虽然昆明天气比重庆好，但旅途奔波，林徽因一下飞机，便又病倒了。张奚若夫妇将她接到家中，细心看顾。她已很久没有跟这么多老朋友相聚过了。在老友的细心照料下，加上心情好转，病弱的身体竟然一日日好起来。她在给费慰梅的信中写道：
“我终于又来到了昆明！我来这里是为三件事，至少有一桩总算彻底实现了。你知道，我是为了把病治好而来的。其次，是来看看这个天朗气清、熏风和畅、遍地鲜花、五光十色的城市。最后并非最无关紧要的，是同我的老朋友们相聚，好好聊聊。前两个目的还未实现，因为我的病情并未好转，甚至比在重庆时更厉害了——一到昆明我就卧床不起。但最后一桩我享受到的远远超过我的预想。几天来我所过的是真正舒畅而愉快的日子，是我独自住李庄时所不敢奢望的。”
“我花了十一天的工夫才充分了解到，处于特殊境遇的朋友们在昆明是怎样生活的……加深了我们久别后相互之间的了解。没用多少时间，彼此之间的感情就重建起来，并加深了。我们用两天时间交谈了各人的生活状况、情操和思想。也畅叙了各自对国家大事的看法，还谈了各人家庭经济，以及前后方个人和社会状况。尽管谈得漫无边际，我们几个人（张奚若、钱端升、老金和我）之间，也总有着一股相互信任和关切的暖流。更不用说，忽然能重聚的难忘的时刻，所给予我们每个人的喜悦和激奋。”
她感到庆幸，虽然那么不容易，但上天还是给予她机会，能够让她从这场战乱中存活下来，还能够睁开眼睛，和朋友们一起欢笑和歌唱，即使每个人的脸上都增添了沧桑和岁月的痕迹。这相聚的一刻，她盼了多年，梦了多年，心心念念了多年，分离有多久，她的渴望就有多久。幸好，上苍不曾辜负，如是，她纵使合上双眼，也不会再有遗憾。
昆明的阳光，温暖而柔和，它轻轻拂过林徽因的脸庞，流连过她的眉眼，辗转过她消瘦的脸颊，持久地停留在她唇畔的微笑上。是的，即使经历过那么多的离别和痛苦，在岁月的河畔，她依旧从容微笑，仿佛三生石旁那朵开了千年的曼珠沙华。春雨洗过的太阳，光芒更加灿烂明媚；飞鸟掠过的钟声，听上去更加宁静和悠远；而经过痛苦和眼泪涤荡的生命，笑意亦更加耀眼和惊艳。此生虽远，然而，那永恒的美丽，已经写就。
告别·为历史镶嵌一颗温柔
近乡情怯。不曾经历过远离的人，或许永远不会明白这个词的含义。分明是回到暌违的故乡，为何流露出深深的怯意，在黄花树下，归途的尽头？为何不是欢喜的眼泪流满了脸颊，纵容多年的思念，将自己变成一个孩子？只有经历过的人才深刻地懂得，那种久久回荡在梦里的故乡，渐渐展现在眼前的心情，深爱，小心翼翼，珍之如掌心明珠，唯恐打碎的心情。可也害怕，惶恐时间的冲刷，已将一切都变得物非人非。重返北平是林徽因九年来的梦想，魂牵梦萦，心心念念，在多次的颠沛流离里，也在穿山越岭的风雪里，在滔滔不绝的江水深处，也在心潮往返之间。然而等待她的，却并不是昨日的故乡。
她带着一双儿女，惶然得如同异乡人。往昔，她携儿带女奔波流离，孩子们都还年幼，弟弟不过是五岁的稚子，今日，隔着重年再履故土，女儿已亭亭玉立，儿子亦已成少年。红了樱桃，绿了芭蕉，流年暗自偷换，从前满大街的太阳旗被遮天蔽日的青天白日旗替换，恍若一个时代的新生。
战争后，应该是一段持久的太平盛世。然而，敏锐的她并未在空气中嗅到一丝新生的味道。她看见大街上一辆辆卡车和坦克呼啸而过，闪着武器冰冷的光，没有灵魂，也没有心。她几乎可以看见不曾完结的战争。
梁思成应约到清华任教，创建了清华大学建筑系，并担任系主任，他们的新家就在清华园内。不久后，梁思成再度赴美考察战后美国建筑。在美国，他接受了耶鲁大学的邀请，在耶鲁讲学一年。为了理想，他不得不再次离开羸弱的妻子。送行的时候，林徽因淡淡一笑，她何曾不了解他，就像他了解她一样，他的梦想也是她的。
北平的经济状况却是如江河日下，短短几个月内物价飞涨，大米从九百元涨到两千六百元，清华园并未幸免于难。饥饿中的学生开始出售衣物等一切可以出售的东西，只为了填饱肚子。然而长期的营养不良，还是令年轻的脸上出现浮肿、病态等不属于这个年纪的东西。林徽因心中不忍，然而她束手无策，因为就连老师也跟学生一样在忍饥挨饿。他们刚从四川回来，战乱的时候，他们当掉了手中所有值钱的东西，因此现在也是身无长物。
