两湖书院诸生按日上堂听课作笔记，分教按日查斋，严格管理。每学期大考一次，张之洞亲临主持。后改选调制为招考录取制，保证了生源质量。
两湖书院学制5年，合格者择优咨送请奖录用，不合格者令其归家。有一部分优秀学生还由官费送出国深造。自立军领导人唐才常、辛亥革命领袖黄兴等都曾是两湖书院学生。
经心书院
经心书院，位于湖北武昌，清代张之洞任湖北学政时所设。当时他见原有江汉书院规模太小，不足以容纳多土，乃于1869年商请湖广总督兼署湖北巡抚李鸿章，在武昌三道街学署别建精舍课士之所。后改为文昌书院，院址迁火星堂文昌宫。至李鸿章总督湖广时始定名经心书院。
经心书院肄业学生由学政在各县诸生中亲自选拔调取。书院学合分经、义、治、事四斋，每斋20人，人各一室。课程有经解、史论、诗赋。杂著等。
经心书院培养出不少高材生，当贺人驹、陈作辅、傅廷浩、范昌埭4名高材生病故后，张之洞亲自作诗哭悼，称《四生哀》，足见其重视人才。
1891年，湖北前学政赵尚辅等捐廉俸复将经心书院迁回学署右舍，更名为经心精舍，规制仍旧。1897年书院改革，增设自然科学课程，叶青、姚炳奎、蒋克武、曹汝川等分任天文、舆地、兵法、算学分教。
曾在书院任山长者有李寿榕、谭仲修，曾任监督者有吴兆太、纪相聪、刘鸿烈等人。
1902年清朝廷下令书院改为学堂时，经心精舍与江汉书院一并改为勤成学堂。
二、儒学名家
清朝儒学的发展可以划分为几个阶段，其中尤其以清初儒学名家数量最多。
这一时期的儒学名家有前期的黄宗羲、顾炎武、王夫之、傅山。到了后期，也有一些比较有影响的儒学名家，如王闿运、俞樾等。
黄宗羲
黄宗羲（1610年～1695年），字太冲，号南雷，尊称为南雷先生，晚年自称梨洲老人，学者称梨洲先生。明末清初经学家、史学家、思想家、地理学家、天文历算学家、教育家。
他学问极博，思想深邃，著作宏富，与顾炎武、王夫之并称清初三大儒；也有“中国思想启蒙之父”之誉。
黄宗羲一生著述大致依史学、经学、地理、律历、数学、诗文杂著为类，多至50余种，300多卷，其中最为重要的有《明儒学案》、《宋元学案》、《明夷待访录》、《孟子师说》、《葬制或问》、《破邪论》、《思旧录》、《易学象数论》、《明文海》、《行朝录》、《今水经》、《大统历推法》、《四明山志》等。
黄宗羲生前曾自己整理编定《南雷文案》，又删订为《南雷文定》、《文约》。
顾炎武
顾炎武（1613年～1682年），本名继坤，改名绛，字忠清；南都败后，改炎武，字宁人，号亭林，自署蒋山俑，学者尊称为亭林先生。江苏苏州人。
明末清初著名的思想家、史学家、语言学家。与黄宗羲、王夫之并称为明末清初三大儒。
明末诸生，青年时发愤为经世致用之学，并参加昆山抗清义军。康熙间被举鸿博，坚拒不就。其学以博学于文，行己有耻为主，合学与行、治学与经世为一。
著作繁多，以毕生心力所著为《日知录》，另有《音学五书》、《亭林诗文集》等。
王夫之
王夫之（1619年～1692年），字而农，号涢斋，别号一壶道人，湖南衡阳人。晚年居衡阳之石船山，世称“船山先生”。明末清初杰出的思想家、哲学家，与方以智，顾炎武，黄宗羲同称明末四大学者。
王夫之学问渊博，对天文、历法、数学、地理学等均有研究，尤精于经学、史学、文学。王夫之在明亡时投身救国军事行动中，失败后深山论学著书，其重新诠释周易哲学。
一反易学史上所有注易之作，建构他自己特有的乾坤并建的解易史观，另也遍注群经，可称中国儒学史上注经最多的一位，其创作量能不下于朱熹，且多有新论，王夫之学在当代研究及儒学史中尚待发掘的重要思想仍有极大空间。
主要著作有《周易外传》、《周易内传》、《尚书引义》、《张子正蒙注》等。王夫之的思想对后世产生过很大影响。谭嗣同对王夫之作了高度评价，说，“万物招苏天地曙，要凭南岳一声雷”，认为是500年来真正通天人之故者。
刘宗周
刘宗周（1578年～1645年），字起东，别号念台，浙江山阴人，因讲学于山阴蕺山，学者称蕺山先生。
明万历二十九年成进士，以行人司行人累官顺天府尹、工部侍郎。他为人清廉正直，操守甚严，立朝敢于抗疏直言，屡遭贬谪，不改其志。
