袁世凯死后，北方连形式上的统驭都失掉了。而南方的新势力，又未能完成，就酿成复辟之役和护法之战。
当民国六年之初，欧洲战事，德、奥方面，渐已陷入困境。德国乃于二月初，宣布无限制潜艇战争。我国提出抗议，无效，即提议对德绝交。参众两院，先后通过，于十四日宣布，因进而谋对德宣战。于是国务总理段祺瑞，召集各省、区督军、都统，在京开军事会议，于四月二十五日开会，一致主张对德宣战。五月一日，通过国务会议，提出于众议院。七日，众议院开委员会筹议。有自称公民团的，包围议院，要求必须通过。旋外交、司法、农商、海军四总长辞职。十九日，众议院决议：“阁员零落不全，宣战案应俟内阁改组后再议。”是晚，各督军、都统，分呈总统和国务总理，反对国会所通过的宪法，说“如不能改正，即请解散，另行组织”，旋即先后出京赴徐州。二十三日，黎总统免国务总理段祺瑞职，以外交总长伍廷芳代理。二十九日，安徽宣告和中央脱离关系，于是奉天、陕西、河南、浙江、山东、黑龙江、直隶、福建、山西，纷纷继起，并在天津设立军务总参谋处，通电说：“出师各省，意在另定根本大法，设立临时政府，临时议会。”六月一日，黎总统令：“安徽督军张勋来京，共商国是。”张勋带定武军五千，于八日到天津，要求黎总统解散国会。十二日，伍廷芳辞职，国会解散。十四日，张勋入京。
七月一日，张勋拥废帝溥仪在京复辟。黎总统避入日本使馆，电请冯副总统代行职务，以段祺瑞为国务总理。四日，冯、段通电出师讨贼，段祺瑞在马厂誓师，以段芝贵、曹锟为司令，分东西两路进讨。十二日，我师复京城。
京师既复，黎总统通电辞职，冯代总统于八月一日入京。十四日，布告对德宣战。
当国会解散后，广东、广西即宣告军民政务，暂行自主；重大政务，径行秉承元首，不受非法内阁干涉。复辟之后，定后，有人主张：“民国业经中断，可放初建时之例，召集临时参议院。”于是海军第一舰队开赴广东，云南亦宣言拥护约法。八月二十五日，国会开非常会议于广州，议决《军政府组织大纲》：在《临时约法》未恢复以前，以大元帅任行政权，对外代表中华民国，选举孙中山为元帅。
此时两广、云、贵，完全为护法省份，四川、福建、湖南、湖北、陕西，也有一部分独立的。南北相持于湖南。六年十一月，南军攻入长沙、岳州，七年三月，复为北军所取。南方由两院联合会，修改《军政府组织大纲》：“以政务总裁，组织政务会议，各部长都称政务员，由政务员组织政务院；以政务院赞襄总裁会议，行使军政府的行政权。”旋选出孙中山等七人为总裁。于六月五日，宣告成立，推岑春煊为主席。国会于十二日在广州开正式会，并续开宪法会议。北方则召集参议院，修改《国会组织法》和《两院议员选举法》，据以选举、召集，八月十二日，选举徐世昌为大总统，于十月十日就职，南方不承认，由两院联合会委托军政府，代行国务院职权，以摄行大总统职务。
徐世昌就职后，通电南方，停战议和。八年二月六日，南北各派代表，在上海开会，至五月十日而决裂。九年四五月间，北方驻扎衡阳的第三师长吴佩孚，撤防北上。七月间，在近畿和定国军冲突，定国军败。于是裁督办边防事务处，解散安福俱乐部。是为皖直之战。第三师撤防之后，南军即占领湖南。此时南北两方，均撤换议和总代表。而国会议员，已先于四月间离粤，通电：“政务会议，不足法定人数。所有违法行为，当然不生效力。”七月十日，国会在云南开会，撤岑春煊总裁之职，代以刘显世。八月十七日，议决国会，军政府移设重庆。