初二日（壬申），谕军机大臣等：『沈葆桢等奏「台湾近日情形、力筹防务，并北路日案办结、屯番枪伤生番现饬严办，及闽厂轮船恳准续造」各折片，日本兵船在后湾枫港一带，日以盖兵房、掘濠沟、竖竹围为事，意图招诱番众、恫喝村民；日久相持，情形渐怯。现在淮军业经到台，罗大春已抵苏澳，夏献纶招募楚勇亦已成军，澎湖地方现借海关凌风轮船驻彼教习，闽厂六船随同操练，防务渐臻严密，彼族自无隙可乘。惟中路水沙连、秀姑峦一带为全台适中之区，地方最为紧要；刻下该处社寮竟有教堂数处并有逃匪逋匿其间，难保日人不暗为勾通，肆其煽惑。沈葆桢等现拟募兵前往，即着与文煜、李鹤年、王凯泰、潘霨迅速筹商、妥为调派，一面抚绥番众、搜捕匪徒，一面开路设防，力求固守；毋使彼族得售其奸，断我南北之路。安平炮台，并着沈葆桢等设法兴筑。台城倒塌千有余丈，现经发款分修；着即饬令周懋琦等认真经理，务期修筑巩固，不准草率从事。电线虽可缓图，铁甲船必不可少；即使议购有成，将来仍应鸠工自造，目前尤须讲求驾驶之法。沈葆桢等惟当切实筹办，力图自强。闽厂轮船，即照所请，准其续行兴造得力兵船，以资利用。北路日案已经办结，沈葆桢等请将税务司好博逊酌给奖励之处，着该衙门议奏。屯番枪伤生番，亟宜速为查办。张其光正在下淡水一带办理招抚事宜，何以闻信不即行驰往拿办？迨回郡城后，复不与沈葆桢言及？实属不知缓急！此案关系抚番全局，岂容置若罔闻。着沈葆桢等严饬张其光将屯番拿获惩办，以安人心。倘该总兵再复办理颟顸，即着沈葆桢等据实奏明，从严参处。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之』。
十三日（癸未），谕军机大臣等：『有人奏「福建台湾府属民间置买田房税契并不照章征收，惟以契价银数多寡为断，于定例之外浮收至三四倍、七八倍不等；至典当田产，亦勒令照契纳税」等语。田产税契，自有定章；若如所奏，任意浮收，殊属不成事体。着李鹤年、王凯泰确切查明，即行从严禁止；务令照章办理，以杜弊端。原片均着钞给阅看。将此各谕令知之』。
十九日（己丑），谕军机大臣等：『沈葆桢等奏「续陈日营动静并筹防开路情形」、刘坤一奏「请饬道员黎兆棠俟台湾事竣即行来江」各折片，日本兵船久驻龟山，虽死亡相继，仍时有船接济炮械、军粮；虽未遽启兵端，然日久相持，终非了局。现在淮军头起陆续盘抵凤山，罗大春所调泉勇一营业抵苏澳、沪尾、鸡笼等口，亦拟调募兵勇阨扎，布置渐臻周密；自当随时联络，以壮声威。刺桐脚庄民有勾引日兵往攻龟纹社之谣，亟应早为解散。沈葆桢等虽照会日将西乡，令其阻止；惟彼族正在招诱村民藉端生事，未必理谕可行。沈葆桢等惟当饬令王开俊迅即传集该处民番，令其解仇息事，毋任别滋事端。铁甲船购买未成，仍着沈葆桢等妥速筹办，以资得力。修筑炮台势不容缓，着沈葆桢等迅速办理，毋失机宜。罗大春现招泉属壮丁千人，渐次开通番社；该处事务愈繁需饷愈巨，着文煜、李鹤年、王凯泰设法筹措，源源接济，庶于招抚及办防两事不至掣肘。道员黎兆棠业已到台，该员应否留于福建差委之处？着文煜、李鹤年、王凯泰与沈葆桢等酌度具奏。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之』。
——以上见「大清穆宗毅皇帝实录」卷三百七十。
九月初八日（丁未），广东巡抚张兆栋奏：密陈筹办海防，先将大黄潜中流砥柱两炮台兴修，并亲诣虎门蹋勘炮台形势暨饬汕头、南澳各炮台一律修筑。得旨：『已有旨令该抚兼署两广总督篆务，着即将海口防务及练兵、筹饷一切事宜妥为筹理，毋稍疏虞』。