明亡之次年乙酉，清军南下入浙，他在家乡绝食殉节。观其一生，他从政时间很短，多半生从事于讲学育人，故其弟子遍天下，而以黄宗羲、陈确、祝渊、张履祥等最为著名。
刘宗周著作颇富，有《刘蕺山集》17卷，及《刘子全书》、《周易古文钞》、《论语学案》、《圣学宗要》等，均《四库总目》并传于世。
孙奇逢
孙奇逢（1584年～1675年），字启泰，号钟元。明末清初理学大家。清初孙奇逢迁居河南卫辉府辉县苏门山下夏峰村。晚年讲学于辉县夏峰村20余年，从者甚众，世称“夏峰先生”。
孙奇逢在明万历二十八年中举人，他学识博大精深，气节高尚，与东林党人来往密切，与阉党魏忠贤做过斗争。明亡后，清政府屡召不仕，人称孙征君。
与李颙、黄宗羲齐名，合称明末清初三大儒。其学术思想以慎独为宗，以体认天理为要，以日用常伦为实效。认为学无止境，任何时候都不能懈怠。
孙奇逢一生著述颇丰，他的学术著作主要有《理学宗传》、《圣学录》、《北学编》、《洛学编》、《四书近指》、《读易大旨》5卷、《书经近指》。
方以智
方以智（1611年～1671），字密之，号曼公，又号鹿起、龙眠愚者等。江南安庆府桐城人，是明清之际著名的学者、思想家，我国古代自然科学哲学的批判总结者。
明亡后他更名吴石公，流亡岭南，出家后改称弘智、行远、无可、药地、墨历、极丸、浮庐等，人尊为木大师、青原尊者、四真子。
方以智出生在官宦、儒学世家，从小就受到了严格的教育。7岁，就随父亲宦游蜀、闽、幽、燕、齐、鲁，饱览祖国的大好河山，了解各地的风土人情，开拓了眼界，并开始接触西学。
15岁时，由于父亲得罪权臣魏忠贤，被削职还乡，方以智也随之回家读书，曾先后就学于著名学者白瑜、王宣以及房师余扬、傅海峰。
崇祯十三年进士，为复社成员，有“明季四公子”之称。明亡后，为僧，法名弘智，发愤著述致力于思想救世的同时，秘密组织反清复明活动。
学术上，方以智家学渊源，博采众长，主张中西合璧，儒、释、道三教归一。一生著述400余万言，多有散佚，存世作品数十种，内容广博，文、史、哲、地、医药、物理，无所不包。代表作品有《通雅》等。
傅山
傅山（1606年～1684年），初名鼎臣，字青竹，改字青主，又有真山、浊翁、石人等别名，山西太原人。明清之际思想家。
明亡后为道士，隐居土室养母。康熙中举鸿博，屡辞不得免，至京，称老病，不试而归。他于学无所不通，经史之外，兼通先秦诸子，又长于书画医学。
著有《霜红龛集》等。
张履祥
张履祥（1611年～1674年），字考夫，号念芝，号杨园。浙江桐乡人，世居清风乡炉镇杨园村，故学者称杨园先生。
明末清初著名理学家，清初朱子学的倡导者，同时对农学有较深入的研究，著有《经正录》、《愿学记》、《问目》、《备忘录》、《初学备忘》、《训子语》、《言行见闻录》、《近鉴》、《读易笔记》等。
陆世仪
陆世仪（1611年～1672年）字道威，号刚斋，晚号桴亭，别署“眉史氏”，江苏太仓人。明亡，隐居讲学，与陆陇其并称“二陆”。明末清初著名的理学家、文学家，被誉为“江南大儒”。
他一生为学不立门户，志存经世，博及天文、地理、河渠、兵法、封建、井田、学校无所不通。其理学以经世为特色，这既是对晚明理学空疏学风的批判，也适应明清之际社会变革的需要。
著有《思辨录》、《论学酬答》、《性善图说》、《淮云问答》，及诗文杂著等40余种、100余卷。
熊伯龙
熊伯龙（1616年～1669年），字汉侯，号塞斋，别号钟陵，湖北武汉人。
顺治五年由拔贡举顺天乡试，名列第一。顺治六年中一甲二名进士，历任国史院编修、侍读、国子监祭酒、内阁学士兼礼部侍郎等职。
撰有《无何集》、《熊学士诗文集》。
毛奇龄
毛奇龄（1623年～1716年），原名甡，又名初晴，字大可，又字于一、毛奇龄画像齐于，号秋晴，又号初晴、晚晴等，浙江萧山人。
以郡望西河，学者称“西河先生”，与兄毛万龄并称为“江东二毛”。清代经学家、文学家。清初参与抗清军事，流亡多年始出。康熙时荐举博学鸿词科，授检讨，充明史馆纂修官。寻假归不复出。他治经史及音韵学，著述极富。
