袁世凯在直隶地区进行了大刀阔斧的新政改革，在其辖区直隶进行了全方位的社会改革，除了军事、经济、教育等领域的改革，袁世凯还把精力投入到了政治领域的改革。他率先在直隶推行行政和司法制度改革，实行巡警制度，整顿地方吏治，培养新式行政人才，更新政务机构，设立审判厅，促进了中国行政和司法体制的近代化。他在新政过程中最先提出和实行的许多改革措施，成为中央和各省改革的蓝本。直隶新政推动着全国新政的开展，促进了中国近代政治、经济、军事、教育的近代进程。
一、整顿地方吏治
袁世凯在百日维新期间即曾提出“严饬各疆臣，破其锢蔽之习，认真变法”，“用变法之人，行变法之政”的主张，表现出对行政制度改革的关注，出任封疆大吏后，又适逢清廷大力倡导新政之机，袁世凯乃率先对直隶的地方吏治进行了带有近代特色的整顿和改革。
袁世凯在直隶实行废陋规、改公费的举措，改善官场风气。“陋规”又称“规礼”，指年节时令下级向上级奉送“常例”的金钱和礼物。“陋规”的由来，主要原因在于清代官员俸禄微薄，办公用度浩繁，不得不向部属索取，久而久之，成为道府州县官员毫无限制地勒索下属的合法手段。新官上任、逢年过节、官员包括其家属的生日婚丧、上级派来调查灾情和其他事件的官员、官员车马费用等等都要交“规礼”，官员为饱私囊，无不取之多多益善；官员为保禄位、谋肥缺，无不非分钻营、搜刮贡献。袁世凯认为吏治最大的问题“莫如收受陋规一事”。1902年9月，袁世凯通令全省年裁去各项“陋规”，一律改为公费，要求州县以上的省道府厅官员将每年从州县官员手中收受规费的数量据实开报，和盘托出，各州县将规费作为办公用费专款储存。省道府厅各官员每月应支公费按职别明定等级，酌给公费。根据这个规定，大顺广道每月可得银1000两，清河道得银900两，通永道得银700两，天津道得银600两，口北道得银500两，霸昌道得银350两，保定、永平、河间各府得银600两，天津、正定、顺德、大名、广平、宣化各府得银500两，东路厅得银240两，南路厅得银130两，北路厅得银110两，西路厅得银100两，赵州、冀州、深州得银100两，遵化、易州、定州得银50两。规定不得私相接受，否则严加治罪，以养官之廉，止官之贪。这样就把非法的“陋规”当成正当收入，收归藩库，再从藩库发给各级官员一定数量的办公费用。这一举措可以使省道府厅官员不再因收受州县官员的规礼而“为其下所挟持”，有利于加强上级官员对下属的监督。
北洋大臣袁世凯
裁汰冗员闲职，设置新机构，提高行政效率。清末直隶地区的吏治十分腐败，官衙中书吏差役相互勾结，朋比为奸，鱼肉人民，最为人民所痛恨。以清末直隶地区各州县的四路捕快为例，其职责本来是为乡里侦探盗贼，思患预防而设的，但发展到后来，不仅起不到保护民众的作用，反而包赌窝娼，恣行乡里，鱼肉百姓。任直隶总督后，袁世凯奏请对那些“考其现在职守，无甚重要，或与该府州县同城及闲散无关治理、防守，或虽不同城而相离非远，州县可以兼顾及各缺无事可办，无政可稽者”（1）进行裁汰。1902年2月，袁世凯上奏直隶境内的漕运已经被火车取代，漕运机构已无重要作用，建议裁撤直隶漕运机构，得到了朝廷的批准。1904年9月，他进而奏请尽裁直隶各“闲冗”员缺。这次裁撤的员缺共有：巡道一缺，理事同知二缺，地方同知三缺，河工同知二缺，理事通判二缺等63缺。官缺被裁之后，所辖之事归并他缺或境内地方官管理。从1902年到1907年，袁世凯在直隶全省裁撤了大批的冗衙冗员，避免了因机构重叠而造成官吏职责不分的状况，有利于直隶地方行政效率的提高，对新政发展方面起到了十分重要的作用。
在汰冗员、裁蠹吏的同时，在袁世凯的指令下，直隶地区又相应地设立了一些适应新政发展需要的新机构。这些机构主要有：北路厅设立的官绅研究会。其设立宗旨是为官绅之间设法联络，彼此观摩，互相讨论，以期收实事求是指效。东鹿县创设的研究时政馆，后经袁世凯批示改名为宣讲所。天津设立的宣讲所为宣传新政，开通社会风气而设。庆云县设立的新民局，袁世凯为之制定的宗旨是推广新政，开通风气。武邑县亦设立侯质所，等等。这些新设立的机构与裁去的冗衙冗员形成了鲜明的对照，是新政期间袁世凯整顿直隶吏治的突出表现。
