先是，郑氏已屡败，尽弃闽省海边地，并海坛、金门、厦门等群岛。郑氏之众，悉归台湾。旗军在闽无所用，启圣使客说耿精忠自请入朝，亦劝康亲王杰书请班师，悉其供亿之费，从事平台。时郑克塽袭称延平王，而事皆取决于其下刘国轩、冯锡范。琅以国轩最悍，时方守澎湖，计一战破之，则台湾可不战下；遂以二十二年六月攻澎湖，力战克之，国轩遁归台湾，克塽及锡范等果震慑乞降。琅以八月率师入台受降，克塽及国轩、锡范以下皆出降。琅由海道专奏捷，而启圣则驰驿入奏，迟琅奏二十日而达。圣祖得捷音甚喜，立封琅靖梅侯。启圣以积年经画之劳，赏竟弗及。会启圣又奏言“庙谟天定，微臣无力”，圣祖益疑其有怨望意，未几启圣以疽发背卒。卒后，尚论之士多有为启圣鸣不平者，因于琅有贬辞。其实为国立功，琅与启圣所见自同，唯其奏捷取巧，受爵不让，有攘功之迹，掠赏之情，亦可议者。其论台湾之善后，朝议主迁民弃地不设守。李光地为泉州产，于此役颇自谓有所参预，圣祖亦以其晓事，询问之。
光地尤主张招红毛畀以其地，此见光地自撰《语录》及《年谱》；圣祖不纳。琅疏争其事，略言：“顺治十八年，郑成功攻红毛破之，踞台湾地，窥伺南北，侵犯江、浙，传及其孙克塽，积数十年。一旦畏天威，怀圣德，纳土归命，以未辟之方舆，资东南之保障，永绝海邦祸患，人力所能致之。若弃其地，迁其人，以有限之船，渡无限之民，非数年难以报竣。倘渡载不尽，窜匿山谷，所谓借寇兵而赍盗粮也。且此地原为红毛所有，时在垂涎，乘隙复踞，必窃窥内地，重以夹板船之精坚，海外无敌，沿海诸省，断难晏然。至时复勒师远征，恐未易见效。如仅守澎湖，则孤悬狂洋之中，土地单薄，远隔金门、厦门，出足不受制于彼，而能一朝居哉！部臣苏拜、抚臣金铉等，以未履其地，莫敢担承。臣伏思海氛既靖，汰内地溢设之官兵，分防两处，台湾设总兵一、水师副将一、陆营参将二、兵八千，澎湖设水师副将一、兵二千。初无添兵增饷之费，已足固守。其总副参游等官，定以二三年转升内地，谁不勉力竭忠！其地正赋杂粮，暂行蠲免。
现在一万之兵，仍给全饷，即不尽资内地转输。盖筹天下形势，必期万全。台湾虽在外岛，实关四省要害，无论耕种犹资兵食，固当议留；即荒壤必借内地挽运，而欲其不为红毛，亦断不可弃。弃之必酿成大祸，留之诚永固边隅。事关封疆重大，伏祈乾断施行。”疏入，下议政王大臣等议，仍未决。总督启圣从琅议。上召询廷臣，大学士李霨是琅；寻侍郎苏拜亦请从琅，与启圣同议，请设总兵等宫及水陆兵，并设三县、一府、一巡道。上允行。盖成琅之美者启圣也，琅实负启圣，启圣何尝忌琅。其卒于是年，亦寿数适然耳；必谓愤郁致死，不浅之乎论启圣哉！琅又疏言：“克塽纳土归诚，应携族属，刘国轩、冯锡范应携家口，同明裔朱恒 （《小腆纪传》作鲁世子桓）等，俱令赴京。其武职官一千六百有奇，文职官四百有奇，应候部议。降兵四万余人，或入伍，或归农。”诏授克塽公衔，国轩、锡范伯衔，俱隶上三旗；其余职官及朱恒等，命于附近各省安插垦荒。旋授国轩天津总兵。终清之世，郑氏之后及国轩、锡范，皆以世袭佐领，辖其所属，至清亡乃止。
第四、治民先要治河