所著《四诃合集》分经集、史集、文集、杂著，共400余卷。
吕留良
吕留良（1629年～1683年），字庄生、又名光纶，字用晦，号晚村，别号耻翁、南阳布衣、吕医山人等，暮年削发为僧，名耐可，字不昧，号何求老人。浙江桐乡人。
明末清初杰出的大儒、思想家、诗人和时文评论家、出版家。明朝灭亡后，他矢志反清复明。
吕留良的作品有《吕晚村文集》8卷、《东庄诗存》7卷、《续集》四卷、《东庄诗存》6卷、《惭书》等。
李颙
李颙（1627年～1705年），字中孚，号二曲。陕西周至人。明清之际哲学家，与孙奇逢、黄宗羲并称三大儒。
他自小家贫，借书苦学，遍读经史诸子以及释道之书。为学主兼采朱熹、陆九渊两派，以为“朱之教人，循循有序”。他重视实学，提倡“明体适用”。力主自由讲学，与清王朝钳制思想政策对立。
所著有《四书反身录》、《二曲集》等。
朱彝尊
朱彝尊（1629年～1709年），字锡鬯，号竹垞，晚号小长芦钓鱼师，又号金风亭长。浙江嘉兴市人。清代诗人、词人、儒学学者。
其学识渊博，通经史，能诗词古文。词推崇姜蘷，为浙西词派的创始者。诗与王士禛齐名，时称“南朱北王”。
著述甚丰，有《经义考》、《日下旧闻》、《曝书亭集》等。
陆陇其
陆陇其（1630年～1692年），原名尤其，字稼书，浙江平湖人。清代理学家。
康熙九年进士，以清正廉洁而著称。官至四川道监察御史等。离任时，只带了几卷图书和妻子的织布机。与陆世仪并称“二陆”。死谥清献，从祀孔庙。
著有《困勉录》、《读书志疑》、《三鱼堂文集》等。
胡渭
胡渭（1633年～1714年），初名渭生，字明，号东樵。浙江德清人。清经学家、地理学家。
曾与阎若璩等帮助徐乾学修《大清一统志》。撰《易图明辨》、《洪范正论》、《大学翼真》等。考定宋儒所称“河图”、“洛书”之误。又撰《禹贡锥指》，搜采方志舆图，阐释《尚书。禹贡》。
万斯大
万斯大（1633年～1683年），字充宗，别字褐夫，因患足疾而自号跛翁，浙江宁波人。清朝经学家。其《宗法》8篇，黄宗羲盛赞“为冠古绝今必传之作”。
著有《学礼质疑》2卷、《学礼偶笺》3卷、《仪礼商》2卷附录《庙寝图》、《庙寝图说》及《与陈令升书》等作品。
万斯同
万斯同（1638年～1702年），字季野，学者称他石园先生。浙江鄞州人。清初著名学者、史学家。
他博通诸史，尤精明史。讲求志节，坚决不愿在清朝为官。康熙间，应邀以布衣参修《明史》500卷，皆其手定。著有《历代年表》等。
熊赐履
熊赐履（1635年～1709年），字敬修，一字青岳。孝感人。别号愚斋，现孝感市闵集乡人，世籍南昌。清代大臣、学者。
官至任东阁大学士兼吏部尚书。曾任修撰《圣训》、《平定朔漠方略》、《实录》、《方略》、《明史》的总裁官。熊赐履治程朱理学，主张“默识笃行”，曾建议“非《六经》、《语》、《孟》之书不读，非濂、洛、关、闽之学不讲”，以加强思想统治。
著有《经义斋集》18卷、《闲道录》3卷、《学统》56卷、《学辨》、《学规》、《学余》、《下学堂札记》3卷、《澡修堂集》16卷传于世。
颜元
颜元（1635年～1704年），字易直，又字浑然，号习斋。儒学学者、唯物主义思想家、教育家。
他深刻地批判了程朱理学脱离实际的书本教育，竭力提倡“实学”和“实用”的教育。他的教育思想对我国近代教育的发展，起了革新的作用。
李塨
李塨（1659年～1733年），字刚主，号恕谷。清初哲学家。
他21岁时拜颜元为师，康熙二十九年曾中举人，60岁时被选授通州学政，但未及三月便母老告归辞官返乡。归乡后乃修学舍，讲学其中，著述终老。
著有《四书传注》、《周易传注》等。
阎若璩
阎若璩，字百诗，号潜丘，生于明崇祯十一年，故于清康熙四十三年，山西太原人，侨居江苏淮安府山阳县。
清初著名学者，清代汉学发轫之初最重要的代表人物之一。著有《敬刑录》、《计辽始末》诸书。
潘耒
潘耒（1646年～1708年），字次耕，又字稼堂，晚号止止居士，江苏吴江人，清初学者。