严考核，明赏罚，加强官吏管理。晚清吏治腐败的一个重要表现是监察、考核制度的废弛。为了清除积弊，袁世凯十分重视对官吏的监督和考核，并把考核的结果作为赏罚的依据。袁世凯为了更好地甄别和考核官员，决定设立调查处，对官员的活动进行调查。调查分平时调查和临时调查两种。平时调查是指随时留心官员的政绩，采访社会群众对官员评价或舆论：临时调查是指通过暗查、明访、查取卷宗或人证等手段，对于由皇帝批旨奉查之件、总督要求查办之件、官员之间互相攻讦之事、绅民控告官员之案进行调查。这些调查，为袁世凯对官员进行赏罚或奖惩提供了“参观互证”的材料。直隶吏治调查处章程规定了十余条考核调查官吏的办法：“第一条，调查处系从整饬官方宣达下情起见，凡本省官吏除陆军官弁及道府大员外，其余有关官民相讦之件及一切明察暗访事宜，本处皆有调查之权。第二条，凡调查分为平时调查及临时调查两项。第三条，平时调查如比较政绩、采访舆论，皆由本处随时留心调查以备总督参考。第四条，临时调查事项分为四类：第一类，有人奏参要案，遵旨寄信前来转奉总督特委之件；第二类，总督访明指交查办之件；第三类，各官互相禀讦之件；第四类，绅民控告官吏之件。第五条，前条各件由奉文之日起分别案情或明察或查取卷宗、人证，俟调查确实，由本处呈请总督核办。第六条，凡暗查，拟请总督札派委员三两名，分别先后前往密查，各开具所查实在情形，如二人所查事由相同，即由本处据情呈请核办；倘所查情节歧异，应另派干员一人前往复查，仍由本处核实具呈。第七条，凡明查，请委一员前往调查，亦将所查实情开折来本处报明，仍由本处核实具呈。第八条，凡案卷、人证除重大事件必须调津质询外，若本处认为毋须质询者，即著钞存卷宗并录人证亲供，以备查考。第九条，前三条之调查各委员等，均由本处禀请总督札委，照例发给薪水川资，概免州县供应。第十条，凡各官互相禀讦之件，于调查之前拟令两造先行明晰禀复，如情节稍轻易于完结者，即免派员往查。第十一条，凡绅民控告官吏之件，除一人一家之私事应归各本管衙门提审外，其余或牵涉勒派税捐、侵吞公款、受贿行私、诬拿平民、威逼人命等项，一经委查，实责官吏撤参，虚则原告反坐。皆临时呈请总督核办。”（2）行之有效的考核、奖惩办法，收到了明显的效果，使直隶地方官员“因感生奋，因畏生惕，渐知争自灌磨，勉为循良者日多”（3）。
设学堂，开官智，培养新政人才。袁世凯深知选拔、任用人才为行政改良之关键，上任直隶总督以后，他马上在保定设课吏馆以培养近代行政人才。1905年，又把课吏馆改为直隶法政学堂，让直隶候补官员轮流入学，接受为期半年至两年的培训。次年5月，又奏请就山东、山西、陕西、河南、安徽各省举人中年在40岁以下者，经过考验合格进入法政学堂学习。法政学堂开设的课程除大清会典、大清律法外，还包括国际公法、政治学、宪法学、刑法学、民法学、商学、国际法、刑事诉讼学、民事诉讼学、裁判所构成法、财政学、警政监狱学等十几个近代学科。这是我国设立最早的法政专门学堂。学务处曾奏请清廷通饬各省，设立法律专门学堂时“查取直隶法政学堂章程参酌”办理，从而使该学堂成为全国法政学堂的蓝本。1907年初，袁世凯又在天津筹设北洋政法专门学堂，作为教授高等法律、政治、理财专门学术的学校，招收年在16至25岁之间、文理通顺且具有一定普通知识者进入预科学习，三年以后进入正科，正科分政治和法律两门，以造就完全法政通才。当年8月，该学堂正式开学，这是近代设立最早的法政分科大学。袁世凯倡设的这些学堂和机构，都在不同程度上提高了官吏的从政水准，开通了社会风气，提高了官员的认识水平，这对于开办直隶新政，促进清末直隶社会全面近代化起到了不可估量的作用。
