崇祯的心中十分焦急，感到开封的事确实要紧。万一开封失守，局势将不堪设想。他也明白开封的存亡，比田妃的病和陈新甲的事，要紧得多。他的思想混乱，在心中断断续续地说：
开封被围，真是要命……啊，开封！开封！……侯恂已到了黄河北岸，难道……竟然一筹莫展？田妃的病情到了立秋以后，更加不好，很明显地一天比一天接近死亡。据太医们说，看来拖不到八月了。在三个月前，崇祯接受太医院使的暗中建议和皇后的敦促，命工部立即在钦天监所择定的地方和山向为田妃修建坟墓，由京营兵拨一千人帮助工部衙门所募的工匠役夫。如今因田妃病情垂危，工部营缮司郎中亲自住在工地，日夜督工修筑。田妃所需寿衣，正在由宫内针工局赶办。直到这时，崇祯对救活田妃仍抱着一线希望。他继续申斥太医们没有尽心，继续向能医治田皇贵妃沉疴的江湖异人和草野医生悬出重赏，继续传旨僧道录司督促全京城僧、道们日夜为田妃诵经，继续命宣武门内天主堂西人传教士和中国的信教男女为田妃虔诚祈祷，而他自己也经常去南宫或去大高玄殿或英华殿拈香许愿……崇祯皇帝在这样笼罩着愁云惨雾的日子里，陈新甲的问题又必须赶快解决。近半个多月来，有不少朝臣，包括首辅周延儒在内，都上疏救陈新甲。许多人开始从大局着眼：目前对满洲无任何良策，而中原又正在糜烂，中枢易人，已经很为失计，倘再杀掉陈新甲，将会使知兵的大臣们从此寒心，视兵部为危途。朝臣中许多人都明白对满洲和议是出自上意，陈新甲只是秉承赛旨办事。他们还认为和议虽是下策，但毕竟胜于无策。倘若崇须在这时候将陈新甲从轻发落，虽然仍会有几个言官上疏争论，但也可以不了了之。无奈他想到陈新甲在奉旨回话的疏中说出和议是奉密旨行事，使他十分痛恨。陈新甲的奏疏他已经留中，还可以销毁，可是如果让陈新甲活下去，就会使别人相信陈新甲果是遵照密旨行事，而且陈新甲还会说出来事情的曲折经过。所以当朝议多数要救陈新甲时，崇祯反而决心杀陈新甲，而且要快杀，越快越好。
到了七月中旬，刑部已经三次将定谳呈给崇祯，都没有定为死罪，按照《大明律》，不管如何加重处罪，都没有可死之款。崇祯将首辅周延儒、刑部尚书和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召进乾清宫正殿，在地上跪了一片。他厉声问道：
朕原叫刑部议陈新甲之罪，因见议罪过轻，才叫三法司会审。不料你们仍旧量刑过轻，显然是互为朋比，共谋包庇陈新甲，置祖宗大法于不顾。三法司大臣如此姑息养奸，难道以为朕不能治尔等之罪？刑部尚书声音战栗地说：请陛下息怒！臣等谨按《大明律》，本兵亲自丢失重要城寨者可斩，而陈新甲无此罪。故臣等……崇祯怒喝道：胡说！陈新甲他罪姑且不论，他连失洛阳、襄阳，福王与襄王等亲藩七人被贼杀害，难道不更甚于失陷城寨么？难道不该斩么？左都御史战栗说：虽然……崇祯将御案一拍，说：不许你们再为陈新甲乞饶，速下去按两次失陷藩封议罪！下去！首辅周延儒跪下说：请陛下息怒。按律，敌兵不薄城……崇祯截断说：连陷七亲藩，不甚于敌兵薄城？先生勿言！三法司大臣们叩头退出，重新会议。虽然他们知皇上决心要杀陈新甲，但是他们仍希望皇上有回心转意时侯，于是定为斩监候，呈报皇上钦批。崇祯提起朱笔，批了立决二字。京师臣民闻知此事，又一次舆论哗然，但没有人敢将真正的舆论传进宫中。
