马寅初的《新人口论》是对中国传统的“广土众民”人口思想的挑战，也是对当日盛行的“人多是好事”的人口观的质疑。马寅初考察中国人口问题多年，他竖信中国当日面临着人口自身的生产与资金之间的曰益尖锐的矛盾。新政权建立后由于就业机会增多，生活改善导致青年成婚人数激增，相对改善提髙的生活条件与多子多福等封建思想传统结成联盟造出的结果，便是过髙过快的人口自然增长率。马寅初据此提出必须有效地控制人口，他痛切地警告世人：如任其自流，其后果将严重影响社会的发展和进步。
但是，马寅初的忠言直谏得到的回报却是无休止的、愈演愈烈的批判运动，直至他被迫辞去校长职务为止。一篇评介马寅初的文章，不无感慨地这样说：“不论新人口论的目的多么崇髙，也不论其内容多么坚实、科学，更不论持论者多么痛切勇敢，三十年前能够并敢于听取这科学之声的耳朵还太少了。这固然说明创造这种耳朵、听取这逆耳之言、并冷静客观地理解它还需要时间，但这里显然还有更潜在的根源。首先是民主问题。”
1958年5月在有关当局的策动下，开始讨伐“新人口论”和马寅初。数万人参与批判，发表的批判文章计达58篇。马寅初最后发表的文章是《重申我的请求》，其中说：“我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单枪匹马，出来应战，直至战死为止，决不向专以力压服不以理说服的那种批判者们投降。”自此以后，他失去了言论自由，被禁止发表文章。马寅初在旧社会曾有过被迫沉默的时期，那只是1943、1944两年。这是他的第二次被迫沉默，但这次沉默期的时间是上一次的10倍，长达20年之久。
我们从马寅初身上看到了活生生的北大精神，不仅以他那卓然自立的、先于时代的独立思考，而且以他不屈不挠的抗争精神，以他坚定的人格。他曾在题为《北大之精神》的演讲中说过：
回忆母校自蔡先生执掌校务以来，力图改革，五四运动，打倒卖国贼，作人民思想之先导。此种虽斧钺加身毫无顾忌之精神，国家可灭亡，而此精神当永久不死。既有精神必有主义，所谓北大主义者，即牺牲主义也。服务于国家社会，不顾一己之私利，勇敢直前，以达其至高之鹊的。马寅初正是以这样的“北大精神”面对自己所承受的现实苦难。他在沉默的最初几年，以八十多岁的高龄发愤著《农书》百万字。不幸的是，他遇到了一场范围更广泛的灾难，他为了使此书免于沦落，“文革”中亲手焚烧了它。下面这篇短稿记载了这位文化巨人的深沉的悲愤——
一九六五年岁末，马寅初已经将他的一百多万字的《农书》初稿写完，而且还从头到尾作了一次修改。
一九六六年，在中国的大地上，突然降临和燃起了“文化大革命”的灾难之火。
马寅初听家人、亲戚对他讲红卫兵到处抄家、打人的事情，就觉得真可怕，就觉得这一次真是“秀才遇上兵，有理讲不清”了，很可能要大难临头。
开始，马寅初对红卫兵抄家，还是一般地担心害怕。深秋的一天，当他从子女那里听到红卫兵已经到他的好友邵力子、张治中家里转了几困之后，就更加害怕起来，甚至做了一场恶梦。
几天后，马寅初就毅然作出决定：与其等着让别人来抄家破四旧，还不如自己动手为好。
“现在我向大家说一件事情”，一天早饭后，马寅初让家里人都来到客厅说：“近来我一直在反复思考，但又犹豫不决的一件事情，现在终于决定下来。这样做，虽然十分可惜，又非常痛苦，但不这样做，又有什么办法呢？今天，你们大家都不要出去，也不要去干别的事情，我们全家自己动手来破‘四旧’……”
