张献忠屠蜀问题，是我国历史上的一个公案。明清之际，四川人口的锐减是惊人的。明万历六年（1578年），据官方统计，四川省“户二十六万二千六百九十四，口三百一十万二千零七十三”（《明会要》卷五十。不包括大量的荫户、漏户以及逃亡人口），但到清康熙二十四年（1685年），四川“通省之户口，总计仍不过一万八千九十余丁”（见嘉庆《四川通志》），若把妇孺估算在内，设每丁折合五人，也只有九万余口。历代封建文人把四川人口的锐减归咎于张献忠，说他是杀星下界，杀人如麻。《明史·张献忠传》说张“性狡谲，嗜杀，一日不杀人，辄悒悒不乐”，至有“共杀四川男女六万万有奇”之说法，甚是骇人听闻。试想，据《明史》所载，明万历六年“天下”总共也只有“户一千六十二万一千四百三十六，口六千六十九万二千八百五十六”，而四川仅有“三百一十万二千零七十三人”，何有杀人“六万万有奇”？显然是恶意诋毁。诚然，明末清初四川的人口大幅度锐减，但有多方面的原因，主要是战乱和灾荒以及明清统治阶级对四川人民的残酷镇压造成的。
鲁迅先生在《晨凉漫记》中谈到过张献忠的杀人问题：“他开初并不很杀人，他何尝不想做皇帝。后来知道李自成进了北京，接着是清兵入关，自己只剩下没落这一条路，于是就开手杀，杀，……”看来，鲁迅先生认为张献忠后期确有“滥杀”行为。但也有的历史学家提出异议，认为这只是一篇影射性的政治杂文，意不在作专门的历史评价。对张献忠在四川有没有“滥杀”，在历史学家中甚多分歧。
一种意见认为，张献忠起义军纪律严明，部属深为四川人民拥护和支持。大顺二年（1645年）三月《大西骁骑营都督府刘禁约碑》明令严禁“扰害地方”、“妄害良民”。《石匮书后集·盗贼列传》说：“十三年良玉大破献忠于太平县之玛瑙山，斩首万级，献忠骁锐具尽，止骁骑千余自随。走兴归山，伏深箐口，重贿山民，市盐刍米酪，山中人安之，反为贼耳目。献忠得以休复，收散亡，养夷伤，群盗往往归之，兵复振。”这正反证了张献忠与群众关系是不错的。再则举《荒书》作者费密和《蜀难叙略》的作者沈荀蔚为例，两人分为新繁、华阳的仕宦之家，在张献忠建立大西政权后，他们并没有逃离川西，依然过着呼奴使婢的官僚地主生活。而进士出身的成都县令吴继善还做了大西政权的尚书，在1644年，他的眷属与沈荀蔚一道逃离成都，“由双流、新津入临邛城暂住”（《蜀难叙略》），可见，对明朝官吏和世宦之家也绝不是乱杀一气的，更何况平民百姓。顾山贞的《客滇述》中，有一段谈到：“贼走梓潼，官兵迫及之，杀贼五六百人，擒老弱数百人，杀罗汝才弟。张献忠复犯官兵，至灵阳庙，夺老弱，走剑阁，自广元入汉中。”可见张献忠，为了数百老弱，尚能亲冒矢石救援，当知与民共休戚。张献忠在四川所杀之人，或是顽抗固守的明军。《罪惟录》说：“城破，瑞王阖宫被难。旧抚臣陈士奇死之、屠重庆——取了壮万余，刳耳鼻，断一手，驱狗各州县。”或是明宗室和官绅。“陷成都，蜀王阖宫被难。
巡抚龙文光暨道府各官，皆死之。檄诸绅于成都，皆见杀。”（《罪惟录》）此外，还杀过士子数千，因为这些士子要勾引外力倾覆张献忠。《怀陵流寇始终录》卷十八说：“朝天关逻者获成都诸生颜天汉等通闯贼书。怒，诡称开科，尽杀之青羊宫。”又说张献忠每闻所在地主武装杀官据土，笑曰：“是惟尽诛之，始不起义耳。”（《滟滪囊》）目的是防止地主武装蔓延。从所屠人数和对象来看，张献忠在川并没有乱杀。
另一种意见认为，张献忠在四川有“杀人”扩大化的问题。
虽不如古人添油加醋描绘的那样无所不用其极，但也不是屠戮行动中被杀的都是罪有应得之人，甚至也波及到一般平民百姓。例如，顺治二年十二月应张献忠开“特科”前来赴选的进士、举人、贡士人，被张称为“谋图不轨”，一次屠杀至少有5000人之多。再如屠城。《蜀乱》谓攻成都，数日不下，攻陷后“屠城三日，贵贱同尽。惟少艾妇女为营伍所匿者暂得免”；谓攻重庆时“尽屠其城。间有避匿得存者，查出复断其手”。这些当有过甚之辞。但张献忠这种“除城尽剿”的政策，显然无法真正划分顺逆的界线，而玉石不分的剿杀势必造成镇压的扩大化。另外，张献忠还杀过医僧匠役。《蜀难叙略》云：“僧道医卜百工技艺之人，或托斋醮，或考试，或兴大工之类，（献忠）悉诱之杀之。”更为严重的错误是在农民军内部的残杀。张献忠与李自成在川北与汉中地区多次发生武装冲突，以至发展到屠杀靠拢李自成的四川人。清军入关以后，大西政权成为清军、明军和地主武装攻击的主要目标，张献忠“外有强邻压境”，内有四川境内许多地主武装暴乱，自以为“蜀人负朕，恨入骨髓”，敌我不分，首从不问，自杀军士，确定军队要屠的有三等：“其一系川人，在川应募者，有系川人而在他省投充入伍者；其二系他省人而在他省投充入伍者，有系他省人而在川中随营者；其三有系明朝官兵来者，有系阵前俘获者，又有系夥并响马内收入者，俱当尽诛。”这是一种自毁长城的大屠杀政策。有人认为由于粮食奇缺，张献忠的部队不得已而杀人充饥。不管怎么说，这样的大屠杀免不了造成滥杀和镇压扩大化。
第三种意见，也肯定了这些大规模杀人的事实。所不同的是认为不必斤斤纠缠在一个“杀”字上。张献忠的尽剿和屠城等政策，正是大西政权反封建性质的必然产物。张献忠在建立大西政权之后继续坚持反封建斗争，地主阶级反动分子极端仇视，纷纷逃往深山，组织反动武装，投降了的原明官吏和地方上的士绅终因自身的利益受到损害，与地主武装合流，掀起越来越大的反抗活动。张献忠派军四出进剿，大加杀戮，一发而不可止，在镇压反叛时，刀兵之中，普通人民不免有被误伤误杀之事。
这样，在张献忠有没有屠蜀问题上，有的认为张献忠在四川屠戮很多；有的认为他并没有乱杀人；或说张献忠滥杀无辜不可取；或说为坚持农民革命政策，玉石俱焚，错杀难免。褒贬毁誉，众说纷呈，各执一是，终无定论。