除了在国内设立学堂培养官吏外，袁世凯还派遣官员和士绅出国游历、考察或留学。袁世凯认为：“欲求民智之开……祛锢蔽而广见闻”，实现政治上的改良，“非由官绅入手不可”。只有官员和绅士上下一心，博采邻邦良法，才是“目前行政改良之渐”。（4）为此，他从1902年开始就陆续派吴汝纶、黄璟、周学熙、凌福彭等道府官员和士绅到日本游历和学习。1904年10月，一次就选派直隶官绅50人到日本法政大学肄业速成科。如此大规模地派官绅出国留学，在近代历史上是罕见的。次年7月，他又明确规定：嗣后所有新任实缺州县官员到任之前，都必须前往日本游历三个月，参观考察该国的行政、司法、学校、实业等大概情形，并由驻日留学监督随时对官员游历的情况进行考核；赴日本考察的官员回国以后，还要呈验游历日记，经审查确有心得者才能接印上任。同时，袁世凯还饬令各州县公举品学兼优的绅士，东渡日本考察四个月，作为各级行政机构的后备人选。袁世凯所派官员出洋游历对清末直隶地区的新政确实起到了很大的推动作用。如保定府在派员游历访问了日本以后，“始觉中国各州县吏治阙略滋多，往往徒存形式，而真意久已消亡，整顿之唯有日本可资取法”。他们在总结考察心得的基础上，向袁世凯提出了“州县改良事宜六条，筹款事宜两条”的建议。尤其是仿照日本税法，改良直隶税法一项颇具新意，袁世凯批示大致可采。再如周学熙从日本考察归来后，上报：“日本，我同洲邻国也。其种同，其文同，其变法之时代亦无不同。曾未数岁而翘然自表为亚洲先进国。是何兴之勃也？抑所改革而振奋者，固与吾异趋耶？吾国言‘富强’久矣。前十年喜言‘兵’，近十年喜言‘学’。举倾国之财，以驰骛于东西人之议论，效未见而力已疲，是求‘富强’而适得‘贫弱’也。嗟夫，商业之不讲，工艺之不兴，利权失，漏厄臣，地产坐弃，游闲滋多，其求‘富强’而适得‘贫弱’也固宜。”（5）在这样的思想指导下，他按照日本的模式，开办了直隶工艺局、实习工厂、劝业铁工厂及图算学堂、考工厂、高等工业学堂等官办事业，开办了启新洋灰公司、开滦煤矿等民营企业，最终创办了北洋实业。又如，天津知府凌福彭从日本考察归来后就主持政法的改革，仿日本监狱范例成立了罪犯习艺所；候补知府黄璟赴日本考察农业，回省后任直隶农业局总办，推广新式农业技术，成效都很显著。这些官绅东游归来，纷纷上书言事，条陈游历心得，对学习资本主义新鲜事物，祛除顽固保守风气，引进西方近代行政制度，具有重要作用。
唯才是用，不次拔擢，为了扩充个人势力，注重网罗人才。在人才的任用上，袁世凯主张打破论资排辈的惯例，对有才能者不次拔擢。袁世凯于1907年奏请在天津设立考验处，任命李兆珍为坐办。为直隶新选或候补官员的选用规定了五项条件：（1）“阅历”，如曾办何事，有无成绩；（2）“批判”，即对公牍的批示，从中识别官员的文字功底，学识等；（3）“律例”，即对新旧法律及各国宪法的了解情况；（4）“行止”，如举动静躁及是否吸食鸦片等；（5）“口才”，即对新选官员回答问题的情况进行检测，如对问题的回答是否详明，有无条理等。以这五个方面作为选拔、任用的依据，改变了旧体制中不合理的任用方式，使官员的选拔趋于规范化、标准化和制度化，有利于任用一些具有近代知识的人才参与地方行政管理事务。袁世凯对于留学或考察回国人员尤为重视，多次奏请清廷重用他们，并多方设法聘请为自己所用。如1903年，候补道周学熙赴日本考察工商业归来，立即被任命为直隶工艺局总办；候补知府黄璟赴日考察农业归来，立即被任命为直隶农务局总办。1907年4月，他奏请将从日本法政学堂毕业的候补直隶州知州徐增礼、试用通判方大然、李祖熙等13人破格酌用为知县各官。留学回国的科技人员，袁世凯也总是逐一详加考验，往往奏请朝廷予他们以进身之路，并尽量留用于直隶。如毕业于美国耶鲁大学的詹天佑被委任为京张铁路工程师兼会办，毕业于纽约大学的吴仰曾被委任为滦州煤矿总办，毕业于美国矿务大学的邝荣光被委任为临城煤矿会办兼工程师等。袁世凯督直期间采取的一系列选拔、任用官吏的新举措，有利于新式人才的成长和崭露头角，为直隶地方建设储备了人才。
