1533年西班牙殖民者入侵后，城市受到很大破坏，但城内一些印加帝国时代的街道、宫殿、庙宇和房屋建筑仍留存至今。
距库斯科城1.5千米处，有世界闻名的举“太阳祭”仪式的萨克萨瓦曼圆形古堡。它由数以十万计的巨石建成。大石来自数十千米外，尽管运输和雕凿都十分艰难，但每块大石之间锯齿形接口仍能天衣无缝。
云中的马丘比丘
马丘比丘古城在印加语中意为“古老的山巅”，位于库斯科城南部112千米处的高原上，海拔2560米大约1450年，印加统治者帕查库特克·印加·尤潘基建造了该城。1532年，西班牙殖民者攻占了马丘比丘，但最终将它遗弃。如今该城遗址虽然只剩下残垣断壁，但当初兴盛时期的壮观风貌依稀可见。古城街道狭窄而有序，建筑多用巨石堆砌而成，没有灰浆等黏合物，石缝间甚至连一个刀片都插不进去。据考古学者推断，马丘比丘并不是普通的城市，而是举行各种宗教典礼的活动中心。平时有一些人在这里照料寺庙和祭坛，大部分人只有在宗教节日才到这里来。
印加的末日
1531年，印加皇帝瓦伊纳·卡帕克死后，他的两个儿子瓦斯卡尔与阿塔瓦尔帕发生内战，加上当时瘟疫流行，国家元气大伤。1532年，西班牙殖民主义者皮萨罗入侵印加帝国，除掉国王阿塔瓦尔帕后，立曼科·卡帕克二世为印加王。次年11月，西班牙军队占领库斯科。
1536年，曼科·卡帕克二世发动反对西班牙人的起义，起义于1537年遭到镇压而失败。但其他起义者的反殖民斗争一直延续到1572年。
殖民侵略
15世纪末至16世纪初，随着封建社会生产力的发展、商品货币经济的急剧增长以及西欧各国和东方国家贸易联系的扩大，开辟新航路成为西欧人迫切的需求。面对东西方传统商路被奥斯曼土耳其帝国阻断的困境，西欧的封建主、贵族、大商人为了加强同东方的直接贸易和获取更大的财富，积极鼓动和支持探寻新的航路。社会生产力的发展、地理知识的丰富和科学技术的进步，特别是航海、造船等科技的发展，为新航路的开辟提供了必要的条件。新航路的开辟，打破了长期以来世界上许多国家、地区和民族之间相对隔绝的状态，为世界市场的形成创造了条件，促进了西欧封建制度的解体和资本主义的发展。与此同时，欧洲殖民者开始对亚、非、美洲进行殖民活动，最终导致了欧洲资本原始积累的完成和殖民地人民的极端落后。
开辟新路的背景
西欧上层社会有着对东方商品的强烈需求及对黄金的狂热崇拜，而土耳其奥斯曼帝国却对东西方贸易往来课以重税，使欧洲市场上东方商品的价格猛涨，迫使西欧国家亟须开辟一条直通东方的新商路。
16世纪初的经济繁荣
15世纪时，西欧已编制了精早期的印刷机确的天文表，出现了千吨的快速帆船。16世纪初，西欧各国生产力快速发展。自动纺车、立式织布机在纺织业被广泛使用。在采矿业中，人们开始使用畜力或水力推动的抽水机、提运矿石的绞车以及矿井中的通风等设备。中国的火药、指南针和印刷术等重大发明，这时已在欧洲广泛传播。科学发明和技术进步，推动了经济的发展和新生产部门的出现。火器的应用扩大了对生铁、铜和钢的需要，促进了冶金业的发展，加速了铸造技术的改进和新式机床的出现。生产力的发展还表现在农业技术的进步上，16世纪尼德兰北部和英国已开始实行多圃轮种、深耕细作，水车和风车也有所改进。同时，人们还对畜种（特别是羊）注意改良，农牧产品的总量在这一时期有较显著的增加。
商业资本的活跃
生产力的快速发展，使越来越多的手工行业脱离农业，促使商品生产和商品交换快速发展起来。15世纪时，西欧各地的手工业细分为许多专业部门，行业数目明显增多，逐渐形成了一些工业中心和著名的农业区。商品的生产和流通，加速了欧洲经济的发展商品货币经济的发展，冲击了农村的自然经济。15至16世纪，货币地租已成为主要的地租形式。16世纪时，西欧各地货币流通更加频繁。在安特卫普等地，商业资本和高利贷资本以及信贷和银行业都相继发展。这一切，加速了封建生产方式的解体。
手工场的出现
