对三峡水域航道的测量，大致经历了三个阶段：
一是个人单独施测。如宋淳熙十二年（公元1185年）正月二十五日，“开封成镛子韶寄瞿塘关”，遣人撑舟重绳坠石测量滟澦堆之水，约84丈。清代嘉庆、道光年间，由世代经营川鄂运输的巨商李本忠捐资除滩，对包括新滩在内的三峡航道进行较大治理，前后耗银20万两，历时36年，从湖北归州（秭归）到四川夔府（今重庆奉节）凿滩、除礁、修纤道48处。之后，他根据几十年积累的资料，编写了《蜀江指掌》，以指导峡江安全行船，其作用不亚于他对具体航道的施治。清代光绪十五年（1889年），巴县知县国璋曾对宜昌至重庆段的航道进行勘测，并绘图97幅，题名《峡江图考》，分装上下两卷，上卷从宜昌到奉节，有图53幅，下卷从奉节到重庆，有图47幅。虽然准确性较差，但内容比较丰富、全面，不失为三峡水域航道测绘的一项基础性工作。
二是英、法等国为其在三峡水域通行轮船而对航道进行测量。如1887年英人蒲兰田曾率测量队对宜昌至重庆航段进行测量，绘制航线图，并设置标杆、浮标等导航设施。1902年法国海军少佐虎尔斯特也率测量队对宜昌至重庆和重庆至宜宾航段进行测量，搜集了大量资料。其后，法国海军又多次派员来测量三峡水域和四川境内的其他航道。他们在掌握了大量实地测量资料的基础上，也参考了国璋等人绘制的航道图，绘制并于1922年出版了《川江河道图》。此图准确性良好，而且更加全面，其目的是为该国轮船入侵三峡水域提供航行资料，但也为中国轮船行驶三峡水域和整治三峡水域航道提供了较好的航道依据。
三是中国政府有组织的测量。抗日战争以前，全国经济委员会曾设立航测队。抗日战争时期扬子江水利委员会、导淮委员会、四川省水利局以及长江上游巡江事务处等分别在长江、金沙江、岷江、嘉陵江，乌江等主要河流进行勘察与水道测量。
自1938年起，扬子江水利委员会就组织水道测量队，先施测宜昌至重庆段航道，1939年又组织两个测量队对川江水道进行全面水准测量，绘制1/5000的水道图138张，1/2000的滩险图16张。其后，因所测之重庆水尺与前海关所引用测量的重庆水尺尚有差异，又于1941年4月和1942年7—9月先后两次组织人员对重庆水尺作了复测工作。为了整治渝叙段航道，在1941年11月至33年4月，对渝叙段之筲箕背、小南海及莲花石三滩等主要滩险，进行航道测量，并绘制了航道滩险图，为整治工程设计提供了依据。同时，还对重庆以下航段之兰竹坝，瓦子浩，烟宣子、王家滩等处的炸礁工程进行了勘察。
长江上游巡江事务处在执行川江助航设施建设中，也先后对川江宜渝段航道之洛碛、风和尚、柴盘子、灶门子，烂泥湾、崆岭滩右漕、秤杆碛、扇子沱等10处进行了测量，并将所测之水道绘制成了50个分图。在1940年至1941年的枯水期，又先后完成了渝叙段之珊瑚坝、黄沙溪、九龙滩、砖灶子、大渡口、观文岩、盆鳅石，钢盆碛、鱼洞溪、打鱼碛、中滩，小南海，洞宾溪，雀窝滩，义鱼碛、罐口，筲箕背等17处的水道测量，为重庆至宜宾段航行设施提供了依据。
新中国成立后，更是多次、全面地进行了航测，使航道测量成为航道整治必不可少的基础工作。
（二）三峡水域的治理机构
为了有效地治理三峡水域航道，国民政府先后成立了长江上游巡江工司、修浚长江上游水道公会、修浚宜渝滩险事务处、崆岭打滩委员会、川江打滩委员会等机构，反映出政府对治理三峡水域航道的重视。虽然由于战乱等原因，其工作效果并不令人满意，但在这些机构的主持下，也作了一些治航工作。如1916年3月在重庆成立的修浚宜渝滩险事务处，委任刘声元任处长，改筹款为政府拨款，拟定整治川、鄂险滩43处计划，至1917年9月，完成了第一期工程，治理了14处险滩。又如1931年7月成立的崆岭打滩委员会，主席为重庆海关监督季叔平，采取征收滩捐做办法，筹集资金15万两，对崆岭滩进行了一定的治理，后将其更名为川江打滩委员会，又对青滩纤道、柴盘子束水石堤、轰炸崆岭南漕上锅炉石尖包等进行了整治。
