华莱士也是英国人，他比达尔文小14岁，经历与达尔文也很相似，从小就热爱大自然，并到世界各地去探险。
华莱士曾到南美洲的热带地域和亚洲东南的马来群岛去旅行。马来群岛的岛屿南下与澳大利亚相连，北上与亚洲相连。华莱士发现，从巴厘岛和龙目岛之间存在一条分界线，东西两侧岛屿上的动物和植物迥然不同，这条分界线至今被称为“华莱士”线。
1855年，华莱士在加里曼州考察时，就发现物种是变化的，非常巧，他也是阅读了马尔萨斯的著作，得出了“物种变化的原因是自然选择的结果”，并且也称之为“适者生存”。
华莱士的性格与达尔文完全不同，他一旦产生某种新思想，马上就伏案写作，两天完稿。
华莱士把自己的论文寄给了他所尊敬和信赖的一位学者，这个学者就是达尔文。
1858年夏天，达尔文收到了华莱士从马来群岛寄来的论文《论变种无限离开原始型的倾向》，并解释道，这是一篇探讨物种起源的论文。
“物种起源”？达尔文全身一震，难道华莱士也在研究物种起源？他一口气把论文读完。文中所写的完全都是自己思考过的问题，甚至所用的语言也和自己完全一样。达尔文想，即使华莱士手中有过我1842年写的那份初稿，他也不会写出比这个手稿更好的论文来，现在华莱士文中的术语都成了我书中每章的小标题。
华莱士在信中写道：“如果您认为这篇文章有价值的话，请您转给赖尔看一看。”
只要达尔文推荐，华莱士就将成为这一重大发现的创始人了，而这也意味着自己将失去对为之倾注了全部心血、耗费了20年时间的重要理论的开创权。达尔文心里非常懊丧和遗憾。但他是一个非常正直的科学家，他追求的是真理，而不是对荣誉的垄断权。达尔文立即提笔给赖尔写了一封信，热情地推荐这篇论文，并且决定放弃自己的大规模写作。
赖尔很快写来了回信，他和虎克都认为这样做是不公平的，因为他们阅读过达尔文在1842年写的摘要，那本身就是一篇完整的进化论的论文。在他们的倡议下，华莱士的论文和达尔文13年前写的那篇论文于7月1日在林奈学会上发表了。
当华莱士后来知道了事情的真相后，深深为达尔文的自我牺牲和谦虚精神所感动，并心悦诚服地把进化论创始人的位置让给达尔文。
在赖尔和虎克的鼓励下，达尔文又重新拿起笔来写作，经过十多个月的努力，1859年底，凝结着达尔文20多年心血的科学巨著——《物种起源》终于出版了。
战胜神创论
进化论的发表犹如一块巨石落水掀起巨澜，引起了人们的激烈争论，就连一些科学家也接受不了这一革命的理论。曾经当过达尔文老师的地质学家塞治威克对达尔文说：“读了你的书我不是感到愉快，而是痛苦，书中的一部分材料让我感到很可笑，另一部分又使我十分担忧。”
也有许多科学家支持达尔文的进化论，特别是英国的生物学家赫胥黎和德国生物学家海克尔，他们不仅热情地宣传进化论，而且勇敢地捍卫和发展了进化论。
赫胥黎首先把进化论用到人类的起源上，推测人类是由类人猿变来的，人和猿有共同的祖先。
海克尔则最早提出了动植物进化的系统树，并标明了人类的来源和人种的分布。
进化论的最大反对者还是来自科学界外的宗教界，因为进化论否定了上帝创造物种，矛头直指神圣的上帝，动摇了神学的基础，因此遭到了宗教界的围剿。
1860年6月28日，在教会和一些保守科学家的策划下，英国科学协会在牛津大学召开了为期3天的讨论会，名为讨论达尔文学说，实际则是攻击进化论，牛津大主教威尔伯福斯就公开宣称“要粉碎达尔文主义”。
6月30日，讨论会达到了高潮。会议原定在会议厅召开，由于人太多，不得不转移到图书阅览室。
