1985年3月4日，中共中央、国务院发出《关于成立三峡省筹备组的通知》，《通知》说，正在筹备兴建的长江三峡，是新中国成立以来最大的工程。为了保证三峡工程顺利建成，妥善安排库区移民，加快三峡地区的经济开发，中共中央、国务院认为有建立三峡省的必要。在三峡省正式建立前，先成立三峡省筹备组。此事一出，犹如箭在弦上，在许多人看来，三峡工程上马仿佛已无悬念。
但在1984年9月，重庆市人民政府报告国务院，要求将三峡工程正常蓄水位提高到180米，以便万吨级船队可直达重庆港。交通部也持同样看法。期待中的事情又发生了变化。
1985年4月，全国政协六届三次会议在京召开，167位政协委员就三峡工程问题单独或联合提出17件提案，建议缓上三峡工程。周培源、孙越崎、侯学煜等全国政协委员向中央上书题为《三峡工程近期不能上》的报告，列举了工程的投资、防洪、泥沙淤积、航运、发电、移民、安全等七大问题。李锐也再度上书中央领导，建议三峡工程在重大问题尚未圆满解决以前，考虑暂缓兴建。
邓小平首先做出了反应，他在1986年3月31日接见美国《中报》董事长傅朝枢时说："中国政府所做的一切都是为了人民大众，兴建三峡工程是关系千秋万代的大事，我们一定会周密考虑，有了一个好处最大、坏处最小的方案时，才会决定开工，我们决不会草率从事的。"
6月2日，中共中央、国务院以中发（1986）15号文件下达通知指出："三十多年来，我国有关部门和科学技术人员对三峡工程做了大量的勘测、科研、设计工作，积累了丰富的资料，国务院也曾多次组织专家讨论并原则批准过三峡工程可行性研究报告。但是这一工程有一些问题和新的建议需要从经济上、技术上深入研究，以求更加细致、精确和稳妥。"通知责成水利电力部广泛组织各方面的专家，特别指出要注意吸收有不同观点的专家参加进一步论证，重新提出三峡工程可行性报告，由国务院三峡工程审查委员会审查，提请中共中央和国务院批准，最后提交全国人大代表大会审议。水利电力部随即成立了由部长钱正英担任组长，其他有关负责同志共13人组成的长江三峡工程论证领导小组，从而拉开了历时两年多的再度论证的序幕。
1988年11月，三峡工程论证领导小组召开了第9次扩大会议，审议并原则通过了在14个专家组重新论证的基础上重新编写的三峡工程可行性研究报告，该报告连同14个专题论证报告和9位专家的不同意见一起上报。该可行性研究报告提出的总的结论是：三峡工程对"四化"建设是必要的；技术上是可行的，经济上是合理的，建比不建好，早建比晚建好。报告推荐三峡工程建设宜采用"一级开发，一次建成，分期蓄水，连续移民"的方案。大坝坝高为185米，正常蓄水位为175米，水库总库容为393亿立方米，装机总容量1768万千瓦，年发电量840亿千瓦小时。大坝坝址位于湖北省宜昌县三斗坪镇。施工总工期为18年，第12年首批机组发电。工程静态总投资为571亿元。
1989年7月21日，江泽民当选为中共中央总书记的第26天，就风尘仆仆地赶到三峡，先是参观葛洲坝工程，接着又考察三峡大坝坝址，察看荆江大堤。在从沙市顺江而下的船上，他详细听取了关于三峡工程的专题汇报；到了武汉，又参观了三峡水库泥沙模型试验。4天时间，江泽民总书记边看边听边问，从三峡工程的效益到实际问题的解决方案，了解得非常具体。这次实地考察，进一步坚定了总书记的决心：三峡工程要争取早日上马，把几代人的伟大理想在我们这代人手中变为现实。
1990年7月6日至14日，国务院在北京召开三峡工程论证汇报会，听取论证领导小组关于论证工作和新编可行性报告的汇报。出席会议的有中央领导、民主党派负责人、一些学会的理事长、国务院有关部委与湘、鄂、渝等中上游沿江省市及地区的负责人以及特邀代表、专家共178人。会上，绝大部分人同意论证的结论"建比不建好，早建比晚建更为有利"，少数人有不同意见。最终会议认为：新编可行性报告已无原则问题，可报请国务院三峡工程审查委员会审查。同年12月，国务院三峡工程审查委员会第一次会议决定组织力量审查新编报告，并于次年6月审毕。
1991年7月9日至12日，国务院三峡工程审查委员会召开第二次会议，听取了10个预审组的预审意见。最终，审查委员会一致认为，在重新论证基础上编制的可行性研究报告，其研究深度已经满足可行性研究阶段的要求，可以作为国家决策的依据。
1991年8月3日，审查委员会召开最后一次全体会议，一致通过了对长江三峡工程可行性报告的审查意见，认为三峡工程建设是必要的，技术上是可行的，经济上是合理的。建议国务院尽快决策兴建三峡工程，提请全国人大审议。
1991年12月6日，李鹏主持总理办公会议，听取水利部关于全国人大常委会、政协全国委员会组团考察三峡工程的情况汇报。三峡地区经济开发办公室主任李伯宁在会上汇报了移民试点情况。全国人大常委会副委员长陈慕华发表了主张三峡工程上马的意见。全国政协副主席王光英发表了要求兴建三峡工程、尽早决策的意见。会议认为，几十年来为三峡工程做了充分的前期工作，1986年以来又进行了重新论证，时间之长，工作程度之深，都是少有的。
