二人刚从一垛倾斜的墙下钻过，墙即倒塌。眼见一根断梁带着火花就要砸下，孙思邈忙把宫女推开，自己却被断梁所伤，身上也着了火。宫女忙转过身，帮着孙思邈扑灭身上的火苗。他俩就这样相互照顾，在危楼间钻来钻去，终来到昔日禁地御书库。
书库内烟雾浓重，孙思邈呛得睁不开眼。大火早烧上书架，许多书都被烧毁。孙思邈奔向书架抢救珍籍，一边用手掐灭火苗。被抢下的书籍也不完整，有的正在燃烧，有的已烧去大半。周围因纸品居多，火势不仅不减，相反益盛。孙思邈顾不得看书的内容，只拣封皮陈旧的抢下。因知古籍多为旧本，越是古旧越有价值。他还想多抢得一些，却见房门已被火焰封闭。
宫女见状，忙催促道：“快走，屋子会塌。”
“好的，马上出去。”
孙思邈临时捡得一个布袋，一边应着，一边往里装书。一个书架倒在跟前，砸了孙思邈的脚尖。孙思邈未曾顾及，注意力只在书上。烟雾愈浓，呛得他一个劲猛咳，泪水直流。头顶忽然发出一声裂响，宫女猛力将孙思邈推开。却听“啪”的一声，屋子天花板塌下。孙思邈不敢贪心，拉着宫女钻出御书库。他俩前脚刚出，御书库便在身后轰然倒塌。
大火还在燃烧。孙思邈担心宫女安全，不复再入，只望着蹿得老高的火焰叹息。回头清点救出的医学残卷，果有不少价值甚高的典藏，包括那上古所传、难得一见的人体经络图。还有让他高兴者，江南名医徐之才的专著也在其中，包括久负盛名的《逐月养胎方》。
其时，妇人养胎甚是不易，胎死腹中经常发生，有些妇人所怀胎儿，甚至无一存活。先前，孙思邈对胎儿养育知之甚少，每遇此类病症便有些发毛。他还不愿过多与孕妇接近，总感觉有些不好意思。他知养胎药方多以家传，民间难得一见。他此前见过《徐之才逐月养胎方》残本，珍爱之余，颇有遗憾。孙思邈绝没料到，能在这儿找到全本，不由喜道：“天助我也。”
也是在建康地区，孙思邈偶尔听人说起，某公有徐嗣伯治风症诸方。孙思邈一听大喜，马上跟踪寻访，确定属实，当即解囊，倾其所有购得该书，作为随身之宝。因江南为徐氏祖籍所在，有徐氏后人散居建康一带，孙思邈才有此意外收获。他实在高兴这一趟行走，以后在写作专著时，特将徐嗣伯诸方载录。
徐之才家族从医，南北朝时期已相当出名。其族祖居浙江，后多人离开故地，出任南、北各朝命官。该家族从医始自徐熙，先后经徐秋夫——徐叔响、徐道度——徐嗣伯、徐文伯、徐成伯——徐雄、徐践——徐之才、徐之范等辈，共有六十余位载誉史册的名医。故孙思邈对徐氏家族相当推崇。[59]
意外遭遇这一场火灾，孙思邈却有一件憾事：未能救得张丽华性命。他若不入皇宫抢救图书，而是直奔隋军而去，或许能替张丽华辩说一句两句。
晋王杨广也晚了一步，他倒是真不愿张丽华去死。杀害张丽华者，为骠骑将军高颎。高颎个性孤傲，作战是一员猛将，思维却有些偏执。渡江作战开始时，他也盯着陈主宠妃张丽华，却有自己的偏激打算。当张丽华作为俘虏被押解到面前时，高颎命令手下：“将其头发解开。”
几名军士得令，立即将张丽华头发解开。其柔发果如瀑布般飘逸开来，正如众人所传，足足一丈有余。
高颎怪笑着道：“总算找到陈朝亡国祸水了。早听说你以长发蛊惑帝王，致其玩物丧志……”他正在滔滔不绝，杨广所遣的第一个僚属打马飞驶而来：“晋王有令，不许伤害张丽华。”
高颎一愣，随即冷笑：“瞎传指令。她是祸水。押下去！”
张丽华被刀斧手强力按倒，跪于地下。张丽华虽长相漂亮，却软而无力，受此惊吓，两脚早如纸人一般。未及刀斧手举刀，全身便已瘫倒，身子被乱发罩着，似披了一身黑纱。听了隋将军之言，张丽华泪下如雨。刀斧手见此，亦退向一旁，不忍下刀。
这时，杨广又派来一名僚属，骑着骏马边跑边喊：“刀下留人，晋王有令，务必留下张贵妃。”
这使高颎大受刺激，道：“这还了得。快快处斩。”他知杨广个性，定是要将这误国祸水留给自己受用。而高颎却受着爱国心支配，非得将祸水诛灭不可。趁手中还有点权力，不行使后悔莫及。张丽华于是被刀斧手迅速捆绑，倒拖而去。刀斧手稍经犹豫，终于对张丽华举起了屠刀。周围发出一阵惊叫之声，人们不由得朝后倒退。张丽华头颅落地处，只见一团柔软的青丝蠕动。
