以三井合名会社为例。1936年，其各类税款支出占总支出的比例为24.5%，到1937年实施新税法后，一下子猛增到55%，其后更是连年走高，到1940年，税款支出占总支出的比例竟然达到了76.7%。这样一来，三井家族几乎沦为了法西斯军政权的打工仔。终于在1940年，不堪重税的三井财阀做出了一个惊人的决定——解散母公司。三井合名会社的一部分业务与三井物产合并，成立新三井物产。这种母公司被子公司吞并的怪事，也只有在战时统制经济的畸形体制下才会出现。
这样一来，新三井物产就成了三井财阀事实上的母公司。三井物产在三井财阀的所属企业中一向地位很高，甚至有不少人将三井物产直接等同于三井财阀。二战后三井的重新集结，也是以三井物产的动态为风向标的。其原因就在于这次特殊的机构重组中。
新三井物产的会长是向井忠晴，他也由此成了三井财阀事实上的大掌柜。
为了便于对三井的整体事业进行统筹管理，在新三井物产成立的同一年，又设立了一个非法人性质的机构“三井总元方”，其与三井财阀母公司成立之前的“三井元方”别无二致。这等于三井财阀又回到了康采恩财阀体系正式确立之前的时代。这种体系结构上的倒退，也显示了三井财阀在战时体制下求生存的种种无奈。
正因为如此，除了避税，这样的改组对于经营管理而言并无好处。1944年3月，三井财阀不得不重新成立股份制的母公司“三井本社”。不过由于次年日本战败投降，财阀被美国勒令解体，这个“三井本社”仅仅存在了两年多就解散了。
在战时经济体制下，三井财阀的另一大机构变革来自三井银行的剥离。1942年，日本的战时经济统制政策愈发变本加厉，军政府颁布了“金融事业整顿令”，即国家有权要求各金融机构出让或合并，以实现以日本央行为主体的一元化的资金吸收和运作。在这一背景下，三井银行的命运已经不由三井财阀做主了。
1943年，三井银行与第一银行合并，成立了一家新的银行“帝国银行”，并脱离三井财阀系统。这个第一银行的前身，就是明治初年，三井和小野两家被迫合办的第一国立银行。三井银行和第一银行的合并，也算是同流归宗。“分久必合，合久必分”的历史规律，在三井财阀的身上也得到了应验。
在当时的五大民间银行中，三井银行的实力排在第一位，第一银行排名第五。帝国银行可谓是强强联手，以高达50亿日元的存款金额成为由国家控制的公共银行中的巨无霸。而从“帝国银行”这个名字也可以看出，这家银行完全是为日本的侵略扩张服务的，是军需贷款的指定金融机关。
三井银行的这次离队，对三井财阀日后的发展影响深远。帝国银行在二战结束后又进行了拆分，第一银行分走了一半资产，令三井银行元气大伤。1954年，几经缩水的帝国银行改回三井银行的旧称，重新回到了三井集团系统中。不过，屡遭折腾的三井银行疲态尽现，失去了往日的风光和锐气。三井银行的疲软，也成为日后三井被三菱赶超的又一大因素。
如果就此认为三井财阀在战时统制经济下吃了大亏，牺牲很大，那就大错特错了。三井财阀的机构重组，不过是为了自身更好地生存发展。这些妥协，既是被迫，也是自愿。为了逃脱被淘汰的命运，三井的态度就是合作、配合、服从。三井财阀并非没有从中得利。在整个日本财政开支完全向军需产业倾斜的背景下，三井财阀获得了发展军事工业的政府投资和优先贷款。军需工业，成为三井财阀在战时统制经济下最大的一块财源。
开足马力做军需
