——1942年底，日寇对根据地的蚕食扫荡日益加剧，北方局根据中央的指示实行精兵简政，决定华北联大缩编，法政、文艺两院停办，只留教育学院。学校负责人都作了相应的调动，江隆基调任抗大二分校附中校长。报到时抗大二分校校长孙毅找他谈话，才知道他是孙毅向聂荣臻司令员点名要来的。孙毅说：“我请你来，就是要你把全部精力拿出来办好附中，完成好把全校八百多学生转移回延安的任务。”他这才知道，调他来是为了一次更为艰苦的长途行军。与几年前带领陕公学员来根据地有很大的不同：一是这次的学生年龄偏小，大多是十几岁的娃娃；二是行军时间在寒冬腊月，天寒地冻；三是为躲避敌人的封锁线，必得一路北上，绕道长城外的雁门关才能过黄河，其间要翻越几座大山，行军路线三千多里。经过充分准备，八百多名学生编为十二个分队，于1943年2月由第四军分区司令熊伯涛（代号501）和江隆基（代号502）率领，分三路出发。孙毅在送行大会上号召学生“靠自己的双脚去战胜困难，夺取胜利”。江隆基鼓励同学们“把这次行军作为一次学习成绩的大检阅，争取拿到合格的成绩”。同学们则人人意气风发，个个斗志昂扬，不断高呼“到延安去！见毛主席去！”一路艰苦跋涉，还算顺利，不料在通过同蒲铁路封锁线后，在风雪交加中翻越一座被冰雪覆盖的黄草梁时不敢停步，急行军两天一夜，第二天傍晚清点人数，发现一个叫王新耀的孩子被活活冻僵。掩埋尸体时502号首长痛心地说：“王新耀同学不是牺牲在敌人的枪林弹雨之下，也不是倒在敌人的封锁线上，而是在风雪交加的夜晚冻死在黄草梁上。当时，如果有人能劝他不蹲下休息，有人能把他背到山下，他也许死不了。这说明我们当领导的没尽到责任。”4月初，三路队伍渡过黄河在陕北绥德胜利会合，划归军事学院领导。月底到达延安，西北联防军政治部举行了隆重的欢迎大会，朱德、贺龙到会讲话，号召同学们努力学习文化知识和军事知识，时刻准备迎接反攻阶段的到来。之后仍由江隆基带领，带到位于甘肃合水县的抗大七分校才算完成任务。
——1943年5月，江隆基被调回延安，进中央党校参加整风运动。整风运动是1942年毛泽东提出并决定在全党范围内开展的一次马克思主义教育运动，以整顿党风、作风、文风为主要内容。开始阶段和风细雨，参加者都当作一次学习马克思主义、总结经验、提高觉悟、争取更大进步的大好机会。1943年4月中央发出《关于继续开展整风运动的决定》，要求开展群众运动，审查干部，开展反特斗争，并号召有问题的干部坦白交代。时任中共中央学习委员会副主任的康生过高地估计了敌情，提出要“抢救失足者”，把整风运动搞成了“抢救失足者运动”，捕风捉影，普遍怀疑，大搞逼供信，残酷斗争，无情打击，搞得人人自危，人心惶惶。特别是从国统区投奔延安的一些干部和青年学生，因不堪忍受逼供而自杀的事件时有发生。江隆基参加的正是人人自危的审干阶段。他按要求向组织提交了数万字的“自传”，详尽地交代了自己的求学、革命经历以及江氏一门的祖宗三代。祖籍陕南西乡县丰东乡白杨沟，是颇有声望的绅宦之家。曾祖父是抱养的，非江姓血统，创下一份家业；祖父是个穷秀才，因赌博输钱而羞愧自杀；父亲粗通文墨，从先人手里继承了三十亩地，每年收入仅够全家吃喝，但父亲信奉“耕读传家”，一心要供养四个儿子求学上进，所以又兼做生意，初开点心铺，后开茶叶铺，药材铺，经营陕南特产。其所以被称作“名门望族”，是因为他兄弟四人全都大学毕业，在陕南有“白杨沟四进士”的美称。大哥江裕基毕业于日本东京明治大学法律系。三弟江肇基（笔名江丹枫）毕业于北平民国学院新闻系，抗战期间任大公报驻桂林记者，人称“热血记者”，1941年随远征军赴缅甸任随军记者，新华社转载过几篇他写的前线报道，有一首《缅战纪实》的长篇叙事诗，“血流成河尸成堆，暴骨千里无人殓”、“为国捐躯死异域，英雄健儿有何言”的生动描写感动过延安军民。四弟江弘基毕业于北京大学中文系，1938年来延安，先上抗大，后在中组部所办的行政人员训练班任教。1939年母亲病故，弟兄俩总得回去一个奔丧，决定四弟去。