在着重落实党的经济政策和干部政策的同时，周恩来还亲自指导文化、卫生、体育等战线加紧肃清极“左”思潮的影响，他联系这些部门在“文革”中遭林彪一伙严重破坏的事实，反复强调：过去，林彪造成了极“左”思潮、形式主义，只搞那个“突出政治”，不搞业务，不抓训练；现在要提倡为革命刻苦钻研业务技术，提高质量，勇于攻关。针对文艺界万马齐喑、百花凋零的局面，周恩来尖锐指出：“极“左”思潮不肃清，破坏艺术质量的提高”，“现在要提倡毛泽东思想指引下的百花齐放”。周恩来的这些指示，有力地推动了各条战线批判极“左”思潮斗争的开展。
斗争的深入
1972年下半年，是批判极“左”思潮斗争深入发展的时期，也是党和人民同江青集团斗争异常激烈的时期。此前，批判极“左”思潮的斗争虽然取得了一定成效，但对于经历了五年“文革”动乱的党内外广大干部群众来说，思想认识中的顾虑和障碍是不可能在短期内得到解决的。正是在这种情况下，周恩来提出了要进一步批判极“左”思潮的意见。
1972年8月1日、2日，周恩来连续两天在人民大会堂向回国述职大使和外事单位负责人发表的长篇讲话，其中贯穿了“要批透极“左”思潮”这一鲜明主题。他说：“极“左”思潮是有世界性的。中国也有极“左”思潮，在我们的鼻子下面也有嘛，外交部也有，驻外使领馆也有。”“实际上各单位的极“左”思潮都是林彪放纵起来的”，“就是空洞、极端，形式主义空喊无产阶级政治挂帅，很抽象，这是违反毛泽东思想的”。“关于这个问题，如果我们不好好做工作，还要犯错误。极“左”思潮不批透，右倾又会起来”。
在推动各条战线深入批判极“左”思潮的同时，周恩来还不畏险阻，亲自从“文革”中的重灾区教育、科技界入手，具体帮助广大干部和知识分子排除干扰，解决思想认识问题，尽快恢复教育、科技界的正常工作。
1972年7月14日，根据美籍科学家杨振宁的建议，周恩来当面叮嘱北京大学副校长周培源要认真清理教育科研工作中的极“左”思潮，提高基础理论水平，把综合大学的理科办好，并强调：“有什么障碍要拔除，有什么钉子要拔掉”。7月23日，周恩来就周培源来信写给国务院科教组和中科院负责人的批语中又提出，要将此问题“在科教组和科学院好好议一下，并要认真实施，不要如浮云一样，过了就忘了。”
9月5日，周恩来在接见巴基斯坦总统科学顾问萨拉姆时，再次强调了开展自然科学理论研究的重要性，指出：现在在理论方面我们做得很差，不仅多经验，没有理论，忽视理论，这是我最不满意的。9月11日，他又写信给张文裕和朱光亚，对二机部某所十八位科学工作者来信中提到的发展高能物理研究的建议表示“很高兴”，并提醒“这件事不能再延迟了”，“科学院必须把基础科学和理论抓起来，同时又要把理论研究与科学实验结合起来。”
10月6日，根据周恩来一系列指示精神，周培源在《光明日报》上发表题为《对综合大学理科教育革命的一些看法》一文，文章提出：“工和理、应用和理论都必须受到重视，不能偏废”；“要批判‘理论无用’的错误思想”，“充分认识到科学实验和自然科学理论的重大意义”。这篇冲破江青集团设置的重重阻力的文章的发表，公开表明了这一时期教育、科技界清除极“左”思潮的强烈愿望，使得在“两个估计”禁锢下倍受压抑的广大知识分子受到极大鼓舞和启发。
在教育、科技界认真贯彻落实周恩来指示，努力扫降思想障碍，加强基础理论研究工作之际，《人民日报》社根据周恩来关于对极“左”思潮要批透的讲话精神，组织了一版批判无政府主义的文章，其锋芒对准了极“左”思潮的最突出表现一一无政府主义，成为自“九一三”事件以来在党报上首次发表的集中批判极“左”思潮的文章。如在署名龙岩的批判无政府主义的文章中，以少见的犀利语言，极其尖锐地批判了“文革”中所盛行的“打倒一切”、“砸烂一切”以及“群众运动天然合理”等反动观点，可谓是对“文革”理论和实践的一种变相否定。特别是文章告诫人们要警惕现存的极“左”思潮的“重新表现”，不能不说是击中了江青集团的要害。
