孙思邈一怔，此话何等耳熟，原是杨广说过。看来自己又被绑定，大概这就是命。他回想两次亲历战场的种种遭遇，趁机建言：“启禀秦王，老夫不懂领军。只想这战争胜与不胜，乃在于士。兵云：‘视卒如婴儿，故可与之赴深溪；视卒如爱子，故可与之俱死。’”[79]
校尉一直在旁边立着，这时忍不住插话：“先生真乃圣贤，竟用嘴为士卒导尿。”
李世民大惊：“先生如此爱我士卒，该受本王一礼。”说时单腿下蹲，对孙思邈行半跪之礼。孙思邈赶紧回敬匍匐大礼。
李世民听了孙思邈建言，对军士伤情不再取漠不关心态度。他拄着拐杖，领孙思邈来到众伤兵面前，将其隆重推荐。伤兵们齐向孙思邈行礼，并投来热切企盼的目光。那目光让孙思邈全身灼痛，忙俯下身子，给伤兵一一做检查。伤兵却是那样多，孙思邈根本忙不过来。
一天紧张的工作下来，孙思邈累得不行，刚一坐下便歪倒在地。这事报与李世民得知，李世民急了，忙命人将孙思邈用藤条躺椅抬着，送来自己大帐。他半开玩笑、半是认真地道：“先生您可不能倒下，本王还指望您保我长命百岁呢。”
李世民在大营帐里接受孙思邈推拿治疗。因他全身肌肉紧张，近乎板结，孙思邈推拿时颇费老劲，累出一身大汗。李世民见了，惊讶地道：“我可是头一回见医生治病时流下大汗。”
孙思邈笑道：“只怪本人老朽，气力衰微。”
“本王若在您这年纪还能这样，那就谢天谢地。”
“将军体格如此壮健，日后百岁无疑。”
“哈哈，借您老吉言。”一番话说得李世民心花怒放。
鉴于李世民病情严重，仅施以推拿还不能完全祛病，孙思邈又给李世民开处汤药，亲手熬煎后端来，自己先喝两口，再递与李世民。李世民一仰脖子，喝个精光，如大热天喝凉茶一般，连道：“好喝好喝，请再将来。”孙思邈接过药碗，坚称服药性急不得。
李世民在孙思邈精心调理下一天天痊愈，重新跨上战马。他拿出一个精美的紫檀木盒，里面溢出一股幽香，当着孙思邈的面打开，竟是一满盒黄金。孙思邈知秦王之意，摆手坚拒。李世民乃道：“先生是否嫌轻？”
孙思邈应道：“秦王真能爱兵如子，即请给士兵们多买些药品。”
李世民对孙思邈更为敬佩，即请孙思邈开列药品名录。李世民叫来军营总管，将一包黄金交付，且道：“务必用心，出了差错，小心揭皮。”总管慌得连连磕头，再接过孙思邈开列的药品名录，领着数人打马而去。这是李世民头一回为士兵大批购买药品，此前虽曾有过，却不太上心，以致负责采购者从中克扣货款。这回在李世民亲自督办下，大批药品被如数买回。
孙思邈甚喜，则于军营中设立医疗室，又请人用木板钉了几排架子，将药品整齐摆放。只是孙思邈一人实在忙不过来，便向李世民请求，从军士中挑选数名助手。李世民慨然应允。
众军士听说有机会做孙思邈助手，个个争着报名。孙思邈暗自高兴，决心培养一些年轻人，掌握基本医学知识。他于是一边亲自给伤兵们治疗，一边对助手们讲解。对简易可行之事，便指导他们直接去做。
那日李世民来到军营诊疗所，见孙思邈正给一名士兵刮痧。孙思邈以一个光滑的陶瓷片作为刮板，蘸点麻油，一下一下，刮着士兵背部，将背部刮出一片深紫，还出现几处血点。李世民觉得新奇：“这样也能治病？”
孙思邈指着士兵所刮部位解释：“刮痧亦系上古之人探索所得。凡刮得颜色暗红处，即是病症所在。颜色越深，病气越重。刮出紫斑，则病气可除。”
接受疗救的士兵亦现身说法，表示刮痧之后，感觉轻松多了。
李世民乃心细之人，又问刮痧疗法可有依据。孙思邈便跪地禀告，当年如何从火中偶尔抢救得人体经络图。可惜原图在辗转游走中丢失，后孙思邈凭着记忆，重新绘制了一份，为便于辨认，特以蓝色标出脉络。他从小木箱内取出重绘的经络图，请李世民审视。李世民展开那图，惊道：“此又是如何绘出？”
孙思邈如实应道：“鄙人也回答不上。我只想那上古之人有内视之功，能将人体经络一目了然。否则也无法画出。”李世民接着要求解释内视之功。孙思邈谦称自己功力尚欠，未曾达到那种境界。