在身心两重灼烧下，她病得越发厉害，最严重的时候，一整天都没办法下床。林徽因的母亲已经六十五岁了，但为了女儿和外孙们，却也得一日日操持着。在这种境地中的林徽因，心中的自责愧疚可想而知。这时候，表姐王孟瑜从上海前来探望，在家里住了半个多月。
林徽因乍然看到表姐，几乎不敢相信自己的双眼。在她的记忆中，表姐是一个温柔美丽、沉默却细心的姑娘。然而，时光却将记忆里美好的姑娘，变成了一个苍老的女子。其实，自己又何尝不是呢？林徽因黯然地低下头。命运是残酷的，也是最公平的，没有人可以逃脱生老病死的宿命，跳出轮回之外与天地同寿。
看到林徽因病得都无法落地，王孟瑜主动留了下来，帮林母做家务，减轻这个家的负担。半个月后，她返回上海。林徽因无法前去送行，王孟瑜也不曾回头。她们是年少的姐妹，彼此的话，仿佛在少女时期都已说完，此时的她们，岁月沧桑，相对无言，只剩下深深的时光轮廓，将熟悉的两个人恍若变成了陌生人。可林徽因知道，表姐没有回头，是因为她并不想让她看见她脸上的难过——她知道自己是那么要强的一个人，最害怕看见旁人脸上的同情和怜悯。在表姐离去的晚上，她强撑着病体，拧开台灯微弱的光，就着哀伤写了一首诗。
当我去了，还有没说完的话，
好像客人去后杯里留下的茶；说的时候，同喝的机会，都已错过，主客黯然，可不必再去惋惜它。如果有点感伤，你把脸掉向窗外，落日将尽时，西天上，总还留有晚霞。一切小小的留恋算不得罪过，将尽未尽的衷曲也是常情。你原谅我有一堆心绪上的闪躲，黄昏时承认的，否认等不到天明；有些话自己也还不曾说透，他人的了解是来自直觉的会心。当我去了，还有没有说完的话，像钟敲过后，时间在悬空里暂挂，你有理由等待更美好的继续；对忽然的终止，你有理由惧怕。但原谅吧，我的话语永远不能完全，亘古到今情感的矛盾做成了嘶哑。
——林徽因《写给我的大姐》
字里行间，已经不仅仅是自伤的意味，却是带着淡淡的哀恸，油尽灯枯，悲痛难以抑制。她早已洞悉了自己的宿命，早在重庆时，就有医生预言自己绝对挨不过五年。现在她还有多少时光呢？一年，两年……那样短暂的时光，仿佛连自己都能看得到尽头。过往如流沙，匆匆消失在指尖，她想要紧握，流失的速度却依旧不紧不慢。1947年，得知林徽因病情加重的梁思成匆匆结束了手头的工作，赶回国内。在美国的一年，他做出的事情，足以名留史册。他不仅在耶鲁讲学，同时被外交部推荐成为联合国大厦建筑师顾问团的一员，不少地位极高的美国人劝说他留在美国，同时提出了极其优厚的待遇，都被他婉言谢绝。他说，他和他的家人，都只想留在中国。不管这个国家多么动荡不安和贫困，他们都是她的儿女。
林徽因的肺病已是晚期，结核转移到了肾脏，手术已经是迫在眉睫。然而手术前，她一直低烧不断，医生不得不建议将手术推迟直至她身体稍微好转。在丈夫的照顾下，林徽因住进了中央医院的西四牌楼。这是一幢集民国、袁世凯式、巴洛克风格于一体的四层建筑。手术被安排在12月，林徽因预感到自己命不久矣，为了以防万一，她给远在美国的好友费慰梅写了一封诀别书：
“再见，我最亲爱的慰梅。要是你忽然间降临，送给我一束鲜花，还带来一大套废话和欢笑该有多好。”
次日，她带着淡淡的笑容，无声地与丈夫诀别。如若她不幸去了，那么他一定要保重自己、善待自己，将一双儿女养育成人。她不怕自己不够勇敢，只怕自己不够幸运。然而幸运的是，手术顺利进行，她的一侧肾脏被切除——她活了下来。
与她好转的身体相反的是全国的动乱。内战迫在眉睫，蒋家王朝气数已尽，解放顺理成章。新中国成立前夕，许多名流和知识分子都开始准备离开中国，清华大学也对是否要迁校问题进行了讨论，最后在大部分师生的反对下，决定依旧留在北平。与此同时，解放军派出的人也来到梁思成家中，拿出地图，请他在北平需要保护的文物上画下圈，保证绝不会动这些文物一砖一瓦。
共产党的这些举措，同国民党混乱的内政相比，让林徽因夫妇看到了新生的光明。他们决定留在北平，和清华师生们一起迎接解放的曙光。1949年1月，不费一兵一卒，北平得以和平解放。