其实张丽华罪不至死。以杨坚对陈叔宝的宽容态度，更不会将张丽华处以极刑。杨广要留下张丽华尽管有其私欲，却也算救人一命。高颎却过于偏执，硬将亡国之罪归于一个女人。张丽华之死，应为历史上一个良心泯灭的典型事例。或许是怨怨相报，后来高颎也以横死告终。
当大火渐灭，皇宫烧成黑糊糊一片残垣断壁时，孙思邈才想起杨广之嘱。可这时还能向哪儿寻找什么“鞭”？孙思邈记起第一回陷入兵祸时老兵教的避乱之法，决定一走了之，权当战场失踪。孙思邈走出数里，转念一想，这样下去，我不就要长期隐姓埋名，负罪浪迹人间了？不，宁可受晋王鞭打，也不能过那种生活。
孙思邈于是背着一大袋古籍药典，硬着头皮去见杨广。
“启禀晋王，鄙人有罪。”孙思邈一瘸一拐，走进主帅大帐，与杨广刚一照面，赶紧跪下。
“去去，滚蛋。”杨广将手一挥，立即咆哮。
“晋王正烦呢，你添什么乱。”一好心侍者将孙思邈拉开，提醒他道。
“啊，出什么事了？”
“高颎将张贵妃杀了……”
“啊，竟有这事？人命至贵，命重千金哪！”孙思邈脱口而出。这话，以后便成了他两部专著的书名。
孙思邈懂得杨广的个性，知趣地赶忙走开。他明白，正在气头上的杨广，暂时是不会追究他了。孙思邈庆幸得此自由，乃决定暂缓返回，就在东吴地区一边养病，一边行医，一边留心收集各种偏方。
关于孙思邈在这一带的活动情况，同样有当地若干“药王庙”为证。不仅苏州、南通、泰州等东吴古地建有药王庙，距建康（今南京市）不远的上海市，古亦为东吴之地。那名扬四海的城隍庙里，也有药王爷的一席之地。
孙思邈建康之行，在其著作中亦可探得踪迹。前面所说徐嗣伯之治风眩良方，孙思邈极为珍惜，且付诸临床。据孙思邈在《千金要方·小肠腑·风眩第四》中载：对于徐嗣伯诸方，“余业之以来，三十余年，所救活者数十百人，无不瘥矣”。孙思邈写作《千金要方》，年在八十余岁，在陈朝御书库火海中抢救医书时，年近五十。中间相距，恰在三十年上下。如此推算，刚好吻合。
七 如履薄冰 远避皇室是非漩涡
隋开皇九年至仁寿四年（589—604），为南北一统后杨坚当国时期。十余年内，国家稳定，社会安宁，百姓生活逐年富裕。孙思邈在这一时期，蒙杨坚杨坚和皇后独孤伽罗垂青，行走于宫廷与乡野之间，日子同样过得潇洒。他乃有更多精力用于医药，故医术有了更大提高。
然而在平静的水面之下，却有漩涡湍流。孙思邈通过与杨坚父子频繁接触，看出他们父子兄弟之间严重不和，早晚将有生死争斗。孙思邈别无他法，唯求自保，他谨慎地与各人拉开距离，避免偏向一方。
杨坚统一中国后，推行了几大战略措施，影响深远，成效甚巨。
其一，改革机构，重新创制。杨坚即位后，针对以往机构重叠、效率不高的弊端，大刀阔斧实行机构改革，废除不合时宜的北周六官（天、地、春、秋、冬、夏）制度，创建三省，即内史省、门下省、尚书省，以三省为最高政务机构。尚书省内再设吏、民、礼、兵、刑、工六部，每部设尚书一名，总管本部政务。三省六部制的设置，一直沿袭到清朝。他在确立中央机构后，又对地方机构进行改革。废郡，改为州、县二级制。州设刺史，县设县令。
其二，修订新律，重视法治。国家自东汉以来，法治毁弃，法由口出。杨坚决心中止这一乱象，亲自住持制定新律，定名“开皇律”。废除八十一条死罪，一百五十条流罪，千余条徙、杖等酷刑以及灭族等罪名，对犯人的处置取审慎态度，力避草菅人命，减少冤案发生。
其三，实行均田，奖励农耕。杨坚在原来北齐、北周均田制的基础上，颁布“均田令”，继续实行均田制度。均田令规定：丁男、中男受露田（种植五谷）八十亩，永业田二十亩，妇女受露田四十亩。奴婢五口给一亩。永业田不归还，露田在受田者死后归还。杨坚对于庶民，强调轻徭薄赋，鼓励农耕桑麻，发现豪强贵族兼并土地，则坚决予以打击，以保证农民正常生产。
其四，设置粮仓，以备饥荒。隋所设粮仓分官仓、义仓两类，官仓粮储，用以供养军公人员。义仓又称社仓，置于乡间，其储粮由乡人捐纳，以备饥荒时赈济灾民。据相关史料记载，隋朝所储粮食，可供全国六十年之需，直至唐太宗年间还在食用，可见隋朝仓储量之大，超越历代各朝。
