世界上第一个亲自研究UFO的科学家是海尔曼·奥伯特博士，他被誉为“宇宙航行之父”，是建立现代火箭理论基础的伟大科学家。他受德国政府之托，从1953年起的3年内，在约7万件目击报告中选出最可信赖的800件，从中推算UFO的航空工程性能，并得出这样的结论：“科学可以把不可能和不能证实的问题看作可能，为了说明观察事实，必须有效地考虑作业假说。在已有作业假说中，UFO是地外智慧生命操纵的飞行物，最适合观察事实。”
法国天文学家、计算机学家贾克·瓦莱博士（现为美国斯坦福大学教授），1954年对从西欧到中东集中发生的200件以上的着陆搭乘目击事件进行统计分析（他是第一个用统计学手法研究UFO的科学家），结果发现很多推翻否定论“法则性”根据的东西。
如目击事件与人口密度成反比，这和人口越多越易产生集团幻觉说相反；目击事件发生在日常生活中，且目击者无性别、年龄、职业和学历方面的偏颇，这和幻觉和病态妄想说相矛盾；从着陆痕迹测定或从状况推测的UFO的直径，都为5米左右，这暗示UFO现象与其说是心理的，不如说是物理的；目击的时刻分布和着陆地点分布的状况显示着存在智慧控制。
1966年，瓦莱博士在公布他的研究成果时说：“只要不拒绝把UFO做为空中物体来研究，那么，不把UFO着陆的报道作为研究对象是没有道理的。只要承认有被智慧控制的可能性，就没有理由否定UFO着陆和搭乘员降落的可能性。”
目击UFO的科学家很多。较早的是著名天文学家、冥王星的发现者克·汤博。
1979年8月20日，他和妻子、岳母在新墨西哥州拉斯克鲁塞斯的住宅之外看到“6至8个长方形的绿光群”，这是在夜空模糊地浮现出轮廓的巨大船体的舷窗，随着远去，逐渐变小，最后消失。如果这是地面上某个物体的反射物，同样的现象应该频繁出现。
“我经常在自家庭院进行天文观测，但这样的现象也仅在那个时候见过一次。”
1973年，斯坦福大学等离子体研究所的物理学家斯塔洛克以全美职业天文学家为对象进行调查，在1356位回答者中，有56％的人持肯定态度，认为“值得进行科学研究”，有4.6％即62人亲眼见过UFO。如新墨西哥州萨克拉门托峰天文台一个台员说，1974年10月11日傍晚，我驾驶的小型卡车在山道上蜿蜒行驶，突然与前方上空水平飞行的UFO相遇引擎停车，卡车不能前进。
“这是个圆盘形物体。接着，它突然在垂直方向加速，几秒钟内变小、消失。此时车子恢复正常”。
1979年，产业科学的专业杂志《工业调查》（92％的读者具有博士、硕士或学士学位）对整个科学技术界进行调查，有1200名读者寄回调查卡片，其中“目击过UFO”的占8％，“见过类似UFO的东西”的占10％，回答“UFO确实存在”和“船多半存在”，的读者共占61％，44％的读者认为“UFO来自太空”。
UFO研究中的主要流派的根本观点是：地球之外存在智慧生物，而UFO就是这一观点最现实的证据。但是，由于近几年来，UFO虽然仍在不断出现，而人们却没有充分证据来证明UFO就是外星智慧生物的宇宙飞船，因而一度使UFO研究陷入窘境，甚至有的主张以上观点的UFO专家的信心也开始动摇，认为UFO研究已经步入歧途。
UFO研究真的步入歧途了吗？回答是否定的。80年代后期出现的一些证据是令人鼓舞的，它们可能对UFO的研究产生重大影响。
1988年9月初，秘鲁星际关系研究所所长卡洛斯·帕斯对新闻界说，1988年9月中旬，当火星靠近地球时，将同以往几次一样，有大量飞碟前来地球拜访。他的预言很快就得到了证实，秘鲁和南非不久分别出现了飞碟群，目击者甚多。
