在目睹了威廉·塞森斯的滥用职权之后，联邦特工们非常高兴总统能够委任另外一名局长—1993年7月20日，克林顿总统提名路易斯·费瑞赫接任联邦调查局局长一职。费瑞赫是一名联邦法官，还曾做过联邦检察官，在这两份职业之前，他最初是从一名联邦调查局的特工起家。所以，特工们推断，他们将会迎来一位不一样的新局长—他能够明确知道特工们在做什么并且能够将联邦调查局打理得有条有理。
在塞森斯的年代，他总是把自己称作“你们的局长”。而在费瑞赫上任后，他坚持让大家直呼他的名字。费瑞赫除了能与街道特工打成一片，没有塞森斯爱贪小便宜的臭毛病，他也将自己的行事风格带到了工作中。
费瑞赫对于案件调查的理解还停留在十年前他做特工时候的概念上—敲开住户的门，然后采访居民。他没有意识到先进技术对于执法来说已经变得相当重要。甚至于他都没有使用过电脑和电子邮件系统。
费瑞赫任命的专门管理行政事务的副局长韦尔登·肯尼迪，仍然记得当时费瑞赫将电脑放置在书桌后面的橱柜里。
“我从没见他使用过那台电脑，我也从没见到那台电脑开过机。”肯尼迪说道。
从费瑞赫上任到“9﹒11”前离职的这段时间，联邦调查局使用的个人电脑极其原始，就算捐赠给教会，都没人愿意接收。那是奔腾处理器出现之前的机器，完全无法兼容现代软件—不能读取光驱里的内容，更无法搭配鼠标一块使用。联邦调查局内部邮件系统效率低下，以至于特工们都是使用个人电子邮箱取而代之。而相比之下，地区警察局从司法部门获得资金，技术装备已经远远领先于联邦调查局。由于局里的电脑根本无法处理图片信息，特工们只好请求当地的警察部门将嫌疑犯的照片通过电子邮件传送到他们家里的电脑上。
正如他们的初级电脑一样，特工们也被要求使用“自动化案件支持系统”—这是一款20世纪90年代中期开发的系统，却使用着20世纪80年代的技术。它无法连接到互联网，更不能通过鼠标进行操作。这套系统不仅速度缓慢而且毫无用处。所以后来，为了方便案件调查，局里只好又开发了另外42个独立的系统。特工们通常只会使用这些另外开发的系统，而不用那套主系统。但是为了确认某一个体的所有相关信息没有遗漏，特工们就需要将这42个独立系统全部检查一遍。
“砌砖特工”，专门指代那些来自于纽约，倾向于将管理人员视作敌人的特工们。费瑞赫就是这样一个人。尽管他自己也亲手栽培了一些管理人员，但是不管怎样，他总是认为这些人都是对他的权力的一种威胁，所以在与这些管理人员打交道的时候总是带着疑心和敌意。
“对于费瑞赫的反应特工主管们都担惊受怕，所以费瑞赫直接剥夺了他们的决策权。”费瑞赫提名的负责华盛顿办事处的助理局长安东尼·丹尼尔斯说道：“他们都很怕他。费瑞赫对于管理人员非常蔑视。”
“费瑞赫说过他希望每件事情都能直来直去。第一个跟他坦率的人，被他‘砍了头颅’。如果哪个特工给他带来坏消息，他就会杀了这个信使并把他扔出去。”韦尔登·肯尼迪说道。
虽然胡佛自身有很多缺点，但是他能深谙媒体的重要性。偶尔即使只是一种夸张的修辞手段，将特工们描绘成超人的形象，也确实能够巩固联邦调查局的权利。如果人民大众对局里信心十足，他们就会更乐于与特工们合作。在韦伯斯特时代，在职培训很重要的一课就是地区特工主管需要模拟进行很多次媒体发布会。费瑞赫之前从没有近距离接触过联邦调查局的媒体运作，因为他的特工资历还不到６年。之后，费瑞赫当上联邦检察官，通常，联邦检察官们只是在正式的媒体发布会上与媒体打交道。在费瑞赫的眼里，联邦调查局只不过是检察官的左膀右臂，而不是一个对公民负有责任和义务的美国机构。
传统意义上，在案件差不多定性之后，联邦调查局会允许记者对办理案件的特工进行访问。但是，费瑞赫上台后，决定任何案子在法律诉讼没有结束之前一概不能讨论，而这样的诉讼程序通常需要很多年的时间。这就意味着几乎没有一个联邦调查局的案件可以被讨论。
在费瑞赫时代，就算是关于犯罪分析项目以及其他成功案例的正面报道也都被禁止了。正是因为费瑞赫不许媒体偏袒联邦调查局，从而导致反面的负面新闻大行其道。
