中国和外国的交通，也有好几千年了。虽然彼此接触，总不能无相互的影响，然而从没有能使我国内部的组织，都因之而起变化的。其有之，则自近世的中欧交通始。这期间固然有种种的关系，然而其最主要的，还是东西文化的差异。东西文化最大的差异，为西洋近世所发明，而为中国所缺乏的，便是所谓科学。所以科学的传入，是近世史上最大的事件。科学与宗教，虽若相反，其最初传入，却是经教士之手的。
基督教的传入中国，亦由来已久。读第三编第二十五、第三十八两章，就可知道了。可是因中国人迷信不深，对于外国传入的宗教，不能十分相契，所以都不久而即绝。至近世，新教兴于欧洲，旧教渐渐失势，旧教中有志之士，乃思推广其势力于他洲，其中号称耶稣会的，传播尤力。耶稣会的教士，第一个到中国来的，是利玛窦，以一五八一年至澳门。初居广东的肇庆，一五九八年，始经江西到南京，旋入北京。一六〇〇年神宗赐以住宅，并许其建立天主堂。天主教士的传教于中国，和其在他国不同。他们深知道宗教的教理，不易得华人尊信的，所以先以科学牖启中国人，后来才渐渐地谈及教理。利玛窦到北京之后，数年之间，信教的便有二百余人。徐光启、李之藻等热心科学之士，都在其内。当时的教士，并不禁华人拜天、拜祖宗、拜孔子，他们说：“中国人的拜天，是敬其为万物之本；其拜祖宗，系出于孝爱之诚；拜孔子，是敬仰其人格，都不能算崇拜偶像。”教士都习华言，通华文，饮食起居，一切改照华人的样子。他们都没有家室，制行坚卓，学问渊深，所以很有敬信他们的人。然亦有因此，而疑其别有用心的。
当利玛窦在日，就有攻击他的人，神宗因其为远方人，不听之。一六一〇年，利玛窦卒，攻击的人，更为厉害。到一六一六年，就被禁止传布，教士都勒归澳门。然而这一年，正是满洲叛明自立的一年。自此东北一隅，战争日烈，明朝需用枪炮也日亟。至一六二二年，因命教士制造枪炮，而教禁亦解。明朝所行的大统历，其法本出西域，所以当开国时候，就设有回回历科。到了末年，其法疏舛了，适会基督教中深通天文的汤若望来华。一六二九年，以徐光启之荐，命其在北京历局中制造仪器，翻译历书，从事于历法的改革。至一六四一年，而新历成。越二年，命以之代旧历，未及行而明亡。清兵入关后，汤若望上书自陈。诏名其历为时宪。汤若望和南怀仁，都任职钦天监。这时候，基督教士可以说很得信任了。到清世祖殁，而攻者又起。
当时攻击基督教最烈的，是习回回历法的杨光先。但他的主意，并不在乎历法，他曾说：“宁可使中国无好历法，不可使中国有西洋人。”他又说：“他们不婚不宦，则志不在小。其制器精者，其兵械亦精。”他们著书立说，说中国人都是邪教的子孙，万一蠢动，中国人和他对敌，岂非以子弟拒父兄？“以数万里不朝不贡之人，来不稽其所从来，去不究其所从去；行不监押，止不关防；十三省山川形势，兵马钱粮，靡不收归图籍，百余年后，将有知余言之不得已者”。杨光先之说如此：利用传教，以作侵略的先锋，这是后来之事——也可说是出于帝国主义者的利用，并非传教者本身的罪恶——基督教初入中国时，是决无此思想的。杨光先的见解在今日看起来，似乎是偏狭，是顽固，但是中国历代，本有借邪教以创乱的人，而基督教士学艺之精，和其无所为而为之的精神，又是中国人向来没有看见过的。这种迷信的精神，迷信不深的中国人，实在难于了解。杨光先当日，有此疑忌，却也无怪其然。
不但杨光先，怕也是当日大多数人所同有的心理。即如清圣祖，他对于西洋传入的科学，可以说是颇有兴味的，对于基督教士，任用亦不为不至，然而在他的《御制文集》里，亦说“西洋各国，千百年后，中国必受其累”，这正和杨光先是一样的见解。不过眼前要利用他们，不肯即行排斥罢了。人类的互相了解，本来是不大容易的。在学艺上，只要肯虚心研究，是非长短，是很容易见得的；但是国际上和民族间的猜忌之心，一时间总难于泯灭，就做了学艺上互相灌输的障碍。近世史的初期，科学输入的困难，这实在是一个大原因。
杨光先于一六六四年上书攻击基督教士，一时得了胜利，汤若望等都因之得罪。当时即以监正授光先，光先自陈“通历理而不知历法”，再三固辞，政府中人不听，不得已任职。至一六六七年，因推闰失实，得罪遣戍。再用南怀仁为监正。自此终圣祖之朝，教士很见任用，传教事业，也颇称顺利。直至一七〇七年，而风波才再起。
原来利玛窦等的容许信徒拜天、拜祖宗、拜孔子，当时别派教士，本有持异议的，后来讦诸教皇。至一七〇四年，教皇乃立《禁约》七条，派多罗到中国来禁止。多罗知道此事不可造次，直迟到这一年，才以己意发布其大要。圣祖和他辩论，彼此说不明白，大怒，命把多罗押还澳门，交葡萄牙人监禁。在中国的传教事业，是印度的一部分，本归葡萄牙人保护的。后来法国人妒忌他，才自派教士到中国。葡萄牙人正可恶不由他保护的教士，把多罗监禁得异常严密，多罗就忧愤而死。然而教皇仍以一七一五年，申明前次的禁约，到一七一八年，并命处不从者以“破门”之罚。于是在华教士，不复能顺从华人的习惯，彼此之间就更生隔碍。一七一七年，碣石镇总兵陈昂，说天主教在各省开堂聚众，广州城内外尤多，恐滋事端，请依旧例严禁，许之。一七二三年，闽浙总督满保请除送京效力人员外，概行安置澳门，各省天主堂，一律改为公廨，朝廷也答应了。自此至五口通商以前，教禁就迄未尝解。
基督教士东来以后，欧洲的各种科学，差不多都有输入。历法的改革，枪炮的制造，不必论了。此外很有关系的，则为清圣祖时派教士到各省实测、绘成的《皇舆全览图》。中国地图中，记有经纬线的，实在从此图为始。当明末，陕西王征曾译西书，成《远西奇器图说》，李之藻译《泰西水法》，备言取水、蓄水之法及其器械。徐光启著《农政全书》，也有采用西法的。关于人体生理，则有邓玉函所著的《人身说概》。关于音乐，则有徐日升所修的《律吕正义续编》。而数学中，利玛窦和徐光启所译的《几何原本》，尤为学者所推重。代数之学，清朝康熙年间，亦经传入，谓之借根方。清朝治天文、历、算之士，兼通西法的很多。形而上之学，虽然所输入的大抵不离乎神学，然而亚里士多德的论理学，亦早经李之藻之手，而译成《名理探》了。就是绘画、建筑等美术，也有经基督教士之手而传入的。所以在当时，传入的科学并不为少。但是（一）因中国人向来不大措意于形而下之学，（二）则科学虽为中国人所欢迎，而宗教上则不免有所障碍，所以一时未能发生很大的影响。