孙思邈或出于古往之规，或出于对皇上尊重，乃将此书原稿呈与新皇李治。他之本意，是让皇上知道，获得首肯。若皇上能说上一句半句，于该书传抄自然大有裨益。他对书的质量充满自信，亦想皇上必不会责难自己。
孙思邈具有与御书库打交道的经验，当然知道《千金要方》若仅为朝廷收藏，流传将受到怎样的局限。这与他“欲使家家自学，人人自晓”的著述宗旨根本相违。故孙思邈设想的传播方式是：“未可传于士族，庶以贻厥私门。”[142]
孙思邈的预见对了一半，李治见了该书，对孙思邈勉励有加。孙思邈听了，倍受鼓舞。
出乎意料的是，当他欲将书稿取回，准备“贻厥私门”时，武则天却不高兴了。因她浏览了该书部分卷册，乃觉内容丰富，价值非一般医书可比。尤其关于治妇人面药诸方，实在难得。其时，武则天已被册封为“昭仪”，正朝着皇后之位迈进。武则天乃欲将该书秘而宝之，为宫廷独有。
听武则天提出由御书库独家收藏，孙思邈急了，顾不上谦恭，颤抖着长须，立即抢话：“启禀昭仪娘娘，此非犯禁之说。昔日秦始皇焚书，医书亦不在其列。”
坐于李治身旁的武则天借机发怒，将手往案几上一拍：“大胆，竟敢讽喻今皇暴政。皇上还不将老混蛋治罪？”
孙思邈一听，方知失言，忙一个劲跪头谢罪，因脚不灵便，竟至摔倒。他却又坚决强调：“启禀皇上，老朽想皇恩浩荡，必欲天下百姓健康安宁。这书让百姓读了，懂得自疗自救，实乃利国利民之事。”
李治与孙思邈打交道非自今日开始。他虽然懦弱，却也善良，听孙思邈这一说，即对武则天道：“先生乃百岁之人，语虽不当，不治罪也罢。”
武则天被皇上驳了面子，心有不甘，又提一议：“此书最宜官修，具有皇家气派，如隋帝命巢元方主修《诸病源候论》故事。至于老混蛋个人有何要求，皆可满足，拜为太常寺太医署署正亦可。”
武则天之意，仍是要将功劳据为己有，体现皇家威权。
这使孙思邈大为失望，且颇为生气。因他写作此书，绝非出于名利。亦知医书一旦成为官修，必不得轻易流传民间，直接造福百姓。就如巢元方那书，民间即极少见到。故孙思邈坚决反对将是书改为官修。
孙思邈只对某些人留了心眼，即那些专门据奇方而秘之的贪心之徒，恐他们挟此以牟取巨利。故对于某些药方，孙思邈对亲友明言：不可传与德行低劣之辈。如那主明目、百岁可读注书的“神曲丸”方，孙思邈便有所嘱。[143]
另有“太乙备急丸”方，也在“非贤不传”之列。该方治卒中恶客忤、五尸入腹等杂症，由雄黄、桂心、芫花、丹砂、蜀椒、藜芦、巴豆、野葛、附子等九味组成，患者服之，其效“如汤沃雪，用下皆愈”。孙思邈有嘱：“方宜秘之，非贤不传。”[144]
其余诸方，孙思邈则盼传抄者愈多，得益者愈多。
孙思邈知武则天得罪不起，因她太了不得。贞观二十三年（649），李世民去世。武则天被迫秉大行皇帝旨意，入长安感业寺为尼，然而凭着与新皇藕断丝连的关系，永徽二年（651）便又入宫。孙思邈虽不知她何以奇迹般二次入宫，却知武则天为非常之人。故对武则天封杀书稿之举，不敢公开顶撞。但此事关系太大，孙思邈自然不甘横遭封杀。
于是孙思邈白发摩地，磕头再求：“启禀皇上、昭仪，老朽且将此完整书稿献与皇上，民间只零星流转，部分传抄。”
“然面药诸方，一首也不得外传。”武则天急不可耐地抢话。
“此事可也，朕且准奏。”李治最后点头。
幸得李治网开一面。孙思邈不再争辩，忙又磕头认可。
一场危机总算勉强过去。
孙思邈有言：“胆欲大而心欲小，智欲圆而行欲方。”[145]此话既为提醒他人，亦是孙思邈重要处世准则，处理与诸皇室关系时，尤需如此。纵观孙思邈人生，历经急风恶浪，却每回有惊无险，或许与此有关。
孙思邈后来隐约听得，武则天二度进宫，乃巧妙利用了王皇后与萧淑妃之间的矛盾。王皇后本为李治发妻，被封为第一个皇后，后因李治专宠萧淑妃而遭冷落。王皇后为使李治远离萧淑妃，才让武则天从感业寺回宫，旨在“以毒攻毒”。王皇后本意，自是要让李治重回己之怀抱，殊料考虑欠周，正中武则天下怀。武则天尽管大李治四岁，却有着超凡魅力和高强手腕，不仅击垮了萧淑妃，又借李治之手将王皇后打入冷宫，使自己成为李治专宠。她重新入宫才一年便升为昭仪（二品），还生下第一个儿子李弘。永徽六年（655），武则天如愿以偿，被立为皇后。
