但是后弘期对后世影响最大的事件，莫过于阿底峡入藏传教。阿底峡是印度著名佛寺“超岩寺”的首座。应古格王朝的邀请，在1042年到达古格托林寺，在那里居留三年。当时西藏佛教由于在朗达玛灭佛期间转入民间，父子、师徒间秘密相传，难免走样。尤其是密法的修持，没有具体准则，甚至有以讹传讹、装神弄鬼者。阿底峡的最大贡献，是他来到古格后，对西藏佛教进行了“教理系统化”和“修持规范化”。前者是把佛教的戒律和密宗经典加以系统化；后者是针对当时西藏佛教界在修持上的弊端，专门撰写了《菩提道灯论》，对修持的次第和规范作了全面论述。这部论著不过区区2000字，却奠定了西藏佛教规范、系统的基础。
公元1045年，阿底峡准备返回印度。但在行至今阿里地区普兰县时，听说尼泊尔境内发生战乱，道路不通。适逢出生在拉萨堆龙德庆、正在康区学法的仲敦巴·嘉瓦迥乃，听说阿底峡在阿里传教，千里迢迢跑来请他到卫藏地区说法，两个人正好在普兰相遇。仲敦巴向阿底峡介绍了卫藏及康区佛教发展的情况。此时，卫藏地区派出来请阿底峡到卫藏说法的人，也到了普兰。于是，阿底峡起程前往卫藏——今天的拉萨、日喀则一带。有许多人成为他的弟子，而仲敦巴跟随时间最长，尽得阿底峡的真传。1054年，阿底峡在入藏12年后，圆寂于拉萨河边的聂塘地方
聂塘：亦译作“聂当”，意思是“令人喜爱的平坝”。，
他的骨灰也埋葬在这里。第二年，仲敦巴率众师弟在聂塘举行了阿底峡圆寂一周年纪念活动，并在拉萨河边修建了一座佛殿。因殿中主供的据说是阿底峡生前从印度带到西藏的一尊度母像，这也是他的护法神像，所以当地人称此寺为“卓玛拉康”，意思是“度母殿”。再后来，仲敦巴应拉萨河中游当雄地方头人的邀请，在热振藏布边上，修建了热振寺，创立了藏传佛教赫赫有名的“噶当派”。阿底峡被奉为噶当派的始祖。
阿底峡出生于今天孟加拉国的达卡，出家前是一位王子。1978年，应孟加拉国的请求，我国政府将存放在聂塘寺的阿底峡的骨灰和他的全套著作，送回孟加拉国，在其家乡达卡举行了隆重的安放仪式。
聂塘大佛与八思巴。从聂塘寺沿拉萨河继续向前不远处，有一座峭壁兀立在拉萨河边。峭壁之上，有一尊释迦牟尼佛的巨型摩崖石刻，巨像通高9 .83米，宽7 .9米，光是手长就达1 .4米，脚长更达1 .9米，是西藏境内最大的一尊摩崖造像。佛像左手持钵、右手扶膝，结跏趺坐于莲台之上，面含永恒笑意，若有所思地注视着面前的拉萨河与河边路上的过往行人。经过此地去往拉萨的人，无不对这尊佛像留下深刻印象。
这尊佛像修成于何年、何人所造，没有确切的史料可考。但当地人传说，被元朝皇帝拜为国师的藏传佛教萨迦派高僧八思巴，当年从北京返回萨迦寺，途经此地时，随身携带的一尊佛像忽然开口说话，说要留在此地不走了。于是八思巴即令在此修庙立像，这才有了这尊“临河巨佛”。据文物专家考证，这尊佛像的风格，确实与元代造像比较相近。但也有史料记载，1244年，萨迦派领袖“萨班·贡嘎坚赞”应蒙古皇室人员之请，北上凉州与蒙古王子阔端见面时，路经聂塘，当时发现崖壁下有巨型佛像，他还做了顶礼祈祷。萨班·贡嘎坚赞是八思巴的伯父，当年萨班北上时，年仅10岁左右的八思巴一路随行。这说明，聂塘大佛不大可能是八思巴所造。