新中国成立后，1953年成立川江航道整治工程总队，1955年改组为航务工程总局以江航道整治工程处，1978年改名长江航道局第一航道工程处，下辖工程队5个，挖泥船队3个，以及测量队、水上运输队、汽车队、船舶修理所等，作了大量的航道整治工作。
二、航道的整治工程
航道整治工程内容很多，主要包括炸石治滩、疏浚河漕和渠化航道等，其中以炸石治滩为主。
（一）炸石治滩
这是治理三峡水域航道常见而又实施最多的工程。去掉滩石有人工凿，有炸药炸，也有用炭火煅烧等。前述的李本忠，在清代嘉庆、道光年间治理峡江险滩时，就用了炭火煅烧炸去泄滩等处礁石，还用人工凿去黑石滩内的石板夹、扇子石、燕子漕、台子角等，以平缓水势。1916年，川路轮船公司经理刘声元组织工人疏凿横亘江心的兴隆滩的豆腐石，因江水奔腾，无法靠拢施工，乃以巨木造桥，伸入江心，凿石成穴，内置火药，以电池引火炸之。又如为了疏凿崆岭险滩，川江轮船公司和重庆、万县商会等单位组织崆岭打滩委员会，征收白银15万两，于1933年春在崆岭南槽炸除礁石，疏通槽口宽60.96米，深3.7米，使枯水班轮能够通过。1937年川江水位特枯，崆岭漕中尖石露出水面，打滩委员会又对其炸礁三次，除石80余立方，使滩险流速减缓，轮船得以通行。
光绪二十二年（1896年）8月24日，距云阳县城上游45里之大帐地方，发生山崩滑坡，土石夹壅而下，冲塞江中，兴起大滩，名曰“兴隆滩”。该处江面原宽365米，滑坡后缩为90米，以致水流湍急，暗礁丛生，船舶受阻，旬日之间损船无数。货船过滩需先于滩上提载，轻舟驶过，货物改用人力搬运下滩，约行一、二里路至滩下受载，如系大船，空船亦不能过。该滩上下待运之船只排列数里，集聚之纤夫、挑夫近万人，严重阻碍了川江物资运输。重庆、万县两地商帮深以为患，决定共同集资，招工千人开凿险滩。云阳知县汪贲之亲临现场督工。后经川督奏请总理衙门拨款数万，令上海海关工程师泰勒（比利时人）及多那尔得来川指导施工。他们于大江北岸开挖大穴数处，削小砂碛，以杀水势，并把大江南岸阻碍航行之礁石炸去，方解滩险覆船之虞。
重庆以上河段，多为卵石碛坝，枯水险滩较多，尤以筲箕背、铜鼓滩、神背嘴、小南海等险滩出名。这段航道凿滩最早始于战国时代。据《江津县志》记载，战国时，蜀王曾令凿通阻碍通航之最大礁石龙门石梁（今江津县境之龙门滩），工竣后命名为龙门。宋代淳熙乙巳年（1185年），常平使（掌握常平仓兼管河渡的官员）广汉杨公到江津，见县境内长江之大小糯米堆（今鱼中坝）极险，曾捐粟疏凿。在当地群众之大力相助下顺利竣工，开通航道。至明代，江津县境内有黄石龙滩（今斗笠子滩），石渠当道，滩险水恶，舟行艰险。游方僧广蕙募银请工开凿，当地民众纷纷相助，历70天凿去黄石龙滩阻航之要害，舟遂安全畅通。清乾隆二十年（1755年），江津知县邓罗琴请准修凿江津县之牛石栏和大碛脑两处险滩，次年动工，牛石栏首先凿竣，大石脑延至后任县长邓英任内始完工。在黄石龙之下一里许，有令牌石险滩（今蓝家沱下角处），夏秋水涨覆舟无数。清嘉庆八年，邑候徐摄过此见之，即捐钱修凿削平此石。
（二）疏浚河漕
三峡水域的某些支流如涪江等，多属沙卵石河床，每年洪泛过后，滩漕发生变化，此通彼塞，阻碍行船，必须在水落滩现之时，从事疏淘。过去疏淘，都用人工，一般用两齿手耙，间或用十齿拉耙进行淘漕。在组织形式上，最初由两岸农民出力淘检，船只经过时酌情给以酬资。后由船商自行负责捐资疏淘。清末，设“漕局”主持淘漕事宜，由船户捐款，雇工疏浚。民国年间改为船帮自治，经费由各地船户负担，官督商办。
新中国成立后，组建各县淘漕委员会，主持淘漕事务。后来，有的采用绞关淘扒，有的设钢质机动扒船顺扒疏浚，或以半钢质水泥船装置钢扒和卷扬机作横扒疏滩，实现机械化疏浚。
