宋江一行人一路上晓行露宿，经过七八天小心翼翼地行军，总算是一路平安无事地回到了清风山，早有人将他们接上山去。宋江扎住兵马，仍将带去的一千士卒分开来，分别归到秦明和史进的麾下。
做完这一切，宋江向秦明说起梁山归附二龙山之事，秦明听得山寨又添这许多人马，好生兴旺，心中大为兴奋。
宋江心中却还有一件为难处，当初晁盖七人在黄泥岗劫了杨志负责押运的生辰纲，只怕吴用等人到了二龙山，会与杨志发生龃龉。
吴用何等乖觉的一个人，看到宋江到了二龙山地界，不但没有喜悦之情，反而时时流露出为难神色。他心中可是一片透亮，先行向宋江言道：“梁山被官军打破，我等无立锥之地，幸得主公收录麾下，同归二龙山以举大义。但吴用等人昔日里与杨统领多有误会，只怕到了山寨两下里厮见，不好说话，吴用现修得书信一封，向杨统领致上歉意，烦请主公代我等交与杨统领。我等就先留在清风山上，助秦统领防守山寨，梁山人马就由主公带回二龙山听令。”
宋江默然半晌，心中寻思道：“若真这般做了，岂不显得我二龙山容不下人吗？日后谁还会倾心来投？”宋江毅然道：“吴军师不必如此，我这就命戴统领将军师的书信送到山上，让杨统领前来迎接诸位上山。”梁山众人见宋江思虑如此周详，对其为人愈加敬服。
接下来自然少不了设宴庆祝林冲等人加入二龙山，席间众人谈论起这次战役，颜树德对罗延庆的武艺是赞不绝口，他亲眼见到罗延庆与云天彪并了五六十个回合，丝毫不落下风，最后云天彪狼狈逃走。
林冲深知云天彪的武艺不在他之下，没想到罗延庆这样一个少年竟能将之击败，虽然当时云天彪由于军队溃败不在最佳状态，但这样的战绩也足以惊人了。
罗延庆脸皮儿薄，被众人这么一说，顿时觉得有些不好意思，宋江赶紧出来替他解围，向林冲问起云天彪攻打梁山的事由。怎奈林冲等人对于此事也是一头雾水，到现在都不知道此事因何而起，只有吴用一人在低头沉思，似乎有了一点眉目。
宋江不由得向吴用问道：“吴军师对于此事，可是有了头绪？”
吴用道：“我也不能十分肯定，想是那高俅从高衙内之死上寻根究底看出了什么，毕竟因为高衙内之故曾经遭他陷害的林教头就在我梁山泊，高俅不会不知道。即使他不能肯定高衙内之死与我梁山泊有关，但能够借此机会消灭我梁山泊势力，一则消除了他的一大嫌疑，二来也算是为赵佶解除了一个心腹大患，有了这层关系，他这番公报私仇之举，赵佶也就不会再追究了。”
吴用不愧是智多星，这番猜测竟与事实极为一致。却说高衙内死后，高俅正是听从了心腹孙静的主意，认定了是梁山泊贼人暗害了自己的儿子，这才暗中指使云天彪攻打梁山泊，擒拿晁盖、林冲一干人等，为高衙内报仇。云天彪正想借着高俅这条路子高升，接到高俅的密令之后，当即二话不说就带着大队人马前来攻打梁山泊了，虽然杀了晁盖，但最后还是让林冲给跑了。
宋江感叹道：“好一条一石二鸟的毒计啊，高俅府中想必是有高人在给他支招，此人倒是不可不防。云天彪此番虽然使用卑鄙手段暗害了晁头领，但也没能落得好，景德镇的一千兵马经此一战，只怕所剩无几，能有三百人跟随云天彪回去就不错了，短时间内想来他是不敢前来攻打我二龙山的。”
吴用听出宋江话中有话，不由得问道：“听主公此话，似乎料定云天彪那厮早晚会来寻我二龙山的麻烦？”
宋江恍然道：“也难怪吴军师疑惑，前番我等曾在风云庄上借宿，不想这家小主人竟想在夜里暗害我等，幸亏被我等发现这才逃过一劫，黑夜之中双方发生冲突，那家小主人被我们给打死了，他不是别人，正是云天彪这厮的儿子云龙，此刻想必那老庄主云威已经把这个消息派人告诉云天彪了，云天彪得知儿子被杀，必定不肯干休，将来少不得会有一番厮杀。”
“杀得好，这对父子都不是什么好东西，满肚子的男盗女娼。”刘唐本就是火爆脾气，听罢宋江这番话，当即忍不住叫起好来。
众人又吃了几回酒，说了一些闲话，这时就有人前来通报，杨志已经来到二龙山下，要求面见宋江。宋江心想杨志来得到是挺快，当即命他前来与梁山诸位头领相见。过不多时，只听得帐外脚步声响起，接着就见一个人影闪了进来，正是杨志。
杨志入得帐来，朗声道：“杨志恭迎梁山泊众位头领加入我二龙山，这里给各位见礼了。”说罢朝吴用、林冲等人团团作了一揖。
吴用、林冲不敢怠慢，当即起身还礼。吴用正想为当日黄泥岗之事向林冲致歉，却听杨志接着言道：“既然如今大家都是自己人，就不要再说两家话。”说到这里，杨志拿起桌子上的一只碗，为自己斟满了酒端在手里，道：“今晚让我们干了这碗就，以前的事情就让它过去，今后的事情自然有主公和二龙山的规矩在。”