十九日（戊午），谕军机大臣等：『沈葆桢等奏「淮、粤两军到台及南北开路情形」一折，日人勾致近番并盖兵房、练枪炮，中虽怯弱，外仍示强；沈葆桢等惟当慎密防范，申严警备，不得稍涉疏虞。现在淮、粤两军陆续到台，即着分别布置，择要扼守，以壮声威。台南生番尚易招致，北路各社率多顽梗之徒，大南澳平埔等处有凶番纠集丁壮数千，意在抗违。沈葆桢等务宜悉心筹度、恩威并用，会同罗大春加意招徕，妥慎办理；不可轻易进扎，致为番族所乘，转碍抚番大局。台郡城垣关系紧要，着督饬该地方官速行修葺，务期巩固。沈葆桢另片奏：『「大雅」、「安澜」轮船遭风损坏，自请议处』等语。此次损坏船只，即着分别设法修理；沈葆桢未能先事预防，殊属疏忽，着交部议处。制造轮船工巨费繁，嗣后务当饬令该管驾等随时加慎。又片奏「讯结屯番枪伤生番一案」，即着照所议办理。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之』。寻吏部议：『沈葆桢降一级留任』。得旨：『准共抵销』。
二十日（己未），谕〔军机大臣等〕：『前据总理各国事务衙门奏：「上海新闻纸刊刻本年三月二十九日密寄沈葆桢等谕旨，请饬查究」；当谕李宗羲严密确查。兹据该督奏称：「查核上海林华书院新报、上海汇报，均系照钞香港华字日报。至香港华字日报内有台湾消息一条，已载明由福州寄来字样」等语。此次密寄谕旨，究由何人泄漏？着文煜等严行查究；即将泄漏根由确切查明，据实具奏，不准稍涉含混。将此由四百里各密谕知之』。
二十七日（丙寅），谕军机大臣等：『总理各国事务衙门奏「海防亟宜切筹，将紧要应办事宜撮么数条，请饬详议」一折，据奏「庚申之衅，创巨痛深；当时姑事羁縻，原期力图自强，以为御侮之计。乃至今并无自强之实！本年日本兵踞台湾番社，虽迭经饬令各疆臣严密筹防，自问殊无把握；若再不切实筹备，后患不堪设想」等语。沿江、沿海各省防务，经总理各国事务王大臣并各该省将军、督、抚等随时筹划，而备御究未可恃；亟应实力请求，同心筹办，坚苦贞定，历久不懈，以纾目前当务之急、以裕国家久远之图。该王大臣所陈练兵简器、造船筹饷、用人持久各条，均系紧要机宜；着李鸿 【第 168 页：版面影像】
意、李宗羲、沈葆桢、都兴阿、李鹤年、李瀚章、英翰、张兆栋、文彬、吴元炳、裕禄、杨昌浚、刘坤一、王凯泰、王文韶详细筹议，将逐条切实办法限于一月内覆奏。此外别有要计，亦即一并奏陈。总期广益集思，务臻有济；不得以空言塞责。原折单均着钞给阅看。将此由六百里各密谕知之』。
——以上见「大清穆宗毅皇帝实录」卷三百七十一。
冬十月初三日（壬申），闽浙总督李鹤年奏报行底泉、厦日期，并查勘海日情形。得旨：『着即驰回省城，与文煜、王凯泰将应办事宜妥为经理』。
十九日（戊子），谕军机大臣等：『本日李鹤年奏「参藩司不能称职」一折，据称「福建布政使潘霨由捐纳佐杂出身，心术阴柔、人品卑琑，差委员缺多系捐班人员，以致物议沸腾，编造歌谣黏贴街市；且有袒护同乡，结为朋党及与将军拜认师生各情。近日办理日本事宜，卑词下气，求悦外人，大失国体」等语。该藩司现在台湾，其办理一切事宜以及平日居官行事，沈葆桢知之必稔；即着按照李鹤年所参各节，秉公详悉查明，迅速据实具奏，毋稍徇隐。原折着钞给阅看。将此由四百里密谕知之』。
二十三日（壬辰），谕军机大臣等：『沈葆桢等奏「台湾近日情形并淮军到台」一折，日本兵船尚未退出台湾，刻下退兵章程业经定议，惟此后海防各事宜亟须认真讲求，以期有备无患。现在淮军三起均抵澎湖，应如何分扎要隘之处？仍着沈葆桢等酌度情形，妥为布置。其南北开路以及郡城修筑炮垒各事，并着该大臣等悉心经理，毋得以日本事已办结，稍形松劲。刺桐脚庄民已与龟纹社释嫌寻好，琅峤诸社均受约束，其余亟须次第清查；惟入山愈深，番社愈杂，北路复有生番扑犯碉楼、伤毙兵丁之事，亟应妥为筹办，俾番众悉为我用，藉可自固藩篱。着沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰、潘霨饬令派出各员设法招徕，随时抚恤。招垦事宜，仍须商同罗大春认真筹划。台郡城工业已过半，安平炮台现拟设于三鲲身地方；一切工程，沈葆桢等务当悉心经画，毋得畏难思阻。将此由五百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之』。
