晋、徽争雄，势必造成惨烈的博弈，为了划分彼此的利益，并防止新的竞争者进入，政府又“适时”地推出了“纲盐政策”，即把盐商分为10个纲，按纲编造纲册，登记商人姓名，并发给各个盐商作为“窝本”，册上无名、没有“窝本”者，不得从事盐业贸易。
“折色”加上“纲盐”，就构成了官商一体、结合了特许与准入特征的承包经营制度，这是明人一大发明。它对后世的影响非常深远，到了清代，在外贸领域发展出了“行商模式”，一直到20世纪70年代之后的中国，它仍在被广泛采用。在企业史的意义上，承包制是一种最显著的“中国特色”，它是国营经济体制的一个衍生型制度，力图在不改变国家控制重要资源的前提下，激发民间的生产积极性。从实施的效果看，它确实部分地达到了这一初衷，而最终，它彻底败坏了市场的公平性和法治化，并为官商经济提供了肥沃的土壤和无穷的寻租空间，这一制度的刚性化实际上成为阻碍一国经济走向真正意义上的市场经济的重要障碍之一。
叶淇的“折色制”让晋商颇不情愿地切出了“半壁江山”，不过他们很快又在另外一个领域中形成了垄断的优势。
1570年（隆庆四年），与明朝长期对峙的蒙古政权发生了内讧，蒙古俺答汗的孙子把那汉吉率部弃蒙投明，边关之患为之一松。当时，在北京的朝堂发生了一场激烈的政策争论，大多数朝臣主张杀死把那汉吉，利用蒙古内部的矛盾发动决定性的攻击，从此征服蒙古。而少数官员则建议用和平的办法解决，晋商集团的实际领袖、当时正担任宣大总督一职的王崇古向朝廷提出了“封俺答、定朝贡、通互市”的“朝贡八议”，建议开放边关贸易。他的动议受到了首辅张居正，他的外甥、时任内阁大臣张四维等人的极力鼎助。
这是明朝国际政策的一个重大转折点，同时又是山西商人基于新的政治局势下的一次商业布局的机会。
在张居正、张四维以及晋商人士的朝野推动下，王崇古的“朝贡八议”获得准许，明政府封俺答为顺义王，并宣布开放北方的边市。在其后的6年里，在长城沿线的张家口到大同一带共开设13处贸易市场，此外在辽东开放与女真人交易的东马市，在西域开设与西番人交易的西茶市，拉开了大规模边疆贸易的序幕。也是从此之后，历时300余年的汉蒙对抗彻底平息，其和平相处一直维持到20世纪初期的清朝末年，清末思想家魏源曾评价说，王崇古的和议政策“为我朝（指清朝）开二百年之太平”。
而在15处边贸市场中，拥有地理、资本和官府背景三大优势的晋商无疑又成了最大的受益者。据《明史》记载，在开放边市的前12年，仅马匹交易就增长了7倍之多，晋商相继渗透进入粮食业、棉布业、茶业、颜料业、烟草业及药材干果等行业，成为最重要和最活跃的边贸经营者，他们在盐业中失去的利益又从边贸中夺了回来。
在明代经济史的研究中，一直有人在争议，晋商与徽商到底谁更富有。
一种被普遍接受的观点是：在最具暴利性的盐业，徽商后来居上，所以在扬州的商人群体中，以徽商最富，山西和陕西商人次之——“以新安最，关西、山右次之”。而就全国财富而言，则仍然以晋商最有实力。
明代学者谢肇就说：“就富豪而言，南方以徽商最富，北方则是晋商。徽商靠贩盐为主业，有累积白银超过百万两的，至于拥有二三十万两的仅是中等富豪。晋商则从事贩盐、丝绸、远途贸易及粮食仓储等多项产业，其财富之巨更大于徽商。”
明代进入中期之后，也就是16世纪以降，日渐由一个倡导俭朴、以农为本的社会，转而崇尚经商、奢靡放纵。
此时的明帝国，是一个看上去没有任何危机的国度：北方的蒙古之患终于告解，外患似乎已全部排除，而在南方，“片木不得下海”的政策让帝国与外部世界从此隔海相望。在国境之内，男耕女织的社会理想正在变成现实，士人、商人各得其所，一切都歌舞升平。到了嘉靖（公元1522~1566年）之后，朱元璋建国时所规定的“庶民庐舍，不过三间、五架”早已不被遵循，徽州商人“盛宫室、美衣服、侈饮食、拥赵女”，奢靡得一塌糊涂，人们追求世俗财富的热情远远高于之前的任何朝代。顾炎武在《天下郡国利病书》中说，商贾之利可三倍于农事，所以从商者趋之如鹜。明人何良俊曾统计说，现在放弃务农而从事商业的人比之前多了三倍，天下百姓之中，十分之六七都不再务农。
受到这种社会风气的影响，知识阶层对财富的理解也发生了悄然而重大的变化。值得记叙的事实有两个，一是对传统的国有专营制度的反思，二是对“农本商末”思想的修正，前者以丘浚的思想最为先进，后者则以王阳明和顾宪成的言论为标志。
在明代学者中，出现了一些对国有经济体系有过认真和理性思考的人，丘浚（公元1420~1495年）是最杰出的一位。