尽管如此，聂塘大佛与萨迦派肯定有着较深的渊源。萨迦派是西藏从分裂重新走向形式上统一的重要政治力量，在元朝时期，曾辉煌一时。
吐蕃王朝崩溃后，藏地陷入了长达400多年的分裂割据状态。西藏佛教“后弘期”开始后，各地的封建主纷纷派人外出求佛法。由于佛法的来源不同，更重要的是政治上的不统一，导致了后弘期出现了教派林立的突出现象。当时大的教派有素尔波且创立的宁玛派【1050年左右】、仲敦巴创立的噶当派【1056年】、昆·贡却杰布创立的萨迦派【1073年】、达波拉杰创立的达波噶举派【1121年】——后来由此派生出了达波噶举派的“四大支八小支”、
达波噶举派四大支与八小支：四大支是指达波噶举派创始人达波拉杰的弟子及再传弟子，后来在前后藏建寺收徒所形成的四个支派，包括都松钦巴创立的噶玛噶举派、向蔡巴创立的蔡巴噶举派、达玛旺秋创立的拔戎噶举派、多吉杰布创立的帕竹噶举派。这些派别中，影响较大、至今犹存的是噶玛噶举派。八小支是指帕竹噶举派弟子们在各地建寺收徒，所形成的八个支派，至今犹存的主要是直贡噶举派、达隆噶举派和主巴噶举派。不丹的藏传佛教，主要是主巴噶举派。
琼波南交创立的“香巴噶举派”【1121年】，等等。
后弘期的佛教派系，有一个突出的特点，就是各教派与各地的封建领主结合紧密。不同的宗教派别后面，都有一个个封建领主在支持，进而是一些封建领主直接披上袈裟，摇身一变成了宗教领袖。最后发展成为，在一定时期内，由某一宗教派别掌握西藏地方政权。这一特点在萨迦派表现最突出，它也是第一个以教派掌握西藏地方政权的教派。
萨迦派的创始人是昆·贡却杰布【1034年—1102年】。他的父亲和兄长，都是宁玛派信徒，他从小向他们学习宁玛派教法，也就是所谓的“旧密咒”。但后来他对更加流行的“新密咒”产生了兴趣。他广拜名师，尤其是从卓弥译师那里学习了后来对萨迦派最重要的教法“道果法”。1073年，他在当地封建领主支持下，在今日喀则地区萨迦县一个山间有着一块灰白土图案的地方，兴建了萨迦寺——萨迦县得名于萨迦寺，“萨迦”的意思是“灰白土”。以后，萨迦派的教主均以家族方式传承。通常，几兄弟中有一个在家娶妻生子，其他人全部出家。教主之位为师侄传承。贡却杰布之后，几任萨迦派教主将本教派发扬光大，所以被尊称为“萨迦五祖”
萨迦五祖：包括贡却杰布的儿子贡嘎宁布【第一祖】、索南孜摩【第二祖】、扎巴坚赞【第三祖】，第四祖贡嘎坚赞【萨迦班智达】是贡嘎宁布的小儿子所生，第五祖八思巴是贡嘎坚赞的弟弟的儿子。“班智达”是一种对有学问者的尊称，古印度对通晓“大小五明”的学者尊称为“班智达”。贡嘎坚赞曾去印度留学，造诣很深，他是西藏的第一个“班智达”，所以一般他被称为“萨迦班智达”，简称“萨班”。。
因此，贡却杰布的昆氏家族与萨迦派的结合，形成了后藏地方一股很大的势力。
1236年，蒙古王子阔端准备从甘肃、青海一带南下四川，包围进攻南宋。为了确保蒙古军队南下四川时的后方安全，1239年，他派出一支军队，从甘、青藏区出发，“试探性”地向拉萨河中游的热振寺进攻，杀死了守寺的500多名僧人，并向邻近的其他寺庙进攻，吐蕃全境震惊。当时在直贡一带很有势力的直贡寺住持也被吓得离寺避难。但是蒙古人的真实意图，一是要显示一下军威，削弱藏人的抵抗意志，二是要找到一个可以代表西藏的人物，请他到凉州商讨西藏如何归附蒙古。最初蒙古人选定的是在拉萨河流域极有影响的直贡寺住持扎巴迥乃。但是扎巴迥乃以年老为名，推举当时的萨迦派领袖萨迦班智达【1180年—1251年】前往。