当那些关于联邦调查局在红宝石岭和韦科两个案件的漫天指责不断升温时，费瑞赫的这个媒体政策对联邦调查局造成的伤害尤其巨大。尽管两个案件都是发生在威廉·塞森斯任局长期间，但是铺天盖地的指责却是在费瑞赫的任期才开始的。费瑞赫并没有让联邦调查局纠正错误的批评，也没有将事件发生的背景交代清楚。相反，他大张旗鼓张罗新闻发布会或是发表声明去谴责发生的事情，同时还吹嘘一套新的规范化行为标准。费瑞赫的这一番“努力”，不正是通过大损联邦调查局来长自己的脸吗？！
“我们需要对这些无中生有的指控回击，并且迅速将事实真相公诸于众。”当时在韦科执行任务的其中一名特工主管鲍勃·瑞克斯说道，“就算别人说我们是杀人犯，我们还得坐在那里听着，并面带微笑。”
他说：“我之前从没有见过联邦调查局处于这样的窘境。就因为这些事情没有发生在费瑞赫任期内，没人愿意为联邦调查局辩护。”
作为费瑞赫发起的总部“圣战”的一部分，他开始大肆裁减经验丰富的总部员工，把他们派去办事处。他把这些人称作“混日子的人”。韦尔登·肯尼迪曾提醒过费瑞赫，总部需要保存一些富有经验的工作人员，能够胜任管理案件的调查。有一个调派，肯尼迪实在无法坐视不管了—费瑞赫希望将一名实验室的特工派遣到杰克逊维尔办事处做一些背景调查的工作，而这名特工正是享誉全世界，在鞋子和轮胎方面最有造诣的专家。
约翰·希克斯，管理实验室的助理局长，同样也特别提醒费瑞赫关于人事的裁减。他强调工作的质量会因此而下降，而且如果费瑞赫执意要调任一半的实验室检验员，那么积压的工作量必将上升。而将那些在弹道学和爆炸学方面富有上十年经验的专家调去做街道现场特工，实在是再愚蠢不过的举动。然而，费瑞赫对于总部的敌意是很难缓和的。被费瑞赫故意忽略以后，希克斯主动辞职离开了联邦调查局。
由于费瑞赫希望绝大部分有经验的特工离开总部去办事处工作。自然，离开总部的这些人当中也就包括了那些对中国情报工作非常熟悉的管理人员。结果，没有人能够接管并指导李文和一案的调查。李文和，台湾出生的科学家，在洛斯阿拉莫斯国家实验室工作，被怀疑将机密情报泄露给中国政府。由于缺乏中国问题的专家，联邦探员们只能通过肆意拼凑一系列的决议来对案件进行调查。
“因为费瑞赫没有足够的证据说明这是一起间谍案件，他就将这起案子描述为破坏性极大的案件，还试图掩盖证据不足的事实，费瑞赫促成了一份59页的起诉书，就是援引一些模糊的没有任何证据支持的控诉。”前任间谍检察官约翰·马丁说道。
在1999年12月举行的关于李文和是否可以保释的听证会上，美国政府说服法官，认为李文和极度危险，必须直接扣押入狱，不能保释。后来的９个月李文和的自由受到了限制。在单人囚室中，为了保证李文和的行为能够被时刻监视到，一盏小灯持续地亮着。就算是白天的活动时间，李文和也被时刻要求带着脚铐。
罗伯特·美思默，调查李文和案件的一名新特工，为了说明李文和的狡诈，他在当天的听证会上提到之前发生的一件事情：李文和向他的一个同事借电脑，声称要下载一份“个人简历”。而实际上，根据美思默证实，李文和巧借电脑的目的主要是为了下载那些机密文件。
在后来的诉讼程序中，辩护律师发现美思默其实做的是伪证。李文和的同事从来没有告诉过联邦调查局李文和需要下载一份简历。李文和当时跟他的同事说了实情—他需要下载一些文件。在2000年8月17日举行的第二次保释听证会上，美思默承认他之前犯了一个“忠诚的错误”，忠实于联邦调查局，忠实于费瑞赫。这次坦白对于联邦调查局几乎意味着毁灭性的灾难。
仅在1985年这一年，在韦伯斯特主管下的联邦调查局就逮捕了11名重要间谍，但是当时并没有出现针对人权遭到侵犯的任何指责，也没有人指责联邦调查局不当行事。司法部门首席间谍检察官曾将这次事件描述为“缺乏证据而带有明显瑕疵的控告”。无论是韦伯斯特还是马丁，都不会任由这样的事情发生。
