根据经文，先知穆罕默德的使者身份决定了他对《古兰经》从微言大义到精神内涵的认识和理解是透彻到位的。故从使者个体角度来讲，阿拉伯民族出身的先知，领会贯通阿拉伯语的《古兰经》毋庸置疑——因为他是真主的使者、《古兰经》的承受者和权威阐释者。然而，这对于同样身为阿拉伯人的圣门弟子而言却不尽然，一则他们不能像先知穆罕默德那样，透彻理解某些经文的终极内涵；二则尽管他们也身为阿拉伯人，但对于一些经文大义的终极理解相对先知穆罕默德而言不但具有局限性，而且对于经文蕴涵的深刻奥义与超绝性，甚至有些词汇辞藻等内容都不能全方位理解，“《古兰经》虽是纯粹的阿拉伯文，但是圣门弟子并不是人人一听到之后，便能够综合地、分析地理解”[1]。即使他们能够相对理解，但也因种种原因不尽相同，正如伊本·古太白所言：“阿拉伯人对理解《古兰经》中的生僻词汇与雷同经文不尽相同，而是一些人胜于另一些人。”[2]尤其“《古兰经》里又有若干章节，意义隐晦，难于领悟，除少数人外，不易认识其中的意义。”[3]因此，自先知穆罕默德的妻子赫蒂彻（Khadījah，约555-620）等人相继信奉伊斯兰教，到他去世前的23年时间内，应众弟子请求解惑疑难经文，成为他注释《古兰经》的客观外因。
综上，每有经文降示，先知穆罕默德便受命给门弟子作相应程度的阐释（指注释的量化和注释的内容），是他注释经文的主观内因。同样，圣门弟子遇到疑难经文请教他解惑释疑，是他注释的客观外因。主客观双重因素形成的“先知注释”，被后人以圣训形式辑录成册，如《布哈里圣训实录全集》和《穆斯林圣训实录全集》，都辟有《古兰经》注释的专门篇章，以及相关注释文献如泰伯里的《古兰经注释总汇》、伊本·凯西尔的《伊本·凯西尔古兰经注》等，都引证圣训注释经文，“先知曾注释《古兰经》，区分停止和被停止的经文，并给他的门弟子们解释之，故他们了解经文的降示背景及其内涵”[4]。可以说，鉴于圣训是《古兰经》的第二权威注释源，故后人注释经文均需圣训为证为源，不能离训成注。这是因为，圣训是“对《古兰经》的解析和说明，正如伊玛目沙斐仪所言：‘先知所断定的一切皆是他对《古兰经》的理解，真主说：‘我确已降示你包含真理的经典，以便你据真主所昭示你的（律例），而替众人判决。’（4：105）”[5]同样，根据先知穆罕默德对自己言行的定性：“须知，我领受了《古兰经》，以及类似《古兰经》的”，他所领受的“类似《古兰经》”即“圣训”。[6]据此，圣训成为圣门弟子注释经文的次源。
2.先知穆罕默德的注释量——整部注释与局部注释
经文“你们的朋友，既不迷悟，也未迷信，也未随私欲而言，这只是他所受的启示”（53：2-4）对先知言行的定性，界定了圣训实质上就是对《古兰经》的权威延伸——整部注释。那么，从圣训延伸和具体实践经文微言大义这个角度来讲，先知穆罕默德注释整部《古兰经》的学理就有据有理。
然而，从后期形成的注释学学科角度看先知穆罕默德对《古兰经》的注释实践，他注释整部经文又不尽然。从表面看，这似乎与他注释整部经文的学理，尤其是经文对其言行的定性有所出入。然而，从他注释的具体实践来看，他对经文的注释反而更加具体化、微观化和明确化，从而使后人能够清楚地知悉他的具体注释。更进一步讲，作为首位注释人和注释学科开拓者，先知穆罕默德如此具体化和微观化地注释经文，才真正意义上为后期注释学这一体系庞大而持久的学科的建立和发展，奠定了学理渊源和实践基础。
如上，学界首先据理据证定性了先知穆罕默德注释《古兰经》的实践，并一致将他的注释界定在五个主要层面上——综合解析和阐述、延伸解释词义、扩充教法律例、阐述先后停止经文、强调业已明确事务，下文将予以阐述。其次，学界就先知穆罕默德是宏观注释了整部《古兰经》，还是微观注释了局部经文，形成了两派之见。
以伊本·泰米叶（Ibn Taymiyah，1263-1328）为代表的学者认为，先知穆罕默德注释了整部经文的大义和词汇，“必须明确的是，先知既给众弟子解析了《古兰经》的意义，也给他们分析了《古兰经》的词汇。因为经文‘以便你对众人阐明他们所受的启示’（16：44）就包括经义与词汇在内。”[7]该派观点主要基于以下依据：[8]