分手前，四弟问还回来不？他说根据情况由你定，家里总得有人照料。之后四弟留在西安教书，是个“半世热血男儿，半世桃李园丁”的知识分子。兄弟四人中，最难交代的是与自己一同上小学、中学，又同在日本留学的大哥，小时候相处时间最长，但从自己1931年赴德国留学后再未见过面；1936年回国后得知其在老家西乡师范学校任校长，在国民大会代表选举中当选为汉中区候补代表，去年从报纸上看到被聘为陕西省临时参议会参议员。因多年未见不敢断定他的政治背景，仅根据国民党中统CC在教育界人数多的情况，怀疑大哥可能与CC有联系。他把这疑问写出来，提请组织调查落实。另外有人捕风捉影地提出他留学日德时的党籍问题，怀疑有脱党嫌疑。两件事凑一起，江隆基也成了康生的“抢救”对象，单另关起来接受审查。好在党中央、毛泽东及时发现了“抢救运动”的极“左”倾向，明确指示“停止抢救运动”，毛泽东批示：“一个不杀，大部不抓，是这次反特斗争必须坚持的方针”，限定康生一定要遵守“不冤枉一个好人”的原则。毛泽东还以亲自释放被关押审查的许世友为榜样，开始对错整的同志甄别平反。江隆基也因此顺利过关。
——1947年3月，胡宗南指挥的三十四个旅约二十五万人向陕甘宁边区大举进攻，中央被迫撤出延安。当时江隆基出任陕甘宁边区教育厅副厅长（厅长贺连城是民主人士，年迈多病，实际工作由江主持），教育厅机关也撤到绥德义合镇，驻在那里搞“三忆三查”运动。此项运动搞得很“左”，在某些地方还设了“望蒋台”（按：让审查对象站在烈日下曝晒，促使反省交代问题）。教育厅虽没这么过火，但江是领导，也在主持旷日持久的查出身、查阶级、查立场，直查到祖宗三代，搞得人人自危互有戒心。此时贺龙从晋西北来电，要边区教育厅从解放区各学校中选派一批政治表现好的女学生，补充部队的卫生员。江隆基感到总算有了具体工作可干，立即着手完成，但由于国民党的进攻，学校大都放了假，难度很大。不料此事有人打了小报告，传到贺龙耳朵里，竟成了“江隆基不愿给人，尤其不愿给好的女生”。贺龙火冒三丈，当即骂道：“像江隆基这样的干部，白送我我也不要！”后来过黄河亲自找到江，一见面就指鼻子骂娘：“妈那个×，你就叫个江隆基？老子在前方打仗，要几个女学生你有什么理由不给？”
这番骂娘的结果是，江隆基由“三查”领导者变成被查的对象，又开始交代他的祖宗三代、社会关系。“抢救运动”中都交代清楚了，按说没有可查的了，不料大哥又给他带来新的麻烦。他从延安新华社发的“参考消息”上得知，大哥1946年在国民党省党部闹过竞选国大代表的丑剧，他当即报吿了陕甘宁边区书记习仲勋请查，算不得隐瞒，但在这次“三查”中二十多天难以“过关”。
当时实行供给制。运动中实行饭桌上贴条、对号入座的就餐办法。伙管员文化不高却对搞政治运动颇有“创造性”，凡过了“关”的用红纸条写上大名，给吃较好的饭食；未过“关”的贴白纸条，吃粗糙的高粱稀粥，迫使“老实交代”。这种做法究其实还是“望蒋台”那一套。江隆基每每来到饭桌前，望着白条遭着白眼，心里蒙受着委屈，嘴里却不做任何解释，默默地承受着这种侮辱人格的做法。
习仲勋过问选派卫生员的事，他便借机发了几句牢骚，说贺龙司令偏听偏信，社会关系又没查清，既然组织不相信，请求把我下放到敌后去接受考验好不好？之后习仲勋向毛泽东作了如实反映。毛召见贺龙时批评说：“好个贺胡子，你还查人家的祖家三代哩？我只查你贺龙一代，就是大地主，你信不信？”生性爽直的贺龙当即向毛主席保证，知错改错，返回前线途经绥德时，专门向江隆基当面做了道歉。
这一次，是毛泽东直接解救了江隆基的困危。
江隆基在延安工作十三年，对毛泽东的认识既有理性的又有感性的。那时他的判断是，毛泽东对“左倾”路线是深恶痛绝的，断定毛不会犯“左”的错误。
1957年2月，毛泽东在最高国务会议上发表《关于正确处理人民内部矛盾问题》的重要讲话。5月1日，《人民日报》全文发表中共中央《关于整风运动的指示》，在全党范围内开展以反对官僚主义、宗派主义、主观主义为基本内容的开门整风运动。
