从水利电力部于1965年1月18日写给国务院的《黄河治理和三门峡问题的报告》中细细搜阅，可以略见端倪：“1954年，我们请苏联专家来帮助做治黄规划……在历史上，中国人希望黄河清，但是实现不了。苏联专家说，水土保持加拦泥库，可以叫黄河清。”苏联没有一条像黄河这样的多泥沙的河流，黄河在中国是中国的河，千百年来黄河的功过、治水的艰难与成败，只有中国人才能最深切地体会，可是苏联专家一句话，黄河顿时要变清了。水利电力部的报告接着说：“于是，历史上定不了案的问题，一下都定案了。例如三门峡修坝的问题，日本人研究过，国民党研究过，解放后研究过，都不敢定案，但是苏联专家说行，我们就定案了。”回到1955年7月18日第一届全国人民代表大会第二次会议上通过的《关于根治黄河水害和开发黄河水利的综合规划的报告》，有关水土保持的一段话是这样说的：“国民党政府在1946年请来的美国顾问雷巴德、萨凡奇、葛罗同，在他们所作的《治理黄河初步报告》中，虽然承认水土保持工作的重要，却认为以之推行于整个区域而生效，需时或将数百年。这不能不叫人想起周朝的人早就说过的话：俟河之清，人寿几何！但是现在我们不需要几百年，只需要几十年，就可以看到水土保持工作在整个黄土区域生效；并且只要6年，在三门峡水库完成以后，就可以看到黄河下游的河水基本变清。我们在座的各位代表和全国人民，不要多久就可以在黄河下游看到几千年来人民所梦想的这一天一看到黄河清。”掌声雷动，报告获得一致通过。
这掌声雷动，如今想来，却多少有点辛酸的意味了：三门峡工程一波三折，黄河怎么可能变清？在中国要想博得掌声并不难，掌声是拍巴掌拍出来的，也可以一巴掌打将过去，或者竟是捏成拳头，挥拳猛击致人死地。什么时候，我们不再击倒黄万里这样的书生，而同时又将掌声给予科学及民主决策时，中国肯定要富强许多、美丽许多。
对于国家赖以立足生存的国土和耕地而言，水土保持是至关重要的，这是我们这一代人及以后的几代人、几十代人，世世代代都要为之努力的，却又万万不能急功近利，违背科学，无视中国黄土高原黄土自身不可改变的特点，以及种树种草的艰难。因而关心三门峡的人都会提出一个相同的问题：当时修筑大坝的科学家依据的是什么科学原理？在向苏联方面提出的《技术任务书》里，中方给出的关于水土保护减少泥沙的数据是：到1967年末可减少50，50年之后减少100。就连对黄河泥沙不甚了然的苏联老大哥也惊讶了，分别把1967年末沙减少量及50年后沙减少量改为20及50；。
这就是下游六年，黄土区几十年就可以“黄河清”的来历！黄河清了吗？没有，相反，陕西泥沙日积、灾难日重，那里的地方官在忍无可忍之下，绕过周恩来径向毛泽东告状。毛泽东急了：“三门峡不行就把它炸掉！”1962年4月第二届全国人民代表大会第三次会议上，陕西代表组提出的第148号提案说：“三门峡大坝自1958年12月至1961年11月拦洪以来，水库淤积量共约20亿吨（包括塌岸18亿吨），潼关以上约占6亿吨。其中1960年9月蓄水以后至1961年11月，来沙163亿吨，淤积在库内的泥沙占来沙量的94。库区周围340米高程上下，地下水位普遍上升，根据调查观察，在335米以上农田浸没面积已达47万亩，1961年比蓄水前扩大了24万亩。农作物产量下降，部分地区果树已开始发生死亡……”时至1962年，神话一般的“黄河清”没有人再提了，三门峡水库的运行由初定的“拦蓄上游全部来沙”改为“滞洪排沙”，此后淤积有所减缓。但因泄水洞底槛太高，泄洪流量太小，“翘尾巴”式的淤积继续向上游发展，潼关河床抬高，渭河、洛河、黄河的淤积灾情发生连锁反应。陕西省的人大代表不得不提出：汛前库区坝前水位降到315米以下，泄洪闸门全部开启并研究增设泄洪排沙措施。这就是让黄河连同它挟带的泥沙流得畅快一些，流出去，流下去，倘不，“翘尾巴”式的淤积将要毁掉关中平原及西安！看来，黄河只能以黄河的方式流动。