法官詹姆斯·帕克对于李文和“被美国政府的执法机构……致使其误入歧途”一事愤愤不平，于2000年9月13日释放了61岁的李文和。这位法官评论道，李文和的牢狱之灾“让我们整个国家蒙羞，让我们国家里的每个公民蒙羞”。我们都能听到李文和的家人和朋友的啜泣。
李文和最终承认了一项重罪：非法搜集和保留国家安全信息。他同意接受有期徒刑的判决，并同意在60个小时的审讯中发誓说真话。
费瑞赫对于理查德·杰威尔一案引出的各种问题同样负有不可推卸的责任。1996年7月27日奥运会期间，亚特兰大百年奥林匹克公园内有一枚土制铁管炸弹爆炸。联邦调查局对于杰威尔产生了兴趣—因为就在凌晨1点之前，杰威尔曾给警察报告说发现一个形似可疑的绿色双肩背包。杰威尔出现在电视节目上，描述在爆炸之后他如何帮助疏散现场。那一次爆炸导致两人死亡，111人受伤。
3天之后，《亚特兰大宪法报》援引匿名线人的爆料，发表了一篇报道—关于杰威尔被列为联邦调查局嫌疑人一事。报道指出有些时候那些在犯罪现场充当英雄的人正是犯罪的始作俑者。
由于这篇报道，联邦调查局加快了对于杰威尔的审讯。就在那天中午，特工唐·约翰逊和迪亚德·罗萨里奥驱车至杰威尔的公寓，叫他去办事处一趟。特工们本来计划如果杰威尔能够给出令他们满意的答案，他们就不再为难他。
杰威尔同意跟随特工回到办事处。1小时15分钟过后，特工们还在跟杰威尔核实他的背景资料。这时，费瑞赫给亚特兰大的特工主管戴维·“伍迪”·约翰逊打来电话。在杰威尔被审讯的房间的门厅的另一头，正是约翰逊的办公室。跟他在一起的还有其他特工主管，以及联邦检察官肯特·亚历山大。
费瑞赫在电话中告诉约翰逊，特工们应该给杰威尔宣读他应有的权利。
每个从匡蒂科联邦调查局学院毕业的特工都深知，根据法庭规定，如果一名嫌疑人处于被拘留状态或是即将被逮捕的时候，才需要阅读他的米兰达权利。但是对于杰威尔的案子，明显两条情况都不符合。
约翰逊跟费瑞赫指出了这一点，而且亚历山大也在电话上告知费瑞赫他支持约翰逊的说法。但是，局长却无动于衷，固执己见。
伍迪·约翰逊走过门廊，将访问杰威尔的两名特工叫了出来，告诉他们费瑞赫的决定。特工们回到会议室，给杰威尔宣读了他的权利。杰威尔听后，回答道，他需要先打电话给律师，之后，访问就此打住。
“如果当时我们能够继续跟杰威尔聊下去，我们可能早已确认他告诉我们的内容，并且还他清白。”伍迪·约翰逊说道。
３个月之后，联邦调查局证实杰威尔清白—如果没有费瑞赫的介入，这件事情本应该当天就能完成。在这段时间内，杰威尔的名声受到了损害。最终，一名逃犯艾瑞克·罗伯特·鲁多夫被证实就是当时引爆炸弹的犯人。
时任盐湖城办事处主任的尤金·格伦曾经抱怨道，联邦调查局对于“红宝石岭惨案”的调查就像是一种掩盖。费瑞赫的总法律顾问霍华德·夏皮罗回复说，提出这样的指控就是“对联邦调查局极度不负责任和破坏的表现”。这不正是埃德加·胡佛时代渗透到联邦调查局各个角落的信条吗！
费瑞赫对于局里的正面贡献之一，就是将联邦调查局的触角伸向了海外。在成功执行完一个关于黑手党的重大案件之后，费瑞赫深刻意识到跨国犯罪的严重性。这个案件就是有名的“比萨连接”。在费瑞赫离职前，联邦调查局总共有44个海外办事处，就是那些所谓的合法的专员代表处或是使节馆。从莫斯科与巴拿马城到内罗毕与伊斯兰堡，都设有联邦调查局的办事处，相比费瑞赫接手联邦调查局时的20个海外办事处而言，这是很大的一个进步。现在，已经有75个使节馆或是代表处遍布全球。尽管总是存在一些不理解海外扩张的官员提出反对意见，费瑞赫当之无愧是这一轮海外扩张的推手。
但是由于费瑞赫亲手制造的那些难以弥补的过失，这个胡佛悉心培养的机构似乎正在走上自我毁灭的道路。几乎每６个月，就会爆发一次破坏性事件。费瑞赫把自己的意愿强加到这个他并不是特别熟悉的领域内，最终破坏了联邦调查局内的正常审议程序。他的重点只是在于短期内能够为自己打造一个良好的形象。长期而言，这样的举措无疑损害了联邦调查局的信誉和声誉，而且给局里带来的灾难性影响，远胜过塞森斯的滥用职权。