中国农村现行的土地制度是建立在家庭联产承包责任制基础上的；虽然家庭联产承包责任制是中国现代农村集体土地制度变革的一个成功范例，对我国农村经济的发展产生了深刻的影响。但是它毕竟是一种土地使用制度的安排，不能涵盖土地制度的全部内容，不可能解决中国这样一个传统积淀深厚、区域情况复杂的国家农村土地制度的全部问题。特别是随着农村市场化改革的深入，随着农村经济发展和环境条件的变迁，农村集体土地制度安排中的缺陷越来越明显，并成为农村经济进一步发展的障碍。其缺陷主要表现在以下几个方面：
5.1现行农地制度下的“增收之难”
2004年，中共中央、国务院指出：“当前农业和农村发展中存在着许多矛盾和问题，突出的是农民增收困难。全国农民人均纯收入连续多年增长缓慢，粮食主产区农民收入增长幅度低于全国平均水平，许多纯农户的收入持续徘徊甚至下降，城乡居民收入差距仍在不断扩大。农民收入长期上不去，不仅影响农民生活水平提高，而且影响粮食生产和农产品供给；不仅制约农村经济发展，而且制约整个国民经济增长；不仅关系农村社会进步，而且关系全面建设小康社会目标的实现；不仅是重大的经济问题，而且是重大的政治问题。全党必须从贯彻‘三个代表’重要思想，从实现好、维护好、发展好广大农民群众根本利益的高度，进一步增强做好农民增收工作的紧迫性和主动性。”[1]笔者认为，必须认真分析造成农民增收困难的深层次原因，“对症下药”，才能从根本上解决农民增收困难问题。
一方面农地经济产出有限。中华人民共和国建国之前，我国是一个半封建、半殖民地国家。长期以来，在封建社会以农为本、重农轻商（工）及闭关锁国的国策指导下，农业经济占有绝对优势地位，加上战乱不断和我国农民思想保守、容易满足和安于现状，当世界发达国家早就用现代化的机械设备和科技手段进行农业生产的时候，我国部分地区农民至今还在用几千年前封建社会初期就在用的耕牛耕地，用锄头、镰刀等简陋的生产工具和落后的耕作技术进行农业生产。我国是一个人口多、耕地少的国家，人均耕地只有1.5亩，户均耕地只有6亩。改革以来，我国农村普遍建立了家庭承包责任制，耕地按人口平均分配给农户承包经营。改革初期，由于实行家庭承包责任制，打破了“大锅饭”，调动了农民的生产积极性，促进了农业生产的发展。但是，随着时间的推移，这种按人口平均分配土地、一户农民只有几亩耕地、建立在家庭经营规模上的承包责任制，实际上是自给自足的小农经济，其弊端充分暴露出来：产出十分有限，没有发展后劲，只能解决温饱问题。在一些自然条件差、生存环境恶劣的地方，甚至无法解决温饱问题。就中国的经济全局来讲，对外汇率是一个焦点，对内则土地是一个焦点。2003年，中央花了很大的气力把“三农”问题列为全部工作的重中之重，解决了减免农业税的问题。再加上粮价上涨，中央大概给农民的好处总值在千亿元以上，确实缓解了一些社会矛盾。我们在讲到和谐社会的建立，特别是讲到乡镇以下的治理结构的时候，会发现这里还缺少条件：就是没有土地作为经济支撑的平台，没有一个以金融作支持的要素流转和利益转移。很显然，县乡以下很多问题的解决，光有减免税是不行的；同时，仅依靠免除农业税收农民是富不起来的。
另一方面农地规模经营难至[2]。现行土地制度是农村劳动力向城市转移的大障碍之一。如果进城农民可以从放弃土地中得到利益，其他障碍可以用支付货币的办法来化解，这个货币当然来自农民放弃土地时的收益。假设在外出务工劳动力中，在县城务工劳动力愿兼业，不愿弃土地；而在大中城市务工的劳动力意脱离农业，且合适条件下愿弃土地。据调查，可以假设20%的农村劳动力在县城务工，80%的劳动力在大中城市务工。另据调查，城市务工劳动力中约有9%处于半流浪状态，年没有工作时间在半年或以上，难以在城市定居。按目前农民外出务工总量1亿算，有0.72亿劳动力职业稳定或较稳定，一定条件下可能放弃土地。在这0.72亿劳动力中，又有37%左右是女子，绝大部分是陪同丈夫务工，未婚女子也多嫁给打工者，不愿返乡。