但是，《二曲集》所主张的默坐澄心、悔过自新、明心识体等道德理论和道德修养方法，具有唯心论的神秘色彩和封建禁欲主义本质，这些是与明末清初的反理学启蒙思潮不相容的，表现出它的落后性和局限性。
《经义考》
《经义考》是我国经学文献的专科目录。清朝朱彝尊撰，卢见曾编。朱彝尊的《经义考》300卷，通考历代经义，集经学目录之大成，影响非常大。
关于该书问世原因，一种观点认为，该书是朱彝尊晚年“著书自娱”的产物。持这种观点的有陈廷敬、田凤台等。另一种观点认为，该书系朱彝尊惧经学遗编之放失而作。持此说者有朱稻孙、周中孚、翁衍相等。
以上两种观点，实际上均源于朱彝尊本人，而未免过于简单。如果把《经义考》放在我国学术史的视野中加以考察，那么，该书之问世，既是经学、目录学发展的结果，也是清初征实学风影响下的产物，同时还与朱彝尊生平经历密切相关，是其一生治学心血的结晶。
现对这几个方面的原因，加以论析。朱彝尊本人之治学旨趣，既崇六经，又尚博学，而且交游极广，聚书能达80000卷之巨，客观上为《经义考》的编撰提供了必要的文献条件。
《经义考》是朱彝尊辞官以后根据从前见闻，考察古今经学文献，于1695至1699年间撰成的。原名《经义存亡考》，1705年开始刊行，当时只刊行半部。乾隆十八年，即1753年卢见曾在淮南朱彝尊的孙儿朱稻孙处见到《经义考》未刻部分的原稿，于是重新编撰校勘，增加凡例，于1755年完成，共300卷，改名为《经义考》。
《经义考》首录御注、敕撰的经学书籍3卷，再录经学文献27类297卷，其类目为：易、书、诗、周礼、仪礼、礼记、通礼、乐、春秋、论语、考经、孟子、尔雅、群经、四书、逸经、毖纬、拟经、承师、宣讲、立学、刊石书壁、镂版、著录、通说、家学、自述，其中宣讲、立学、家学、自述4卷有录无书，当是撰辑未竟。
所收经书均先著录撰人姓名、书名、卷数，注明存、阙、佚、未见和伪书。然后辑录原书序跋，介绍诸儒学说、经学派别及著者生平事迹。最后是按语，为朱彝尊自己的考订。
《潜书》
《潜书》，4卷，清代唐甄撰。唐甄原名大陶，顺治十四年举人，官山西长子县知县，不久罢归。侨居苏州，著述不缀。《潜书》为其学术思想和政治思想之代表作。前后历经30年而成书。
《潜书》仿《论衡》之体，初名《衡书》，意在权衡天下；以连赛不遇，改为《潜书》，意为潜而待用。全书先分上下两篇，每篇又各分上下，合4卷之数，共97目。
《潜书》上篇自《辨儒》始，至《博观》止，共50目，多言学术；下篇自《尚治》始，至《潜存》止，共47目，多言政治。
其言学大旨上尊孟子，下及陆九渊、王阳明，宗王阳明致良知之说，认为事功出于心性之修养，心性修养应表现为事功，主张知行合一、气在理先。
反对程朱理学空谈心性。其论治则批判君主专制，主张均等，提出革新政治、整顿吏治、重用贤才、赏罚分明、重视学兵、鼓励农桑、富民为先等措施。
其中，《尊孟》一目以孟子为圣人，《宗孟》则称治学应以孟子为宗。孟子主张民贵君轻。还提出“位在十人之上者，必处十人之下；位在百人之上者，必处百人之下；位在天下之上者，必处天下之下”等主张，对后世影响很大。
清末国学大师章太炎称此书直接孟子、孙卿、王守仁，下启戴震。现代学者称此书是我国启蒙思想史上的重要著作，开后世资产阶级思潮之先河。
《易图明辨》
《易图明辨》，清代胡渭撰，谭德贵等点校。
全书共分10卷，卷一辨“河图”“洛书”，卷二辨五行、九宫，卷三辨《周易参同契》，先天、太极，卷四辨龙图、《易数钩陷图》，卷五辨《启蒙》图书，卷六、七辨先天古易，卷八辨后天之学，卷九辨封变，卷十辨象数流弊。
《易图明辨》受清初大儒黄宗羲的启发与影响很大，末二卷列这二项等于论及当时最新的易学理论，从这里可以看出，胡渭撰著此书的目的，是要追溯易图说学的历史源流。
胡渭在《易图明辨》卷二也指出了他是以这些图出现的时间先生为序依次进行辩驳的。胡渭在此时收集了大量前贤和时人的有关《易》图的著作，他在《易图明辨》中大量征引前贤和时人的著作，就能很好地说明这一问题。