从江户时代的创业期开始，三井的事业重心一直是商业和金融。直到中上川时代，三井才在工业化方面开始有所作为，但其重点是棉纺织工业，即非军需的所谓“和平产业”。与新兴财阀积极投身重工业和军需产业相比，三井财阀在这方面的起步相对较晚。不过，就算没有先发优势，也可以“后来者居上”。
从1940年前后开始，三井财阀的事业重心全面快速地转移到了军需产业上，其中尤以三井矿山、三井物产和东京芝浦电气株式会社为核心的增资扩张最为明显。
首先来看化学工业。三井矿山的化学工业部门“三池染料工业所”，是三井旗下最早转入军需生产的企业，主要生产化学武器。1941年4月，三池染料工业所合并了一个叫“目黑研究所”的化学工业实验研究所，成立了“三井化学工业公司”，资本金高达8000万日元，是三井财阀新设立的军需工业公司中规模最大的一家。翌年，三井化学还合并了东洋高压、北海烧碱、电力化学等多家三井下属公司，成为日本最重要的一家化学工业公司。
1937年时，三池染料工业所生产的化学武器只占到日本化学武器生产总额的5%，三井化学成立后，这一比例迅速上升为30%。三井化学成了战争时期日本最大的化学武器兵工厂。
三井还第一个造出了日本的人造石油。日本的石油资源极度匮乏，战争对石油的需求量又非常大，因此开发人造石油就成了当务之急。德国是较早掌握人造石油技术的国家，在二战期间形成了一定规模的生产。三井矿山辗转从德国鲁尔海明公司引进了一套人造石油生产设备，从1937年开始投入技术研发，1940年研发成功，提炼出了日本的第一桶人造石油。
三井的人造石油实验场一开始归属三井化学工业公司，所用的原料来自三井矿山自产的煤炭。1943年，人造石油实验场独立成“三池石油合成株式会社”。1944年，三池石油合成、北海道人造石油、尼崎人造石油合并，成立了规模更大的“日本人造石油公司”。对日本的石油化学工业来说，三井可谓是开拓者和领路人。
再来看重工业。
1937年，三井物产的造船部被独立出来，成立了“玉造船所”。该造船所在建造了一艘货船和两艘客货两用船后，就全面转入了军舰制造。1942年，玉造船所被改组为“三井造船株式会社”，资本金从1000万日元增加到3000万日元，其生产订单几乎全部来自日本军方。到战争结束，三井造船下属的各大造船厂一共为日本海军建造了26艘舰艇，其中近一半为海防舰，其余为鱼雷艇、扫雷艇、布雷艇和驱潜艇。
在日本海军拥有的4艘占守级海防舰中，占守号和石垣号2艘为三井建造；14艘择捉型海防舰中，松轮号、壹歧号、若宫号、满珠号4艘为三井建造；22艘鹈来级海防舰中，稻木号、羽节号、男鹿号、金轮号、高根号5艘为三井建造。这些舰艇大多数在二战期间被盟军击沉，少数存留下来的，也基本在二战后作为赔偿交给了美国。
因为起步较晚，三井造船并非日本战时的四大军舰制造商之一，所以根据当局指示，三井从1943年开始扩建造船厂。不过还未等两个新的造船基地建设完成，日本就战败了。
战后，三井造船除生产民用船舶外，还为日本海上自卫队生产舰艇，舰种以护卫舰为主。
在飞机制造方面，日本的三大战斗机制造商是三菱、川崎和中岛飞行机。
三井则主要负责制造运输机。1937年，三井财阀出资成立了飞机制造公司“昭和飞行机”，开始研制日本海军急需的运输机。三井与美国道格拉斯飞机公司接洽，获得了新型运输机DC-3的设计图。在日本海军部承诺全盘采购的保证下，昭和飞行机于1941年成功对道格拉斯DC-3进行了设计改造，实现了国产化。日本海军将这种日产运输机定名为“零式运输机”。
