微波武器，亦称电磁脉冲武器，是用强烈的微波（雷达所使用的电磁波）辐射，对目标进行杀伤破坏的一种定向能武器。
微波武器杀伤人员有两个“高招”，即“非热效应”和“热效应”杀伤。“非热效应”是指人体受到较弱微波照射后引起的心理损伤和功能减退，可使人员神经混乱、头痛、烦燥、记忆力减退。因此，用微波波束去影响飞机驾驶员和其他大威力武器操作人员，将会使其失去战斗力。“热效应”是由强微波能量照射人体引起的。强微波照射人体时，微波不仅使人体表面“变热”，还可穿透人体，使其内部“加热”用强微波照射人体后，即使时间很短，也会导致死亡。
微波武器又是现代武器装备的克星。微波武器是通过破坏现代武器装备的电子设备而毁坏目标的。它可以使雷达、通信、导航、侦察等电子设备的电路或电子元器件过载而失效或烧毁。这种杀伤效应和核爆炸产生的电磁脉冲效应相似，因此，人们又称其为“非核爆炸电磁脉冲效应”。所以，微波武器可能会成为攻击敌方飞机、导弹、卫星、C3I（指挥、控制、通信与情报）系统、雷达等武器装备的理想武器。又由于微波波束是以光速传播的，它反应快、速度高，还可在大气中畅行无阻，可以打击远距离目标而不需计算提前量，并能重复发射，因而是防空、反导弹、反卫星的理想手段。另外，微波波束在传播时，既看不到，也听不到，能够神鬼莫测隐蔽杀敌。微波武器具有极高的效率，比粒子束武器更先进，将来有可能成为理想的“第三代”定向能武器。