杨志说完，将手中的这碗酒一饮而尽，吴用、林冲等人也陪着喝了一碗。吴用自然能够听明白杨志话中的意思，自己等人今后再不能按照梁山泊的规矩胡乱行事，一切都要服从二龙山的律令制度。
这样做未必是坏事，经历过这次与云天彪的战事，吴用深刻认识到了梁山泊的战力确实远远不如二龙山，就是与官军相比也大有不如，梁山泊空有四五千人马，还占据着地利，加上公孙一清的道术相助，堪堪抵挡住了云天彪的两千兵马，最后还被别人攻破了大寨，若不是二龙山及时救援，后果不堪设想。
反观二龙山兵马，却是龙精虎猛，训练有素，进退之间暗合阵法，指挥起来得心应手。梁山泊人马若是能够按照二龙山的标准经行整训，以后必定有机会一血前耻，用云天彪的人头来祭奠晁天王的英灵。吴用也知道今后梁山泊人马肯定不会成为一支独立建制的军队，但是能够利用梁山泊旧部为晁天王报仇还是很有象征意义的。
吴用心中瞬间转过这许多思虑，当即向宋江拜倒：“梁山泊全体人马愿听从主公吩咐，今后定当遵守二龙山一应规章制度。”林冲等人也紧随其后向宋江表明自己的心迹。
宋江赶紧扶起众人道：“大家在一起共事，虽然尊我为主，但今后不必行此大礼，拘泥于这些繁文缛节，以后还多有仰仗各位之处。”吴用等人再次致谢后，便接着谈论如何妥善安置梁山泊人马的问题，杨志名义上是二龙山的兵马统领，自然也参与了进来。
梁山泊三军加在一起原有四五千人，经此一战，折损颇大，尤其是水泊大寨一战，留守的八百名步卒为了保护梁山泊的家眷几乎损失殆尽，就连五百名水军也在掩护众人撤退之时损失过半，这对于缺少有经验的水兵的二龙山来说，可谓是一个重大损失。
梁山泊原有的两百名骑兵由于没有直接参与战斗，倒是没有什么折损，步兵的损失就要严重得多了，梁山泊兵马本就没有经过严格的训练，此番与官军交战吃了不少亏，再加上晁盖中了埋伏致使军心慌乱，被官军所乘杀伤不少，如今只剩下两千余人，竟然损失了一半之多。
宋江在前来救援梁山泊之前，就曾与朱武暗中商议过如何安置他们的问题，考虑到二龙山原有军队基本编制工作已经完成，宋江有心建立一个新军。
这样做的好处就是能够为军队培养足够多的骨干成员，一旦大战将启，可以通过广泛征募百姓入伍扩充该军的规模，一个军有了这些基层组织和骨干成员的存在，经过一段为期不长的突击训练，就能使得扩充后的军迅速形成战斗力。
朱武不禁为宋江的这个设想惊叹，宋江的这种建军思想可以说已经超越了这个时代，他不知道宋江是如何想到这样一套高效的精兵思想的，但这并不妨碍朱武对这套建军思想精髓之所在的理解。
在与杨志、吴用等人商议后，宋江宣布成立第二军——梁山军，原有的青州军（即二龙山原有军队的新名称）定为第一军，第二军暂定为三个营（梁山剩余下来的两千余人加上冷艳山、清真山的六百人共三千人组成三个营），林冲任中营将军兼梁山军统领，下辖一千步兵，刘唐、杨烈、焦挺、鲍旭为中营都将军；颜树德任前营将军，下辖一千步兵，沙摩海、邝金龙、杜迁、宋万为前营都将军；秦明任后营将军，下辖一千步兵，强大力、李云、皇甫雄、王伯超为后营都将军，秦明的职务由黄信接任，王俊和周兴调去黄信麾下接任颜树德与黄信离任之职。
梁山泊两百骑兵分由杨再兴、罗延庆负责管带，暂归花荣统领；两百水军仍由阮氏三雄统带，暂归李俊统领。考虑到朱富、朱贵善于经商，调归商务司，由朱贵暂任商务司总管，负责在全国范围内建立起一张商业网，为将来二龙山举兵积蓄经济实力。由于戴宗的一再辞让，公孙胜接任道术司总管之职，戴宗副之。
与此同时，宋江在二龙山建立了另外一个新的部门——参谋部参赞军机，主要负责制定作战计划，担负战争勤务，选择行军道路和宿营地，构筑阵地以及为将帅起草报告和文书等任务，由朱武任总参谋长、吴用副之，军机营归属参谋部管辖，战时由参谋部派出参谋人员随军参与作战。
宋江的这一次分划，其实是深思熟虑过的，梁山泊刚刚归降，自然不宜将原有人马打散。但是梁山的可用之才却也不多，除了林冲有过带兵的经验之外，其他人都是绿林出身，宋江这才将秦明和颜树德调来负责其中两营兵马的统带工作。
颜树德、杨再兴、罗延庆三人在与云天彪交战的过程中，梁山泊人马都见识到了他们的能力，让他们分别统带一营步兵和骑兵也能镇得住场面，秦明乃是将官世家出身，更兼武艺高强，让他统带一营人马也是绰绰有余，梁山泊众人也不好说闲话，阮氏三雄积蓄管领梁山水军，倒也说得上是人称其职。
梁山泊众人看到宋江这番安排并没有故意拆散梁山泊人马，并且将新成立的第二军定为梁山军，心中倒也欢喜，因秦明等人的介入而产生嫌隙也逐渐消弭。