总的说来，新政期间，袁世凯对直隶吏治大刀阔斧的整顿，借以消祛吏治方面的积弊，取得了一定的成效。这对于改善清末直隶的政治环境，推动直隶全方位的进步具有十分重大的意义。
二、创建巡警制度掌控京畿警权
义和团之变和八国联军的入侵，使直隶地区惨遭破坏，社会秩序极其混乱。袁世凯出任直督总督时，天津尚在八国联军设立的“都统衙门”的统治之下，他不得不在保定就职，并着手收复天津。由于清政府与各国订立条约中有“距天津二十华里，华兵不能驻扎”的条款，因此天津收回后总的形势并不稳定。由于列强禁止中国军队驻扎和天津形式的需要，袁世凯学习西方社会管理方法，创办巡警制度，“以警代军”进行社会的综合治理。正如他说：“备军所以御外侮，警兵所以清内匪，中国自保甲流弊，防盗不足，扰民有余，不得不改弦更张，转而从事于巡警。”（6）
为了稳定天津秩序，袁世凯查照西方各国章制，仿照“天津都统衙门”和日本的巡警办法，奏定章程，聘请日本伊藤次郎为巡普总局帮办、原田俊三郎为顾问。在直隶省城保定设立警务总局，指令赵秉钧办理警务学堂，培养巡警将弁作为逐步扩展至各州县之基础，从其北洋军中挑选精干士兵3000人，改编成巡警，在保定进行训练，并率先在保定推行警政，直隶成为我国首创巡警的省份。到1902年天津接收时，即从保定带来巡警3000名，将其中1500名留在天津，其余1500名警兵分布在塘沽、山海关、秦皇岛海口一带驻扎，这3000名巡警对于稳定当时京津地区尤其是天津的局势起了巨大作用。袁世凯在天津建立了一套严密的巡警网络，在天津市区设立南段巡警总局（辖区为北运河以南的城厢及附近地区），委任曹嘉祥为总办，1903年4月由赵秉钧继任。该局聘请日本警官伊藤为帮办、原田俊三为顾问。在伊藤等帮助下，把天津县城郊划分区域，清查户口，在金汤铁桥西设立总局。总局之下设立五个分局，每分局又划分为四区，每分局定额295人。总局机关有值日所、发审区。每分局定额处、稽查处、董理处以及直属的马巡队、河巡队、拘留所、差遣队、消防队、军乐队、电线巡警队和侦缉队等。局长、区长下辖副官、队长、检事、总巡官、巡官、警长、巡警与伕役等。合计南段巡警共有定额官兵1900多人。
1902年10月，袁世凯又设立北段巡警总局，任命段芝贵为总办，下设塘沽、西沽、山海关、秦皇岛五个巡警分局，共1500名官官。1904年设立天津四乡巡警总局，下设八局区，每局约万户上下，每区约3000户左右，富裕地区每50户一名巡警，贫瘠地区每100户一名巡警。
袁世凯将巡警制度进一步扩大到直隶全省，饬令各州县一律效仿保定和天津建立自己的巡警制度，命令各州县设立“巡警传习所”后改名“巡警教练所”，在全省建立起警察网，把警察制度推广到乡村，到1907年袁世凯调离直隶总督以前，直隶全省确立了巡警制度。直隶巡警逐渐由城市到县城再到乡镇，逐渐普及到全省城乡。如“玉田县开办巡警，分城乡为二十四区，每区设区长一员。四个大区，每区设巡兵12名，十二中区，每区10名，八小区，每区8名。城内并设马巡8名，共240名”。直隶巡警不仅开办早，数量和规模大，其水平也比较高，为全国所公认。
为了培养全省所需的巡警官弁，袁世凯创办了天津巡警学堂，培养了一大批巡警人才。1903年底，将保定巡警学堂并入后，更名为“北洋巡警学堂”或称“直隶警务学堂”，为直隶全省，并为外省培养了大量的官弁。该校以日本警官学堂为模式，聘有日本总教习、教习等多人。
在袁世凯的重视和督导下，天津巡警在全国颇具影响，这与袁世凯重用赵秉钧以及赵秉钧的努力分不开。赵秉钧接办南段巡警总局以后，严格规章，奖优罚惰，使天津巡警完全步上了规范化的轨道。他甚至半夜亲自到大街上查岗，查得有第四局巡兵张连魁在鼓楼东站岗，在街中漫步行走，岗规可嘉，立蒙赏洋银二元，并行记名注册提升，以示鼓励。随查有第一局巡兵李金声、第五局巡兵郝竹清有玩法误公情事，将二兵立即拿回局，将李金声责八百，插耳箭，押发犯规地方示众一小时，革除递解原籍，交地方官严加管束。赵秉钧的严格管理，使天津巡警很长一段时间一直是全国的表率。
