“人必自侮，而后人侮之”，以中国之大，岂其区区东北一个小部落所能吞并？金朝的兵力，不算不强，然而始终不能吞灭南宋，便是一个证据。然则明朝的灭亡，并非清之能灭明，还只是明朝人的自己亡罢了。
北部沦陷之后，明朝的潞王常淓、福王由崧，都避难南来。当时众议，因潞王较贤，多想立他。而凤阳总督马士英，挟着兵力，把福王送到仪征。众人畏惧他，只得立了福王，是为弘光帝。士英引阉党阮大铖入阁，而把公忠的史可法排挤出去，督师江北。正人君子，非被斥，即引去。弘光帝又沉迷声色。南都之事，就不可为了。
清朝的能入关，也并非全靠自己的兵力。占据北京，已为非望，如何会有吞灭全中国的心理呢？所以世祖入关后给南方的檄文，还有“明朝嫡胤无遗，势难孤立，用移大清，宅此北土。其不忘明室，辅立贤藩，戮力同心，共保江左，理亦宜然，予不汝禁”之语。然而南都既不能自立，清朝就落得进取。当清兵入北京之后，即已分兵打定河南、山东、山西。及世祖入关，又遣英亲王阿济格，带着吴三桂、尚可喜出榆、延；豫亲王多铎，带着孔有德出潼关；以攻陕西。李自成走死湖北的通城。多铎的兵，就移攻江南。这时候，史可法分江北为四镇。而诸将不和，互相仇视。武昌的左良玉，又和阮大铖不合，以清君侧为名，举兵东下，大铖大惧，急檄可法入援。可法兵到燕子矶，左良玉已死在路上，其兵给守芜湖的黄得功打败了。可法再回江北，则清兵已至，可法檄诸镇赴援，没有一个来的。可法守扬州七日，城陷，死之。清兵遂渡江而南。弘光帝奔芜湖，清兵追袭。黄得功拒战，中箭而死。帝遂北狩，后来殉国于北方。清兵直打到杭州而还。时为一六四五年。
于是明人奉鲁王以海，监国绍兴。唐王聿键，即位福州，是为隆武帝。当清兵初入北京之日，曾下令，强迫人民剃发，二十日之后又听民自由。及下江南，复下剃发之令。于是江南人民，纷纷起兵抗拒。然既无组织，又无训练，大多数旬月即败。清廷复遣肃亲王豪格和吴三桂攻四川。张献忠阵殁于西充，其党孙可望、李定国、白文选、刘文秀，溃走川南，旋入贵州。清兵追至遵义，粮尽而还。贝勒博洛攻闽、浙，鲁王走入海。隆武帝颇为英武，而为郑芝龙所制，不能有为。时何腾蛟招降李自成余众，分布湖南、湖北。杨廷麟也起兵江西，恢复吉安。隆武帝想出就廷麟，未果而清兵至。帝从延平走汀州，入于清军。后来崩于福州。时为一六四七年。
明人又立唐王之弟聿于广州，桂王由榔于肇庆，是为永历帝。清使李成栋攻广东，聿殉国。孔有德、尚可喜、耿仲明攻湖南，何腾蛟退守桂林。金声桓攻江西，杨廷麟亦败殁。未几，李成栋、金声桓都反正，何腾蛟乘机复湖南。川南、川东亦来附。于是永历帝有两广、云、贵、江西、湖南、四川七省之地，形势颇张。而张名振亦奉鲁王，以舟山为根据地，出入江、浙沿海。清乃使洪承畴镇江宁，吴三桂取四川，耿仲明、尚可喜攻江西，孔有德攻湖南。金声桓、李成栋、何腾蛟都败死。一六五〇年，清兵进陷桂林，瞿式耜亦殉节。明年，张名振和起兵浙东的张煌言合兵攻吴淞，不克，而舟山反为清所袭陷，二人奉鲁王奔厦门。永历帝避居南宁，遣使封孙可望为秦王。可望遣兵三千，扈桂王居安隆；而使刘文秀攻四川，李定国攻桂林。孔有德伏诛。吴三桂也战败，逃回汉中。清乃命洪承畴镇长沙，以保湖南；李国英镇保宁，以守川北；尚可喜镇肇庆，以保广东；无意于进取了。而永历帝因孙可望跋扈，密使召李定国。定国迎帝入云南，可望攻之，大败，遂降清。洪承畴因之请大举。一六五八年，清兵自湖南、四川、广西三道入滇。李定国扼北盘江力战，不能敌。乃奉帝如腾越，而伏精兵于高黎贡山。清兵追之，遇伏，大败而还。时刘文秀已死，李定国、白文选奉帝入缅甸。一六六〇年，三桂发大兵出边。缅人乃奉帝入三桂军。一六六二年，为三桂所弑，明亡。此时清世祖亦已死，这一年，是圣祖的康熙元年了。