李世民再问刮痧之法。孙思邈见秦王兴趣甚浓，便将刮痧板交与李世民。李世民在士兵身上做着试验。道：“怎么刮起来疙疙瘩瘩？”孙思邈应道：“这就对了，说明这士兵兄弟病气相当严重。”
经李世民批准，军营医疗讲习所正式开课。环境虽陋，然能遮风挡雨，孙思邈便觉足矣。他一遍遍抄写医案，装订成册，又手绘一小张一小张人体经络图，作为读本发给大伙儿。最后，孙思邈用一张大纸，画出人体经络全图，挂于墙上，作教学之用。
孙思邈指着穴位，让一名学员站到前面，示范按摩、刮痧之法。再让学员们彼此寻找穴位，相互按摩、刮痧。学员们一个个兴致极浓，教学告一段落还不肯休息，继续琢磨、体验。后来，助手们用石头支起大锅，按照孙思邈的指导，熬了一锅又一锅清凉解毒汤药，让士兵们喝下，以御风冷。李世民也要来一碗，当众“咕噜咕噜”喝下。
孙思邈又针对驻地风寒霜重的特点，制作“匈奴露宿丸”，给士卒们服用。该药丸由矾石、皂荚、干姜、附子、吴茱荑等六味构成，炼蜜和丸如梧子大，服食，可起预防和治疗作用。
孙思邈发现，不少士兵因成天跋山涉水，劳乏过度，而患上脚气风毒。他反复琢磨，终推出又一奇方，名为“门冬煎方”。该方对于男子五劳、七伤、八风、十二痹，以及四肢烦痹、手足浮肿等症，有明显疗效。该方为：
天门冬，切，三斗半，捣压取汁尽 生地黄，切，三斗半，捣压如门冬 枸杞根，切，三斗净洗，以水二石五斗，煮取一斗三升，澄清 獐骨一具，碎，以水一石，煮取五斗，澄清 酥三升，炼 白蜜三升，炼该方以上列六味为主，后附散药三十八种，根据不同病症配用。[80]
孙思邈对这“门冬煎方”颇为看重。除用于士卒外，还用于其他患者。为引起后人注意，利于更多患者，孙思邈将该药方收录专著，同时注明：“余尝为人撰门冬煎，此方治脚气大有验，病者须用之。”[81]
军营诊疗所开办了一段时间，效果便显露出来。除重伤者需做特殊治疗外，轻伤者经过一段时间治疗，先后一批批痊愈，重新投入战斗。李世民别提有多欢喜，这对他来说，等于不用抓丁，便补充了新的兵源，且富于实战经验。他感慨地道：“吾征战多日，方知战场救护之功。”
孙思邈亦对李世民看好，知他早晚能成大事，故对李世民保健之事倍加关注。孙思邈趁其再次出征之前，每日抽出专门时间给他理疗，或施以针刺，或施以艾灸，或处以汤药。李世民对孙思邈已极信赖，每回都主动配合。这种配合默契，大大强化了治疗效果。
孙思邈确诊李世民症状，为长期超常紧张征战所致。故病象不在一处显现，而是整体疲软，俗称“五劳七伤”。孙思邈有论：
“五劳，五脏病。六极，六腑病。七伤，表里受病。五劳者，一曰志劳，二曰思劳，三曰忧劳，四曰心劳，五曰疲劳。六极者，一曰气极，二曰血极，三曰筋极，四曰骨极，五曰髓极，六曰精极。七伤者，一曰肝伤，善梦；二曰心伤，善忘；三曰脾伤，善饮；四曰肺伤，善痿；五曰肾伤，善唾；六曰骨伤，善饥；七曰脉伤，善嗽。”
孙思邈又论五脏受伤的临床表现：“其心伤者，令人善惊，妄怒无常；其脾伤者，令人腹满喜噫，食竟欲卧，面目萎黄；其肺伤者，令人少精，腰背痛，四肢厥逆；其肝伤者，令人少血面黑；其肾伤者，有积聚，少腹腰背满痹，咳唾，小便难。”[82]
孙思邈根据李世民现状，先处以“建中汤”，再处以“黄芪汤”，又处以“五补丸”。这“五补丸”治肾气虚损、五劳七伤、腰脚酸痛、肢节苦痛、心中喜怒、夜卧多梦、心腹胀满、房事不举等症。其方由人参、五加皮、五味子、天雄、牛膝、防风等二十四味配伍，末之，蜜丸如梧子。酒服十丸，每日三丸。孙思邈将此药丸精制，阴干，供李世民一段时间服食。
李世民经过全面调理，很快恢复健康，重返战场，顿觉身轻如燕，虎步生风，于是越发离不开孙思邈。因而当他第二次东征时，又要求孙思邈随行。孙思邈此时年近八十，想着能给秦王帮上一把，助国家早日统一，天下太平，仍决然前往。
于是孙思邈继续随李世民转战太原、洛阳，再度为唐军官兵尽心效力，直至唐武德四年（621）七月方罢。