兵部议覆：『闽浙总督李鹤年奏：「请于福建陆路各营内挑练精兵五千四百四十八名，分为十二营；以各本提镇为统领，各镇仍归提督节制。以督标中军副将为营务处，饬令择要驻扎，练习行阵，以申戒备」。应如所奏办理』。从之。
二十八日（丁酉），谕军机大臣等：『大学士文祥奏「敬陈管见」一折，台湾之事现虽权宜办结，而后患在在堪虞；日本与闽、浙一苇可杭，日人习惯食言，难保不再生枝节。前因议买铁甲船及水炮台各节，仓卒莫办、措手无从，不得不为暂缓目前之计；刻下事机已缓，亟宜赶紧筹划，以期未雨绸缪，岂可仍蹈因循故习。着沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰、潘霨悉心筹商：所有在台兵勇应如何酌留？淮军素称得力，现在业已到台，应如何分扎防堵？全台事宜，应如何布置？该大臣等务当妥为经画，以善将来。并着李鸿章、李宗羲将前议购买未成之铁甲船、水炮台及应用军械等件，迅速筹款购办；无论如何为难，务须妥为设法，庶几兵械精良，有备无患。原折均着钞给阅看。将此由六百里密谕李鸿章、李宗羲、沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之』。
——以上见「大清穆宗毅皇帝实录」卷三百七十二。
十一月十三日（壬子），谕军机大臣等：『沈葆桢等奏「日本遵约退兵，收回草房营地」一折，日本兵船尽数退出台湾，其遗下营房草房板片，均经点收完竣，该处已派官军填扎；惟琅峤一带善后机宜，亟须悉心筹划、妥善经营。所有折抚生番及修城开路各事宜，仍当妥筹办理；毋得以日兵已退，即形松懈。着沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰、潘霨懔遵十月二十八日谕旨，妥为布置，毋稍因循。日人诡谲性成，此次退兵，原不可恃；沈葆桢等惟当于此时力图自强之策，以期未雨绸缪，庶几有备无患。另片奏：「道员黎兆棠因病回籍」等语，该员现经简放津海关道，即着沈葆桢传知黎兆棠病痊后迅速赴任，以重职守。将此由五百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之』。
二十日（己未），谕〔军机大臣等〕：『文煜奏「台防要需及拨给日本国费项，那动四成洋税」一折，台防关系紧要，文煜因无款可筹，先后那移四成银二十八万两，出于万不得已，亦系实在情形；系将军自请交部议处之处，着加恩宽免。此系解部要款，嗣后不得擅自通那，以重库储。至六成洋税入不敷出，文煜所陈雷正绾月饷及船政经费均无款可拨，应如何筹划之处？着户部议奏。将此谕知户部，并谕令文煜知之』。
——以上见「大清穆宗毅皇帝实录」卷三百七十三。
十二月初五日（甲戌），谕军机大臣等：『文煜等奏「查明新闻纸刊刻密件之陈言已往香港，请饬查拿」一折，陈言即陈霭亭，系广东新会县人；经文煜等查明，于八月间由台湾内渡，已回香港。事关漏泄机密要件，亟应查讯明确，以期水落石出；着张兆栋密饬所属，将陈言（即陈蔼亭）设法查拿解讯，从严惩办。原折着钞给张兆栋阅看。将此由四百里各密谕知之』。
上疾大渐；酉刻，崩于养心殿东暖阁。
——以上见「大清穆宗毅皇帝实录」卷三百七十四。