在产业革命以前，手工工场一直是工业生产的基本形式。它最早在纺织业和金属制造业中盛行。手工工场的劳动分工和协作有不同的形式，一种是由不同种类的劳动方式联合起来，另一种是同一种类的劳动形式按工序的差别进行分工的联合。这为后来的机器生产创造了条件。
航海与造船技术的完善
中国发明的指南针经阿拉伯人传入欧洲后，在欧洲航海业中已被普遍使用。海船的制造技术也有显著进步，出现了新型的轻便、多帆、快速的大海船。托勒密所著的《地理学》在15世纪初已被译成拉丁文，地圆学说在欧洲日益流行。1410年，法国主教皮埃尔·达里伊所著的《世界的面貌》一书，论述了大地为球形的观点佛罗伦萨的地理学家托斯堪内里绘制的《世界地图》，把中国和印度画在大西洋对岸，并推断从欧洲西航即可直达东方。这份地图就是哥伦布远航时所用的航海图。
通往印度的新航路
从15世纪初起，葡萄牙统治者积极参与新航路的开辟，经过迪亚士、达·伽马等几代人的努力，探寻新航路获得突破，绕道非洲南端直达印度的新航路终于被开通。
葡萄牙的“海上远征队”
1415年，葡萄牙占领了非洲西北角的重要港口休达，休达成为葡萄牙人在非洲大陆上的立足点。亲王亨利（1394～1460年）预料到征服非洲南部的土地会带来巨大的利益，于是大力支持对非洲的探险。他创办了一所航海学校，组织力量培训海员，绘制海图，研究如何克服航行上的困难。葡萄牙人制成一种坚固的轻快帆船，便于逆风迂回行驶。这一切推动了航海事业的发展。亨利屡次组织由骑士、商人和传教士组成的“海上远征队”，在非洲西海岸一带航行，贩卖奴隶，寻找黄金和象牙，获得了巨大的利润。
迪亚士与好望角
葡萄牙航海家巴尔托洛梅乌·缪·迪亚士接受葡萄牙国王约翰二世的命令，于1487年8月从里斯本出发，率领两条载重达100吨的双桅大帆船，沿着非洲西海岸向南驶去。1488年3月12日，船队到达非洲最南端。1488年12月，船队在经过一年零五个月的航行之后，安全回到里斯本。这是葡萄牙人探寻新航路的一次突破。葡萄牙国王认识到发现非洲南端的重要性，因此将其命名为“好望角”。迪亚士受到了国王的嘉奖。1497年，迪亚士受命于国王曼纽尔一世，再次率领4条大船沿着非洲海岸航行，沿途进行殖民与贸易活动，并开发黄金输出港口。1500年5月，船队在好望角附近遇到大西洋飓风，迪亚士及其伙伴葬身大西洋海底。然而，新的航路已被打通，西方殖民势力从此开始从非洲向亚洲延伸。
达·伽马的航行
达·伽马是15世纪末至16世纪初的葡萄牙航海家，是从欧洲绕过好望角通往印度的航略的开辟者。
达·伽马在1497年7月率领4艘帆船离开里斯本，沿着非洲海岸向南航行，绕过好望角，然后沿非洲东海岸北上。后来他靠阿拉伯人领航，从非洲到达印度的卡里库特。1499年，达·伽马的船队满载香料、宝石、丝绸回国，这些物资带来的收益是航行费用的60倍。1502年2月，达·伽马再度率领船队开始了第二次印度探险，目的是建立葡萄牙在印度洋上的海上霸权地位。
1503年10月，达·伽马的船队满载超过第一次航行数十倍的财物返回葡萄牙。达·伽马完成了第二次远航印度的使命后，得到了葡萄牙国王的额外赏赐，1519年受封为伯爵。1524年4月，达·伽马以葡属印度总督身份第三次赴印度，9月到达果阿，不久染疾，12月死于柯钦。达·伽马的航行开通了西欧直通印度的新航路，促进了欧、亚两洲商业和航运业的发展，同时也为西方殖民者对东方进行血腥的殖民掠夺大开方便之门。
哥伦布航抵新大陆
葡萄牙人在非洲西海岸的航行和殖民扩张活动，促使西班牙人积极寻找另一条通往东方的新航路他们资助哥伦布一行从欧洲向西航行，最终抵达美洲，开辟了通往美洲的新航路，结束了美洲与世隔绝的状态，并为西班牙的海外掠夺和殖民统治奠定了基础。
远航的准备