《易图明辨》被学术界评为最详尽的研究儒学经典《易》图的专著。《四库全书总目提要》给予此书极高的评价，称其与黄宗羲的《易学象数论》“均可称有功于《易》道矣”。
《河洛精蕴》
《河洛精蕴》，9卷计191篇，为清代江永79岁时之作。本书内篇“河洛之精”3卷，本朱熹《易学启蒙》4篇内容而推衍，卷一、二推衍“本图书”、“原卦画”，卷三推衍“明蓍策”、“考变占”。《河洛精蕴》的外篇为“河洛之蕴”6卷，以河洛图书旁及诸家之术。
《河洛精蕴》一书之可取处，不在于其所称河洛图书之“精”与“蕴”方面，而恰是那些与河洛图书无甚关系的内容。
如筮法疑义说、变占说、占法考、变占余义说、十二辟卦说、互卦说、卦变说、卦变考、辨来氏错综二字之谬、卦象说、卦象考、罗针三盘说、遁甲奇门说等篇，其中尤以卦变说、卦变考最有参考价值。
《九经古义》
《九经古义》，16卷，清代惠栋撰。此书所解，包括《周易》、《尚书》、《毛诗》、《周礼》、《仪礼》、《礼记》、《左传》、《公羊传》、《谷梁传》、《论语》十经。
其中《左传》6卷后更名《左传补注》刊版别行，只存其九，故名“就经”。所称“古义”，是指汉儒专门训诂之学得以考见于当时者。
惠栋作此书，搜采旧文，相互参证，原原本本，可称精核，后世认为，其价值在王应麟《诗考》、郑玄《周易注》之上。但因为惠栋爱博嗜奇，不能割爱，有个别地方显得牵强附会，或者征引旁文、无关训诂，为例不纯。
《九经古义》现存有手稿本、乾隆潮阳县署刻本，乾隆刻贷园丛书本、清刻本、清蒋光弼刻省吾堂四种本。
《易汉学》
《易汉学》，8卷，清代惠栋撰。此书为追考汉儒“易学”而作。
汉儒之学，不一定尽合《周易》本旨。但汉代时离周不远，必有所传受。惠栋采辑遗闻，钩稽考证，使后世学者能够略见汉儒之门径，对易学也不为无功。
《易汉学》收入《四库全书》、《皇清经解续编》、《经训堂丛书》。又有《昭代丛书》壬集本，道光中世楷堂刻；坊刻本，清来堂刊本。
《孟子字义疏证》
《孟子字义疏证》，全书分上中下3卷。书末附戴东原答彭进士书及彭绍什与戴东原书。清代戴震的一本主要儒家著作。
本书从考证训诂而阐发理、天道、性、才、道、仁义礼智、诚、权等哲学范畴的根本意义，故名称“字义疏证”，以反对“宋以来儒书之言”。
《孟子字义疏证》主要侧重批判程朱理学关于理、欲问题的观点。程朱理学为了维护封建统治，把封建的伦理纲常说成是“天理”，把物质生活要求说成是不正当的“人欲”，提出“存天理，灭人欲”的命题。
《疏证》则力证天理与人欲是统一的，“理存乎欲”，不能用所称天理去禁锢人们的正常欲望。《疏证》尖锐地指出，程朱理学所称的“理”，不过是尊者、贵者、长者用以欺骗和镇压卑者、贱者、幼者的工具，“尊者以理责卑”。
在哲学上，《疏证》认为道是物质性实体，道，指其实体实事之名，指出气的变化过程就是道，“气化流行，生生不息，是故称之道，理是事物的条理，事物之理，必就事物剖析至微，而后理得。”
《孟子字义疏证》在我国近代反封建的斗争中，发生过巨大影响。
《阅微草堂笔记》
《阅微草堂笔记》，全集共24卷，1208则，约40万字。为清朝文言短篇志怪小说，于清朝乾隆五十四年至嘉庆三年年间，翰林院庶吉士出身的纪昀以笔记形式所编写成的。
在时间上，《阅微草堂笔记》主要搜辑当时代前后的各种狐鬼神仙、因果报应、劝善惩恶等之流传的乡野怪谈，或则亲身所听闻的奇情轶事；在空间地域上，范围则遍及全中国远至乌鲁木齐、伊宁，南至滇黔等地。
《阅微草堂笔记》的题材以妖怪鬼狐为主，但于人事异闻，边地景物，诗词文章，名物典故等也有记述，内容相当广泛。纪昀仕途顺利，他写此书的指导思想是“大旨不乖于风教”，采用六朝志怪的笔法，叙述简单，不作细节描写，不求文辞华美，与《聊斋志异》的描摹细腻、委曲动人大异其趣。
《阅微草堂笔记》内文记述若真若假，似乎只在藉由这些志怪的描写而来折射出当时官场腐朽昏暗堕落之百态，进而反对宋儒的空谈性理疏于实践之理气哲学，并且讽刺道学家的虚伪矫作卑鄙，与旁敲侧击的揭露社会人心贪婪枉法及保守迷信。