河患恒在大乱之后，兵事正殷，无能顾及此事也。清兴，治河有名者，世祖时即用杨方兴、朱之锡二人，先后为总河。其时无所谓科学，方法皆得之工人之经验。其为治河名臣者，第一系廉洁，第二即勤恳。廉洁则所费国帑，悉数到工；勤恳则视工事为身事，可以弭河患者无不留心，除力所不及外，不至以玩忽肇祸。有此二者，其收效恒在徒讲科学者之上，盖虽精科学，仍当以廉洁勤恳为运用科学之根本也。方兴、之锡皆足以当之。顺治元年五月，摄政王兵始入京。六月，遣王鳌永招抚山东、河南。七月即命方兴总督河道。十四年乞休还京师，所居仅蔽风雨，布衣蔬食，四壁萧然。代者即之锡，亦任十年，至康熙五年卒官。时总督朱昌祚奏之锡遗绩言：“之锡治河十载，绸缪旱潦，则尽瘁昕宵；疏浚堤渠，则驰驱南北。受事之初，河库储银十余万，频年撙节，见今财库四十六万有奇。及至积劳撄疾，以河事孔亟，不敢请告，北往临清，南至邳、宿，夙病日增，遂以不起。”此皆述其实，非溢美也。徐、兖、淮、扬间颂之锡惠政，相传死为河神。乾隆时，高宗巡视河工，顺民意封“佑安助顺永宁侯”神号，春秋祠祭，民称之曰朱大王云。后数年乃得名河臣靳辅。
辅任总河在康熙十六年，时吴三桂叛，诸藩、诸降将响应，兵事极棘，河道不治，先后溃决，淮、黄交病，水浸淫四出，下河七州县淹为大泽，淮水全入运河，清口涸为陆地。十六年略有转机，中原已无动摇之象，而辅以先任皖抚，帝奖其实心任事，急欲治河，遂授为河道总督。辅到官，即周度形势，博采舆论，为八疏同日上之。议疏下流，治上流，塞黄、淮各处决口，规划甚备。又议经费所出，计需银二百十四万八千有奇，应令直隶、江南、浙江、山东、江西、湖北各州县借征康熙二十年田赋十之一，工成后由淮、扬被水田亩涸出收获，及运河通行经过商货征税补还。又议裁并冗员，明定职守，严河工处分，讳决如讳盗例。又议官吏工成优叙。复议工竣后守堤兵役。期二百日毕工，日用夫十二万三千有奇。当时工料之贱如此。而廷议以军兴难其事，谓募夫太多虑扰民。帝命辅熟筹，乃宽其期限为四百日，运土改用车驮，募夫可减至四之一。廷议允行。于是治河始有彻底之计划。十八年，如期工竟，急谋增赋，议淮、扬已渐有涸出地苗，除丈量还民外，余田可行屯田法。时论以为有碍民业，乃不直辅，而所修之工亦有小决处，河水亦未尽复故道，辅自请处分。
部议当夺官。帝命辅戴罪督修。部又以决口议令辅赔修，帝以赔修非辅所能任，不允。此皆帝之能用才，不听有司以文法困之也。既而议者谓：“下河被水，辅乃筑堤堵水不使下，何不就下河浚使出海，而反蓄水于高处，既徒拂就下之性，又以下河所涸地，规屯田之利以病民。”劾辅甚厉。劾之者皆正人，若于成龙、汤斌皆是。帝询淮、扬仕京朝者，侍读乔莱等亦右成龙。而辅坚持堵筑，谓下河不可浚使出海。帝意不能不从众议；令侍郎孙在丰董浚口之役，发帑二十万专任之，总河仍任辅。辅言：“下河形如釜底，近海转高，浚之水不能出，徒令海水倒灌为患。”持之甚坚。言官劾辅请加罪，至比之舜之殛鲧，又言屯田累民，并及其幕客陈潢，罪状无所不至。御史郭琇既劾辅，同时劾大学士明珠，直声震天下。而劾明珠疏亦及辅，以故辅之功罪，时论颇不定，至今纪载中尚然。帝谕廷臣：“辅挑河筑堤，漕运无误，不可谓无功；屯田事亦难逃罪。近论其过者甚多，人穷则呼天，辅不陈辩朕前，复何所控告耶？”时在康熙二十七年三月，帝御乾清门，召辅与成龙、琇等廷辩，辅、成龙于筑堤浚口各持所见不相下，琇独言辅屯田害民。辅引咎，遂坐罢，诸右辅者并降谪有差，陈潢亦坐谴。
清初治河，必兼治运。元明以来，建都在北，而粮从南来，运道独恃一水。运河绝黄河而北，故治河必先顾运，视今海陆皆有轮轨为交通情形迥异，故瞻顾尤多。辅既治河，又以漕运向有河运一节；盖清口而上，漕艘行黄河中有百八十里，乃再入运。辅以避风涛之险，自骆马湖凿渠，历宿迁、桃源，至清河仲家庄出口，名曰中河。对清口仅行黄河数里，即入中河，直达张庄入运。此与明初陈瑄凿清江浦导水由管家湖入鸭陈口达淮谓之清口者，为淮南北两大功。当筑堤浚口两论未定以前，先有此通漕成绩，故不获罪。后在丰浚口功卒不就，成龙等亦皆认主张之非。三十年，帝复思起用辅，而辅以老辞矣。帝于三藩平后，即亲视河南巡。二十三年、二十八年两次南巡，皆阅河，益奖谕辅。及是，帝言：“朕听政后，以三藩及河务、漕运为三大事，书宫中柱上，至今尚存。
