永乐十四年（1416），皇帝回到京师，对汉王夺嫡阴谋及各种不轨情状略有所闻，便问蹇义；蹇义不回答，于是又问杨士奇。他回答说：“我和蹇义都侍奉东宫太子，外人没有敢和我们两人说汉王的事的。但是两次让汉王到藩王分封的地方去，他都不肯走。现在知道陛下将要迁都北京，总是要求留守南京。只有陛下才能精细地观察他的意图。”成祖沉默着没有说话，起驾回宫了。过了几天，成祖完全知道了汉王的事情，削夺了两支隶属于他的护卫武装部队，最终把他安置到山东乐安去了。第二年提升杨士奇为翰林学士，仍然兼任原来的官职，永乐十九年（1421）改为左春坊大学士，仍旧兼翰林学士。次年又以辅导太子有过错为由，被关入锦衣卫监狱，十来天后才释放。
二、华盖学士切言敢谏
仁宗朱高炽即位做了皇帝，擢任杨士奇做礼部侍郎兼华盖殿大学士。一天，皇帝在便殿，蹇义、夏原吉奏事还没有退出。仁宗望见杨士奇，就对两人说：“新任华盖学士来了，必定有正直的言论，让我们一起来听听他讲些什么。”杨士奇进殿后说：“皇上开恩减少岁供的诏令刚下达两天，惜薪司就传圣旨征收枣80万斤，这和前面所下的诏令是相矛盾的。”仁宗立即命令征收数字减去一半。成祖死后，按照丧服制度的规定，穿丧服的时间至二十七日期满，吕震请除丧服。杨士奇认为不可以，吕震厉声斥责他。蹇义把他们俩的意见都上报给皇帝，态度模棱两可。第二天。皇帝头戴素冠，身穿麻衣制的丧服扎着孝带出理朝政。朝廷大臣只有杨士奇和英国公张辅像他一样身着丧服。退朝以后，皇帝对左右的人说：“先帝的棺材还在停放着，做臣下的怎么能忍心说换上吉服，杨士奇坚持这一点是对的。”升他做少保，与同事杨荣、金幼孜一起被赐给刻有“绳愆纠缪”四个字的银印章，准许密封上奏事情。不久升为少傅。
当时各地藩司宁令等地方官员进京朝见，尚书李庆建议把发给军队剩余的马匹给他们，每年向他们征收马驹。杨士奇说：“朝廷选举贤能对称职的人授给官职，现在却让他们养马，是看重牲畜而轻视士人，这怎么能够向天下和后世交待呢。”皇帝答应从宫中直接发圣旨罢停这一做法，但后来没有消息了。杨士奇再次极力申述自己的意见，又没有批复。不久，皇帝到思善门，召见杨士奇说：“朕难道真的忘记了这件事？听说吕震、李庆等人都不喜欢你，朕考虑你孤立，恐怕被他们中伤，不想因为你的话而停止这件事罢了，现在有了可以说话的依据了。”随手拿出陕西按察使陈智讲养马不妥当奏疏，让杨士奇起草敕文罢除牧马。杨士奇感激而叩头拜谢。群臣练习正月初一日朝拜的仪式，吕震请求用乐，杨士奇和黄淮上疏请求停止。皇帝没有回答，士奇再次上奏，在庭院里一直等到夜深，皇帝同意了他的意见。过了一天，皇帝召见杨士奇，对他说：“吕震经常以错误的意见耽误朕的事，不是你们及时提出，将会后悔不及。”不久仁宗任命杨士奇兼兵部尚书，一起领三个职务的俸禄。但杨士奇坚辞尚书俸禄。仁宗做太子监国的时候，怀恨御史舒仲成，这时想要惩处他，杨士奇说：“陛下即位，下诏说凡是过去违背了圣旨的人都可以得到宽宥。如果惩治舒仲成，那就是诏书不讲信用，害怕的人就多了。就像汉景帝对待卫绾那样，不是也可以吗？”于是仁宗马上停止惩治舒仲成。又有人说大理卿虞谦讲事情不缜密，仁宗很生气，把虞谦降了一级。杨士奇为他辩白冤枉，说明并无其事，使他得以恢复原来的品级。还有大理少卿弋谦因为进谏朝事得罪。杨士奇说：“弋谦是响应诏书进言的，如果给加上罪名，那么群臣以后都不敢讲话了。”皇帝立即提升弋谦做副都御史，而且发下敕文承认自己的过错。