1905年9月24日，五大臣出国考察宪政，在前门车站火车上遭到革命党人炸弹的袭击。这一事件，促使清廷急速设立巡警部。经袁世凯奏请10月8日，清廷正式宣布成立巡警部，作为全国巡警的最高管理机构。袁世凯推荐徐世昌为尚书，赵秉均为侍郎，毓朗为左侍郎。巡警部三个主管官员中，徐世昌、赵秉钧两人都是袁世凯北洋集团的重要成员。赵秉钧得到重用后对警政事必躬亲，还时常便服外出，私行考察一切。1906年1月，他又奏请从天津、保定抽调巡警官兵1000余人进京放组北京巡警机构，成立内外城巡警厅，以荣勋、朱启钤为厅丞，把京畿的警权完全控制在袁世凯的手中。这使袁世凯在统治集团内部的政争中经常占上风，青云直上，遥遥领先。袁世凯曾专片推荐赵秉钧，褒扬赵秉钧在直隶天津创办巡警取得显著成效。他说：“为政首在得人。地方举一新政，全赖有行此新政之人，方足以大著成效。查有直隶候补道赵秉钧，才长心细，为守兼优……该员参照东西成法，切实筹办，并创警务学堂，选募弃丁，如法教练，分布巡防，行之一年，省会城厢内外，宵小屏迹，间阎安堵，成绩昭然。因调办天津巡警……该员划区域、清户口，督率官弃兵丁昼夜循守，课练必亲，甘苦与共，因而市康乐业，奸民不行。”（7）
袁世凯率先在直隶创办巡警制度并大力推行这一现代治安管理方式，得到了清廷的充分肯定和表彰。市民尤其是绅富和外国侨民普遍叫好。他们说自巡警建立以来，“奸宄不行，闾阎安堵，成效昭然，中外翕服，中西商人交口称誉”（8），“袁宫保近派巡警营兵丁在城乡内外昼夜梭巡，清理街道，盘诸奸民，夜间按时换班，尤为慎重，宵小为之款迹，百姓称颂，有夜不闭户之风”。（9）“不二年津埠治安为各省冠，有六个月不见盗窃者，西人亦为叹服”。（10）更有一些县的绅商对袁世凯在直隶推行巡警制度，由此使社会稳定而对袁世凯表示感谢。如1906年3月《大公报》曾登载了《武清县绅民公启》：“敬启者，袁宫保委派教员蒋君子安训练武清巡警。自上任以来人地相宜，训练有方，整躬伤行，堪资模范。每日督率数百人操练五六点钟，余则宣讲警察事宜，按时查岗，惜慎将事，虽风朝雪夕，不敢偷安，何其勤也。查武邑一区，土匪荒民不时出没，号为难治。自得蒋君办理警察，不辞劳怨，境内安堵，我士民均受幸福。凡沐其惠泽者，固啧啧于蒋君之德政，而不衰宜感袁宫保之用，得其人而造福于一方者为美，且大也。奥颂载道，有口皆碑，感仰仁辉，无可答报，为此请登报宣告，以表我武邑感戴之忱。”（11）直隶巡警为全国巡警的创办树立了样板，成为全国各地的楷模，直隶社会治安的稳定，同时也为袁世凯推行其他的新政措施创造了良好的社会条件。
三、司法改革和狱政改良
在编练新式警察的基础上，袁世凯仿照日本和西方国家的警察法规制定了包括巡警条规、岗规、赏罚以及治安、户籍、消防、巡逻等在内的警务章程；此后又建立了新式监狱、济良所、收容所、教养局等机构；继承和完善都统衙门遗留下的机构，确定了各机构的管理范围和职责，使这些机构继续发挥作用。这些机构的设置，对于稳定社会秩序，发挥城市的各种职能以及融合新旧两种管理体制等起到了一定作用，并为中国近代化城市管理体制的建立打下了基础。
袁世凯在推行巡警制度的同时，率先建议改革法律和司法制度，这也是他推行新政的重要组成部分，是具有重要历史意义的大事。1902年，袁世凯和刘坤一、张之洞联衔奏说修改法律，以适应形势的变化。他们在奏折中指出，中国封建社会司法和行政不分，地方州县官员既是行政长官，又是司法长官，一职多责，政务繁多，加之许多官员长期囿于章句辞令，不谙法令和章程。随着社会的变迁，法制不能没有变更。当今形势不同于过去，必须吸收国外的法律体系，来修改本国的法律。并提出考察西方各国律例，择善而从。1902年4月，他会同张之洞、刘坤一保举沈家本与伍廷芳主持修律馆，以期“熟悉中西律例之员”，完成“举他族而纳于大同”的传统法制的现代转型。
