到大学三年级结束时，弗洛伊德总结了三年学习生活，他说：“经过大学头三年的学习，我发现由于我的天赋能力的特殊性和局限性，我将不能在我年轻时所热衷的那些科学领域中取得成功。我终于在布吕克的生理实验室找到归宿，获得满足。同时，我也在那里找到我所尊敬而以之为模范的人物，即伟大的布吕克本人及他的助手西格蒙特·艾克斯纳和厄纳士特·冯·弗莱斯尔·马兹科。”
接着，弗洛伊德说：“布吕克把一项神经系统组织学问题交给我研究，我很圆满地解决了那个问题。由于对布吕克很满意同时也为了我自己着想，我就更进一步的探索下去。”
1876年秋，弗洛伊德正好是20岁，布吕克教授要他到生理学研究室当他的正式助手。弗洛伊德同布吕克生理研究室的结合，在他的一生和科学研究活动中是一个重要的转折点。
1879年，弗洛伊德被应征入伍。当时，奥匈帝国正同沙皇俄国争夺巴尔干半岛。当时的德奥两国实际上是一个大军营。全国大中小学都实行军事训练。任何适龄青年，不管作什么工作，也不管是否在校读书，都要参军。
弗洛伊德就是在这样的条件下服兵役的。根据当时的规定，参军的医学院学生只能留在国内服役；如果要派往国外，也只能在医院里服务。
在1880年5月6日，弗洛伊德24岁生日那天，在军队里被关禁闭，因为他未经请假外出。
退伍后，弗洛伊德又回到了维也纳大学。
从1873年到1881年，弗洛伊德在维也纳大学医学院学习期间，是他为一生中的伟大事业奠定知识基础的时期。他把大量的时间用在学习生物学、医学、病理学、外科手术等课程上。
同时，在这里，弗洛伊德结识了许多著名的学者。除了布吕克、克劳斯以外，还有著名的外科医生比尔罗斯、皮肤科专家赫伯拉、眼科专家阿尔德等人。他们都是在全世界负有盛誉的学者和医生。弗洛伊德从他们那里学到了许多宝贵的知识，学到了进行科学研究的正确方法。
1881年3月，弗洛伊德终于以优异的成绩通过了医学院的毕业考试。他并不需要用很多时间去复习功课，因为他平时始终都踏踏实实地掌握了每门功课的内容，没有一门功课是糊里糊涂地通过的。对于每一门功课，不管自己是否爱好，他都务求精通。
弗洛伊德自维也纳大学医学院毕业后，他继续留在布吕克教授的生理研究室里。他在这里从事研究工作已经有十五个月了。但那时，他还要兼顾听课；如今，他可以把全副精力投入到研究工作。
和其他刚从大学毕业的初级研究人员一样，在从事研究工作的同时，弗洛伊德还担任了大学助教的工作。从1881年5月到1882年7月，他顺利地完成了研究项目和助教教职。在这一年多的时间里，弗洛伊德要承担赡养父母弟妹的重任，而他的收入又很微薄。
1882年，弗洛伊德爱上了他妹妹的朋友玛莎·伯纳斯。玛莎比弗洛伊德小五岁，出身于汉堡一个颇有名望的犹太家庭，那时正住在维也纳。
和玛莎订婚后，弗洛伊德开始考虑要为结婚准备必要的资金。显然，继续担任研究室和助教工作，不能满足经济上日益增多的需要。所以，在完成第三学期助教工作的时候，他决定接受父亲和布吕克教授的劝告，改行做专职医生。
弗洛伊德的这一转业，从它的实际效果来看，远远地超出了他自己的设想。当弗洛伊德在精神分析学的研究工作中取得累累硕果的时候，他回过头去重新评价自己在1882年的转业决定，才看出了它是他的一生中的真正转折。
行医生涯
1882年7月，弗洛伊德正式地到维也纳全科医院工作。开始时，他担任了外科医生。因为感觉到太疲劳，2个月后，在西奥多·梅纳特的推荐下，弗洛伊德当上了著名的医生诺斯纳格的诊疗所的实习医生。
诺斯纳格的诊疗所是维也纳全科医院的一个分院。六个半月以后，弗洛伊德转到梅纳特的精神病治疗所。在这里，他当上了副医师。
西奥多·梅纳特同弗洛伊德以前的老师布吕克一样，是一个著名的神经病学专家，他在维也纳大学医学院兼任教职。弗洛伊德大学时代很喜欢听他的课，并且从听他的课开始对神经病学发生了兴趣。弗洛伊德曾说，他对梅纳特的崇拜达到“五体投地的程度”。
