2．师资队伍建设滞后
在教师资源上，校企合作的独立学院最初大都是借助合作高校的在职教师和退休教师担任教学工作，这种“应急”的方式有两个好处：一是使学院快速地招生办学，进入发展轨道；二是合作高校的优质师资保证了独立学院的教学质量并增加了学院的声誉。但这毕竟不是长久之计，合作高校教师的人事关系都在原单位，在独立学院只是兼课，往往上完课就走人，责任心不够强，更不容易针对独立学院的学生进行教学研究和教学改革。经过一段时间的发展，独立学院开始建立自己的师资队伍。近年来，校企合作的独立学院有了一支以自己学院聘任的教师为主，合作高校的教师为辅的相对稳定的师资队伍，为人才培养奠定了一定的基础。但是从总体上看，师资队伍建设与学院的发展速度及招生规模相比，还是滞后的。主要表现在：一是师资队伍数量不足。校企合作的独立学院的运行经费主要来自收取学生的学费并向合作高校和投资企业分配后的余额，经费较为紧张。因此，教师队伍的编制控制严格，使得独立学院专职教师数量增长缓慢，远不能满足教学和人才培养要求。二是师资队伍水平不高。因为办学经费紧张，独立学院在维持正常运转的情况下，没有更多的资金用于引进高层次人才，难以建立高水平的师资队伍。在此之前，校企合作的独立学院从社会上招聘教师，基本上是应届本科、硕士生，近年来有少数基础好、发展快的学院能引进少量博士生进入教师队伍。因而，学院的教师队伍教学经验不足，工资及福利保障条件相对较差，教师的培训及成长机会欠缺，使得教师素质提升不快，而且流动性较大，从长远看，对校企合作的独立学院发展是一大制约因素。
3．资本营利性与教育公益性的矛盾
在没有国家财政性教育经费支持的条件下，独立学院采用市场机制配置教育资源，从而使得独立学院从管理型组织正在走向经营型组织，甚至采用类似于企业管理的市场机制来改革大学的典章制度，以利于节约成本和提高办学效益。这一点，在校企合作的独立学院尤为突出。企业资本注入独立学院，其目的是为了谋利，因此企业资本注定了要从办学中获取回报。独立学院的创办是为了扩大高等教育规模，拓宽办学思路，为社会经济服务，是一项公益性的事业。如何协调谋利与公益事业之间的关系，资本的营利性逻辑与教育的公益性本质属性在独立学院这块平台上如何形成新的统一？
在校企合作中，有的办学者有急功近利的思想，过分强调营利，把独立学院看成企业，用办企业的思想观念、产业化的运作模式来办学，忽视了企业与高校的本质区别，不利于独立学院的长远发展。独立学院在良性的发展过程中，必然会出现盈余。如果办学者能够很好地运用盈余部分，对独立学院的学科建设、课程建设、教师队伍建设等基础性工作给予更多的投入，则可形成可持续发展的实力。一些资金实力雄厚、具有战略眼光的企业认识到了这一点，不急于从独立学院取走回报，而是把盈余用于对学院的再投资，使学院的办学条件和办学实力不断增强。
著名教育学家潘懋元教授曾在一次民办高等教育高级论坛上指出：“公益性和营利性，是教育在一定时代背景下相辅相成、相得益彰的两种属性。具备营利性才能生存、才能发展、才能更好地彰显教育的公益性。”“不得以营利为目的，不是说不能营利，营利是进入市场经济阶段后必然存在的。公益是目的，营利是手段，法律没有规定不得以营利为手段，而是说可以获得合理回报。”[4]按照这种权威性逻辑，我们或许能够在独立学院这块平台上找到一种新的平衡。
在独立学院的现实发展中，较高的学费标准和没有国家助学贷款资助，已使得在“分数面前人人平等”的教育公平性原则再次面临新的挑战。一度出现学生背景的“非富即贵”，也有悖于教育的公益性原则，甚至会对独立学院的长远发展产生不利影响。对于独立学院，教育部规定“投资者有一定的赢利”，因而协调好营利性与公益性的关系，关系到独立学院，尤其是校企合作的独立学院长远的可持续发展能力。有人认为，教育将是未来最具有竞争力、最有活力的朝阳产业。投资教育，相当于买到优质的原始股，但是，我们也要更清楚地看到教育的公益性质。如果公办高校怀着举办独立学院是为解决本校财政性教育拨款不足、学校编外人员去处的观念，加上投资者过分的营利性要求，那必然违背教育的公益性本质。作为企业，投资举办独立学院，不应单纯追求经济回报，也应该从承担社会责任和扩大企业知名度方面进行综合考虑。
三、校校合作模式
（一）校校合作模式的产生