胸怀广阔的萨班没有退缩。虽然他已是60多岁的老人了，但为了藏地众生，他还是毅然带着两位不到10岁的侄儿八思巴和恰那多吉，于1244年起程前往凉州。他把两位侄儿带在身边，就是预测到自己一旦身死异乡，可以将衣钵就近传给家族的合法继承人。在经过拉萨时，萨班让八思巴在大昭寺的觉卧佛像【文成公主从长安带来的佛像】前受戒出家，并到达位于拉萨河支流血弄藏布旁边的直贡寺，接受了直贡寺住持扎巴迥乃赠送的礼物。这表明，他是代表包括直贡派在内的西藏地方的主要僧俗首领，前去凉州与蒙古人建立关系的。
1246年，萨班到达凉州，与蒙古王子阔端商定了西藏归顺元朝中央的条件，从此奠定了西藏正式纳入中国版图的基础。1251年，萨班在凉州去世，享年72岁。八思巴在凉州接任了萨迦派教主之位。1260年，忽必烈继任蒙古大汗之位，立即封八思巴为国师，此后元朝中央政府成立“总制院”，掌管全国佛教和藏族地区事务，八思巴又以国师身份兼管总制院事，并奉忽必烈之命，创制了“蒙古新字”，后世称之为“八思巴蒙文”。
俯瞰拉萨河的“黄教第一寺”甘丹寺。迎着拉萨河的流水进入拉萨，感受了圣城太多耳熟能详的历史与传说，我们还是溯流而上，了解一些以前比较陌生的拉萨河畔的“历史与文化”。
出拉萨城向南，过了拉萨河大桥，再一路向东往上游行进，首先看到的是位于曲水铁索桥东边不远的两座小寺——蔡巴寺与公堂寺。它们都是当年“蔡巴噶举派”的主寺。别看这小寺看上去不起眼，在萨迦派统治藏地时期，蔡巴噶举是统治拉萨周边、拉萨河流域的一个重要的地方势力。蔡巴噶举的创始人为向蔡巴，他曾向达波拉杰的侄子学法，后来得到拉萨蔡公堂地方的大封建主的支持，1175年在拉萨河南岸建立蔡巴寺，1187年又在附近建立公堂寺——目前这里的地名，是拉萨市城关区的“蔡公堂乡”。向蔡巴虽是僧人，却以爱械斗、善抢劫而闻名。只要他认为自己是“一心向佛”，就可以随便抢来东西，为他盖寺庙之用。奇特的是，他的这一“恶行”没有引起藏地人对他的反感，反而把他赞颂为藏地“三宝”之一。另外“两宝”分别是帕竹噶举派创始人多吉杰布和格鲁派创始人宗喀巴。
蔡巴噶举派的教主继承权，后来转到了当初作为蔡巴噶举派施主的噶尔家族手中，由噶尔家族成员继承。由于与统治藏地的萨迦派关系密切，通过八思巴荐举，噶尔家族又成为西藏13个“万户”【元代的西藏地方机构和官员】之一，即“蔡巴万户”。但是后来，朗氏家族的帕竹噶举派在山南崛起，在元末中央政府无力兼顾西藏地方事务的情况下，击败萨迦派，于1354年取得了西藏的地方统治权，并先后得到了元朝和明朝中央政府的承认。亲近萨迦派的蔡巴噶举派也被帕竹噶举派打败，封地被夺，公堂寺被焚毁，蔡巴噶举派从此衰落——目前两小寺均属于格鲁派。
帕竹噶举派的根据地在今山南地区的泽当镇，创始人是多吉杰布【1110年—1170年】。他是达波拉杰的弟子，后来在今山南地区的桑日县创立了著名的丹萨替寺【1158年】。这个地方古称“帕木竹”