七月十六日，天气阴沉。因为田妃病危，一清早就从英华殿传出来为田妃诵经祈攘时敲的木鱼和钟、磐声，传人乾清宫。崇祯心重如铅，照例五更拜天，然后上朝，下朝。这天上午，他接到从全国各地来的许多紧急文书，其中有侯恂从封丘来的一封密奏。他昨夜睡眠很少，实在困倦，颓然靠在龙椅上，命王承恩跪在面前，先将侯恂的密疏读给他听。
新任督师侯恂在疏中先写了十五年来剿贼常常挫败的原因，接着分析了河南的目前形势。他认为全河南省十分已失陷七八，河南已不可救，开封也不可救。他说，目前的中原已经不再是天下腹心，而是一片糜破之区；救周王固然要紧，但是救皇上的整个社稷尤其要紧。他大胆建议舍弃河南和开封，命保定巡抚杨进和山东巡抚王永吉防守黄河，使贼不得过河往北；命凤阳巡抚马士英和淮徐巡抚史可法挡住贼不能往南；命陕西、三边总督孙传庭守住潼关，使贼不得往西；他本人驰赴襄阳，率领左良玉固守荆襄，以断流贼奔窜之路。中原赤地千里，人烟断绝，莫说贼声称有百万之众，就拿有五十万人和十万骡马说，将没法活下去。曹操一支看出李自成有兼并之心，暗中猜疑，有了二心，袁时中的人马，已经离开李自成，变为敌人。我方当利用机会从中离间，贼必内里生变，不攻自溃。为今之计，只能如此。……崇祯听到这里，不由得骂道：屁话！全是屁话！下边还说些什么？王承恩看着奏疏回答：他请求皇爷准他不驻在封丘，驰赴左良玉军中，就近指挥左良玉。崇祯冷笑说：在封丘他是督师，住在左良玉军中就成了左良玉的一位高等食客，全无作用！就摆手不让再读下去，问道：今日斩陈新甲么？是，今日午时出斩。何人监斩？三法司堂官共同监斩。京师臣民对斩陈新甲有何议论？王承恩事先受王德化嘱咐，不许使皇上生气，赶快回答说：听说京师臣民都称颂皇爷是千古英主，可以为万世帝王楷模。崇祯挥退王承恩，赶快乘辇去南宫为田妃祈攘。快到中午时候，他已经在佛坛前烧过香，正准备往道坛烧香，抬头望望日影，心里说：陈新甲到行刑的时候了。回想着几年来他将陈新甲倚为心腹，密谋款议，今后将不会再有第二个陈新甲了，心中不免有点惋惜。但是一转念想到陈新甲泄露了密诏，成为他的盛德之累，那一点惋惜的心情顿然消失。
当他正往道坛走去时候，忽然坤宁宫一名年轻太监奉皇后之命急急忙忙地奔来，在他的脚前跪下，喘着气说：
启奏皇爷，奴婢奉皇后懿旨……崇祯的脸色一变，赶快问：是承乾宫……是，皇爷，恕奴婢死罪，承乾官田娘娘不好了，请皇爷立刻回宫。崇祯满心悲痛，几乎忍不住大哭起来。他扶住一个太监的肩膀，使自己不要倒下去，自言自语地喃喃说：
我早知道会有这一天……崇祯立刻流着泪乘辇回宫，一进东华门就开始抽咽。来到承乾宫，遇见该宫正要奔往南宫去的太监。知道田妃已死，他不禁以袖掩面，悲痛呜咽。
田妃的尸体已经被移到寝宫正间，用较素净的锦被覆盖，脸上盖着纯素白绸。田妃所生的皇子、皇女，阖宫太监和宫女，来不及穿孝，临时用白绸条缠在发上，跪在地上痛哭。承乾宫掌事太监吴忠率领一部分太监在承乾门内跪着接驾。崇祯哭着下辇，由太监搀扶着，一边哭一边踉跄地向里走去。檐前鎏金亮架的鹦鹉发出凄然叫声：圣驾到！但声音很低，被哭声掩盖，几乎没人听见。崇祯到了停尸的地方，嚎陶大哭。