自孙思邈随军之后，李世民乃命扩大战场救护所规模，为的是接诊更多战地伤者。于是孙思邈再召集一批年轻士兵，教他们基本救护知识。孙思邈除对年轻人讲授医学基础知识外，还亲自示范治疗。他精力那样饱满，看不出到底多大年纪。遇上危重患者，该用嘴导尿时，照吸不误。
在孙思邈榜样的作用下，年轻士兵大多学会基本疗法，遇上需要，皆争着上前。这使患者分外感动，都将感恩之情献与秦王。病愈之后，重上战场，个个奋勇争先，战斗力倍胜于受伤之前。李世民乃对孙思邈更为尊重，称他功劳与尉迟敬德、程知节、秦叔宝不相上下，一再欲予以重赏。
孙思邈见外伤者众多，乃根据不同病情推出数方，专治外伤。他将药捣碎，调和，放在黄草纸上，用布包好，裹住士兵伤脚。另一个士兵身上长了脓疮，孙思邈让他坐下，亲手给不幸的年轻人挤出脓汁。他见又一骨折士兵无法行走，只能躺着，便跪着给这个士兵敷药。
中国古代战场有救治伤员事例，却无固定治疗机构。根据现有资料，一般认为中国古代军医机构的建立始于初唐，与李世民关系密切。李世民仰赖孙思邈之力，不仅在战场设立救护机构，还于战后在“天策上将府”内继续保持军医制度，拜住持医药事务官员为功曹参军。以后李世民当国，即命地方政府照此设置。李世民除要求军队有自己的医疗队伍外，太医署及地方医疗机构，还需兼及军队医疗工作。李世民创设的这一制度，为历代王朝继承和发展。上述首创，显然有孙思邈一份功劳。
当所有竞争者灰飞烟灭，李唐天下无人再敢问鼎。李世民押着窦建德与王世充一路浩歌，凯旋长安。至此华夏重新归于一统，百姓皆颂李氏父子。
就孙思邈而言，第三次服役军中亦大有获益，尤其治疗外伤之术更为精湛，其中不少为个人独创。在《千金要方·备急》卷中，列有“被打”专辑，计有“论”一首，方九十三首。另有“火疮”专辑，计“论”二首，方七十三首，咒法二首，其中不少为军中服役的额外成果。孙思邈所列诸方，皆简便易行，大都可就地取材。
例如他在“被打”辑中“论”曰：“凡被打损，血闷抢心，气绝不能言，可擘开口，尿中令下咽即醒；又堕落车马，及车辗、木打已死者，以死人安著，以手袖掩其口鼻眼上，一食顷活，眼开，与热小便二升。”
孙思邈所列方子，形式多种。其中一方，为“治从高坠下，及为木石所迮，或因落马，凡伤损血瘀凝积，气绝欲死，无不治之方”。其法是：“取净土五升，蒸令溜分半，以故布数重裹之，以熨病上。勿令大热，恐破肉，冷则易之，取痛止即已。凡有损伤，皆以此法治之，神效。已死不能言者亦活，三十年者亦瘥。”
另有，“当归散——治落马坠车诸伤，腕折臂脚痛不止方”；“竹皮汤——治为兵杖所加，木石所迮，血在胸背及胁中，痛不得气息方”，等等。
因军中被烈火烧伤者屡见不鲜，孙思邈对此自是用心琢磨了一番，终知治疗要诀。这在外行人看来，或许难得理解。孙思邈明白事理之前，也有失错。他曾以冷水洗患者火疮，疼得患者哇哇大叫不说，更徒增治愈难度。再经实证，终有所得。请看其论：
“凡火烧损。慎以冷水洗之，火疮得冷，热气更深转入骨，坏人筋骨，难瘥。初被火烧，急更向火灸，虽大痛强忍之，良久即不痛，神验。治火烧闷绝不识人，以新尿冷饮之，及冷水和蜜饮之；口噤，绞开与之，然后治之。”
孙思邈所集治火疮药方，大都简单而便于操作。如：
“治灸疮痛肿急方：捣灶下黄土，以水和煮令热，渍之。
“治金疮方：烧干梅作炭，捣末之，敷一宿即瘥。亦治被打伤。
“又方：麻叶三斤，以水三斤熟煮，取二升半为一服。
“又方：蚯蚓屎，以水服方寸匕，日三。”
上述内容，均见《千金要方·备急》卷。
该卷还有“治毒箭所中方”“治卒被毒矢方”“治箭镞及刀刃在咽喉、胸膈诸隐处不出方”“治矢在肉中不出方”“治卒为弓弩矢所中不出，或肉中有聚方”“治中射罔箭方”等，更是孙思邈身陷兵乱的重要收获，也是他于兵乱之时挺身而出，替前方将士解难济危的有力证据。
与李氏父子夺得江山相比，孙思邈个人收获或许微不足道。然而千年之后，江山数易其主，孙氏著作却仍在广泛流传。