其五，征集藏书，复兴文明。隋文帝读书不多，对文化发展却颇看重。他针对汉亡后数百年战乱、文化典籍被焚毁、遗失大半的严酷事实，于开皇三年（583）下诏征集民间藏书，献书一卷赏绢一匹。此举使隋朝藏书量大增，成为中国历史上藏书最多的朝代之一。据估计，隋朝藏书最多时达三十七万余卷，七万七千多类。
其六，兴修水利，功在千秋。杨坚于开皇四年（584）任命宇文恺率众疏浚漕渠，长达一百五十多公里，名为广通渠。此为修建大运河之始，最后完工于杨广时期。大运河凿通后，使黄河、长江流域遂成一体，影响深远，直至当代。
其七，兴建新都，百年奠基。杨坚自开皇二年（582）起，用一年零一个月时间，建设新都大兴城，而保留汉代长安城原貌。大兴城面积为汉长安城的二点四倍，为明清北京城的一点四倍，而比同期拜占庭王国都城大七倍。后来李渊创建唐朝，即以大兴城为都，只将“大兴”二字改为“长安”。
杨坚尽管有如此重大贡献，却于传位方面落下千古败笔。彼时孙思邈虽不能预知未来，却看出杨坚将难免铸成大错。若咎其责，即应由皇上杨坚、皇后独孤伽罗、太子杨勇、晋王杨广共同承担。
皇后独孤伽罗之所以对太子杨勇不满，与元妃之死有关。太子杨勇所娶元妃，乃独孤氏皇后侄女，由皇后亲自挑选。这桩包办婚姻，却不对杨勇口味。结果元妃被长期冷落，最后忧郁而亡。这事本来就令独孤伽罗大为恼火，再立太子妃时，杨勇又与母后尖锐对立，这就给自己埋下祸根。
元妃死后，独孤伽罗即给杨勇重新物色王妃。照独孤氏皇后标准，新王妃必须是太子国政方面的贤内助，生活上的好帮手，一如她对自己的要求。她按这个标准选来选去，皆无中意者，便主张虚位以待。这样当太子固执己见时，母子俩便成了仇人。以致独孤伽罗一日将孙思邈叫去，要他以医家身份作证：杨勇寿短，不宜继嗣大位。这话让孙思邈如何敢说？吓得头重脚轻，险些晕倒。以后每听得皇后召见，他便心惊肉跳。
杨勇也有其责。母后明言王妃暂缺，他却急不可耐，要将最宠幸的爱妾云昭训封为王妃，以便一旦即位，即可让云妃升迁皇后。独孤氏皇后则对云昭训深表厌恶，最主要原因，除怀疑云昭训与杨勇合谋害死元妃外，还痛恨云昭训对国政大事一窍不通，且毫无兴趣，除了玩乐就是玩乐，若长此以往，岂非妲己第二？
杨勇还在父皇面前有重大失策，即很少随同父皇外出巡察。杨坚为此数次发怒，斥道：“不知民情，何以治国？长此以往，枉为太子。”这话已说得很重，杨勇却仍不醒悟。此实为杨勇的不是，云昭训亦有责任。你想独孤伽罗是如何做的？但凡有空，必陪同杨坚四方奔走，既关照杨坚饮食起居，又寻机替他出些主意。
杨勇对母后严厉态度虽有所察觉，却不知其严重后果，只急着等待接位。为此，他甚至偷偷恳求孙思邈卜筮：何日方可取得帝位。这自是极大忌讳，岂不等于盼父皇早死？孙思邈忙将他直往外推，且嘱他务必谨守本分。杨勇还要孙思邈给云妃预测前程，孙思邈更觉无语，只对以“天命难违”，同时默祝那懵懂王妃好自为之。
杨广责任无疑最大，皆因他实施阴谋手段。杨广早就心怀不轨，以重金于禁宫设下伏线，将皇上、皇后对太子的不满言论侦缉得一清二楚。那回侦探得知，杨坚将对晋王府进行暗访。杨广忙将晋王府做一番彻底改造，故意弄得破旧败落，给父皇造成错觉，以为他每日都过着艰苦生活。杨广亲自指挥对后院的掩饰工作，用大块木板将所有窗户钉死，再蒙上粗糙麻布，并命人搬来许多木头，散乱堆放于后院空地。
于是杨坚看到：一座年久失修的门楼，门楼上金粉全褪，油漆木板皆露出本色。院内地上长满杂草，成群鸡鸭在院中觅食。屋宇倾斜，危垣突兀，室内壁挂皆陈旧不堪。侍婢们一个个非丑即老，且穿戴破旧，举止粗俗，让男人们望而生厌。
杨坚还在晋王府内见到另一番情景，即杨广那藏书丰富的书房。屋之宽敞，犹似宫室，四壁书架上皆摆满经典，或为帛书，或为纸质图书，或是一扎扎竹简。厅中摆着一张宽大的写字台，笔墨纸砚皆备，还有展开在读的书卷。任何人表面看去，都会以为屋主乃饱学之士。杨坚将拿起翻开的书卷，命杨广背诵其中章节。杨广因早有准备，背得流利畅达。