在漫长的封建制度制约下，中国历代王朝的地方司法权，例由地方各级行政官员主宰。司法与行政合一，弊病丛生，极不科学。在袁世凯的坚持下，仿行宪政的第一步就是改革官制。1906年9月，清王朝改革官制，将刑部改为法部，专任司法；大理寺改为大理院，专掌审判，设置总检察厅，受法部监督，对刑事案件提起公诉。各省设立检察厅、审判厅，各府县亦设立相应的机构，地方各级检察厅受各省提法司的监督。警察局、检察院、法院三者分工明确，形成系统的、科学的司法体系。这次司法改革，是由直隶天津府县先行试办，然后逐步推广的。
为进一步落实改革的成果，严格司法审判，袁世凯还将现代司法审判的规则、程序和司法审判人员的责任等以法的形式规定下来，1906年9月，袁世凯要求金邦平等人拟订审判厅章程，至次年3月，拟订了《天津府属试办审判厅章程》。该章程分总纲、厅局官制、诉讼规则、讼费规则四大部分，对审判厅的审判范围、审判官员的构成、诉讼的程序、审判官的权限、诉讼费用的分摊与交纳，等等，都做了具体的规定，中国地方司法机构和审判程序的近代化由此迈出了关键的第一步。
章程规定，诉讼要收取一定的费用。事实上，在设立民事裁判所时，袁世凯就主张明定诉讼费用，并规定诉讼费用由败诉者分三等交纳：上等富户限交制钱十千，中等人户八千，下等人户六千；和息案交制钱十六千；控告欠债案，按追出之数提取一成作为讼费。还规定，诉讼费须当堂交纳，贫穷人户可以酌量免交。这一措施实行一段时间后，袁世凯认识到：讼费分为三等，定数太多，且征收于结案之后，往往延宕不缴，无法传催，仍存在着弊端。进而规定：一切状纸，由厅发卖，每纸制钱五十文，并遵章贴用印纸，从而使司法部门以发卖状纸的方式收取诉讼费用，避免了定数太多，难以确定讼费具体数目及延宕不交的弊端。而且“每纸五十文”的规定，也“较从前书差等费，民力已轻倍蓰”，（12）打官司的费用比以前明显减少。章程对诉讼规则也作了具体的规定：审判时除刑事被告照例跪供外，其余原被告及各证人均准其站立陈述，不得逼令跪供。袁世凯认为：州县官员在审判过程中，往往因口角、斗殴乃至钱债等小事，不细心审判，动辄用刑，滥责滥押，造成了许多冤假错案，使一些无罪或罪轻的人释放无期，是听讼之大忌。为此，章程规定：“嗣后除命盗案内正凶真贼，尚无确供，殴人伤重取辜之犯，与拐带、赌博、讼棍、土豪，素不安分之人仍准羁押外，其余寻常词讼，无论原被证佐一律不准责押。”（13）此外，诉讼规则还对因审判不公或原被告不服裁决，要求上控的期限及候审、取保实行的范围和条件等问题作了具体的规定。这些规定和现行诉讼制度有许多相似之处，无疑比旧的司法制度要进步得多，尤其是章程强调断案要有充分的证据，改变了长期以来“案以供定”的审判原则，这是我国审判制度划时代的变革。
1907年3月，袁世凯成立了天津府高等审判分厅、天津县地方审判厅，府县合设检事（检察）局，天津城乡分设乡谳处四所。天津成为全国改革司法的实验地。同时，将原衙门的捕役改为司法警察。新的审判制度的建立、完善与发展，是对旧的行政、司法合一制度的历史性革命。
为了司法改革的需要，袁世凯先后设立了专门学堂培养审判人才。袁世凯强调要使所有的词讼、案件都“立为剖决……非通达至理，深明律法，而又洞悉民情者无以察情伪而成信谳”（14）。为此，袁世凯于1904年秋，在天津设立发审公所，购备会典、律例、公法、约章等中外法律书籍。规定凡正途新到省人员入该所学习，学习内容主要是西方的审判制度和方式，并在天津府县提审案件，以增长阅历和经验。1905年9月，袁世凯又将从日本学习法政归来的学员派入该所，与原来学员一并讨论学习，以求新旧法学融会贯通，并将发审公所改称为宪法研究会。1906年，他又把宪法研究会改名为审判研究所，规定本省正印人员，无论正途、捐纳，一经考取，都可以进入该所学习。为了造就更多的审判人才，1907年，袁世凯决定将候补正印人员分在高等或地方审判厅中观审，藉资历练，以备将来任为审判员或书记官。这些措施培养了一批具有近代法律和审判知识的人才。尤其是袁世凯还积极倡导派员前往日本学习法律知识。当时日本已经以德国法律为蓝本，编订了自己的民法和商法，翻译了大量欧洲一流的法律教材，出版了大量日文法律文献，因此中国人可以在日本找到适合远东思想又代表当时西方科学的法律科学最先进的东西。这些学习法政的留学生回国以后，许多直接参与了晚清乃至民国时期法律制度的改革，对中国法制的近代化起到了促进作用。天津审判厅等审判机构的设立，还为近代中国收回领事裁判权做了重要的准备。