哥伦布是一位意大利热那亚水手，年轻时经常在地中海和北海航行，随船队到过西班牙、葡萄牙、法国、英国和冰岛一带，这些经历使他熟悉了地中海和大西洋东岸的航路。根据地圆学说，他认为如果在大西洋上向西航行，可以开辟出一条联结欧亚两大洲的捷径。1479年，哥伦布与森特岛（马德拉群岛）总督、著名航海家佩列斯特列劳的女儿结婚后，得到了岳父的航海手稿和海图，又随船访问了黄金海岸的葡萄牙要塞米那。1486年，哥伦布举家迁往西班牙，希望西班牙国王支持他的航行计划。经过一番周折，1492年，哥伦布终于与西班牙国王签订了著名的《圣大非协定》，其航行计划有了实现的可能。
发现“新大陆”
在第一次航行中，哥伦布于1492年10月12日发现了巴哈马群岛中的萨马纳岛礁（即今华特林岛）。当时哥伦布把这个岛定名为“圣萨尔瓦多”，即“救世主”之意。直至逝世前，哥伦布还误以为他所到之处是亚洲的一个海岛，认为自己已经到达印度，所以当时他称当地居民为“印第安人”（印度人），这个名称从此一直沿用下来。后来意大利航海家亚美利哥在1499至1504年间几次到南美洲沿岸进行考察，在其游记《海上游行故事集》中断定这一地区不是印度，而是“新大陆”。从1507年起，人们以他的名字命名新大陆为“亚美利加洲”，即美洲。
另外三次远航
1493至1504年，哥伦布又三次出航，往来于欧美两大洲之间，先后到达加勒比海上的一些岛屿、南美大陆北岸的奥里诺科河口和中美洲的东岸，并在海地岛建立了西班牙在美洲的第一块殖民地。哥伦布发现了西半球的美洲大陆，发现了加勒比海中几乎所有重要的岛屿，开辟了横渡大西洋的新航线，并带回了在这个大陆的另一而存在着一“南海”的消息。所有这些重要的地理发现，都大大开拓了人们的视野，打破了长期禁锢人们头脑的传统地理概念。
影响
哥伦布航行拉开了地理大发现的序幕，欧洲新兴的资产阶级纷纷步哥伦布的后尘，踏上了新发现的美洲大陆，促进了世界市场的形成，推动了欧洲资本主义的发展，加速了封建制度的崩溃哥伦布发现美洲以后，殖民者在拉丁美洲建立起殖民奴役制度，给印第安人带来了深重灾难，但也加速了美洲的开发和资本主义进程。总之，哥伦布的远航是大航海时代的开端。新航路的开辟，改变了世界历史的进程，使海外贸易的中心由地中海转移到大西洋沿岸。从那以后，西方终于走出了中世纪的黑暗，开始迅速崛起，并在之后的几个世纪中成为世界霸主。随后，一种全新的工业文明变成了世界经济发展的主流。
麦哲伦的环球航行
麦哲伦等人用了整整三年时麦哲伦画像间完成了人类历史上第一次环球航行，无可辩驳地证明了地圆学说的正确性，为人类地理知识的丰富和科学的发展作出了重大贡献。
航行的起因
哥伦布虽然开辟了通往美洲的新航路，却没有到达富庶的东方，也没有给西班牙带来想象中的可观财富，西班牙因而继续支持远洋探险活动。亚美利哥曾经设想，绕过新大陆的南端可以到达盛产香料的摩鹿加群岛。1513年，西班牙美洲殖民地总督巴尔波亚率领探险队越过巴拿马地峡，在美洲西边发现了“南海”（即太平洋）。他也相信，如能找到与“大南海”沟通的海峡，就可以到达盛产香料的东方。1514至1515年，人们为寻找那个未知的海峡先后南航到了阿根廷的拉普拉塔河口和圣马提阿斯湾麦哲伦密切注意这些航海动态，随时准备完成这个任务。
环球航行
1518年3月18日，麦哲伦晋见西班牙国王查理一世，叙述了自己的航海计划。3月22日，查理一世和麦哲伦签署了远洋探险协定。之后，麦哲伦组成了一支探险队，分乘5艘大船，于1519年9月20日从塞维利亚的圣卢卡尔港起航。船队越过大西洋，沿巴西海岸南下，在1520年10月21日到达美洲南端海峡（后人命名为“麦哲伦海峡”），又继续西航入“南海”，因航途风平浪静，“南海”被称“太平洋”。历经九死一生的航行，麦哲伦于1521年到达今菲律宾群岛的马索毕岛。麦哲伦从西方绕到东方的理想终于实现了。
麦哲伦航行的影响
从1519年9月到1522年9月，麦哲伦和他的船员们花了整整三年的时间，终于完成了人类第一次环球航行，充分证实了地圆说：不管是从西往东，还是从东往西，毫无疑问，都可以环绕我们这个星球一周回到原地。这对科学技术的发展和人们宇宙观念的改进均有重要意义。