第三，对于当时社会上大量存在的烟馆烟店也要严加禁止，以杜渊薮。清廷认为这些地方引诱少年子弟、无业游民吸毒，危害最大，勒限6个月内一律停歇改业，逾限概行封禁；对于烟店虽未能一时禁止，以后须渐令收歇，不准再有新开。饭庄酒楼之类，以后也不准备烟供客。
第四，由官方研制禁烟良药以便医治烟毒。决定由各省送派精通医学之医生研究戒烟药品，发交各处善堂或药铺，照原价经售；对于无力购买的贫民则准其免缴药资。另外，在社会上鼓励创立戒烟善会，由各地将军、督抚饬令地方官，督率该处公正绅商广为设立，以收劝导之效，转移习俗。
第五，严禁官员吸食以端表率。当时规定全国戒烟期限为10年，而对于清廷官员又格外严格。官员戒烟分两个等级，王公世爵、各衙门堂官及地方将军、督抚、都统、副都统等省级以上官员，要自报戒断年限，戒烟期间保留原职，暂不履行公务，待戒断后恢复原职；其余京外文武大小官员，限期6个月内一律戒断。惟官员年龄在60岁以上者，均与平民一律，不强求戒断。另外，各地官员不仅自身要做禁烟表率，而且也必须切实执行政府的各项禁烟措施，督率地方绅董认真办理，并将这一条作为考核官吏政绩的重要标准。
第六，对于洋烟进口也要加以限制，以遏来源。但此事因事关中外交涉，故决定由外务部与输入中国的洋烟大户英国妥商办法，以期土烟、洋烟同时递减，届期同时禁绝。对于清廷的这一禁烟要求，当时的英国政府也表示支持。1906年，英国议会11年来首次就中印鸦片贸易问题进行辩论，并在6月6日由下议院通过议案，声明“本议会坚信中印鸦片贸易在道义上是不能维护的，因此要求清政府采取必要步骤，使之迅速结束”。年底，清政府向英国政府提出铲除烟毒祸根的五点建议，其中最主要的是从1907年起，印度输入中国的鸦片每年减少1/10，并禁止吗啡流入中国。对此英国基本同意。
清政府下禁烟决心是件很不容易的事，而执行起来就更难。当时许多清廷官员都有烟瘾，故多对此次禁烟持消极抵制态度，因此最初禁烟运动并不顺利。直到1907年4月，清廷才派出恭亲王溥伟、协办大学士鹿传霖及协办资政院事务的景星、丁振铎等人充当禁烟大臣，委派他们精选中外良臣，立即成立戒烟公所，专司查验。而鹿传霖本人烟瘾就极大，因此很长时间内，戒严工作并不果断。
1908年11月，光绪帝和慈禧太后相继死去，宣统登极，醇亲王载沣监国摄政。载沣面临革命风潮风起云涌之际，对吏治的腐败忧心忡忡，对鸦片深恶痛绝，禁烟的决心非常坚定。另外1909年初，为了声援中国的禁烟运动，国际禁烟大会也在上海召开，作出了禁止鸦片及其制成品贸易及吗啡输入等九项决议，中国的禁烟运动也得到了国际社会的支持，并处于世界禁绝毒品的有利的大环境中。在此情形下，开展了几年的禁烟运动才真正进入高潮，在全国全面展开。
首先是封闭烟馆。1906年的禁烟章程中明令取缔烟馆，不许众人在公共场所公开吸烟，对于出售鸦片之烟店暂不取消，顾客购买烟土后可回家吸食。因此从1907年开始，各地烟馆陆续被封，如北京、天津、上海、济南、杭州、苏州、南昌、武昌、桂林等地烟馆多被封禁。但是即便如此，漏洞依然很大，烟馆并未彻底清除。这主要表现在：一部分烟馆转入地下，成为黑店，在东北、山东甚至北京都有这种情况；在中心城市禁烟较为严厉，而在偏远城市则不得力，甚至不禁，如距北京百余公里的张家口仍是照旧开灯、开馆，地方官并不禁止。再有就是部分地方官员擅自驰禁。如武昌，张之洞在湖广总督任时对清廷政令尚不敢敷衍，但他调任军机大臣后，由湖北布政使李岷琛署理湖广总督。李岷琛本是烟鬼，乃在武昌全面驰禁烟馆，且照旧按月征收捐税。另外，戒烟也在公共租界全面展开。按照事前的中英协议，一旦中国切实开展戒烟，英国也将说服别国在租界内实行。于是从1908年春开始，租界也开始陆续取缔了烟馆，或令其自行闭歇；有些地方还当众烧毁了烟土、烟具等，以造声势。