[3]则至少2664万户农民土地已转由他人耕种。另有1872万男性已婚打工者把配偶留在家里，假设一半有可能是潜在城市定居者，则有3600万户农民可能放弃土地。2002年乡镇企业增加值32385亿元，城镇年平均工资水平7667元，乡镇企业工资总额一般约为增加值总额的1/3，为10700亿，年平均工资约8231元，超过城镇平均工资水平。两个乡企职工收入使一个家庭不再依赖农业生产是完全可能的。则全国至少有1亿农户有可能将土地转租或放弃农业成为非农领域居民。粮食生产户数占总农户数比重按统计资料约67%，假设外出务工者主要种植粮食，则全国粮食生产农户约1.6亿户（以2002年数据为基础），耕种约13亿亩粮田，1亿农户是可能放弃粮食生产的。按照此假设，如果土地制度改革适当，促进一部分愿意并且已在大中城市就业和乡镇企业就业的农民放弃粮食生产，我国粮食种植业农户数量可能剩下6000万，户均土地面积将达到21.6亩。按此规模和2004年价格计算（每亩约650斤，成本200元，0.7元/斤），每亩纯收入255元，粮食种植户均收入为5500元，人均1730元。如不考虑劳动力转移因素及由此产生的经营规模的变化，目前粮食种植户在粮食生产上的收入人均仅652元。但如考虑上述因素，以2003年农民人均2622元计算，则人均收入增长41%。显然，这个增长没有到来是一种损失。近年我国乡村人口数量在持续下降，可进一步计算出未来可能的规模经营变化条件下粮食种植业农户收入增长的情形。
假设每年继续有1.28%农户稳定转移到大中城市且粮食种植面积不变，则由表5-2显示：如果仅改变土地制度，不采取城市化政策，粮食种植户在粮食种植方面纯收入仍可按年1.3%提高，从现在到2025年，提高可达31%，这和杨小凯等对1992年之前在假设条件下对农民收入增长速度的估计是非常接近的。
若土地制度改革同时，采取城市化政策，如假设粮食种植业农户向城市转移的速度提高2%，种粮户经营规模2025年将达43.67亩，收入年均增加3.4%。
5.2现行农地制度下的“征地之痛”
一方面农地收入分配不公。中华人民共和国建国以来，国家为了加速工业化和城市化进程，一直实行重工轻农、以农补工和重城市轻农村的政策，向农业过度索取。除向农民征收农业税之外，还通过暗取方式向农民索取：一是用各种名目的行政事业性收费、政府性基金和政府性集资以及农民义务工、劳动积累工等形式无偿平调、强行摊派，向农民索取资金、物资和劳动力，用于工业发展和国家建设，所索取的数额是一个无法统计的数字。二是用工农业剪刀差向农民索取，据估算，索取的数额，1952—1989年为9716.75亿元，相当于国家统计局计算的同期农业净产值的1/5。另一种计算的数额大大高于此数。1953—1978年的剪刀差达9494.9亿元，相当于同期农业净产值的57.5%。中共中央政策研究室、国务院发展研究中心的“农业投入课题组”曾经作过估计：仅1979—1994年的16年，政府通过工农业剪刀差大约取得了15000亿元收入，同期农业税收入1755亿元，财政支农支出3769亿元，政府提取农业剩余净值12986亿元。平均每年从农业部门流出的资金净额达811亿元。特别是从1994实行分税制以来，县乡财政困难加剧，农村税费任务年年加码，乱收费、乱集资、乱摊派和各种名目的乱罚款屡禁不止，农民入不敷出，造成耕地大量撂荒，乡村组织负债累累，难以维持正常运转。[4]同时，就近年情况，国务院发展研究中心的韩俊作了调查，得出一个基本的数字：2004年全国耕地减少总量是80万公顷，进入建设使用的15万公顷，其中的1/3、即近5万公顷进入拍卖，拍卖总价是3000多个亿，15万公顷就应该是大约1万亿。那么土地增值部分的收益是怎么分配的呢？包括农民的补偿在内，只有20%—30%留在村一级，农民的补偿款占5%—10%；而各种各样的公司，主要是各种城市的建筑公司、土地储备公司、开发区外商投资公司等等，拿走了土地增值收益的大概40%—50%，最后就是城市政府拿走了20%—30%[5]。这个调查非常关键，它显示出全国一年中被转移的上万亿土地收益是如何被分配的。所以，土地问题实际上成了国内在决策讨论中各方利益博弈的真正焦点，也是中央希望解决的最重大的问题之一。