帕木竹：本义为“母猪之角”，也可译为“金刚亥母所在的角落”。“帕木”的本义是“母猪”，也指“金刚亥母”。金刚亥母在藏语中也称“多吉帕姆”，是藏传佛教中的一位女性神祇，在噶举派中，她是女性本尊神之首，在格鲁派中，她又是胜乐金刚的一位明妃。头侧长有一个猪首是她重要的身份标志。“竹”的本义是“舟”，另外一个含义是指“曲折之处”、“角落”等。，
该派因此而得名。这个教派后来与帕竹地方势力朗氏家族结合，由朗氏家族成员相继担任寺主。14世纪中期，朗氏家族的帕竹万户长绛曲坚赞取代萨迦政权，统治了西藏大部分地区。帕竹政权在1481年被其属下后藏的仁蚌巴所败，但余焰尚存，直到明末的1618年，才完全丧失权势。
西藏与内地的治乱周期相同：由于地理上与政治上的密切联系，藏地从吐蕃时期开始，就与内地的治乱息息相关。唐王朝与吐蕃几乎同一时间兴与亡；唐之后内地是北宋、南宋与其他割据势力并峙，藏地也是400年混乱割据时期；元代内地大一统，藏地为元朝所支持的萨迦派统治；明代藏地为明朝所支持的帕竹派所统治；清代为清政府所支持的格鲁派所统治。
西藏从元代以来，虽然各教派斗争激烈，相互夺权，但严格说来，都不属于“宗教冲突”，更不存在“宗教战争”。教派更替本质上是世俗地方政府势力的争斗，是政治经济利益的博弈。所以，帕竹政权虽然本身也属于西藏佛教的一个派系，但对其他派系并不加以排斥，容许和支持西藏佛教各派势力的存在和发展。
当然，这也与明朝中央政府对藏地各教派实行“多封众建”政策有关。明朝对藏地各派宗教领袖赐予了许多不同的封号，最高的封号“法王”就有3位，分别为“大宝法王”【噶玛噶举派】、“大乘法王”【萨迦派】和“大慈法王”【格鲁派】。其次为“王”，共有5个，分别为赞善王、护教王、阐化王、阐教王和辅政王等，以下还有“大国师”、“国师”、“禅师”等名号。这也势必促进了西藏各派宗教势力的并存与发展。
这其中最为突出的，是帕竹政权对新兴的格鲁派的大力扶持。
在帕竹政权时期，出现了宗教上的深刻危机。由于各教派与地方政治势力的结合，世俗社会常见的奢靡腐化、争权夺利，也渗透到了宗教领域。当时各教派的上层喇嘛并不关心研读经典和修持密法，而是热衷于世俗利禄。他们有的利用享有的封建特权，在政治上飞扬跋扈，为所欲为，在经济上大肆掠夺占有财富，过着荒淫糜烂的寄生生活。有的借修密法为名，随意霸占他人妻女，残害无辜下层民众。史称他们“不修经典，乱受灌顶”，“寺庙僧侣，尽同俗装”，“不知戒律为何事”，使宗教在社会上威信大降。
在这种历史背景下，宗喀巴【1357年—1419年】进行了一场“宗教改革”。出生于青海湟中地方【今塔尔寺附近】的宗喀巴，自幼受戒学经，17岁以后赴藏深造，一生再也没有回到故乡。他对各大教派的思想兼收并蓄，集其大成，在噶当派讲究修持次第【顺序】的教义基础上，形成了一个极其庞大、次第井然的教义教法系统。尤其是他针对当时的戒律松弛、教风败坏的现象，提出了一整套的清规戒律，如严禁僧侣娶妻生子和参加生产劳动，僧侣必须常住寺院，专心于宗教活动等，从而划分了僧俗两界的界限。由于宗喀巴十分强调戒律，所以人们称其建立的教派为“格鲁派”，意思是“善规派”。1388年，他在一次法事活动中，改戴象征严守戒律的黄帽，因此人们也称格鲁派为“黄帽派”，或简称“黄教”。