帕斯这位研究外星文明的专家，已从事该项研究20多年，在他出版的新书《我们认识的其他世界》一书中，他详细介绍了几十年来他和他的同伴们的研究成果。
他说，他们通过26年的研究表明，迄今已证实存在86种外星人，这些外星人矮的只有2厘米，高的则达10米，其中85％能够呼吸地球上的空气，20％戴着假面具，5％穿潜水服，好像来自有水的世界。其中有极小部分根本就没有鼻腔，它们可以用皮肤进行呼吸。
在众多的自然之谜中，UFO是最大的一个谜，它最使人感到神秘莫测，引起了亿万人的强烈兴趣。可是，30多年来，UFO问题不仅没有明朗化，反而被搞得混乱不堪。
虽然越来越多的公众相信部分UFO是外星人的飞碟，但正统的科学界（包括绝大多数科学家）和各国政府（法国等除外）却否认飞碟的存在，认为UFO无非是一些探空气球、流星、虚无缥缈的幻影或未知的大气物理现象。确实，限于目击者的知识水平，大部分目击事件是把飞机、气球等当成了飞碟，有些确实是一些未知的大气物理现象，如地光等等。1997年8月初，美国的一家报纸曾发表文章称：在50年代出现的大量UFO现象，其实是美国军方进行的秘密实验。
此话一出，引起世界一阵哗然。虽然如此，但美国军方并没站出来证实这一点。除此之外，也确有相当一部分UFO是无法解释的，其中不少是科学家和飞行员目击的，难道一个天文学家能把一颗流星当作飞碟？难道飞机上所有人员都同时产生幻觉？
UFO的一个特点是无法在实验室研究，也无任何公式可用，连确切的证据都没有。
这正是它不为正统科学界承认的一个原因。人们习惯于借助电子和光学等等仪器提供数据，用公式演算分析去验证一个发现。但研究UFO，却无任何仪器可用，也无法重演，故很难使人接受。
一架飞机在我们头顶飞过后，我们可以继续知道它在哪里，在它飞行方向的下一个地方，人们也会看到飞机。但曾经是一个固态和有形的UFO，昨晚干扰了汽车、飞机以后，现在它在哪里？在它消失的方向上可能再也没有人看到它，监视整个地区的雷达、红外探测器也没有发现它。事实上，它从现实中消失了。
可见，对UFO的研究，同目前的传统科学有很大的差别。同时，由于一批狂热的UFO者常常夸大其词，甚至弄虚作假，凭空杜撰与UFO接触事件，伪造UFO照片，结果使UFO研究声誉大跌，使大部分科学家对UFO现象产生反感，他们既无兴趣也无时间进行研究。
在这种情况下，就很容易得出UFO根本不存在的结论。
UFO否定论者往往用现有的科学法则来说明UFO现象中的种种不可能，如“大气中不可能有飞碟那样高的速度，否则就要产生冲击波”、“这么大的加速度会把任何东西压碎”、“飞碟那么小，若是从别的星系飞来的，它的燃料放在什么地方？”等等。他们还往往把爱因斯坦的相对论搬出来，指责“UFO的研究不按科学规律行事”。
如果笼统地问，爱因斯坦的相对论绝对正确吗？可能人人都会持否定态度，但在具体问题上就是另一回事了。现在人们正在努力研究统一场理论和白洞问题，也有越来越多的人倾向于瞬时完成宇宙航行，起码不需要原来认为的那么多时间。UFO否定论者曾嘲笑说：“对于UFO研究者来说，只要有解决不了的问题存在，那就需要修改现代科学的理论。”
英国“飞碟”研究协会曾就这个问题对所收集的“飞碟”资料中有关“飞碟”的特征加以分类、比较和研究，结果认为传说中那种神话般的“飞碟”现象是不存在的。现在看来“飞碟”并不是什么“天外技术”的具体表现形式，可能是发生在地球上的一种自然现象。