1992年1月17日，国务院常务会议认真审议了审查委员会对三峡工程可行性研究报告的审查意见，同意兴建三峡工程，提请全国人民代表大会审议。
1992年2月20日，江泽民总书记主持召开中央政治局常委会，讨论兴建长江三峡工程的议案，决定将这个议案提交全国人民代表大会审议。江泽民同志在回忆这项工程的决策过程时说："这个大工程，党中央、国务院一直非常重视，各方面专家反复研究论证，我们多次听取不同意见，最后才拿到全国人民代表大会表决。"
3月16日，李鹏总理以国函(1992)24号文向全国人民代表大会提交了《国务院关于提请审议兴建长江三峡工程的议案》。
《决议》通过前的一波三折
1992年3月21日，庄严的人民大会堂，七届全国人大五次会议第二次大会正在这里举行，国务院副总理邹家华向全国人大代表、列席会议的全国政协委员作了题为《关于提请审议兴建长江三峡工程议案的说明》的报告，同时向每位代表、委员发送了一份《国务院关于提请审议兴建长江三峡工程议案说明的附件》，然后由人大各个代表团、政协各个组分别进行讨论、审议。
3月30日，七届全国人大五次会议第二次主席团会议审议有关三峡工程议案的审查报告。会上，陈慕华作了《七届人大财经委员会关于兴建三峡工程决议的审查报告》。报告结束后，主持会议的万里委员长问："有什么意见没有？"会场出现短暂沉默。随后一位主席团成员发言，表示对报告有不同意见，说三峡工程可以上，但不要匆忙上，因为还有些问题考虑不周到，我们等了30多年，再等一年又何妨？另一位主席团成员发言，赞成兴建三峡工程，但希望进一步研究三峡工程对上游地区经济环境所产生的影响，妥善加以解决。还有主席团成员对这个报告提出了具体修改意见。
也有主席团成员发言，坚决支持三峡工程上马，说："我们是宁愿让七八十万人搬迁呢，还是让一千多万人长期处于洪水威胁之下呢？我们也不能把长江三峡那么大的水力资源白白浪费。要相信几百位专家学者和几千名科技人员研究的结论。"万里委员长在充分听取主席团成员意见后作了简短而重要的讲话，他语重心长地说："1991年发生在太湖地区的特大洪涝灾害再次提醒了我们，要有水患意识，如果不上三峡工程，一旦出了问题，我们将无法向历史交代。"随后，经万里委员长提议，主席团分别对《七届人大财经委员会关于兴建三峡工程决议的审查报告》和准备提交七届全国人大五次会议表决的《关于兴建长江三峡工程的决议(草案)》进行表决，结果都获通过。
4月3日下午3时，七届全国人大五次会议最后一次全体会议召开。会议要表决通过的决议有九个。《关于兴建长江三峡工程的决议》排在表决顺序的第四位。大会由执行主席、主席团常务主席万里主持。在完成前三项议程表决后，15时20分，荧屏上打出"长江三峡工程决议"的字样，万里宣布："现在付表决，请代表按表决器。"
突然，会议大厅西侧一个代表团席位上，一位白发老者霍地站起来，晃动着手中的纸条，纸条上写着："三峡工程应作为重大议案处理，必须有三分之二的多数票才能通过，怎么能轻率地作为一般议案处理呢？我多次请求发言，为什么不让我讲话呢？"瞬时，大厅里一片惊愕。一些外国记者、港澳记者拥向那位代表。按照规定，下午要表决的议案都在分组讨论中进行了说明与辩论，需要解释的都已作了解释。针对这种情况，万里高声宣布："今天的议程不包括大会发言。"
一波未平，一波又起，坐在第一排的另一位代表又站了起来，她说："你们这是违法通过，我已经投了反对票......"说完，她离开了座位。起初那位要求发言的代表也在记者簇拥下退出了会场。虽然发生了这一小插曲，但会场很快静下来，代表开始投票了。
这项议程，共有2633名代表投票。不一会儿，巨大的荧屏上显示出一组数字：赞成：1767票，反对：177票，弃权：664票，还有25人未按表决器。万里宣布了这个结果，《关于兴建长江三峡工程的决议》（简称《决议》）获得通过。《决议》指出："第七届全国人民代表大会第五次会议，审议了国务院关于提请审议兴建长江三峡工程议案，并根据全国人民代表大会财政经济委员会的审查报告，决定批准将兴建长江三峡工程列入国民经济和社会发展十年规划，由国务院根据国民经济发展的实际情况和国家财力、物力的可能，选择适当时机组织实施。对已发现的问题要继续研究，妥善解决。"随后，热烈的掌声响了起来，三峡工程终于一锤定音。
1994年12月三峡工程正式开工，1997年11月实现大江截流，2002年11月枢纽工程导流明渠成功截流，2003年6月三峡工程下闸蓄水、永久船闸试通航，2003年8月首批机组正式并网发电，2006年5月三峡大坝全线建成，2010年10月三峡水库坝前水位首次到达175米的设计高程。三峡工程将在防洪、发电、航运方面发挥出最大效益。三峡工程无论在政治上还是经济上，都具有重大而深远的历史意义，成为中国人民用激情和热血浇铸的一座世纪丰碑。