校校合作模式是指具有较强办学实力的两所或两所以上的高校，根据各自的教育资源状况，以不同方式合作办学。校校合作模式主要有中外合作模式与公私合作模式两种基本类型。中外合作模式是由我国高校与国外教育机构合作举办独立学院，双方共同承担教学、管理工作，其中，国外教育机构主要提供有特色的学科专业、课程教材、师资、教学方法及教学计划、学历资格证书等，也有的提供资金、教学设备条件而进行教学和科研等方面的合作。该模式的创办背景一方面是由于西方发达国家教育资源过剩。西方发达国家现代教育起步早，发展快，已经进入比较成熟的时期，而其国内人口又相对稀少，致使出现教育资源过剩，这就为中外合作办学提供了一部分物质基础，教育资源的过剩使其自然将眼光投向海外，而中国人口众多，教育资源短缺，无疑是一个大型教育市场，于是经济利益驱使西方发达国家进入我国教育市场。海外办学多投资于高等教育、职业教育领域，并可以带来可观的经济收益，因而在海外办教育可以从中获得丰厚的经济收益与社会收益。西方学校，尤其是知名度一般的学校进入其他国家教育市场，无疑也是获得了一个扬名海外的机会，有助于其无形资产的积累。另一方面，则由于我国人口众多，教育尤其是高等教育供给量不足，在1999 年高校大扩招之前，我国高等教育还处于精英教育阶段，大多数有志于继续深造的莘莘学子无法获得进入大学的“通行证”，国外学校与我国联合办学既可以马上获得生源，也为学子们提供了一个深造的机会，满足了我国高校借鉴并吸收国外先进的教学与管理经验。毋庸讳言，西方发达国家拥有比我国先进的办学理念、课程与学制设置及管理经验等，中外合作办学可以给我国教育工作者一个不用出国即可学习外国先进经验的机会，这也是培养通晓中外的现代型人才的需要。
公私合作模式包括公立高校与民办高校合办的独立学院以及公立高校与港澳台同胞、海外侨胞联合创办的独立学院，它的产生有着深刻的背景。在我国，民办高校存在时间短，师资力量弱，社会信任度不高，且绝大多数民办高校没有资格授予学历文凭。在公立高校扩招、中外合作办学蓬勃兴起的形式下，民办高校面临着前所未有的困难，一些学校甚至因为招生不足而濒临关门的危险。在这种情况下，一些民办高校的创办者选择了“委身”于公立高校，与公立高校联合办学成为其独立学院发展路径。这样既可以使民办学校得以生存和发展，又可以扩大公立高校的办学规模，产生规模效益，实现双赢。
（二）校校合作模式的优势
1．教育资源整合的优势
校校合作的双方都是教育界和行家，从彼此熟悉的专业或学科做起，合作双方共同探讨学科规划与专业教学计划的制订与实施，以现有的师资、设备为平台，实现实验室、实训基地、图书馆、师资、运动场等资源共享，以项目为载体，开展多方位的科研合作、大学生科技创新活动，以网络视频会议和实地考察交流活动形式，积极寻求在高级应用型人才培养方面的合作点，建立合作互动机制，实现互利双赢。通过多方面的合作，进一步促进其合作办学事业更上一层楼。
2．扬长避短，优势互补
公立高校与民办高校合作办学所形成的独立学院在这方面优势比较明显。公办教育能够集中资源，有大的投入，提供基础性的教育，也能做一些集大成的文化事业。但另一方面，公办教育也有它的弊端———缺乏创新活力。民间办大学和国家办大学各有优、劣势。独立学院存在的一个重要意义在于：仅靠公立大学自身的改革，没有足够的动力。我们在经济领域中也看到这一点，我们仅仅推动国有企业去改革，一般来讲缺少动力，但是如果推动民营企业的发展，它反过来会对国企形成竞争压力，为国企的改革提供压力和动力。我们强调独立学院民间化的方向，本身包括了对公立大学改革的推动。
3．良好综合素质的培养优势
良好的综合素质养成也得益于中西文化的共同影响和渗透。素质是由知识沉淀、内化、升华而生成的一种结果，其表现可以是一种生活态度，一种认识问题的崭新角度，一种解决问题的方法，一种做人做事的基本能力，对学生综合素质中健康人格、社会责任感及良好协作精神的培养也是非常重要的。当代大学生多为独生子女，一些人从小养成了以自我为中心的心理定势，对他人和社会漠然，自主学习意识淡薄，心理承受能力和生活能力较差。考上大学更使其增添了一项“佼佼者”的帽子，在亲朋簇拥、父母呵护下来到“殿堂”，从迎新开始，学校或辅导员便开始与家长建立并保持联系，随时关注着学生思想动态的发展。对于这种现状，我们不无叹息。尽管各级教育主管部门和高校已经开始了相关素质教育工作并取得了一定成绩，但相对而言，中外合作教育更有利于培养学生健康人格及良好的协作精神。学生在学会了处于学科前沿的专业知识的同时，由于多元文化的吸收和感染，由于摆脱了应试教育的束缚，自我管理机制的引入，使得学生们看到并把握了自己在广袤时空中的位置和角色，增强了自我束缚和控制能力，从而变得宽容合作、坦诚开放、富有同情心。