周培源的文章发表后，张春桥、姚文元等公然宣称：“不管周培源来头多大”，都要追查、反击。随后，张、姚等还指使《文汇报》连续发表文章，对周培源的文章进行围攻，把矛头指向周恩来。
《人民日报》发表的批判无政府主义的几篇文章，更是触到了江青一伙的痛处，他们决意下大力量“刹住”这个“1972年下半年出现的修正主义回潮”。姚文元看了龙岩等的文章后即提出：“当前要警惕的是右倾思潮抬头”。江青更是画龙点睛地说：“这个版就是要在全国转移斗争大方向”。与此同时，江青一伙还一再查问龙岩等文章的“背景”。在张春桥、姚文元的授意下，这一年11月间，《文汇报》内部刊物《文汇情况》连续两期登载批驳龙岩等的文章，江青集团借机在《人民日报》社大搞所谓“反右倾回潮”运动。由此，在坚持批极“左”与反对批极“左”问题上，以周恩来为代表的党内健康力量同江青集团之间的对立开始变得明朗化、公开化。
11月28日，中联部、外交部在关于召开外事会议写给周恩来的请示报告中提出：鉴于林彪反党集团煽动的极“左”思潮在外事部门还没有得到彻底的批判和肃清，拟召开一次全国外事工作会议，彻底批判林彪反党集团煽动的极“左”思潮的无政府主义。11月30日，周恩来即对报告作出“拟同意”的批示。然而，次日张春桥却在送“总理再阅”的批语中明确表示反对批极“左”，提出：“当前的主要问题是否仍然是极“左”思潮？批林是否就是批极“左”和无政府主义？我正在考虑”。12月2日，江青在对报告的批语中更进一步提出，应批林彪卖国贼的“极右”，“同时也应着重讲一下无产阶级文化大革命的胜利”。
斗争的继续
当斗争处于胶着状态之际，《人民日报》社一位负责人出于对江青集团大反“右倾回潮”、把矛头对准周恩来的一系列作法的不满，于12月5日写信给毛泽东，表示“很同意”周恩来关于《人民日报》社等单位要批透极“左”思潮的意见，认为批极“左”不仅适合机关内部的实际情况，在舆论宣传方面也同样适用。该信中还反映了张春桥、姚文元反对批极“左”的情况。
但是，在指导思想上仍坚持“文革”错误的毛泽东，此时是不可能赞同批极“左”的意见的。12月17日，他在对张春桥、姚文元的谈话中明确表示反对批极“左”思潮，认为来信中的观点不对，当前应当批林彪的修正主义、分裂、阴谋诡计、叛党叛国的“极右”。毛泽东这次谈话后，早就对周恩来心怀不满的江青一伙，这时更是有恃无恐，开始公开向周恩来发难。此后，批判极“左”思潮的提法便从各种宣传中消失了，取而代之的是批判林彪的“反革命的修正主义路线”、“极右实质”等。1973年“两报一刊”元旦社论更明确提出，要严格区分两类不同性质的矛盾，始终把批判的矛头对准林彪一伙，“牢牢掌握这个斗争的大方向”。尽管形势发生了根本性变化，但却没有改变周恩来继续批判极“左”思潮的决心。1973年，在周恩来的领导下，批判极“左”思潮的斗争采取含蓄、迂回的方式（即不公开使用“批极“左””一词），仍在继续进行。
1973年2月，周恩来在听取国家计委汇报时，历数无政府主义在企业中的种种表现，再度尖锐批判了“文革”中给国民经济带来破坏性后果的极“左”思潮，指出：“林彪一伙破坏经济所造成的恶果这两年表现出来了”，国民经济“现在根本没有比例”，在计划工作上也“没有‘王法’了”，“一定要批透，把破坏性后果消除掉”。他同时还强调，要把“整顿的方针”写清楚，要实行按劳分配和必要的奖励制度。
根据周恩来的指示，在同年年初召开的计划会议上，讨论了国家计委起草的《关于坚持统一计划，加强经济管理的规定》。这个文件同1972年计划会议纪要相似，仍以纠正生产管理中存在的极“左”思潮和反对无政府主义倾向作为指导思想，并重申了政治挂帅要挂到业务上的观点。这一文件的起草和讨论，表明了周恩来实事求是、对待在经济工作中继续纠正“文革”错误、努力消除其破坏性后果的果敢精神。在文件讨论过程中，全国28个省市均对文件表示赞成。但张春桥宣称：这是“拿多数压我们，我坚决反对，我们是光荣的孤立”，并强令把文件收回。