能言善辩、号称“油嘴山姆”的大主教威尔伯福斯亲自出马。他指责达尔文的进化论违背神圣的教义，自以为聪明地说：“按照达尔文的进化论，一切生物都起源于某些菌类，那么人类和蘑菇就有亲缘关系啰？”并挑衅地说：“请问坐在我身旁的赫胥黎教授，究竟是你的祖父还是祖母哪一方同猿猴发生了血缘关系？”
大主教的话颇能蛊惑人心，在听众们兴奋的大喊大叫声中，赫胥黎从容不迫地站起来应战。他没有理睬大主教的人身攻击，而是用大量的事实有力地反驳了大主教那些缺乏科学根据的胡言乱语。赫胥黎最后以这段广为流传的话结束了他的长篇发言：“一个人没有任何理由因为他的祖先是无尾猿而羞耻。如果有人使我在回忆起他时感到羞耻的话，那就是这样一个人，他有浮滑善变的性格，他不满足于在自己范围内取得的令人怀疑的成功，还要去插手他并不了解的科学问题，用花言巧语、文不对题的议论和宗教偏见来掩盖真理。”
赫胥黎的发言一结束，立即引起了人们热烈的掌声。接着，虎克发言，用事实抨击了大主教在科学上的无知。
这场论战以教会和神创论的失败，进化论的胜利而告终。
斗争并没有结束。达尔文经常收到恐吓信和谩骂信。但达尔文没有退缩，他在给朋友的信中写道：“我已下定决心，装好自己的铠甲了，我将勇敢地迎接艰苦而长期的斗争。”
1871年，达尔文又发表了《人类的由来和性的选择》，指出了人是动物长期发展的产物，把人放到生物界中应有的位置上，粉碎了宗教中有关人是宇宙中心的神话。
达尔文的进化论终于为越来越多的人所接受。
1877年，达尔文的母校剑桥大学决定授予达尔文荣誉学位，以表彰他对人类作出的杰出贡献。就在庆祝大会上，还有几个人高举一只猴子想以此侮辱达尔文。达尔文镇静自若，继续发表讲演。在全场听众暴风雨般的掌声中，一小撮捣乱分子反而弄得灰溜溜的抬不起头来。
达尔文的进化论得到了无产阶级革命导师马克思、恩格斯的高度评价。
马克思赞扬道：“达尔文的著作非常有意义，这本书可以作为我研究历史上阶级斗争的自然科学根据，”并把他著的《资本论》第一卷题赠给达尔文，书页上写道：“赠给查理·达尔文先生。您真诚的钦慕者卡尔·马克思。”
恩格斯将达尔文的进化论誉为19世纪三大自然科学发现之一（细胞学说、能量转换定律、进化论）。他在马克思墓前哀悼马克思时曾说：“正像达尔文发现有机界发展规律一样，马克思发现了人类历史的发展规律。”
进化论的进化
达尔文的进化论打破了生物学中被神学盘踞的最后一个顽固堡垒，推翻了那种把物种看作是彼此毫无联系的、偶然的、神造的、不变的观点，给生物学乃至整个自然科学的发展带来了一场革命。
但是，由于科学技术发展水平的限制，达尔文的进化论也有不足和局限性，他虽然揭示了生存斗争、自然选择、适者生存的原理，然而对于变异的原因并没有真正搞清楚。达尔文自己也很坦然地说过：“关于变异的规律，我们实在是深深无知的，我们能够说明的这部分或那部分发生变异的任何原因，恐怕还不及百分之一。”
随着遗传学、分子生物学的发展，人们已经弄清楚了变异的物质基础是基因，对染色体上某个基因，甚至基因上某个碱基变化给生物体带来的影响开始有所了解。人们不仅从生物形态的宏观水平，而且开始从细胞水平、分子水平去探索生物的进化。
一百多年来，达尔文的进化论经受住了种种考验，而且它还不断地从现代科学的发展中汲取营养，不断地丰富、发展、完善，进化论也在不断进化中。
微生物的发现
在我们的地球上，生活着各种各样的生物，除了我们看得见的动物、植物以外，还有一个肉眼看不见的生命世界，生活在这个生命王国中的居民，数量比动植物要多得多，这就是微生物世界。
微生物的存在比人类早得多，化石记录表明，早在32亿年前，地球上就有微生物了。
人类虽然用肉眼看不见这些小生命，但它们却始终伴随着人类，对人类的生活和生产产生着巨大的影响。