另一方面征地剥夺深入延续[6]。从近两年的投诉、上访案例看，即使是与土地溢价悬殊巨大的征地补偿款，农民最后也不一定能拿到手。对此现象，有人一针见血地概括为“拿别人的地，发自己的财”。在一波又一波的新“圈地运动”中，农民成为被剥夺者，有近4000万农民成为无地、无业、无社保的“三无”农民。一些学者由些提出要“叫停城市化”、“反对市场化”。其实，问题不在城市化、工业化、市场化本身，问题在于我们的土地制度。农民因土地被占用，究竟给社会贡献了多少资金，不易计算，一是因地理位置和土地需求强度不同，各地耕地在转为建设用地时最高价格差异很大。二是按照市场经济原则，即使政府征用土地，也应按照市场价格来支付土地购买费用，这应是估计农民在出让土地中的利益损失的一个基础。但市场价格却是难以确定的，在市场扭曲情况下无法确定合理的市场价格。三是不能把各地最终土地使用价格拿来计算，因为该价格根本无法获得且有很大的投机因素。
下面用经济分析的办法来测算农民土地权益的损失。按照一般经济理论，在比较充分的竞争态势下，国民收入一般分解为三大要素的收入，而地租收入一般占到国民收入的10%，建国初期我国农民作为土地的所有者，在他们的土地大量转为非农用途后未获得过地租收入，只是在改革开放以后，农民的土地被占用后，才获得了很少数量的“补偿费用”。按国家统计局发布的统计数字，只能找到1978年以后的非农产业的GDP。GDP与国民收入之间的差异，按一般情形依10%扣减后的余额为国民收入计算。1978年以前的GDP没有数据，也不好从工业品的物质总量中推出，按1952年至1982年间的人口增长率（2%）为GDP的增长率，因为假设这个时期人均生活水平没有提高更具合理性。另假设1956年以后国家开始无偿使用农民土地，此前的GDP中的土地报酬假设已经归土地所有者所有。即使后来剥夺了这些居民的土地报酬，但他们已经是城市居民，不属于农民，故不考虑。由此推算出以下两项结果：第一，从1952年至2002年，农民向社会无偿贡献的土地收益为51535亿元。第二，以2002年无偿贡献的土地收益为7858亿元计算，相当于无偿放弃了价值26万亿的土地财产权（按照银行利率3%计算）。从有关数字看，自从我国实行土地征用补偿政策以来，我国累计支付的土地征用费不超过1000亿元。应该说这个分析是保守的。政府征地行为失范首先表现为政府为发展经济，在不经过科学的论证的情况下盲目征地，征地后由于经营不善造成土地抛荒和闲置现象严重。以开发区土地征用为例，2003年国土资源部清查的开发区规划面积就达3.54万平方公里，大大超过了现有城镇建设用地总量。据国土资源部的统计，在全国省级以上900多家开发区中，规划了近2万平方公里（3000万亩）土地，已经开发的仅占规划总面积的13.51%，近1.73万平方公里（2600万亩）土地闲置荒芜，占规划总面积的86.5%[7]。这说明，在征用农民土地的总量中，只有一部分进入了产业领域，成为非农产业的生产要素。而以上测算实际仅涉及该部分土地。这说明，中国农民放弃的土地财产权的总价值要大于20万亿元人民币。按照此分析结果，农民实际收益应比目前高出40%以上。但是，这些收益被转到了社会其他阶层和各级政府手里。如果20万亿的财产权收入用来给农民购买房屋，按20万元一套的价格，可购买1亿套房屋，正好是目前农民进城务工的总数。如果用来做进城务工农民社会保险基金，也极为可观。20万亿财产权收入，已超过了我国改革开放以来累计各项社会保险收入。