不过，对处于社会下层的广大人民悲惨境遇的生活，纪昀在笔调中也表达出深刻的同情与悲悯。在每则故事结尾处作者总是会来那么几句短语，以衡平的语气来评断其故事来龙去脉理事曲直之所在或其有否通情达理之处地，这些评后语却也总是耐人寻味。
《经韵楼集》
《经韵楼集》，12卷，是清代儒学学者段玉裁研读经史子集笔记和与友人书札的汇编，其间大量引证史料，从文字的形音义训释考订，辨正古籍谬误。
《经韵楼集》是段玉裁的文集，主要收录了以下几种文章。一是学术论文；二是序跋；三是书信；四是传遍、墓志铭。
从篇幅来说，前三种文章占了大部分，第四种文章只占一小部分。而所称序跋和书信，其中大半实际上也是学术论文。
书后附收近人刘盼遂《经韵楼集补编》上下卷及《段玉裁先生年谱》，可使读者参考比较。
《文史通义》
《文史通义》，清代章学诚著。《文史通义》共8卷，包括内篇和外篇两部分，内篇5卷，外篇3卷。章学诚撰写《文史通义》，大约始于乾隆三十八年，至嘉庆六年为止，历时20余年。
《文史通义》的观点有“六经皆史”论。关于我国史学的源流，章氏提出“六经皆史”的命题，以为《六经》皆属先王的政典，记述了古代的典章制度，说明史之源起先于经，并且指明经术乃是三代之史而为后人所重视。
这个命题的提出，源自章氏史学“经世”的思想，不但将史学的产生上溯至《六经》之前，而且扩大了古史研究的范围，对先秦史学史和史料学的研究作出了贡献。
对于“六经皆史”的论述，《文史通义》的《易教》、《书教》、《诗教》、《礼教》、《经解》、《史释》、《浙东学术》等诸篇，均有涉及。
此外，有关历史编撰学问题，也是《文史通义》的主要内容之一，散见于《史德》、《说林》、《书教》、《答客问》、《原道》、《释通》、《古文十弊》诸篇中。《文史通义》还把方志作为一门专门的学问。
由于章学诚是封建社会末期史家，在《文史通义》中，有其高于前人的评论，但也摆脱不了宣扬儒学纲常礼教之例，如他把谤君和怨悱的人说成乱臣贼子、名教罪人。对于历代史学名著的评论，其观点仍有值得商榷之处。
《洙泗考信录》
《洙泗考信录》，4卷，清代崔述撰。本书主要考核孔子生平事迹。孔子乃鲁国人，洙泗原是鲁国水名，洙水在北，泗水在南，其间即孔子讲学之地。故而得此书名。
《洙泗考信录》以《国语》、《左传》、《论语》、《孟子》、《史记》等儒家经典为主，将有关孔子的记载按年代编排，凡传、注与经合者予以参证，不合者则加以考辨。
认为现存《论语》前15篇基本可靠，后5篇《季氏》、《微子》、《阳货》、《子张》、《尧曰》疑点甚多。对其他书籍错载之处也加校正。为研究孔子教育实践和思想的重要参考资料。
《述学》
《述学》，清代汪中撰，汪中的后代编。
该书主要讨论古代学术源流。全书共6卷。其中有内篇3卷，外篇1卷，补遗1卷，别录1卷。附录《春秋述义》1篇。另有编年《容甫先生遗诗》5卷，附录补遗及诸家酬赠一卷，俱有道光间喜孙精刊本。
《孔子集语》
《孔子集语》是关于孔子言行事事迹的文字汇编，传世有两种：一是宋朝薛据辑的两卷本；二是清朝孙星衍辑的17卷本。这里指的是孙星衍所著的版本。
孙星衍是清朝著名的考据学家、金石学家、训诂学家。作为一个著名的藏书家和学者，他对薛氏辑本很不满意，于是在晚年引疾归田后，与其族弟星海、侄婿龚庆一起检阅群籍。
从《易十翼》、《礼小戴记》、《春秋左氏传》、《孝经》《论语》、《孟子》、《孔子家语》、《孔丛子》、《史记·孔子世家》、《史记·仲尼弟子列传》以外的83种典籍中采辑了813条孔子言行记录，并仿照《说苑》的体裁按类编排，共分14篇17卷，前10篇反映孔子的基本思想，后4篇多属于孔子的生平事迹和寓言故事。
初稿纂成之后，他又请著名学者严可均进行审校，前后历时6年成书。值得注意的是，孙氏辑本不止重视材料的收集，还注明每一条材料的出处，并把内容相同或相近的材料排列在一起，而且对疑文脱句加以按语进行校勘，因而有很高的学术价值。
《汉学商兑》
《汉学商兑》3卷，清代方东树撰，本书成于嘉庆年间，专为反驳江藩《汉学师承记》、纠清代汉学之失而作。全书体例，仿朱熹《杂学辨》之例，摘录清代汉学家撰述的观点，然后一一辨驳于后。