明朝的统绪虽绝，然而天南片土，还有保存着汉族的衣冠，和清朝相抗的，是为郑成功。成功是芝龙的儿子，芝龙降清时，成功不肯顺从，退据厦门，练着海陆兵，屡攻沿海之地。清兵入滇时，成功大举入江以图牵制，破镇江，薄南京，清廷大震。旋为清兵所袭破，乃收军，出海而还。一六六〇年，成功攻取台湾，于是务农练兵，定法律，设学校，筑馆以招明之遗臣渡海，归之者如织。天南片土，俨然独立国的规模了。
即以闽、广、云南而论，实亦非清朝实力所及。清朝的定南方，原靠一班汉奸，为虎作伥，所以事定之后，仍不得不分封他们，以资镇摄，于是以尚可喜为平南王，镇广东；耿仲明为靖南王，镇福建；吴三桂为平西王，镇云南；是为三藩。三藩之中，三桂功最高，兵亦最强。他当时用钱用兵，户、兵二部，不能节制，用人亦不由吏部，谓之西选。西选之官半天下。清朝之于南方，简直是徒有其名，不但鞭长莫及而已。然而“偾军之将，不可以言勇；亡国之大夫，不足与图存”，既已靦颜事仇，忽又起而反抗，就不免有些进退失据：天下的人，未免要不直他，士气亦易沮丧，和始终以忠义激励其下的，大不相同了。这是三藩之所以终于无成。
尚可喜受封之时，年已老迈，乃将兵事交给其儿子之信。久之，遂为所制。乃请撤藩归老辽东，清廷许之。时耿仲明已死，传子继茂以及精忠，和吴三桂都不自安，亦请撤藩，以觇清朝的意向。当时明知许之必反，廷议莫敢主持，清圣祖独断许之。一六七三年，三桂遂举兵反。三桂的意思，本想走到中原，突然举事的，而为清朝的巡抚朱国治所逼，以是不得不发。既举兵之后，有人劝他弃滇北上。三桂也暮气深了，不能用。三桂举兵之后，贵州首先响应，明年，攻下湖南。广西、四川和湖北的襄阳，亦都响应，福建、广东，更不必说了。于是三桂亲赴常、澧督战，派一支兵出江西，以应福建；一支兵出四川，以攻陕西。清朝的提督王辅臣，亦据宁夏以应三桂。三桂想亲出兵以应辅臣，不曾来得及，而清朝的兵，反从江西打入湖南。三桂虽然回兵，把他打退，然自此遂成相持之局，这是于三桂不利的。而耿、尚二藩，又因一和郑成功的儿子郑经相攻，一苦三桂征饷，复叛而降清，三桂势穷。乃于一六七八年，称帝于衡州，以图维系人心。未几而死。孙世璠立。诸将又互相乖离。一六八一年，清兵自湖南、广西、四川，分三道入滇，世璠自杀。尚可喜先已为清人所杀，至此又杀耿精忠。中国大陆之上，就真无汉族自立的寸土了。
然而海外的台湾，还非清朝兵力所及。郑成功以一六六二年卒，子经继立，和耿精忠相攻，曾略取漳、泉等地，后为清兵所败，并失金门、厦门，退归台湾。三藩平后，清廷想照琉球之例，听其不剃发，不易衣冠，与之言和，而闽督姚启圣不可。水军提督施琅，本是郑氏的降将，尤欲灭郑氏以为功。一六八一年，郑经卒。群小构成功之妻董氏，杀其长子克臧，而立其次子克塽，郑氏内部乖离。一六八三年，施琅渡海入台湾，郑氏亡。汉族遂全被满人所征服。