北大师生开始大鸣大放，帮党整风。北大自蔡元培时代就有“思想自由，兼容并包”的传统，燕大也有《圣经》上的话“因真理得自由而服务”作校训，以两校的校风，开展这样的运动发动群众并不难；难的是领导。鸣放一开始就呈燎原之势，髙涨的热情难以遏制。江隆基被推到风口浪尖上。这位参加过也领导过许多次政治运动的老党员、老干部此时深感力不从心，水平不够，他没日没夜地钻研中央精神，贯彻上级意图，又不无忧虑地关注着北大的角角落落。任怎么绞尽脑汁地“运筹帷幄”，也难以决胜于“未名湖畔”。在这个炎热的夏季里，北京大学就像在大风大浪里左摇右晃的航船，底舱里不时地起火冒水，素来以稳健持重见长的江隆基乱了方寸，显得浮躁不安。随便伸手一抹，就掉一撮头发，真是“人老一时，麦黄一晌”啊！
教职工的鸣放，基本上在党委的部署下进行。5月初，学校召开一百五十人座谈会，时间长达一星期，参加者有党内外各个方面的代表，知名教授基本上都到会了。20日以后，又分三组集中进行。大会小会套在一起开，充分做到了畅所欲言，各抒己见，知无不言，言无不尽，对学校领导的官僚主义、宗派主义、教条主义提出了尖锐的批评。仅据5月12日校刊整理发表的内容提要，就有：
——学校机关化，衙门化：“多的是官僚主义，少的是学术空气”，“行政主义”，“不是尊重学术，而是重视头衔”，“职责不明，权限不清”，“髙髙在上，不深入群众”，“校委会不起作用”等等；
——领导教学与科学研究中存在着严重的教条主义与形式主义：“领导不深入，不具体”，“党似乎还在地下工作”，“大学的性质任务不明确”，“学习苏联有一边倒的倾向”，“过去胡适提全盘西化是荒谬，今天全盘苏化也是愚蠢”，“领导工作没有创造性”，“没有认真贯彻民主集中制原则”等等；
——尊重信任教师不够：“中国不是没有专家，而是没有发挥作用”，“照顾高级知识分子不应太看重物质待遇一方面，更重要的是给他们科学研究的时间、环境和资料”等等；
——党群关系不正常：“人民内部矛盾主要的是党群关系”，“群众对党员存在疑惧和敬而远之的心理”，“人事制度搞‘儒林内史’”，“年轻党员不宜居领导地位”等等；
——北大从上到下骄傲自大思想严重，有“大校主义”：“泛滥着理论脱离实践的空气”，“缺乏艰苦奋斗精神”，“轻视职工”，“思想工作落后，党委应负主要责任”等等。
在这些广泛而尖锐的批评中，有些是直接针对校领导的，如说马寅初“是个花瓶”；对江隆基的则更多，如“一些领导同志完全不参加教学和科学研究的劳动，不知道教学和科学研究的甘苦，不掌握教学和科学研究的基本规律”，“缺乏自我批评的精神”等。校刊上发表了一篇学生写的《回忆鼓掌有感》，说的是江隆基去学生食堂察看学生进餐的情况，时间仅五分钟，而学生当作“外宾”，用“隆重而热烈”的掌声欢迎。这位学生用辛辣而调侃的杂文笔法写道：“可见校首长和我们的关系是有点妙不可言的”，“请问校首长们对这些掌声有何感想？怎样消受？”
还有学生在怀念江隆基的文章中写过这样一件事，内容是：1956年在大饭厅举行元旦联欢晚会，先演节目，后跳交谊舞，气氛欢快热烈。新年的钟声响了，激动人心的时刻来临，马、江校长来到现场向同学们祝贺新年，大家便停下舞步聆听校领导的团拜祝词。马校长只一句话：“我年近八十，向同学们拜年！”报之以热烈的掌声。江校长也情绪激昂地向大家祝贺了新年，同学们同样报以热烈的掌声。同学以为团拜就此结束，正要乘兴跳舞而且准备跳它个通宵，且慢，江校长还有话：“目前国际形势一派大好，社会主义阵营……”这才正式发表他精心准备的“新年祝词”。十分钟过去了，国际形势没有结束；二十分钟过去了，国内形势刚刚开头；半小时过去了，才谈到北大……江校长“热情洋溢、周密详尽、声韵铿锵”、“气势如虹”的新年祝词连平常爱听他讲话的同学“也有点忍不住了，轻轻跺脚驱寒者有之，交头接耳者有之，来回窜动者有之，悄悄退场者有之，总之，大饭厅有点乱哄哄的了”。“整整四十分钟！江校长于浑然不觉中幽了大家一默！”