他是明代中叶的理学名臣，弘治年间官至太子太保、户部尚书、武英殿大学士，主管过一国财政。与宋代的司马光、苏轼等人相比，丘浚也反对国家过多干预经济，不过他从体制的角度思考得更为深刻。在传世的《大学衍义补》一书中，丘浚有几段非常精彩的论述，他写道：“自从桑弘羊变法开始，国有专营体制的弊端就存在了，而后世的人在才干上无法与桑弘羊相比，所以执行起来怎么可能有成效呢？一般而言，老百姓从事自由买卖，商品的优劣、价格的高低，都可以通过公平、透明的交易来取舍，到了政府与老百姓做买卖，东西要好的，价格却又是定死的，再加上执行者掺杂私心，而要能够公平顺畅，实在是太难了。执政者还不如不要做这些事情为好。”
进而，丘浚明确反对官府经商，他说，经营商业活动，是商人们的事情，作为政府，只需要制定便利人民的法律，让民众自由贸易，何必要官办什么企业呢？
中国的经典儒家一直以“抑商”为基本的治国理念，特别是对富商大贾，从来主张坚决打压。丘浚则认为，富家巨室，是平民的生计所仰赖的，是国家藏富于民的一个标志。因此，他提出了“安富”的思想，“那种把富人的钱财夺走、均分给贫穷人的治国之策，是没有什么道理的”。
有人认为官营商业可以使“商贾无所牟利”，而所得到的利益就归于国家了，丘浚也反对这种观点，他反驳说：“如果商人没有办法获得利润，而由至高无上的皇帝来获取商人之利，这样可以吗？政府经营商业，就是以君王的身份去做商人的事情，这是极其丢脸的。”
从上述言论，我们可以从中看出丘浚反对政府干预市场的坚决态度，与司马光、苏轼等人相比，丘浚的思想更接近商人阶层的立场，前者看到了“王安石变法”之弊，不过仍然陷在经典儒家的善恶道德评判中，没有进行制度性的思考。丘浚则不然，他明确地将政府职能与工商规律进行了分辨。
丘浚提出的“安富”之说，显然不是无本之源，它是社会思潮转变的一个生动体现。据当代新儒学的代表人物余英时的考据，明代社会变迁的一个重大表现正是“士”与“商”的界限变得模糊起来。约从16世纪开始，在晋商、徽商和江浙商帮云集的地方，流行一种“弃儒就贾”的趋势，而且渐渐的，这种风气愈来愈明显。
在唐宋年间，一个家族中的青年子弟投笔经商，是迫不得已且颇为耻辱的事情，不过进入16世纪之后，人们不再这样认为，商人阶层首次得到知识阶层的认可，“工商为末”的社会价值观出现瓦解迹象，士商互动成为常态，甚至发生了“儒贾合流”的现象。
这种景象的诱发，倒未必是人的意识有了先天的进步与觉悟，而是首先与人口增长有关。苏州名士文徵明在《三学上陆冢宰书》中曾经做过一个统计：苏州一郡共有8个州县，三年之中，参加科举考试的有1？500人，考上贡生或秀才的，不过50人而已，成功率只有1/30。
在科举上没有收获的年轻人便只有务农或经商两条路可走了。因此，民间便流传一句谚语曰：“士而成功也十分之一，贾而成功也十分之九。”明代小说家凌蒙初在《三言二拍》中也说，许多地方“以商贾为第一等生业，科举反在次着”。余英时推断说，“弃儒就贾”在16世纪、17世纪表现得最为活跃，商人的人数也许在这个时期曾大量地上升。
那么多读书人奔上经商之路，自然引发知识界的“思想地震”，于是，为商人正名的言论便开始涌现。
1525年，当时的大儒王阳明（公元1472~1529年）为一位名叫方麟的江苏商人写了一个墓志铭《节庵方公墓表》，他写道：江苏昆山的方麟开始是一个儒生，还考上了举人，后来放弃科举，跟从他的妻家朱氏做生意。友人问他：“你为什么不当儒生而去当一个商人？”方麟笑着说：“你怎么知道儒生不能从商，而商人又不可能是一个儒生呢？”继而，王阳明亮出了自己的观点：“古代的贤哲提出四民分业，遵循同一道理，不同的职业都各尽其心，是没有高下的。”
王阳明是有明一代最显赫的儒学重镇，以“知行合一”和“致良知”为学理基础开创了涤荡明清两代的“阳明心学”，以他的宗师身份为商人写墓表并且提出“四民异业而同道”的观点，如果放到汉唐或者宋元，都是一件不可思议的事情。这篇文章是宋明理学思想史的重要文献，是商人阶层的社会价值第一次得到明确的肯定。
为商人写墓志铭，王阳明大抵是开先河的“第一人”。稍晚于王阳明的大儒学家唐顺之在一封《答王遵岩》的信中写过这样一段话：“宇宙间有一二事，人人见惯而绝可笑者。其屠沽细人，有一碗饭吃，其死后则必有一篇墓志……此事非特三代以上所无，虽唐汉以前亦绝无此事。”屠沽细人者，中小商人也。按唐顺之的看法，给商人写墓志铭是前代从未发生过的事情，从言辞可见，他对王阳明之举显然不以为然。
到了万历年间，继王阳明之后的又一位文人领袖顾宪成（公元1550~1612年）再出惊人之举，他也为一位名叫倪景南的江南大商人写了一篇洋洋洒洒的墓志铭。