1843年10月，英国逼迫清政府签订了《虎门条约》，规定：凡是中国人和在华的英国人之间的交涉词讼，如何科罪（定罪），由英国人议定章程、法律，发给管事官（即领事官）照办，中国政府无权过问，破坏了中国的司法主权。此后，西方各国根据片面的最惠国待遇，享有在中国的领事裁判权。天津高等审判分厅设立以后，由于其审判程序、方式和某些具体的法律规定与西方各国有接近之处，一些外国人也愿意向审判厅投诉或接受审判厅的票传。天津高等审判分厅从设立至1907年8月，短短的几个月时间里，就受理了由县署移交暨关道发交以及洋商迁自来厅呈控的案件几十起，有的外国人甚至不先赴该国领事投察而径赴该厅起诉，结案时，则照缴讼费。这和此前外国人不愿到中国官府投诉，拒绝接受中国政府的法律裁决形成了鲜明的对照，表明天津实行的审判制度改革得到了西方国家的认同。袁世凯倍感鼓舞，进而决定逐步收回租界内的司法权。同年9月，袁世凯和包括英国在内的几个国家进行磋商，取得了司法巡兵可以直接赴租界票传人犯，据理公判的权利。这是中国近代收回领事裁判权的初步尝试，意义是显而易见的。
袁世凯在天津实行的司法制度改革是我国近代司法改革最早尝试，所制订的《审判厅章程》已明显具有近代特色，是直隶地区司法制度向近代转化的重要标志。
与地方司法改革联系紧密的就是刑狱制度的改革。在封建社会中，统治阶级视罪犯为草芥，监狱中垢敝馥凝，腥秽逼人，以致疾病疾疫、疮疥传染，条件极为恶劣，许多人犯在案件没有审结前便在狱中毙暴而亡，不死于法而死于病。1903年4月，袁世凯派凌福彭前往日本，对东京、大阪等五个城市的监狱情况进行为期近一年的考察；1905年7月再次派凌福彭等前往日本，调查日本监狱法规、设施、训练方法及经费等。袁世凯根据凌福彭等人的调查报告，结合当时直隶的实际情况，对狱政进行了比较全面的改革。
凌福彭在日本考察了东京、士尽、巢鸭、大阪等监狱，获得了大量的第一手资料，回国后向袁世凯汇报，提出改良直隶监狱的初步方案。在派人考察的基础上，袁世凯仿照东西方的刑狱制度，改良旧监狱，在天津和保定创立罪犯习艺所，并要求布政使详议办法，决定从贩抚局及藩库拨款5万余两，作为开办经费。天津和保定两所罪犯习艺所先后于1904年7月和次年7月正式开办。习艺所内设有织布、织毯、纺纱、皮靴、成衣、麻绳、纸厂、机器等厂房及病室、自新室等设施。根据犯人犯罪之轻重，分配不同的工作，给予一定的工钱，统由监狱官存放，罪犯刑满释放之日，应得工钱按存折多少支付，不得分文克扣。还规定，罪犯可以把应得工钱寄回父母，借以赡养家人。凡遵守狱规、工作勤奋、自知悔改者，可以酌减监禁的年限。不仅如此，罪犯习艺所还设立了教诲室，定期由教诲师对罪犯进行训导，以期罪犯去恶从善、改过自新。直隶有的州县还依罪犯习艺所之例，在监狱内设立了监狱学堂，以导以善行，化其从前之凶顽，教以手工业，资其将来之生计为宗旨，从而更突出了罪犯习艺所劝善去恶的功能。此外，罪犯习艺所在建造监室及厂房时注意通风，并在监内设有浴室等，改善了监狱的卫生状况，减少了疾疫的发生，提高了在押人员的生存条件。