（1）经文“我降示你教诲，以便你对众人阐明他们所受的启示，以便他们思维”（16：44）中的单词“阐明”（Al-bayān），本身就涵盖了经文的大义和词汇。因为他阐明所有词汇，必然要阐明经义，否则就造成对真主责成他“阐明”经义任务的缺失。
（2）再传弟子艾布·阿布杜·拉哈曼·苏里米（Abu ‘abd al-ramān al-sulaymi）传述的圣训，说明先知穆罕默德注释整部经文的必然性，“曾经给我们诵读经文的人如奥斯曼·本·阿凡与阿布杜拉·本·麦斯欧德等人告诉我们，他们向先知学习经文不会超过十节，直至他们领会经文中的知识并加以实践。他们说，我们同时学习《古兰经》、知识并加以实践。”这是因为在先知“穆罕默德时代，还没有如后来那样背诵全部《古兰经》的风气，大抵先背诵一章或数节，懂得意思后，又背诵新的章节。背诵《古兰经》者，多为圣门弟子，如奥斯曼·阿布杜拉和伊本·麦斯欧德等人。他们跟从穆圣学习《古兰经》每次不超过十节，必须懂得了十节的内容，才学习新的”[9]。教法学家、圣训学家马立克，在其编纂的伊斯兰文化史上第一部圣训集《穆宛塔圣训集》（Al-Muwaa）中记载，哈里发欧麦尔的长子伊本·欧麦尔（Ibn ‘umar，613-692）曾花8年时间背诵黄牛章。部分圣门弟子之所以花如此多的时间背诵《古兰经》，是因为经文“这是我所降示你的一本吉祥的经典，以便他们沉思经中的节文”（38：29）“我确已把它降示成阿拉伯文的《古兰经》，以便你们了解”（12：2）中的“沉思”（Al-tadaabur）和“思考”（Al-‘aql）使然——不理解经文不可能思考经义，而思考经文就包括了理解经义。这些文献和事实充分证明，圣门弟子既向先知穆罕默德学习了整部经文大义，也学习了整部经文的词汇。换言之，先知穆罕默德给众弟子注释了整部《古兰经》。
（3）理解任何语言的表意，不仅在于语汇，更在于语义，《古兰经》尤为如此。诸如医学和数学之类的学术著作，一般人往往未经解释尚且无法阅读，更何况是真主的语言《古兰经》——穆斯林借此得以保护，成功与幸福，立教与立世！
（4）伊玛目艾哈麦德（’Amad，伊历？-204）与伊本·马哲（Ibn mājah，伊历-273）根据圣门弟子欧麦尔传述的圣训，说明先知穆罕默德注释了整部《古兰经》，“最后降示的经文中有高利贷的经文，先知未注释该节经文就归真了，这就意味着先知曾经给圣门弟子注释了所有经文。而先知之所以没有注释这节经文，是因为他在其降示后不久归真所致，否则这节经文就不会另有他理。”
伊本·泰米叶等人根据经训依据和逻辑推理，主张和定性先知穆罕默德曾经注释了整部《古兰经》。尽管他们的主张求证经训，并且逻辑推理符合学理论证，但这恰好与以哲拉鲁丁·苏尤蒂为代表的学者，主张先知穆罕默德仅注释少量经文的观点形成鲜明对比。主张先知仅注释少量经文的学者求证如下：[10]
（1）圣妻阿伊莎曾说，先知穆罕默德仅注释了可数经文——天使哲卜拉伊勒教授给他的。
（2）先知穆罕默德不可能阐释整部经文，而只可能阐释了少量经文。因为真主没有以明文命令他注释整部经文，而是让穆斯林自己去思考《古兰经》——探析经文终极目的，旨在启发穆斯林阐发经中各种义理。
（3）如果先知阐释了整部经文的意义，他就不会特意为圣门弟子伊本·阿拔斯祈求：“主啊！你使他通晓伊斯兰教，教授他注释。”因为阐释整部经文，意味着他必然要一视同仁地让众弟子都知晓注释，因此他为什么要特为伊本·阿拔斯祈求呢？
综上，两派就先知穆罕默德注释整部经文与否，各执己见，并且都言之有据，论之有理。鉴于各家之言不能最终说明事理并给予定性，为还原究竟且给予学术定论，法赫德·鲁米教授综合泰伯里的《古兰经注释总汇》、伊本·凯西尔的《伊本·凯西尔古兰经注》、艾布·罕雅尼的《海洋》、哲拉鲁丁·苏尤蒂的《古兰经学通论》、穆罕默德·侯赛因·扎哈卜教授的《古兰经注释与注释家》中的观点，作了逻辑推理和学理解析。他认为，尽管两派意见都言之有据论之有理，但都不免牵强且言过其实，真实的情况是先知穆罕默德没有阐释整部经文，理由是：[11]
