自己当作图腾动植物，并模仿它们的姿态和形状，如北美西北海岸的海达人，身上剌着图腾动物形象的花纹、服饰、绘画、雕刻均有图腾标记，以此来体现他们就是图腾动物的化身。
澳大利亚土著人不仅认为人与图腾动植物是同类，人的灵魂与图腾祖先灵魂也是一回事，没有个人独立灵魂的概念，而是一种和图腾紧紧相联的集体灵魂概念，是氏族血缘集团关系的缩影，且和物质形式不能分开。
综上所述，经济关系和社会关系对图腾崇拜的产生和发展起了一定作用，随着人的思维能力和想象能力的加强，这种崇拜心理更加复杂和精细了。
图腾崇拜心理机制和功能
从对图腾崇拜心理的研究中可以发现，图腾所代表的意义及功效，不但是一种宗教信仰，同时也是一种社会结构。就宗教信仰方面来说，人们对图腾具有出乎自然的尊敬和被保护的关系；就社会观点来说，图腾不仅代表着同族内各族民间的相互关系，同时也划分出了与其他部族之间应有的关系。那么，图腾崇拜从其产生的时候起，具有哪些心理机制呢？也就是说，尊奉的图腾远古先民们，在图腾崇拜的过程中心理规律如何呢，又有哪些心理功效呢？
无疑问的，在今天的人们看来，图腾崇拜似乎仅仅是一种迷信行为，然而从历史发展、人类思维和心理发展的角度来看，图腾崇拜的心理机制和心理功能是相当巨大的。
图腾崇拜本身体现了一种思维的抽象和宗教的过滤
由于生产力的缓慢进步，人类生存空间的拓宽，使人们接触、开发和利用的自然逐步增加。在宗教中，被人们崇拜的自然对象也相应增加。然而，无论就人的情感敷衍，还是就祭祀活动的具体实施而言，日益增多的与生存直接相关的自然物，使人们不胜敷衍的祭祀。这就使人类由遍祭大量的自然物，转向在众多的崇拜对象中选出某些具有代表意义的作为神明而敬之，作为主祭对象。到了这一历史的关节点，自然物，尤其是动植物经过思维的抽象和宗教的过滤之后，就形成一种特殊崇拜或个别崇拜，即对腾物的崇拜。对于这种转变，中国古文献中的记载是并不罕见的。如《礼记·效特性》疏引《孝经》记：“社者，土地之主。土地广博，不可遍敬，封五土以为社。稷者，五谷之长。谷物众多，不可遍敬，故主而祭之。”
如淮阳地区有这样一个传说：在很早以前，西北有一个华胥之国，当地有一条雷河，发源于雷泽。在雷泽中住有雷神。雷神经常发怒，一旦怒气发作，就带一巨鼓到天上敲打，从而导致雷雨大作，河水泛滥成灾，人畜大量死亡。当时有一位美丽的华胥姑娘，为了拯救人民于水火，历尽千辛，到了雷泽，为雷神引入宫中。姑娘问：“诸神都在天上你为何在地上作孽？”雷神并没有生气，对姑娘说：“我可以上天，但请你陪伴。”姑娘答应了，一起来到天上。从此风调雨顺，天下安宁，五谷丰叫，六畜兴旺。华胥生了一男孩，人首蛇身，但她十分想念父母，就把男孩放在葫芦里，让雷河水把葫芦漂走，华胥的父母正在下游捕鱼，发现了葫芦，并辨认出葫芦里坐的男孩就是自己的外孙子，命名伏牺（即葫芦）。伏牺长大后随外公打渔、种田，他还有沿建木（树）爬上天的本领。
这个传说由于是世代相传，艺术加工的成分已经很大。但是透过后人的艺术加工，仍可以看到这传说主要说的是女祖先（华胥）与图腾（雷）感生交媾的内容。
因此说，这个传说一定来源很早，可能源于母系氏族时代，与图腾崇拜是密切相关的。这个传说将图腾集中于“雷”上，自然是远古人类思维的一种抽象，即将众多图腾集中于某一种图腾上的极为原始，极为简单的人类抽象思维能力，也就是从众多中挑选出一种的原始抽象思维能力。同时从此传说也可以看出，信奉“雷”作为一种图腾，并引出他们生的孩子是“人首蛇身”可以看出，这是一种宗教过滤的结果，即这是一个以信奉、崇拜雷为图腾的氏族宗教观念的反映。