其次是让吸烟者断瘾。这项工作比查禁烟馆更为困难，因为烟馆设在明处，只要官方下决心完全可以取缔；而瘾君子躲在家中，难于查处。许多烟民为了对付清廷严格限制和逐年减少吸烟的规定，在家中囤积了大量烟土。从1908年初开始，清廷着手对平民进行戒烟工作，在登记注册的基础上向烟店发放营业牌照，向烟民发放吸烟牌照。对于吸食鸦片的官吏，清廷更是屡下谕旨严厉督责，并将原定的禁烟6个月期限再延长3个月，并要求各级官吏出具无烟癖或有烟瘾但已戒除的保证书，且规定时常派人员进行检查。如有查出违反保证的，其上属官员也负有连带责任。
再次，在北京和全国成立戒烟总局或戒烟公所，有些地方还附设了戒烟医院，以强制推行禁烟措施。如直隶的戒烟医院“每日领药者络绎不绝”，到1908年秋，在该院戒断者已达3000余人。载沣摄政后在全国更加严厉地推行戒烟措施。1911年初，北京戒烟公所修建了一个透明的玻璃浴堂，决定令侍郎、副都统以下，至三、四品京堂，外官巡抚、司、道普遍进行一次检验，看他们是否有烟瘾未断。各官员须裸体而人浴堂，换上特制的衣裤，被监视7天或10天。吸烟成瘾的官员对此大为怨愤，而醇亲王却不为所动，坚持要把禁烟进行下去。吸烟官员无奈，有些不得不借故逃脱，具折称病，请假回籍以躲避风头，甚至挂靴而去，狠心丢掉了乌纱帽。在地方，因戒烟与政绩有关，一些地方官员也不得不认真查禁，如湖北布政使李岷琛因烟瘾至深，也被湖广总督陈夔龙强行送人戒烟所；贵阳禁烟公所成立后，贵州巡抚也下令自道、府以下各官入所调验，被调验的官员有些烟瘾发作小能支持，有些将鸦片藏于衣内或房中被查出，真可谓丑态百出了。
最后，在官方的鼓励下，民间的戒毒所纷纷成立。
早在1879年，郭嵩焘等人就自发组织了禁烟公社；戊戌维新时期维新派在上海也创立了戒烟公会。进入20世纪后，戒烟组织在全国更加普遍。他们一面向人民演说烟毒之害，一面附设戒毒社、分发戒毒药物，帮人除去毒瘾。在这些社会团体的共同努力下，许多人也戒断了烟瘾，走上了新生之路。
虽然晚清有关禁吸鸦片运动的数据并不完全，但取得了一定的成绩则是肯定的。到1909年初，据禁烟大臣端方报告，全国已戒烟者500万人，其中官员100余万，平民300余万，断瘾者占吸烟者的60％。仅从报告来看，这不能不说是一个巨大的成就。另据1908年10月度支部奏称：从当年下半年起，江苏、安徽、河南、云南、福建、黑龙江6省已完全禁种鸦片，由此当年全国鸦片产量将比1907年减少30％；奉天、吉林、直隶、山东、江西、浙江、湖北、湖南、新疆、广东、广西省拟从1909年下半年起实行完全禁种，由此当年产量可比1907年再减10％；对于产烟大省如陕西、甘肃、四川、贵州，以后将实行逐年减种。但是，由于清廷自身禁烟举措仍不十分坚定，各级官员仍有不少的延宕应付，加之辛亥革命的很快到来，清王朝迅即土崩瓦解，清廷制定的10年禁烟计划化为泡影，致使鸦片的危害又在中国延续了数十年之久。