那完整书稿尽管凝聚了自己多少心血，孙思邈却不再坚持索回。皇上既允许书稿在民间零散传抄，他的著书目的便基本达到。因孙思邈对书稿内容融会于心，且有籍可据，故重写不算太难，只是需要时间。孙思邈回到家中，立即重新整理原来的手稿，再形成完整的一部。虽又费时不少，却感觉值得。他对重写的书稿审校既毕，才将其交付弟子并其他德行之士，嘱认真抄录，分头保存。为避忌讳，孙思邈决定暂不将书稿大规模扩散，只在友人间秘密流传。
但他相信，此书必有广泛深入民间之日。
却说武则天将王皇后、萧淑妃逼害致死，心不得安，肝胆两虚，因而患上了妄想症，俗称“白日见鬼”。一段时间里，武则天总觉得王皇后、萧淑妃或在她面前挡着，或在身后跟着。更要她命者，皇宫每到夜间，便满是野猫怪叫之声，令她毛骨悚然。这猫叫却唯她一人听见，他人皆无此异觉。
武则天担心不终天年，忙命孙思邈给她诊治。为试探孙思邈是否真心，她故作冷漠，面无表情地道：“本皇后近日健康状况若何？”
孙思邈迟疑稍顷，银须垂地，如实跪奏：“老朽观皇后娘娘神色，乃失眠、多梦、夜间睡不安宁，早起即觉口苦，唇粘，疑似张嘴不开。”只不敢将那“白日见鬼”症候道出，恐伤其自尊。
武则天听了，不得不服，先将孙思邈夸奖几句，再道：“可有法子治愈？”
“启禀皇后陛下，此症重在调养，药物只为辅助。需求心态平和，幸勿焦虑狂躁。”孙思邈知武则天对养生非为不懂，乃直言相告。
武则天沉思，点头，这才命宫女端过小几，让孙思邈就座。孙思邈跪得两腿发麻，谢过，便在小几上坐下，对武则天再看了一遍，这才开处药方。
孙思邈看出武皇后病在心机，却不敢深究，只以焦虑狂躁症治之。孙思邈自然不知，其实武则天与李世民一样，也有一块终身不愈的心病，即亲手断送亲生骨肉生命。她那时为了将王皇后置于死地，急乱中设下嫁祸于人的毒计，将才出生月余的女婴残忍掐死，再将罪名硬栽在王皇后头上。此事史有记载。
王皇后是被严惩了，她也最终据有帝后之位。而在武则天心里，则如扎进一柄利刃，永远拔除不掉。女婴被掐时的可怖情形，时时在眼前闪现，令她不敢闭目。武则天于是病倒，发着高烧，无论睁眼闭眼，脑子里都是幻觉，仿佛女婴正在抽搐。
孙思邈针对武则天症候，先处“太一神精丸”。因其制作过程复杂，孙思邈担心出错，配药、合药皆亲手为之，不假他人。
孙思邈给武皇后治病之时，将书稿传抄之事置之脑后，只专注治疗本身。看着武皇后将汤药慢慢喝下，孙思邈的心一点点紧缩，只担心达不到预期疗效。
过了一段，武则天出现产后劳烦、思虑过甚，导致心下虚悸、志意不安、腹拘急痛等症，孙思邈乃以“大远志丸”处之。再过一段，孙思邈见武皇后状态有所改善，又让她改服“大补益当归丸”“柏子仁丸”“大补益当归汤”“鲍鱼汤”等。
孙思邈对煎药亦有相当讲究，尤其所用之水，务必纯净。故孙思邈强调，一般煮药，须用“井华水”。贞观初，孙思邈曾以“人参汤”方治一患者五劳七损症，对水的要求更严，一再叮嘱家属，熬药须用“东流水一斗半，渍药半日，用三岁陈芦梢以煎之”。孙思邈对煎药用火也有要求，强调：“不则水强火盛猛，即药力不出也。”孙思邈强调，若能以东流水渍药，以陈芦梢燃火，那样即便是治疗久患殆羸瘦死之人，“处此一方则瘥，如汤沃雪”[146]。
孙思邈此时治病，已属炉火纯青。武则天服药之后，心绪渐宁，睡眠也有较大改善。这使武则天大为欢喜，对孙思邈亦由冷漠而至尊重。她便奏请皇上，于皇宫近处辟一座两进四合大宅，面积远胜于昔日隋文帝、隋炀帝、唐太宗拨给的宅院。宅院后殿由孙思邈家人使用，前殿住御林军卫士，亦不允孙思邈自由出入。大院门首拟挂一匾牌，上书“散仪大夫”四个镏金大字。
孙思邈知抗辩无用，乃请求去那匾牌，余皆由之，同时盼着有机会与武皇后再谈书稿传抄之事。
武则天服用孙思邈药方，病情稳定好转，乃向孙思邈直率提出：“可有新的特效面药之方？”