（三）渠化航道
渠化航道，就是在天然河流上修建闸坝，抬高上游水位，增加航道水深，帮助船舶克服上下游水位形成的集水落差，顺利通过船闸的航道。这种以改善天然河流航行条件为主的工程称为渠化工程。其他如修筑顺坝和横梗堤坝，使水归漕，增大水深，避免船只触礁搁浅，也属渠化工程。
三峡水域的渠化工程，以抗日战争时期整治綦江为代表。
抗日战争爆发后，国民政府下令汉阳钢铁厂迁往重庆，厂址选在重庆大渡口，其原料、燃料一是綦江土台之铁矿，二是南桐之煤焦，两者均需綦江木船运输。是时导淮委员会从安徽蚌埠迁来重庆，奉令对綦江进行整治。
导淮委员会是治理淮河的水利机构，属国民政府经济部管辖，蒋中正兼委员长，陈果夫兼任副委员长，委员会下设委员长办公室、总务处、工程处、会计室等办事机构，共有职工117人。1938年3月，导淮委员会组织大批水利人员对綦江的源尾、险滩、地质构造、物产、航道等情况进行全面调查勘测后，决定整个工程分两期进行。
第一期工程为“初步整治工程”，即在蒲河的石板滩、大场滩、桃花滩三处各建闸坝一座，保持最小水深1.2米。在綦江盖石洞、羊蹄洞两处各建闸坝一座，保持最小水深1.5米，以免除盘驳，全河通行。
第二期工程为“渠化綦江工程”。此期工程拟在綦江再建闸坝20座，提高水位保持最小水深2米以上，使30吨的木船及航行长江之汽轮在盖石以下通行无阻。但由于物价飞涨，工款不敷，加之抗日战争胜利后导淮委员会东迁淮河，故只建了石溪口、花石子、剪刀口（綦江县城北门）、桥溪口、车滩、五岔6座闸坝而告终。
与此同时，还整治难险32处，筑挡水堤10道、丁坝6座、顺坝19座，开挖河漕21处，炸除礁石36处。上述工程完成后，提高了綦江航运能力。该河于1932年通船0.16万只次，年货运量约为4.8万吨，而到1941年，船只增加到2.6万只次，年运货量增至30万吨。
三、航道的助航设施
三峡水域航道的助航、导航设施，历时甚古。先民巴国曾在长江的鱼腹（今奉节县东之瞿塘峡口）设扞关，在涪州的永安（今长寿东南之永丰场）设阳关等江关，船只过往定有助航、导航指引，惜无文字记其详情，其具体设施不得而知。
纵观三峡水域的助航、导航设施，大致可以分为如下六种：
（一）语言警示
船工们根据滩情水势总结出安全行船过滩的经验，以精炼的语言体现出来，提醒过往船工注意行船。常见的有两种形式：一种是以熟语形式，在民间广为传播；另一种是将其刻在险滩处的醒目石壁上，警示船家注意。
前一种如关于滟澦堆的行船熟语：
滟澦大如马，瞿塘不可下。
滟澦大如象，瞿塘不可上。滟澦大如牛，瞿塘不可流。滟澦大如幞，瞿塘不可触。滟澦大如龟，瞿塘不可窥。滟澦大如鳖，瞿塘行舟绝。滩头白浡坚相持，倏忽沦没别无期。
这首《滟澦歌》在三峡水域广为流传，船工们无人不知，先贤将其搜集整理后载入《乐府》等书籍。船工们按其所言驾船过峡。它实际上已变为滟澦堆行船的水位标志。在冬季枯水季节，滟澦堆露出水面的范围较大，如大象一般，下水船只顺着水流旁边而过，安全易行，而上水船只由于水位低，航行很困难，故曰“滟澦大如象，瞿塘不可上”。而当夏季洪水上涨，滟澦堆露出水面的范围变小，如马一般，此时万水奔腾冲向峡谷，直指巨礁，雷霆万钧。船行其间，如离弦之箭，稍差分厘，即有触礁粉碎的危险。这个时期下水行船极其困难，故曰：“滟澦大如马，瞿塘不可下”。其余“大如牛”、“大如幞”、“大如龟”、“大如鳖”，意思是说洪水大涨，滟澦堆露水体积很小，其时在瞿塘峡行船都是十分危险的。
又如云阳城下鸡扒子与宝塔相连处之滩险，为了警示船家注意，有古人在此造江心宝子塔，并流传有“水淹宝塔脚，下舟休要错，水淹宝塔顶，十船九个损”的熟语，告诫船家观宝子塔水位行船。“深不过巴阳峡，浅不过洛碛滩”，也属于依照水情行船的熟语。