当时有人上书歌颂太平，仁宗拿出来给各位大臣看，都认为说得对。只有杨士奇说：“陛下虽然有恩泽于天下，但是流亡外乡的人还没有回归故乡，民生凋蔽还没有恢复，百姓还有挨饿的，还需要再休息几年，也许到那时可以期望达到太平。”皇帝说：“你的话说得对。”于是回头看着蹇义等人说：“朕坦诚对待你们，希望得到你们的辅助和纠正，只有杨士奇曾经五次上奏章，你们都没说一句话，难道真的是朝廷政治完美无缺，天下太平了吗？”各位大臣都惭愧认错。这一年四月，皇帝赐给杨士奇玺书说：“从前朕负有监国的使命，你侍奉在左右，同心同德，为了国事忘记了自己，屡次经历艰难忧患，都不曾改变志向。到朕即位以来，呈献良好的谋略，希望我治理，忠贞不渝，所有这些都记在朕的心里。现在创制‘杨贞一印’赐给你，还希望能够互相勉励，以达到明君贤良的美名。”不久纂修《太宗实录》，与黄淮、金幼孜、杨溥一起充当总裁官。没有多久，皇帝一病不起，召杨士奇和蹇义、黄淮、杨荣到思善门，命士奇书写敕书从南京召回皇太子。
三、和睦皇亲关心民瘼
宣宗朱瞻基即帝位，杨士奇纂修《仁宗实录》，仍然担任总裁。宣德元年（1426），汉王朱高煦发动叛乱。皇帝亲自征讨，平息了叛乱。大军凯旋，驻扎在献县的单家桥，侍郎陈山迎谒，说汉王和赵王是一条心，请求乘势袭击彰德，捉住起王，杨荣极力赞成。杨士奇说：“事情应当有真凭实据，天地鬼神是可以欺瞒的吗？”杨荣厉声地说：“你想要阻挠这重大的谋划吗！现在叛党说赵王实是与汉王同谋的，怎么说没有口供？”杨士奇说：“太宗皇帝有三个儿子，现在皇上只有两个叔父。有罪的不可以赦免，而没有罪的应该宽厚对待，有怀疑的话可以防备他，使不发生意外的事就是了。为什么突然发兵攻打他，伤害了皇祖在天的感情呢？”当时只有杨溥的意见和杨士奇是相同的。他们打算到皇帝那里去进谏，杨荣先进去了，杨士奇随后进，守门的不让进去，不久宣宗召蹇义、夏原吉进去。二人把杨士奇说的话告诉了宣宗。宣宗起初没有加罪起王的意图，所以调动军队攻打彰德的事得以停止。回到京师以后，宣宗考虑杨士奇说的话，对他说：“现在人们议论赵王之事的很多，怎么办？”士奇说：“赵王和陛下最亲，陛下应该保全他，不要被人们的话所迷惑。”宣宗说：“我想把群臣上的奏章封起来送给赵王看，让他自行处理，怎么样？”杨士奇说：“好，如果再有一封玺书就更好了。”于是皇帝派使者拜玺书去彰德见赵王，赵王得到玺书非常高兴。感激涕零地说：“我有生路了。”立即上表谢恩，而且献出护卫武装部队，外面对他的议论才平息下来。皇帝对待赵王日益亲近而看不起陈山，他并对杨士奇说：“赵王所以能够保全，都是靠了你的努力，”于是赐给他金币。
当时交趾几次叛乱。朝廷屡次发大军去征讨，都因失败而全军覆没。交趾王黎利派人假意请求立陈氏后人为国主，宣宗皇帝也讨厌进行战争，想要答应他。英国公张辅、尚书蹇义以下的官员们，都说没有理由答应他，这样做是对天下显示出自己的软弱。皇帝召见杨士奇、杨荣和他们商议。两个人都极力说：“陛下为了体恤百姓生命，安抚边远的地区，不是没有理由；汉朝放弃了珠崖，以前历史上都认为是好事，不能说是表示软弱，所以可以同意他的。”接着皇帝命令选择派往交趾的使臣，蹇义推荐伏伯安有口才。杨士奇说：“说话不讲信用，虽然是蛮貊这样的地方也不能去。伯安是小人，派他前去会有失国体，”宣宗认为他说的对，另外派人去了。于是放弃交趾，停止战争，每年节省战争耗费巨万。