梅纳特是当时最著名的的脑解剖学专家，他对大脑神经错乱症颇有研究。所以，在医学上把这种病例命名为“梅纳特精神错乱症”。患有这种病的病人，有严重的幻觉出现，以致精神错乱、意识颠倒。这是以后数年弗洛伊德研究潜意识及各种变态心理现象的开始。
在梅纳特诊疗，弗洛伊德第一次亲自得来的精神病治疗经验。在工作期间，弗洛伊德深受他的老师梅纳特的高尚品质的感染。此时，他每天工作七小时，并用剩余时间大量研读有关精神病的著作。在这时候，弗洛伊德已经显露出从事精神病研究工作的卓越才能。
到1885年2月，全科医院院长通知他说，神经病科主任希望他离开那里，这显然是弗洛伊德与这位神经病科主任的矛盾的表面化和尖锐化。
在此以前，神经病科主任舒尔兹一直与弗洛伊德问意见。舒尔兹是一位心地狭窄、无所作为的医生。他不希望弗洛伊德长期留在神经病科，因为他看到弗洛伊德在神经病方面的研究成果不利于巩固他自己的主任职位。
就这样，3月份，弗洛伊德满怀怨恨转入该院眼科。在这里，他工作了3个月。在眼科，奥柏尔斯泰纳请他到维也纳郊外的奥柏尔道柏林兼任私人精神病院的临时代理医师，这样，他可以稍微增加他的收入。
1885年4月，弗洛伊德的父亲的一只眼患病，几乎失明。弗洛伊德同他的同事、眼科医生柯勒一起去诊断，他们诊断的结果是青光眼。
第二天，弗洛伊德请另一位更有经验的眼科医生柯尼斯坦给他爸爸的青光眼动手术，手术是很成功的。弗洛伊德、柯勒和柯尼斯坦三人都是应用可卡因的先驱。弗洛伊德为自己能与同事们一起使用可卡因给患病的父亲做成功的眼科手术而高兴。
弗洛伊德三年里在医院的各个部门都工作过，因此在医学的各个方面都得到了充分的训练。在院实习期间，他发表过一些有关古柯碱的综合性研究成果，引起了医学界对这种药物的注意。
在弗洛伊德担任神经病科医生期间，他的兴趣主要集中在神经病病理学方面。他在这段时间内，曾连续在《医药科学中心杂志》、《解剖学和生理学文库》以及在英国伦敦出版的《大脑》杂志上发表多篇学术论文，受到了神经病理学界的广泛重视。他的论文很快被译成捷克文、英文、意大利文与俄文。
1885年，弗洛伊德争取到了一个奖学金名额，到巴黎去学习。
这是弗洛伊德从事医学生涯后的又一个新转折点。这意味着，弗洛伊德一生的主要奋斗目标——研究神经病和精神分析的事业正式开始了。
《癔症研究》
1885年秋，弗洛伊德到达了巴黎，开始做当时最著名的神经病学专家沙考特的学生。沙考特是当时有名的神经病学专家，凡是能做他的学生的人，就等于获得了终生的“护身符”，从此可以通行无阻地出入医学界而受到尊敬。
在沙考特的领导下，法国沙尔彼得里哀尔医院成了举世瞩目的神经病学圣地。弗洛伊德到巴黎后，拜见了他，做他的学生，并在沙尔彼得里哀尔医院实习。
弗洛伊德从沙考特那里学习到不少东西，而其中最给予他深刻影响的是沙考特关于歇斯底里病症的治疗成果。
弗洛伊德说：“和沙考特在一起给我印象最深的，是他对歇斯底里症的最新研究，尤其是有一部分是我亲眼看到的。比方说，他证明了歇斯底里症现象的真实性及其合理性。他指出了歇斯底里症也常常发生在男人身上，并且以催眠暗示等方法引发歇斯底里性的麻痹和强直收缩，从而证明这种人为的歇斯底里症和自发性的症状发作，没有任何细节上的差异。沙考特的许多教范，先是引起我和其他就教者的惊奇，继而发生怀疑，使我们想办法去应用当时的学理以求证实他的学说，而他在处理这一类怀疑时，永远都是那么友善，那么有耐心。”
在巴黎学习和研究过程中，弗洛伊德逐渐对巴黎的实验室设备感到不满。1886年2月底，弗洛伊德完成了在巴黎的研究计划以后，终于离开巴黎回维也纳。
弗洛伊德回到维也纳以后，弗洛伊德就正式担任儿科疾病研究所的神经病科主任。在那里，他工作了很多年。与此同时，他在维也纳正式开业行医。
在这段时间里，弗洛伊德所接触的病人大多数是神经病患者。这就使他遇到了各种类型的神经病病例，积累了丰富的实际经验。而且，他也可以借此机会，将自己自巴黎学习后的心得应用于实际治疗中。
弗洛伊德在治疗病人的过程中，进一步深信电疗、浴疗、推拿疗法和催眠疗法对于治疗精神病的积极效用，这些疗法往往取得了令人满意的成功。