”河务不得人，必误漕运，及辅未甚老而用之，亦得纡数年之虑。仍命为总河，辅辞，疏请前此缮治所未竟者数事并疏请复陈潢宫，并起用前坐累同贬之熊一潇、达奇纳、赵吉士三人。旋卒，赐祭葬，谥文襄。帝之治河，谓能一劳永逸，非也，然爱惜人才，曲尽众论，有疑义则身临决之，一时理想之说，朝野沸腾，未尝荧听而轻罪争执之人，兢兢业业于武功告成之后，在帝尚为盛年，而持重有为若是，可谓有道之气象矣。陈潢者，杭州才士，辅过邯郸吕祖祠，见题壁诗署潢名，异之，踪迹得潢，礼之入幕，辅所建白，多自潢发之。帝首次南巡阅河，问辅必有通今博古之人为佐，以潢对。后辅疏言潢佐治十年劳，授潢佥事道衔。郭琇劾辅连及潢，逮至京卒。后以辅疏请复其官。生平言河务，有友人张霭生次而述之，为《治河述言》十二篇。圣祖为阅河而始巡幸，亦与高宗之侈游观劳供顿者有不同焉。
第五、蒙古的绥服政策
内蒙四十九旗，早服清。漠北三汗，犹以前代帝族自居，其预朝觐会盟之事，在康熙中叶以前，间以例贡邀赏，略如前代中外对抗意。圣祖不轻启边衅，亦未有相图意也。三汗者，元顺帝后达延车臣汗为蒙古退出塞外后中兴之汗，自漠北入居漠南，盖明初摈蒙古于漠北，至是乃复近塞。有子十人，其四入漠南，子孙占内蒙四十九旗之大半。第八子格埒森札，留故土，号所部曰喀尔喀，析众万余为七旗，授子七人领之，分左右翼。长子阿什海之后长右翼，所部尊之曰札萨克图汗。第四子诺诺和长左翼，其后尊为土谢图汗。又有第五子阿敏都喇勒后，尊为车臣汗，地在瀚海以北，汉唐兵力盛时所不能有，为元都和林所在，古北匈奴之王庭也。左翼复有诺诺和之第四子图蒙肯，以尊奉黄教为西藏达赖喇嘛所喜，令所部奉之视三汗，是为中路赛因诺部。康熙时尚未定袭号，喀尔喀尚只有三汗，而实分为四部。太宗崇德初，以察哈尔平，漠南悉定，遣使宣捷于喀尔喀。喀尔喀来聘，厚赉之。旋贡裘、马等物来谢，诏定制岁献白驼一，白马八，曰九白之贡。此亦蒙古以土物邀赏于中国之惯例，不足言内向也。顺治间，掠内蒙巴林部，中朝责之，令归所掠人畜，不奉诏。历十年始请盟，诏赐盟宗人府，羁糜而已。
喀尔喀西邻厄鲁特蒙古，乃明之所谓瓦喇。瓦喇时称卫拉特，分四部：曰准噶尔，曰杜尔伯特，曰土尔扈特，曰和硕特。准噶尔踞伊犁，势张甚。康熙中，其酋长噶尔丹，自立为准噶尔汗，袭取青海和硕特部，兼有四卫拉特，复南摧回部城郭诸国尽之，转而北，思并喀尔喀。会喀尔喀左翼土谢图汗攻右翼札萨克图汗，杀汗而夺其妾，三部内讧，中朝方遣使偕达赖喇嘛之使为之和解，而噶尔丹亦使其弟入喀尔喀，故激土谢图汗之怒，汗执杀之，噶尔丹遂借词报复，喀尔喀又不设备。二十七年夏，噶尔丹突袭土谢图汗，汗名察珲多尔济，拒战大败。时中朝遣使赴俄罗斯勘界，路经外蒙，喀尔喀乞援，因扬言中国有专使来助己。噶尔丹亦具书来，使臣以好语两释之。噶尔丹知中朝无干涉意也，进兵益急，遍躏三汗地，诸部皆奔溃，谋所向，请决于所奉大喇嘛。大喇嘛时为土谢图汗察珲多尔济之弟，其名号谓之哲布尊丹巴呼图克图。呼图克图者，活佛之弟子，亦崇拜为佛者也。诸部意将近投俄罗斯，呼图克图言：“俄不奉佛，俗尚言语服色皆相距远，莫若全部内徙，可邀万年之福。”众从之，于是七旗举族款塞内附，帝命尚书阿喇尼等，迭发归化城及独石、张家二口仓储，并赐茶、布、牲畜十余万以赡之，使借牧科尔沁地。