十月十四日，又宣言另觅地点。是时陈炯明以驻扎漳、泉的粤军回粤。十月二十四日，岑春煊等通电解除军政府职务。二十六日，广东都督莫荣新，亦宣布取消自主。三十日，徐世昌据之，下令接收，并通令依元年《国会组织法》暨《两院议员选举法》筹办选举。是为“旧法新选”。孙中山等通电否认，回粤再开政务会议。十年一月十二日，国会再在广州开会。四月七日，议决《中华民国政府组织大纲》，选孙中山为大总统，于五月五日就职，军政府即于是日撤销。中山宣言：“倘徐世昌舍弃非法总统，自己亦愿同时下野。”
此时北方曹锟为直鲁豫巡阅使，驻保定；吴佩孚为副使，驻洛阳；王占元为两湖巡阅使，驻武昌；张作霖为东三省巡阅使，兼蒙疆经略使，节制热、察、绥三区，驻沈阳。是年五月，以阎相文为陕西督军，命十六混成旅冯玉祥等入陕。八月，相文暴卒，以玉祥署理。七月末，在湘鄂籍军官，组织湖北自治军，湖南组织援鄂军，攻入湖北。北政府免王占元，以萧耀南为湖北督军，吴佩孚为两湖巡阅使。吴佩孚陷岳州，和湖南订约休战。川军入宜昌，亦被吴佩孚回军击退。十二月，吴佩孚电攻内阁拨借日款赎胶济路，及发行九千六百万元公债之事。奉天亦通电，“以武力促进统一”。十一年四五月间，直、奉两军，在近畿冲突，奉军败退出关。河南督军赵倜起兵，冯玉祥出关，把他打败。于是以冯玉祥为河南督军，免张作霖之职。六月四日，东三省省议会举张作霖为联省自治保安总司令，吉、黑两督军为副司令。十月三十日，以冯玉祥为陆军检阅使，移驻南苑。
孙中山就职后，以陈炯明为陆军总长，兼粤军总司令。是年六月至九月间，陈炯明平定广西。八月十日，国会通过北伐请愿案。孙中山在桂林，筹备北伐。十一年四月，中山将大本营移设韶关，陈炯明辞职，走惠州。中山命其办理两广军务，肃清土匪。五月，北伐军分三路入江西。六月二日，徐世昌辞职，曹锟等十五省督军电请黎元洪复位。元洪复电说：
诸公所以推元洪者，谓其能统一也，毋亦症结固别有在乎？症结惟何？督军制之召乱而已。督军诸公，如果力求统一，即请俯听刍言，立释兵柄。上至巡阅，下至护军，皆刻日解职，待元洪于都门之下，共筹国事。微特变形易貌之总司令，不能存留，即欲划分军区，扩充疆域，变形易貌之巡阅使，亦当杜绝。
旋以各督军、巡阅使，先后来电，均表赞同，于十一日先行入都，十三日，撤销六年六月十二日解散国会之令。国会于八月初一日开会，宣言系继六年第二期常会。而浙督卢永祥又通电说河间代理期满，即系黄陂法定任期终了。广州国会，亦通电否认。孙中山则宣言：
直军诸将，应将所部半数，由政府改为工兵，其余留待与全国军队，同时以次改编。如能履行此项条件，本大总统当立饬全国罢兵。若唯知假借名义，以涂饰耳目，本大总统深念以前祸乱，由于姑息养奸，决为国民一扫凶残，务使护法戡乱之主张，完全贯彻。
这时候，在广西的粤军，先后返粤，六月十五日，围攻总统府，声言要求孙总统实践与徐同退的宣言，孙中山避居军舰，旋由香港赴上海。陈炯明复出任粤军总司令。北伐军回攻，不克。粤军退入福建，滇军退入广西。十月，徐树铮在延平设建国军政制置府，通电拥戴段祺瑞、孙中山为领袖人物。粤军退福建的、合驻延平的王永泉旅，攻入福州，徐树铮旋出走。北政府命长江上游总司令孙传芳入福建。是岁岁杪，在广西的滇、桂军声讨陈炯明，广东军队亦有响应的，陈炯明再走惠州。十二年二月，中山返粤，以大元帅名义主持军务。
护法的始末，大略如此，至国民政府成立，而后风云一变。