“启禀皇后，老朽遵旨，等再广泛搜集，必有所得。”孙思邈一口应承。
“好。你可切记，诸面药术方皆须直接呈送，不得外传。否则以泄露宫闱秘闻罪论处。”
孙思邈暗惊，泄露宫闱秘闻之罪，罪可致死。大行皇帝李世民，则以此罪名处决若干宫人，及中书侍郎及左庶子杜正伦等大臣。不知这大众医方与宫闱秘闻怎么扯到一起。若真如武皇后所言，他又将被驱进死胡同。孙思邈知争辩不得，唯跪地称是。
孙思邈此前对妇人面药方虽有留意，却不甚用心。他知“面脂手膏，衣香藻豆，仕人贵胜，皆是所要”，亦即只为富贵人家据有，贫家妇人无缘问及。在《千金要方·七窍病》中，孙思邈列面药方八十一首，多为简单而易于操作者。只那首“玉屑面脂方”，用药五十四味，做工颇为复杂，故特荐于武则天。
孙思邈明白，眼下的侍奉对象，非简单面药方可以满足，需得再下大功夫搜寻，否则难如其愿。此事之难，不比治麻风恶疾容易。倒不是有多大风险，而是难在面药方的持有者各怀私念，即“今之医门极为秘惜，不许子弟泄露一法，至于父子之间亦不传示”[147]。
孙思邈为搜寻面药方，费尽心机。随着《千金要方》书稿开始传抄，孙思邈手头已无秘方可作交换，全凭诚意说服他人。
孙思邈自述集方之难，有一语耐人寻味：“志学之岁，驰百金而徇经方”[148]。又言：“偶逢一法，岂吝千金。遂使名方异术，莫能隐秘。”[149]可见所付代价之大。
孙思邈在《千金要方》中，收集面药方八十一首。《千金翼方》中，收集面药论一首、方三十九首，令身香方十三首，生发黑发方十九首，每方皆有相当价值，有的使用至今。
对于这“医门极为秘惜”的面药膏方，孙思邈自不可能“空手套白狼”。他究竟使了些什么法子，获得那许多面药，迄今无法揭谜。若以药肆论价，价值不可估量。借用今人观念，孙思邈凭此知识产权，早已是超级富豪。
孙思邈却对自己的“知识产权”不屑一顾，只想着如何满足他人需要。再经反复筛选，乃向武皇后推荐若干。其中有：
面脂方一：由防风、芎、白芷、白僵蚕、藁本、鹅脂、羊肾脂、猪脂等十九味构成。
面脂方二：由当归、芎、细辛、蜀水花、密陀僧、商陆、麝香、鹿髓、猪膏、羊髓等二十九味构成，制作均相当精细。[150-1]
最是讲究者，当推那面膏方。先看该方成分：
杜蘅 牡蛎熬 防风 藁本 细辛 白附子 白芷 当归 木兰皮 白术 独活 萎蕤 天雄 茯苓 玉屑各一两 菟丝子 防己 商陆 栀子花 橘皮 白蔹 人参各三两 甘松香 青木香 藿香 零陵香 丁香各二两 麝香半两 白犬脂 白鹅脂无鹅脂，以羊髓代替 牛髓各一升 羊胰一具再看该方制作：“上三十三味，以水浸膏髓等五日，日别再易水。又五日，日别一易水。又十日，二日一易水。凡二十日止，以酒浸一升。挼羊胰令消尽，去脉，乃细切香于瓷器中浸之，密封一宿，晓以诸脂等合煎三上三下，以酒水气尽为候。即以绵布绞去滓，研之千遍，等凝乃止，使白如雪。每夜涂面，昼则洗却，更涂新者。十日以后色等桃花。”[150-2]
上述各方，显系昂贵，非一般人家所能为之。因该方特殊，有的需将合药捣数万遍，可见操作之细。
武则天见了诸方，甚喜，特嘱：“老先生须得亲自配药捣药。”
孙思邈深知武则天心思，仍是不许让他人掌握配方，连忙应道：“启禀皇后，老朽必始终亲手操作，外人不得近前。”
“老先生且不必外出，就在宫内配制。”
“启禀皇后，老朽遵旨。”
在宫中后院一间密闭的小屋里，这位体态瘦弱的百岁老人立于厅中，面前置一檀木案几，以大瓦缽将合药盛之，抿紧嘴唇，凝神静气，“吭吭吭”将那药捣了五万余杵，直累得两臂酸痛，不能伸展。孙思邈再严格遵从每一道合药工序，直使那药真个白如凝脂，香气袭人，令武则天用之大验，色润胜似沾露桃花。
孙思邈还向武则天推荐面药方、悦泽面方、鹿角涂面方、澡豆方等，并各具详细做法。武则天大喜，这才主动将扣押的书稿发还，只再次叮嘱：“诸面药方切不得外泄。”
“启禀皇后，老朽谨谢大恩。”孙思邈手捧书稿，百感交集，强忍泪水，连连点头，哪敢面驳。
四 寻思妙理 百岁深研《伤寒论》真本