为着皇贵妃之丧，崇祯辍朝五日。从此以后，他照旧上朝，省阅文书，早起晚睡，辛辛勤勤，在明朝永乐以后的历代皇帝中十分少有。但是他常常不思饮食，精神恍惚，在宫中对空自语，或者默默垂泪。到了七月将尽，连日阴云惨雾，秋雨浙沥。每到静夜，他坐在御案前省阅文书，实在困倦，不免打盹，迷迷糊糊，仿佛看见田妃就在面前，走动时仍然像平日体态轻盈，似乎还听见她环佩丁冬。他猛然睁开眼睛，伤心四顾，只看见御案上烛影摇晃，盘龙柱子边宫灯昏黄，香炉中青烟袅袅，却不见田妃的影子消失何处。他似乎听见环佩声消失在窗外，但仔细一听，只有乾清宫高檐下的铁马不住地响动，还有不紧不慢的风声雨声不断。
一连三夜，他在养德斋中都做了噩梦。第一夜他梦见了杨嗣昌跪在他的面前，胡须和双鬓斑白。他的心中难过，问道：
卿离京时，胡须是黑的，鬓边无白发。今日见卿，何以老得如此？杨嗣昌神情愁惨，回答说：臣两年的军中日月，皇上何能尽悉。将骄兵情，人各为己，全不以国家安危为重。臣以督师辅臣之尊，指挥不灵，欲战不能，欲守不可。身在军中，心驰朝廷，日日忧谗畏忌……崇祯说：朕全知道，卿不用说了。朕要问卿，目前局势更加猖撅，如火燎原，卿有何善策，速速说出！襄阳要紧，不可丢失。襄阳有左良玉驻守，可以无忧。目前河南糜烂，开封被围日久，城中已经绝粮。卿有何善策？襄阳要紧，要紧。卿不必再提襄阳的事。去年襄阳失守，罪不在卿。卿在四川，几次驰檄襄阳道张克俭与知府王述曾，一再嘱咐襄阳要紧，不可疏忽。无奈他们……突然在乾清宫的屋脊上响个炸雷，然后隆隆的雷声滚向午门。崇祯被雷声惊醒，梦中的情形犹能记忆。他想了一阵，叹口气说：
近来仍有一二朝臣攻击嗣昌失守襄阳之罪，他是来向朕辩冤！第二天夜里他梦见田妃，仍像两年前那样美艳，在他的面前轻盈地走动，不知在忙着什么。他叫她，她回眸一笑，似有淡淡哀愁，不来他的身边，也不停止忙碌。他看左右无人，扑上去要将她搂在怀里。但是她身子轻飘地一闪，使他扑了个空。他连扑三次，都被她躲闪开了。他忽然想起来她已死去，不禁失声痛哭，从梦中哭醒。
遵照皇后懿旨，魏清慧每夜带一个宫女在养德斋的外间值夜。她于睡意矇眬中被崇祯的哭声惊醒，赶快进来，跪在御榻前边劝道：
皇爷，请不要这样悲苦。陛下这样悲苦，伤了御体，田娘娘在九泉下也难安眠。崇祯又硬咽片刻，问道；眼下什么时候？还没有交四更，皇爷。夜间有没有新到的紧急军情文书？皇爷三更时刚刚睡下，有从河南来的一封十万火急的军情文书，司礼监王公公为着皇爷御体要紧，不要奴婢叫醒皇爷，放在乾清宫西暖阁的御案上。去，给我取来！皇爷，请不必急着看那种军情文书，休息御体要紧。皇后一再面谕奴婢……崇祯截住她说：算啦，你休息去吧。他不敢看河南的军情文书，明知看了也没有办法。等魏清慧退出以后，他闭起眼睛，强迫自己人睡，却再也不能人睡，听着窗外的风声、雨声、养德斋檐角铃声，一忽儿想着河南和开封，一忽儿想到关外……第三天夜间，他先梦见薛国观，对他只是冷笑，不知是什么意思。他吓得出了一身冷汗醒了。第二次人睡以后，他梦见陈新甲跪在他的面前，不住流泪。他也心中难过，说道：
卿死得冤枉，朕何尝不知，此是不得已啊！朕之苦衷，卿亦应知。陈新甲说：臣今夜请求秘密召对，并非为诉冤而来。臣因和议事败，东虏不久将大举进犯，特来向陛下面奏，请陛下预作迎敌准备。崇祯一惊，惨然说：如今兵没兵，将没将，饷没饷，如何准备迎敌？请陛下不要问臣。臣已离开朝廷，死于西市了。陈新甲说罢，叩头起身，向外走去。崇祯目送他的背影，忽然看见他只有身子，并没有头。他在恐怖中醒来，睁开眼睛，屋中灯光昏暗，似有鬼影徘徊，看不分明，而窗外雨声正稠，檐溜像瀑布一般倾泻在地。在雨声、风声、水声中似有人在窗外叹息。他大声惊呼：
魏清慧！魏清慧！……