到1964年，三门峡大坝修成之日便是灾难开始之时。大坝的改建便迫在眉睫了。1964年12月18日，周恩来在治理会议上讲话时反复强调：“要回答五年内怎么办这个问题。”因为“五年已淤成这个样子，如不改建，再过五年，水库淤满后遇上洪水”怎么办？面对维持三门峡原状的一种意见，周恩来说：“但是，五年之内能不能把上中游水土保住？绝不可能！要求在五年内把西北高原的水土保住，我看砍了头也没办法。要叫我去，也不能接受这个任务，因为这是不可能办到的。”（《周恩来选集》下卷）周恩来甚至还这样说：“实施水土保持和拦泥库的方案还遥远得很，五年之内国家哪有这么多投资来搞水土保持和拦泥库，哪能完成这么多工程。那样，上游动不了，下游又不动，还有什么出路！”焦虑焦急，溢于言表。
于是三门峡工程改建的“两洞四管”方案确立。改建的四条钢管于1966年7月投人运用，增建的两个隧洞分别于1967年8月、1968年8月建成，水库淤积开始减缓，排沙能力依然不足，潼关以上河床“翘尾巴”淤积还在继续。
这时候，黄万里在做什么呢？他还在清华教书，头戴“右冠”，降薪降级，边改造边工作。1960至1961年为三年自然灾害期间，有“庚子腹饥”的深切体验，黄万里全家“就阶前三分地种玉米、南瓜”，“技限于此，然获温饱”，“是冬共两儿扛粪3000斤沤渍”。这一切均记录在他的诗作《右冠残草》中。黄万里并没有耿耿于怀头顶上的“右冠”，如同那个年代不少清贫的知识分子一样，他不得不在“曲突移薪”之后，为一家生计温饱着想。读先生此一时期的诗作，在清明、坦荡中别有一番风味：
狂士何尝梦吱肉，素餐己自对群慚。
曲突移薪肯笑谈。
会须躬稼力耕芟。
待种春蔬盼翠尖。
平生效世诚微小，衣望暖，食求甘，早翻圃土迎阳照，《鹧鸪天，隔秋翻土》古柳衰杨枝叶布，却蔽畦蔬光照路，编得藩篱磐石固，遥望四周连理树，春蕤肯荫花香处，应划除，好留满圃阳和住。
隙微刺锐拦鸡兔，君莫虑，春风会面吾国度。
《渔家傲，斫枝圈篱》黄万里悠悠然在三分地里耕种，是苦中作乐呢？还是家传的耕读本色？在《小圃夏景》题后，先生写道：“夏初蔬菜既收，即种玉米、黄豆、芋苕、南瓜等，及八月满圃葳蕤。余赤背负耜，且耕且晡其间，飘飘然几不知尚寓形宇内也。”为求温饱，书生种地，所“晡”何为？他写道：“形可役心，称以习勤，顺运而终始苞实累，有粉向须吹，看茎高，棒株雄伟思蜂蝶为媒，无心撮合，吾今存意全美。笑东陵，落魄种瓜时。犹自觉，青门有余悲委我心，休计毁誉，种瓜应得瓜实，他事东流水。”1961年3月，黄万里“奉命在密云劳动，与昌黎民工同居同食同劳，所居半自地下掘土筑成，及次年再去，已荒废难寻，追思前后，不禁慨然。”黄万里怎么能忘记黄河呢？劳动改造也好，种瓜种豆也好，挥之不去的是缠绕他毕生的黄河情结。三门峡工程既成，其泥沙淤积的后果一切如他预料，事实证明黄万里是正确的，黄万里却一点也高兴不起来，他的被证明为正确，是以潼关告急、秦川陆沉、民不聊生为代价的。况且，有关部门、三门峡工程的主事者从来就没有说过，黄万里是对的。那岂不是给右派平反？那岂不是说一贯正确的自己错了？
1962年8月，“闻黄河中游淤塞，三门峡水库不能蓄水，一如当年愚言，怅惘之余，诠次为七言长句。”黄万里写了《念黄河》。1963年8月，“癸卯伏雨，闭户披览各家改建三门峡坝工意见，顿起无穷之虑，怅望禹功，泪垂无已。”黄万里又写了《哀黄河》。
这两首长诗语意婉切，境界高远，论黄河，说水利，志在治黄强国利民，而不是为自己作丝毫辩解。有河之水，有科学在，何须辩解？只是“莫教碧眼笑千秋，莫使禹功坠如此”而已！依笔者的猜度，黄万里在忧心如焚中还有一种等待，等待有人征询他的意见，等待历史会给他一次挽狂澜于既倒的机会！毕竟他是当年唯一一个对三门峡工程的错误设计据理力争的人啊！有一种等待是无望的。