从1941年末开始量产，到1945年战败，日本一共生产了486架“零式运输机”，其中的430架由三井财阀所属的昭和飞行机生产，这也是日本海军在战争期间唯一的一款运输机。到日本战败时，“零式运输机”只剩下了38架。二战期间，昭和飞行机还参与生产了“九九式舰上轰炸机”和水上战斗机“紫电改”。“九九式舰上轰炸机”在偷袭珍珠港事件中一举成名，是二战期间日本击沉盟军最多军舰的机种。“紫电改”主要在二战后期用于日本本土防卫。这两种战机的主生产商分别是爱知航空机和川西航空机，三井所属的昭和飞行机参与了其中的流水线作业生产。直到现在，昭和飞行机工业株式会社仍然是三井企业集团内重要的机械制造商，主要生产飞机零部件和特种运输车辆等。此外，在其他军需工业方面，三井的旁系子公司芝浦制作所于1939年和东京电气合并，成立了“东京芝浦电气”，这是三井旗下最重要的军需机械制造商。另一大旁系子公司“北海道炭矿汽船”下属的“日本制钢所”，更是一家名副其实的兵工厂。
日本制钢所成立于1907年，是北海道炭矿汽船和英国皮卡斯·阿姆斯特隆公司合资建立的一家兵器制造企业，主要生产舰炮和防御钢板。在三井财阀的经营下，日本制钢所很快发展成为首屈一指的大企业。在二战期间，除生产各种火炮外，还制造火箭、坦克、发动机以及潜水运输艇等各类兵器。日本制钢所的技术实力十分雄厚，其制造炮身的能力，相当于日本海军所需的一半。
最后来看军需相关产业。其中最具代表性的是尼龙生产。三井物产的子公司“东洋人造丝”成立于1926年，是当时日本最大的人造丝生产商之一，现在仍是日本合成纤维和合成树脂的生产巨头，即通常所说的“东丽”。二战期间，东丽与美国杜邦公司合作，在日本生产出了轻质耐磨又柔韧的合成纤维——尼龙。原本这项技术跟军需似乎扯不上什么关系，尼龙生产也属于“冷门产业”。
1942年，日军攻陷菲律宾首都马尼拉后，缴获了不少盟军的B-29轰炸机，这个“意外收获”改变了尼龙在日本的命运。日本人对盟军的新式轰炸机进行了解剖研究，发现飞机发电机的线圈是用最新型的尼龙材料包裹的，原来盟军飞机比日本飞机轻很多的秘密就在这里！日本海军立刻下令对轰炸机进行技术改造，海军的大量订单杀到，三井财阀所属的东丽公司由此变身为日本战斗机生产链上的重要一环。
此外，作为贸易商社的三井物产也深度介入了日本军需物资的调配。尤其是跟三菱、大仓两大财阀一道，分别出资500万日元成立了一个新的商社“昭和通商”。这家商社的钱是三家财阀出的，但是所有的权力都控制在陆军部手中，重点是负责武器的进出口，以及海外资源的调配，是陆军部的御用商社。至于三井物产在二战期间，尤其是在侵华战争中的所作所为，下一章将详细展开。
在二战期间，三井财阀非但没有“受伤”，反而在军需景气的刺激下越发强大，垄断程度也进一步增强。到1945年日本战败，三井财阀控制的公司数量已经超过200家，其中一半以上是矿业、重工业和化学工业，这部分的资本占比竟然达到三井财阀总资本的72%。日本全国的矿业、重工业和化学工业企业，有12.6%控制在三井财阀手中，这比依靠重工业发家的三菱财阀还要高出近2个百分点。一个原本以商业和金融业为主营业务的老资格财阀，在战争期间“迎头赶上”，在军需产业领域跑马圈地的速度，着实令人咋舌。所以，就算母公司三井合名会社被解散，就算核心事业三井银行被剥离，就算军部不断要求三井出资埋单，三井财阀也还是能够发展壮大，也还是能够赚得盆满钵满。当然，其中的另一大奥秘，就在于三井财阀还充当了日本侵略中国的帮凶。