（1）理解经文要借助对阿拉伯语的通晓，而《古兰经》是用阿拉伯人的语言所降示，因此有些经文无须阐释，圣门弟子便可据语解义。
（2）有些经文因辞藻与语义明确而无须阐释就能直观理解，因此圣门弟子根据经文的明确辞藻，就能判定真主所禁所令所言之事，而无须先知穆罕默德详加阐释。
（3）有些经文的最终知晓权和阐释权归于真主，如末日来临、灵魂实质等属于“幽玄之事”（Al-ghayb），真主没有将它们明示先知穆罕默德，因此他自己尚且不知，又何以给众弟子阐释之。
（4）《古兰经》中既有无须深入解读之经文，也有无须赘言阐释之经文，如山洞人所牵之狗的颜色、先知穆萨的手杖产自何树、真主为先知易卜拉欣复活之鸟的种类。类似这样的经文，先知穆罕默德都没有给众弟子阐释。
法赫德·鲁米教授据此定论，先知穆罕默德没有阐释整部经文，先于他的穆罕默德·侯赛因·扎哈卜教授尤分析定论：“伊本·泰米叶等人所求证的经文‘以便你对众人阐明他们所受的启示’（16：44），不能视为是先知穆罕默德注释整部经文的绝对证据，因为尽管他受命注释经文，但他只为众弟子阐释了他们难以理解的经文，而没有阐释易于理解的经文。同样，他在给门弟子阐释高利贷经文之前去世，也不能作为证据说明他注释了整部经文，这只能说明门弟子不明晰这节经文的大义，故只能求助他。”[12]
法赫德·鲁米教授根据文献和逻辑推理，定论先知穆罕默德没有注释整部经文的同时，也断然否定了那些主张他仅仅注释少量经文的说法。[13]理由之一是，该派学者求证的主要证据，即圣妻阿伊莎传自穆罕默德·本·加法尔·祖拜尔（Muhammad ben ja‘far al-zubayr）——泰伯里认定他“属于不被认可的圣训传述人之一”，布哈里认定“不能遵循他所传圣训”——的圣训，被伊本·凯西尔界定为“歧异圣训”[14]，不具备可采纳性（Hadith al-munkar al-gharib），故不能作为先知穆罕默德仅注释少量经文的证据。理由之二是，《布哈里圣训实录全集》和《穆斯林圣训实录全集》，都收录有一定数量注释《古兰经》的圣训，而不仅仅是个案注释。
综上所述，如果从注释学的学科视阈来看，先知穆罕默德注释整部《古兰经》的观点不成立；如果从他肩负阐释经文的责任角度来讲，注释许多经文而不是少量经文则是既定事实，尤其在阐释概要经文（Mujmal），阐明难解经文（mushkil），特定概括经文（‘ām），限定绝对经文（Mulaq）方面尤为如此。对此，扎哈卜教授无论界定了宏观层面上的整部注释还是微观层面上的局部注释：“先知穆罕默德确实注释了许多经文，正如各大圣训集对此的收录所证。他没有注释整部《古兰经》，因为经中有些经文是唯有真主知晓的经文，有些是众学者知晓的经文，有些是阿拉伯人因语言使然知晓的经文，有些经文是被他人故作不知而妄加解释的，正如圣门弟子伊本·阿拔斯对《古兰经》注释所做的理论分类：阿拉伯人知悉的注释、故作不知而被否认的注释、众学者的注释、唯有真主知晓的注释。”[15]
3.先知穆罕默德的注释实践
先知穆罕默德无论是从宏观层面全方位地解读《古兰经》，还是从微观层面对局部经文进行具体解析，均定性了他的注释实践。大体来讲，他的注释实践，主要体现在五个层面上：[16]
（1）综合解析经文
主要包括以下几个方面：
其一，具体阐述经文，如《古兰经》规定了礼拜，他详细阐述礼拜的形式：“你们礼拜，就像你们看见我[如何]礼拜。”《古兰经》制定了天课，他阐述了天课的额度及其种类。《古兰经》制定了朝觐，他以身作则阐述了朝觐的具体细节：“你们遵循我的朝觐形式。”
其二，阐明含糊词汇，如将经文“至黎明时天边的黑线和白线对你们截然划分”（2：187）中的“黑线和白线”，分别解释为“黑夜和白昼”。
其三，界定特指含义，如将经文“确信真主，而未以不义混淆其信德的人”（6：82）中的“不义”，界定为“以物配主”——当时圣门弟子宏观性地理解了该节经文中的“不义”，并说：“我们中没人对自己不义啊？”故他说：“此不义非彼不义。”
其四，限定所指含义，如将经文“偷盗的男女，你们当割去他们俩的手”（2：38）中的“手”，限定为“右手”。诸如此类经文，他都给予了详细阐述。