高等院校下放给高等教育造成严重破坏。据统计，1965年，全国共有高校434所，到1971年，共砍掉106所，剩下328所。其中原有的6所政法院校全部被撤销，原有的18所财经院校被撤销了16所。搬迁合并的高校共64所。尤其是农林院校，全国有47所，其中23所搬迁达45次，致使经过17年努力业已形成的农业院校教育体系被搞乱，校无定址，人无定居，教无定所。在高等院校下放、搬迁和裁并过程中，许多学校的校舍被占用，图书资料、仪器设备大量散失，损失之大，后果之严重难以估量，以致给后来高等教育的发展带来极大困难。
林彪集团的形成与发展
林彪集团是文化大革命期间出现的，以林彪为首，以茸永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作为主要成员，以夺取党和国家最高权力为目的进行反革命阴谋活动的集团。它是随林彪地位的上升而逐渐形成的。1969年中共九大的召开，是林彪集团发展的顶峰。
1959年林彪取代彭德怀担任国防部长并主持中央军委工作后，个人野心膨胀，阴谋攫取更大的权力。他主要通过以下途径和步骤逐步实现自己的野心，形成了以自己为核心的反革命集团。
首先是通过制造对毛泽东的个人崇拜和坚定地支持毛泽东发动文化大革命来获取毛泽东的信任。
1961年林彪在《关于加强部队政治工作的指示》中提出：学习毛泽东著作要“带着问题学，活学活用、急学急用、立竿见影”。1962年，林彪在“七千人大会”上发表与众不同的讲话，说：“过去的工作搞得好的时候，正是毛主席思想不受干扰的时候。凡是毛主席思想不受尊重，受到干扰时，就会出毛病。当前出现的困难，恰恰是由于有许多事情没有按照毛主席的指示去做而造成的。如果按照毛主席的指示去做，如果都听毛主席的话，那么困难会小得多。”毛泽东对林彪的这个讲话很满意，要求作为会议文件下发。1964年后，林彪在军队建设中提出要“突出政治”，“毛泽东的书，是我们全军各项工作的最高指示。毛主席的话，水平最高，威力最大。句句是真理，一句顶一万句”。“突出政治”遭到了罗瑞卿等高级将领的反对，却得到了毛泽东的支持。
林彪抱定宗旨，“紧跟”毛泽东。他处理中央传阅文件的原则是“主席划圈我划圈”，亦即“毛泽东同意我同意”。当毛泽东酝酿、决定发动文化大革命在中央受阻的时候，林彪坚决地支持毛泽东的意见，在1966年5月的中央政治局扩大会议上，积极赞成会议为发动文化大革命所采取的种种措施，并声色俱厉地发表了“五一八讲话”，大讲反政变、反复辟，大讲毛泽东个人天才，非常鲜明地向会议表明军队支持文化大革命。
林彪制造的对毛泽东的个人崇拜和对文化大革命的坚定支持，进一步取得了毛泽东的信任，他的政治地位再次上升。1966年8月，毛泽东主持召开中共八届十一中全会，旨在排除来自中央的阻力进一步发动文化大革命。为借重军队的力量，毛泽东特意通知正在大连养病的林彪到会。这次会议通过了指导文化大革命的纲领性文件《中国共产党中央委员会关于无产阶级文化大革命的决定》，调整、改组了中央领导机构。在调整后的中央政治局常委的排列顺序中，林彪由原来的第六位上升到仅次于毛泽东的第二位，并在会后成为事实上唯一的副主席。
其次，林彪在其政治地位上升至仅次于毛泽东的第二号人物后，除了继续“紧跟”毛泽东外，还开始有意识地拉山头，培植亲信，为他吹喇叭、抬轿子，造舆论，充当打手。正是在这种背景下，林彪原来的老部下，时任广州军区司令员的黄永胜、空军司令员吴法宪、海军副司令员李作鹏、解放军总后勤部部长邱会作，先后聚集在林彪周围，成为林彪的“四大金刚”，林彪集团初步形成。