宣德五年（1430）春天，皇帝侍奉皇太后拜谒皇陵，召英国公张辅、尚书蹇义和杨士奇、杨荣、金幼孜、杨溥，在行殿朝见太后。太后慰劳他们。宣宗又对杨士奇说：“太后对朕说起，先帝在东宫的时候，只有你不怕触忤，敢于直谏，先帝能够听从你的话，所以没有败事。又教导皇上应该接受正直的意见。”杨士奇回答说：“这是皇太后大恩大德的话，愿陛下不要忘记。”不久，皇帝下敕书给鸿胪寺，说杨士奇年老有病，上朝有时会晚一些，不要弹劾他。宣宗曾经便服出宫，在晚上到了杨士奇的家里，士奇慌忙出来迎接，叩头说：“陛下为什么把掌管社稷宗庙的身体看得这样轻？”皇帝说：“朕想和你说句话，所以就来了。”几天以后，捉获了两个强盗，都图谋不轨，皇帝召见杨士奇，告诉他这件事。并且说：“从今以后更知道你对朕的爱心了。”
宣宗因为各地屡次发生水旱灾害，召杨士奇拟写诏令抚恤，免去受灾地方的租税和养官马亏欠的数额。杨士奇乘机请求免除过去拖欠的赋役和柴薪草料钱，减少官田的租税，清理积压下来的冤狱，裁减工程役作，以扩大皇帝对百姓的恩德，百姓都很高兴，过了两年，宣宗对杨士奇说：“抚恤百姓的诏谕颁布已经很长时间了，现在还有需要宽恤的地方吗？”杨士奇说：“从前下诏减少了官田的租税，可是户部却照旧征收。”皇帝很不高兴地说：“现在开始实行，不实行或阻挠实行的按法律治罪。”杨士奇再请示安抚逃亡的百姓，审察贪官污吏，推举有文才，精通武艺而又勇敢的士人，令被判死罪的人家的子孙有位进的机会，又建议请朝廷大臣三品以上和地方上的布政使、按察使，各自举荐自己所了解的人，准备充当地方官员的人选。宣宗都回答可以。在那个时候，宣宗励精图治，杨士奇等人同心辅佐，天下号称太平治世。宣宗于是仿效历史上帝王和臣下共同游乐的故事，每到年初，赐给百官十天休假。宣宗也时常到西苑万寿山，各位大学士都随从他去，赋诗唱和，从容地询问民间百姓的疾苦。大臣们有什么议论上奏，皇帝都能做到虚怀若谷，听取和采纳。
宣宗刚即位的时候，内阁大臣有七个人。陈山、张瑛是由于有在东宫供职的旧情而进入内阁的，不称职，调出去做其他的官了，黄淮因为生病退了休，金幼孜去世。内阁中只有杨士奇、杨荣、杨溥三个人。杨荣豪放开阔，有决断、有毅力，遇到事情敢作敢为。多次随从明成祖北征，很熟悉边关将领德才的高低，要塞的险易远近，敌情归顺与叛逆。但是他却很喜欢接受礼物，边关将领每年都给他送好马，宣宗也知道这些事，就向杨士奇询问。士奇极力为杨荣辩白说：“杨荣了解边防的事多，我们都比不上他，不应该把小毛病放在心上。”宣宗笑说：“杨荣曾经讲你和夏原吉的坏话，你还为他说情吗”？杨士奇说：“希望陛下像曲折周到地容忍我那样宽容汤荣。”宣宗的不快于是解除了。那以后，杨士奇说的话逐渐让杨荣知道了，杨荣觉得愧对杨士奇，因此以后，两人相互间相处得很好。宣宗也更加接近地对待杨士奇，先后赐给他珍奇果品、祭祀用的牺牲美酒、书籍器具无其数。