于是，多年来，国内外的朋友送给马寅初的各种各样的花瓶、瓷器和玉器制品被捧碎，当作垃圾处理了，家中的许多皮鞋以及款式新颖的衣服均被锯掉鞋底和剪成碎片送进锅炉炉膛烧掉了。
马寅初的那个绿色的保险拒也被打开了，里边珍藏着毛泽东、周恩来、陈云等党和国家领导人给他的亲笔信件，何香凝等许多著名书画家送给他的字画，还有他多年积累的有关中国和世界的许多经济方面的珍贵资料，等等，等等，都被拿出送进炉膛。
他的那部用数十年心血研究并写成的近百万字的《农书》，那个由十卷手稿堆放满的藤箱子，也被抬到锅炉房，一卷一卷送进炉膛化成了灰烬。
由于周总理的关怀，在“文化大革命”中，马寅初的家免遭了查抄和浩劫，马寅初本人也未受到大规模的批斗和皮肉之苦。但那些化作灰烬的信件、字画、资料，连同他的《农书》的手鴇，成了他永久的遗憾！这也是一个学者终生的遗憾。在一般人都在欢呼颂扬的“盛世”发出危言，可是“盛世”却不能容忍这样独立思考的“异端”。科学精神受到了愚昧和专横的反击。这种野蛮对于文明、无知，对于科学的反动，虽曰造出了无数个人乃至全社会的灾难，但反转来，却是对于颠狂时代的无情的嘲讽。马寅初80高龄亲手焚毁《农书》的行动，让我们想起历史上许多悲烈之士的焚稿断琴！历史最严厉地惩罚了无知的专权，它对于一意妄为回报的是无法扼制的滚滚而来的人口洪流——这是本世纪中国无视科学导致的一次空前的灾难。
永远的北大精神
而马寅初终于在这样的灾难中完成了自己。他既是悲剧的象征，也是力量的象征。作为个人，他在苦难的忍受和抗争中成为强者。他把他毕生所崇尚的“北大精神”予以完好地展现——当然，这种展现是极其悲壮的。但历史终于补偿了他，他活到101岁，终于在他活着的时候，历史能够有机会向他道歉。1982年5月10日下午5时，这位勇敢而智慧的老人终于告别了他为之争取、抗争也因而饱尝了苦痛的世界。
从孙家鼐到严复，从蔡元培到胡适，再延伸到从上一个世纪末一直活到本世纪80年代谢世的马寅初，这些与京师大学堂和北京大学名字相关联的是一些独立的和智慧的人。他们的名字连成一串，展示了近百年的中国文化精神，也展示着这所大学所具有的特殊品质。本书作者在一篇文章中曾为这座校园写下了这样一些话，这些可以用来概括和纪念1898年梦想改变中国命运而成立的京师大学堂这棵常青树所结出的精神之硕果：
这真是一块圣地。数十年来这里成长着中国几代最优秀的学者。丰博的学识，闪光的才智，庄严无畏的独立思想，这一切又与先于天下的严峻思考，耿介不阿的人格操守以及勇锐的抗争精神相结合。这更是一种精神合成的魅力。科学与民主是未经确认却是事实上的北大校训。二者作为刚柔结合的象征，构成了北大的精神支柱。把这座校园作为一种文化和精神现象加以考察，便可发现科学和民主作为北大精神支柱无所不在的影响。正是它，生发了北大恒久长存的对于人类自由境界和社会民主的渴望与追求。
这是一片自由的乡土。从上个世纪末叶到如今，近百年间中国社会的痛苦和追求，都在这里得到积聚和呈现。沉沉暗夜中的古大陆，这校园中青春的精魂曾为之点燃昭示理想的火炬。一代又一代的中国学者，从这里眺望世界，用批判的目光审度漫漫的封建长夜，以坚毅的、顽强的、几乎是前仆后继的精神，在这片落后的国土上传播文明的种子。近百年来这种奋斗无一例外地受到阻扼。这里生生不息地爆发抗争。北大人的呐喊举世闻名。这呐喊代表了民众的心声。阻扼使北大人遗传了沉重的忧患。于是，你可以看到一代又一代人的沉思的面孔总有一种悲壮和忧愤。北大魂一中国魂在这里生长，这校园是永远的。