峻本以单家聚众于扰攘之际，归顺之后，志在立功，既有功于国，威望渐著。
至是有锐卒万人，器械甚精，朝廷以江外寄之。而峻颇怀骄溢，自负其众，潜有异志，抚纳亡命，得罪之家有逃死者，峻辄蔽匿之。众力日多，皆仰食县官，运漕者相属，稍有不如意，便肆忿言。
时明帝初崩，委政宰辅，护军庾亮欲征之。峻闻将征，遣司马何仍诣亮曰：“讨贼外任，远近从命，至于内辅，实非所堪。”不从，遂下优诏征峻为大司农，加散骑常侍，位特进，以弟逸代领部曲。峻素疑帝欲害己，表曰：“昔明皇帝亲执臣手，使臣北讨胡寇。今中原未靖，无用家为，乞补青州界一荒郡，以展鹰犬之用。”复不许。峻严装将赴召，而犹豫未决，参军任让谓峻曰：“将军求处荒郡而不见许，事势如此，恐无生路，不如勒兵自守。”峻从之，遂不应命。朝廷遣使讽谕之，峻曰：“台下云我欲反，岂得活邪！我宁山头望廷尉，不能廷尉望山头。往者国危累卵，非我不济，狡兔既死，猎犬理自应烹，但当死报造谋者耳。”
于是遣参军徐会结祖约，谋为乱，而以讨亮为名。约遣祖涣、许柳率众助峻，峻遣将韩晃、张健等袭姑孰，进逼慈湖，杀于湖令陶馥及振威将军司马流。峻自率涣、柳众万人，乘风济自横江，次于陵口，与王师战，频捷，遂据蒋陵覆舟山，率众因风放火，台省及诸营寺署一时荡尽。遂陷宫城，纵兵大掠，侵逼六宫，穷凶极暴，残酷无道。驱役百官，光禄勋王彬等皆被捶挞，逼令担负登蒋山。裸剥士女，皆以坏席苫草自鄣，无草者坐地以土自覆，哀号之声震动内外。时官有布二十万匹，金银五千斤，钱亿万，绢数万匹，他物称是，峻尽费之。矫诏大赦，惟庾亮兄弟不在原例。自为骠骑领军将军、录尚书事，许柳丹阳尹，加前将军马雄左卫将军，祖涣骁骑将军，复弋阳王羕为西阳王、太宰、录尚书事，羕息播亦复本官。于是改易官司，置其亲党，朝廷政事一皆由之。又遣韩晃入义兴，张健、管商、弘徽等入晋陵。
时温峤、陶侃已唱义于武昌，峻闻兵起，用参军贾宁计，还据石头，更分兵距诸义军，所过无不残灭。峤等将至，峻遂迁天子于石头，逼迫居人，尽聚之后苑，使怀德令匡术守苑城。峤等既到，乃筑垒于白石，峻率众攻之，几至陷没。
东西抄掠，多所擒虏，兵威日盛，战无不克，由是义众沮衄，人怀异计。朝士之奔义军者，皆云：“峻狡黠有智力，其徒党骁勇，所向无敌。惟当以天讨有罪，诛灭不久；若以人事言之，未易除也。”温峤怒曰：“诸君怯懦，乃是誉贼。”
及后累战不捷，峤亦深惮之。管商等进攻吴郡，焚吴县、海监、嘉兴，败诸义军。
韩晃又攻宣城，害太守桓彝。商等又焚余杭，而大败于武康，退还义兴。峤与赵胤率步兵万人，从白石南上，欲以临之。峻与匡孝将八千人逆战，峻遣子硕与孝以数十骑先薄赵胤，败之。峻望见胤走，曰：“孝能破贼，我更不如乎！”因舍其众，与数骑北下突阵，不得入，将回趋白木陂，牙门彭世、李千等投之以矛，坠马，斩首脔割之，焚其骨，三军皆称万岁。峻司马任让等共立峻弟逸为主。求峻尸不获，硕乃发庾亮父母墓，剖棺焚尸。逸闭城自守。韩晃闻峻死，引兵赴石头。管商及弘徽进攻庱亭垒，督护李闳及轻车长史滕含击破之，斩首千级。商率众走延陵，李闳与庱亭诸军追之，斩获数千级。商诣庾亮降，匡术举苑城降。韩晃与苏逸等并力攻术，不能陷。温峤等选精锐将攻贼营，硕率骁勇数百渡淮而战，于阵斩硕。晃等震惧，以其众奔张健于曲阿，门厄不得出，更相蹈藉，死者万数。
逸为李汤所执，斩于车骑府。
管商之降也，余众并归张健。健又疑弘徽等不与己同，尽杀之，更以舟军自延陵向长塘，小大二万余口，金银宝物不可胜数。扬烈将军王允之与吴兴诸军击健，大破之，获男女万余口。健复与马雄、韩晃等轻军俱走，闳率锐兵追之，及于岩山，攻之甚急。健等不敢下山，惟晃独出，带两步靫箭，却据胡床，弯弓射之，伤杀甚众。箭尽，乃斩之。健等遂降，并枭其首。