1902年10月，袁世凯令天津府太守凌福彭将天津贡院修葺，改为教养局，收容贫困无业人员。1904年2月，袁世凯要求凌氏在天津教养局收容乞丐和窃贼，让其中年轻身体好的人学习工艺技术，使他们可以自谋生计，而对老弱人员进行分别留养，使少有所用、老有所养，有利于居民生活的安定。1906年，他又在罪犯习艺所旁边隙地建设游民习艺所，所制定的一系列制度、章程和建造设施均以有益于卫生，而且便于约束游民学习工艺为宗旨。游民习艺所中设有织布、织毯、缝纫、攻木、种植、造纸六科。游民入所后，根据年龄、自愿及才能分习一科，各专一门，因材施教，每月对游民习艺的状况考核一次，成绩分上中下三等。凡考列优等者酌给工钱，中等者给予伙食上的奖励，但不给工钱，下等者记过；一连三次考列优等、其艺已成者，准许出所自谋生计，愿意留下者，派充工厂的“工师”；对一连三次考列下等者，给予一定的惩罚。习艺所内也设有教诲堂，在休息时，令游民齐集于教诲堂内，听取教诲师宣讲圣谕广训以及古今佳言鼓行，以歇其德。年幼之游民，择姿质聪颖者，送入学堂肄业。各使大成、小成，各因其才而施教。以设立习艺所方式来解决社会游民问题，改变了此前单一的政府救济方式，不仅有利于改善社会风习和社会的安定，而且使人人有业可从，自谋生计，具有建设性。在监狱中设立罪犯习艺所，把“工艺房”和监狱联系起来，使犯人能在狱中学到一门手艺。监狱的职能由强调严厉惩罚转为使犯人日后有一技谋生，其教养的功能更加凸现出来，这是监狱向近代方向发展的重要标志。
凌福彭从日本考察回国以后，向袁世凯呈递了《考查日本监狱情形节略》。在这个《节略》中，凌福彭较为详细地分析了日本的监狱制度和管理办法。袁世凯“核阅”后，按日本监狱分未决、己决、民事、惩治、军狱、民狱六等的制度，分别轻重缓急，采择办理。首先于1904年在天津罪犯习艺所中设立了拘禁、惩傲两监。拘禁监用于关押“军徒流罪犯非常赦所不原者及犯事受罪已定监禁年限者”，惩傲监用于关押“地痞、恶丐及无业游民，或年轻子弟不遵父兄教训者”。为了适应审判制度改革的需要，袁世凯又于1907年在天津审判厅附近和保定两地设立了拘置监。他认为：“我国向不分罪人与被告人之待遇，一经犯案拘押之后，则概以犯罪者视之。所异者，定罪收禁监禁牢，未定罪只收班管。其实监牢……稍宽，出入不杂，尚可容身：所谓班管者则锹隘馥凝，秽恶难堪，倘加以役卒勒索之……是被告人之苦，反甚于罪人。”主张仿照外国拘置监的宗旨“（1）严防逃逸及自裁者；（2）保存其证据者；（3）保护被告人以虞有冤枉之处；（4）调查状况、默窥其真伪之情”，设立拘置监，专收“审判未决之囚，其中分划男监、女监”（15）。这是我国监狱管理方法上的重大变革，有利于按犯人罪之轻重和所犯罪之性质实施不同的教育，有利于犯人改过从新。
凌福彭于1905年第二次从日本考察回国以后，建议改善直隶监狱的设施，进而改善犯人的生活条件。其建议主要有以下十个方面：第一，修围墙。围墙是防范罪犯逃脱的重要手段，但直隶许多监狱的围墙年久失修，残缺现象非常严重，不利于防范罪犯的逃跑。为此，对监狱围墙进行全面整修就显得非常必要。第二，开天窗。此前，监狱没有天窗，几人同居一室，屋又窄小，空气不能流通，以致秽气冲天，犯人极易生病。开设天窗有利于室内外空气的流通，减少病毒的滋长和传染。第三，改木笼。监狱内用木板隔成一间间的号舍，这些号舍非常低矮、黑暗，囚犯终年不见阳光，极易生病。把木笼加高并添设窗户，有利于采光。第四，给医药。监狱内人多地隘，时疫、疮疥流行，然而狱中缺医少药，病人多因得不到及时医治而身亡。在狱中多设医生，除官医外，“另延精通内外科医理”的医生，并筹措医药费用，使病人能得到及时诊治。第五，设中厕。监狱内以前一直没有厕所，只有马桶。马桶因不能得到及时清理，臭气熏天，病菌极易滋长，囚犯易被感染、生病。在监内添盖厕所，每日派人打扫，极大地改善了卫生条件。第六，疏地沟，疏通地沟。改变地沟淤塞的现象。第七，漫雨路。即整修监狱中的道路。第八，制夏衣。按旧规，犯人在冬季时，都要发给棉衣，但到了夏季，却无衣更换。在夏季给犯人一律添置单衣，改善了囚犯的穿着。第九，勤梳洗。规定每监派两人为囚犯定期梳洗头发，以免蓬垢。第十，置木盆。每监中制备大木盆十个、大铁锅两口。夏季，派两人逐日烧水，让囚犯轮流洗浴。此外，狱中还建有病室，以便生病的犯人居住，利于医生就近诊视和照料，改善了犯人的生活和卫生条件。