在弗洛伊德以前，奥地利医学界，一直很少应用催眠术。就连著名的梅纳特教授也把催眠术在医疗上的应用看作是一种“不幸”。弗洛伊德的可贵之处在于只服从真理，而不服从任何“传统”或“权威”。他追求真理，也善于发现真理，对于催眠术的研究和应用，正是体现了弗洛伊德的这种优良品质。
从1887年开始，弗洛伊德更集中地使用催眠疗法。这些初步的成功，使他对治好精神病更加充满着信心。催眠术的应用不仅标志着精神病治疗法的一次革命，而且，也使弗洛伊德从对歇斯底里病症的治疗中得到有益的启示，这是他转向精神分析研究的重要关键。正是通过催眠术的应用，弗洛伊德发现在人的意识背后，还深藏着另一种极其有力的心智过程——“潜意识”。
为了介绍催眠法和暗示法，弗洛伊德在1888年就已把本汉的有关暗示及其治疗效果的两大本巨著的第一卷翻译成德文。弗洛伊德还写了详细的序文。本汉的这本书叫做《催眠法、暗示与精神病治疗法》。
与此同时，弗洛伊德还在《维也纳医学周刊》上发表了该书的详细摘要。弗洛伊德在该书第一卷序文中，还详细探讨了南锡学派与沙尔彼得里哀尔学派之间的分歧意见。
到1891年，弗洛伊德发表了《论失语症》一书。这本书详细地总结了当时被公认的维尼克和李斯德海姆学说的不足之处和缺点，在失语症的研究方面开创了新生面。
1895年，弗洛伊德与布洛伊尔合著的《歇斯底里研究》出版了。在书中，弗洛伊德说，这本书的重点并不是描述歇斯底里病症的特性和各种现象，而是探索和寻求发生歇斯底里症状的最深刻的“源头”。
《歇斯底里研究》弗洛伊德与布洛伊尔共同研究歇斯底里病症的成果。这本书的出版，为弗洛伊德的精神分析学的创立奠定了理论基础。同时，这本书的出版也意味着精神分析的诞生。
然而，神经分析的诞生并没有给弗洛伊德带来荣誉和财富，相反，由于他的著作中广泛中广泛地涉及了性的问题，以至于他的理论一出现就遭到世人的猛烈抨击，他在整整10年里，几乎无人理睬。
《梦的解析》
《歇斯底里研究》揭示了歇斯底里症背后的那些深层原始意识的根源，但没有回答“在心智演进过程中，它们何时开始成为病态的现象”。
为了解决这个问题，经过不断探，索弗洛伊德开始进行了自我分析的研究。他的自我分析是从1897年7月正式开始的。虽然，弗洛伊德在这以前的理论研究和精神治疗的实践也可以算作是他进行自我分析的基础，但是，促使他进行自我分析的导火线是他父亲的逝世。
弗洛伊德后来说：“我一直高度地尊敬和热爱他，他的聪明才智与明晰的想象力已经深深地影响到我的生活。他的死终结了他的一生，但却在我的内心深处唤起我的全部早年感受，现在我感到自己已经被连根拔起来。”
在分析中，弗洛伊德发现，自我分析过程应该是从童年生活的自我再现开始的。对于童年生活经历的发掘，使弗洛伊德发现人类潜意识的基本成分恰恰就是幼年生活的凝缩物。因此，有目的地再现幼年生活经历，将有助于了解潜意识的内容及其形成过程。这是揭示潜意识神秘王国的捷径。
为了进行自我分析，进一步揭开覆盖着潜意识世界的帷幕，弗洛伊德在父亲逝世后，更频繁地询问自己的母亲，打听自己在小时候的生活情景。他试图从他母亲提供的线索和片断材料中，尽可能完美地回忆那些早已遗忘了的童年生活。
很快，弗洛伊德发现，自己从小就有亲近母亲的特殊感情，当他发现自己的亲母感情具有排他性、独占住——甚至由此产生妒忌父亲对母亲的关系时，他得出了一个极其重要的结论，即人从小就有一种“性欲”。
而且这种“性欲”构成了人的最基本的“原欲”，它是人的一切精神力和生命力的原动力之一，弗洛伊德称之为“性动力”或“性原欲”。也因为这个发现，弗洛伊德创立了“奥底帕斯潜意识情意综”理论。
当发现“奥底帕斯潜意识情意综”的时候，弗洛伊德已经意识到他自己的理论所必然遭遇到的历史命运，该理论中关于涉及到传统家庭伦理，而他的理论在大众看来，无疑违背了正常的伦理观念。这种被成为“邪恶的”或“肮脏的”理论也必然使自己陷入被动，但弗洛伊德毫不畏惧。