孙恩，字灵秀，琅邪人，孙秀之族也。世奉五斗米道。恩叔父泰，字敬远，师事钱唐杜子恭。而子恭有秘术，尝就人借瓜刀，其主求之，子恭曰：“当即相还耳。”既而刀主行至嘉兴，有鱼跃入船中，破鱼得瓜刀。其为神效往往如此。
子恭死，泰传其术。然浮狡有小才，诳诱百姓，愚者敬之如神，皆竭财产，进子女，以祈福庆。王珣言于会稽王道子，流之于广州。广州刺史王怀之以泰行郁林太守，南越亦归之。太子少傅王雅先与泰善，言于孝武帝，以泰知养性之方，因召还。道子以为徐州主簿，犹以道术眩惑士庶。稍迁辅国将军、新安太守。王恭之役，泰私合义兵，得数千人，为国讨恭。黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑谘议周勰等皆敬事之，会稽世子元显亦数诣泰求其秘术。泰见天下兵起，以为晋祚将终，乃扇动百姓，私集徒众，三吴士庶多从之。于时朝士皆惧泰为乱，以其与元显交厚，咸莫敢言。会稽内史谢輶发其谋，道子诛之。恩逃于海。众闻泰死，惑之，皆谓蝉蜕登仙，故就海中资给。恩聚合亡命得百余人，志欲复仇。
及元显纵暴吴会，百姓不安，恩因其骚动，自海攻上虞，杀县令，因袭会稽，害内史王凝之，有众数万。于是会稽谢钅咸、吴郡陆瑰、吴兴丘尫、义兴许允之、临海周胄、永嘉张永及东阳、新安等凡八郡，一时俱起，杀长史以应之，旬日之中，众数十万。于是吴兴太守谢邈，永嘉太守谢逸，嘉兴公顾胤，南康公谢明慧，黄门郎谢冲、张琨，中书郎孔道，太子洗马孔福，乌程令夏侯愔等皆遇害。吴国内史桓谦，义兴太守魏傿，临海太守、新蔡王崇等并出奔。于是恩据会稽，自号征东将军，号其党曰“长生人”，宣语令诛杀异己，有不同者戮及婴孩，由是死者十七八。畿内诸县处处蜂起，朝廷震惧，内外戒严。遣卫将军谢琰、镇北将军刘牢之讨之，并转斗而前。吴会承平日久，人不习战，又无器械，故所在多被破亡。诸贼皆烧仓廪，焚邑屋，刊木堙井，虏掠财货，相率聚于会稽。其妇女有婴累不能去者，囊簏盛婴儿投于水，而告之曰：“贺汝先登仙堂，我寻后就汝。”
初，恩闻八郡响应，告其属曰：“天下无复事矣，当与诸君朝服而至建康。”既闻牢之临江，复曰：“我割浙江，不失作句践也。”寻知牢之已济江，乃曰：“孤不羞走矣。”乃虏男女二十余万口，一时逃入海。惧官军之蹑，乃缘道多弃宝物子女。时东土殷实，莫不粲丽盈目，牢之等遽于收敛，故恩复得逃海。朝廷以谢琰为会稽，率徐州文武戍海浦。
隆安四年，恩复入余姚，破上虞，进至刑浦。琰遣参军刘宣之距破之，恩退缩。少日，复寇刑浦，害谢琰。朝廷大震，遣冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之击之，恩复还于海。于是复遣牢之东屯会稽，吴国内史袁山松筑扈渎垒，缘海备恩。明年，恩复入浃口，雅之败绩。牢之进击，恩复还于海。转寇扈渎，害袁山松，仍浮海向京口。牢之率众西击，未达，而恩已至，刘裕乃总兵缘海距之。及战，恩众大败，狼狈赴船。寻又集众，欲向京都，朝廷骇惧，陈兵以待之。恩至新州，不敢进而退，北寇广陵，陷之，乃浮海而北。刘裕与刘敬宣并军蹑之于郁洲，累战，恩复大败，由是渐衰弱，复沿海还南。裕亦寻海要截，复大破恩于扈渎，恩遂远迸海中。
及桓玄用事，恩复寇临海，临海太守辛景讨破之。恩穷戚，乃赴海自沈，妖党及妓妾谓之水仙，投水从死者百数。余众复推恩妹夫卢循为主。自恩初入海，所虏男女之口，其后战死及自溺并流离被传卖者，至恩死时裁数千人存，而恩攻没谢琰、袁山松，陷广陵，前后数十战，亦杀百姓数万人。
卢循，字于先，小名元龙，司空从事中郎谌之曾孙也。双眸冏彻，瞳子四转，善草隶弈棋之艺。沙门慧远有鉴裁，见而谓之曰：“君虽体涉风素，而志存不轨。”
循娶孙恩妹。及恩作乱，与循通谋。恩性酷忍，循每谏止之，人士多赖以济免。