文化大革命初期，黄、吴、李、邱等人都受到了不同程度的冲击，在林彪有意的保护下，他们才顺利过关。1966年7月间，海军内部运用各种形式对李作鹏等人进行揭发批判，林彪出面说李作鹏是“高举毛泽东思想伟大红旗的、突出政治的、有干劲的”，从而使李免遭批判。邱会作因道德败坏，生活糜烂，曾受到总后勤部党委批评。1967年1月，造反派在总后勤部批斗邱会作，邱向林彪求援，林彪连夜派叶群带着他和陈伯达的手令，以“大节是好的”为护身符，将邱会作转移到西山。同洋，黄永胜、吴法宪也分别在林彪的保护下免受冲击。这使黄、吴、邱、李四人对林彪感激涕零。黄水胜在1970年5月曾说过：“在任何时候都要忠于林副主席”，吴法宪后来在供词中说：“是林彪把我提拔起来的，所以我脑子里就是一个林彪”，“林彪叫我怎么样我就怎么样”，“我是林彪的走狗”。李作鹏说过：“林副主席活着跟他干，生与林副主席同生，死与林副主席同死。”邱会作则说林彪、叶群是“再生父母”，发誓永远效忠于林副主席，“海枯石烂不变心”。以君臣父子为信条，以忠于林彪为准则，林彪集团开始形成。
1967年5月，为纪念毛泽东《在延安文艺座谈会上的讲话》发表25周年，军队文艺界两派都想搞演出。周恩来和解放军总政治部都作过希望“两派同台演出”的指示，但遭到了两派的拒绝。5月13日，在吴法宪、李作鹏、邱会作支持下，其中一派准备在北京展览馆剧场正式演出。对立一派闻讯后，冲砸会场，引起武斗。这就是“五一三”事件。事件发生后，林彪立即表态，支持演出的一派，称他们为“三军无产阶级革命派”，把另一派打为“冲派”。于是，吴、李、邱成为“三军无产阶级革命派”的领袖。“五一三”事件是林彪集团初步形成的标志。
在林彪集团初步形成的前后，林彪及其死党为夺取党和国家及军队的最高权力，进行清除异己势力的种种阴谋活动，打倒了一大批军队高级干部。
1966年8月25日，林彪以总参外事局的一张大字报（实际上与贺龙毫无关系）为借口，诬陷贺龙指使王尚荣、雷英夫要夺总参党委的权，随后，他伙同江青给贺龙扣上了“大土匪”、“大军阀”、“篡军夺权的黑手”等罪名。10月，林彪、吴法宪在空军师以上干部会议期间，诬蔑朱德是个“假总司令”、“黑司令”。1967年7月，林彪伙同江青等人提出“打倒军内一小撮走资本主义道路的当权派”的口号，展开“揪军内一小撮”的活动，使总政治部4名正副主任、20名正副部长被扣上“篡军反党分子”、“叛徒”、“特务”、“现行反革命分子”等罪名。1968年3月，林彪、江青等人对当时的解放军总参谋长杨成武、空军政治委员余立金、北京卫戍区司令员傅崇碧等3人发动突然袭击，诬蔑3人“犯有严重错误”，撤销了他们担任的一切职务。随后，林彪死党先后担任了军队更高层的领导职务。1968年3月22日，黄永胜调京任解放军总参谋长、军委办事组组长，成为林彪集团主要成员。在此前后，吴法宪任解放军副总参谋长、军委办事组副组长，并兼空军司令员；李作鹏为军委办事组成员，兼海军政委；邱会作为军委办事组成员，兼总后勤部部长。至此，因军委常委已停止工作，军委办事组实际控制了中央军委的大部分权力。这样，以林彪为首，以黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作为骨干，以军委办事组和空军的一些部门为主要活动阵地的反党集团，基本控制了军队大权，林彪集团正式形成。
1969年4月，中共九大会议召开。林彪“是毛泽东同志的亲密战友和接班人”被写入党章，林彪成了法定接班人、副统帅，叶群、黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作也当选为中央政治局委员。林彪集团发展至此已到了顶峰。