与此同时，在全国外事工作会议上，与会的外事干部学习了毛泽东、周恩来几年来有关对外宣传的一系列指示（主要是批评“以我为核心”、“强加于人”等极端作法），排除江青一伙的干扰，批判了林彪一伙煽动的极“左”思潮和无政府主义及其给对外工作造成的恶劣影响和破坏。这就在实际上支持和贯彻了周恩来批准同意的批判极“左”思潮的主张，否定了江青、张春桥一伙的谬论。
3月初，周恩来在召集一些外事单位负责人的谈话中，针对不少单位在对待外国专家方面仍存在的排外主义、民族歧视等错误倾向提出批评，指出：“林彪、陈伯达、王、关、戚干扰破坏正确方针政策落实，引起专家对我不满、隔阂，不能与中国人交朋友”，“一定要批判这些错误，自我批判后，我们就主动”；“要向外国专家公开承认错误，不要怕这样做又要犯右的错误”。几天后，他又当着各国专家及其家属的面率先作出自我批评，他说：“这个责任我们要负，我作为政府的负责人，我应该负更多的责任。”
同时，他还代表我党和政府宣布：欢迎过去离开中国的外国专家重回中国工作，以弥补当时未照顾好他们的过失。周恩来这一光明磊落之举，使在场的外国专家们深为感动。
在解放干部和平反冤假错案方面，周恩来同样进行着不懈的努力。1972年12月18日，即毛泽东否定批极“左”意见的次日，周恩来就明确提出：谭震林“是好同志，应该让他回来”；同时，对当时“大闹怀仁堂”一事解释为“是林彪故意造成打倒一批老同志的局势所激成的”，意在说明事实真相，以保护谭。对已经解放的老干部，他则提出应让他们参加领导班子，以调动他们的积极性，发挥他们应有的作用。
1973年3月10日，周恩来致信毛泽东，建议抓紧解放干部和平反冤假错案的工作，并具体提出先易后难的方案，送政治局讨论。待中组部提出了一个300多人的名单后。他又亲自主持政治局会议逐一研究、通过。同时，根据毛泽东批示，党中央决定恢复邓小平党的组织生活和国务院副总理职务，成为周恩来继续领导的这场斗争中的一个重要事件，对后来党和人民的斗争产生了意义深远的影响。
斗争的尾声
自1971年底以来，周恩来领导的这场持续纠正“左”的错误的斗争，由于符合全党和广大人民群众的心愿，因而得到了绝大多数人的支持、拥护，但同时也遭到江青集团的愈来愈凶猛的反扑。1973年下半年起，江青一伙又从教育界开刀，连续制造了交白卷典型、批《园丁之歌》、批“师道尊严”、突袭考教授、马振抚公社中学等事件，在全国掀起一股股批所谓修正主义“回潮”、“复辟”的恶浪，其矛头无一不是对准周恩来及其代表的党内健康力量。对此，周恩来等虽然坚持斗争，但毕竟已力不从心。
这一年8月间在党的十大上势力得到加强的江青集团，此时向周恩来等进行反扑的一个最有代表性的事件，就是迟群一伙在清华大学搞的所谓“三个月运动”。为发动这场运动，迟群连续发表讲话，把广大教职员工对“文革”的不满和对“教育革命”、“两个估计”的抵制，统统说成是在教育界“出现了一股翻案风”，是“搞反攻倒算”；提出知识分子队伍中“暴露了一小撮右派”，要“毫不留情地揭露批判”、进行“反击”，等等。由此，从10月至12月间，清华园内出现了上揪“资产阶级复辟势力代表人物”、下扫“复辟势力的社会基础”的“反回潮”运动。运动中，迟群一伙为进一步对广大知识分子进行打击迫害，派人进驻学校教研组和一些“重点单位”，大搞所谓“揭盖子”、“夺权”和“占领阵地”。这场运动，严重地影响到北京和外省市的许多院校。
在“反回潮”运动的基础上，经毛泽东批准，江青一伙于1974年初发起全国性的批林批孔运动。对周恩来进行极其露骨的诬蔑、中伤。周恩来陷于更加困难的境地。
周恩来领导的1972年前后批判极“左”思潮的斗争，虽然最终遭到挫折，但它对于当时以及后来的政治、经济形势，都产生了深刻的影响，成为党和人民在十年“文革”中所进行的艰难曲折斗争的一个不可分割的组成部分。