微生物可以使人们患可怕的疾病，历史上由于瘟疫，曾使整个村镇变为无人之地；微生物也不是全都对人类有害，在人体中就驻扎了许多微生物，没有它们人会患病甚至有生命危险；微生物还是人类工农业生产的帮手，从古老的酿酒制酱到现代制药、找矿、冶金、清除污染，处处都用得着它们。
可是，在很长一段时间里，在人们对数学、物理、化学、天文学已经有了相当了解的时候，对微生物却一无所知。一直到了17世纪中叶，发明了显微镜之后，借助于人类的新“眼睛”，人们才发现了这个肉眼看不见的神秘世界。
列文虎克的发现
300多年以前，在荷兰的德尔夫特市有一个开布店的小商人，他还兼任着市政厅的看门人。邻居们发现，这个看门人好像着了魔，每天不是不停地磨透镜，就是一动不动用他自制的显微镜在观察什么，这个看门人就是列文虎克。
列文虎克从小就失去了父亲，16岁时，为了维持生活，他不得不到一家布店当学徒。列文虎克没有受过正规教育，社会就是他的大学。他从眼镜工匠那里学会了磨制透镜的手艺，还从炼金术士那儿学习了金银匠手艺。
早在古希腊、古罗马时代，人们就发现，做成某种形状的玻璃不仅能把光聚成一个点，还可以把物体放大。1590年左右，荷兰的詹森兄弟发明了显微镜，它是由一组透镜做成的。早期的显微镜做得很粗糙，并且不能消除像差，如果你想进一步放大，被放大的物体就会变得模模糊糊看不清。
列文虎克仔细研磨那些一点气泡也不含的玻璃，直到它们的表面变得非常光滑均匀为止。他还给他的宝贝透镜镶上铜的甚至金银的框。尽管列文虎克的透镜很小，最小的直径才有3毫米，却可以毫不变形的把物体放大200倍。
这个看门人像个小孩子一样好奇，他不加选择地把凡是他想到的东西拿到显微镜底下来观察，什么牛眼睛、羊毛、海狸毛、苍蝇头、蜜蜂刺、虱子腿、自己的皮肤碎屑、血液等等，都是他的观察样品。
他把被观察物固定在透镜的一侧，一看就是几个小时，然后把观察到的现象都详细记录下来。为了看得更仔细，他常常把被观察物固定在透镜下，几个月不动，甚至永远固定在那儿。为了观察新的东西，他只好另外再做一台新的显微镜。就这样，他一生一共制作了419架显微镜，在他的屋子里，摆满了大大小小的显微镜。
显微镜为列文虎克展现了一个从来没有人见过的奇妙世界。他发现了人的精子，看到了人的红血球，观察到了血液是怎样在蝌蚪尾巴里的毛细血管中流动，然而他最重要的发现是看到了微生物。
一次，列文虎克把一滴淤积在院子中的雨水放在显微镜下观察，天呐，他简直不敢相信自己的眼睛，在这滴清澈透明，看似什么也没有的雨水中竟然生活着许多小东西，它们灵活地游动着，会吞吃食物，并且还能繁殖。列文虎克断定它们是活生生的小生物，他管它们叫小动物，实际上这是微生物中的一类——原生动物。
列文虎克的显微镜每改进一步，就能看到更微小的东西，1683年，他发现了细菌。
列文虎克找到一个牙齿很不好，从不刷牙的老头，从他的牙齿上取下一点白垢，加水稀释后放到显微镜下观察，竟然人的口腔中隐藏着这样多的小动物，有的像小棍慢慢地移动，有的像鱼一样来回穿梭，他惊叹地记录道：“在一个人口腔中生活着的小动物，比整个王国的居民还要多！”
列文虎克把他的发现一一记录下来，并画出图，寄给英国皇家学会，这是欧洲当时最高的科学权威机构。
他的发现使那些有学问的科学家们惊叹不已。起初，许多人不相信这个看门人的发现。皇家学会派出物理学家胡克和植物学家格鲁，找来最好的显微镜，结果证实了列文虎克讲的全是真实的。
1680年，列文虎克当选为英国皇家学会会员。这个没有学历曾被人看不起的看门人以他的许多重大发现成了闻名世界的科学家。俄国彼得大帝到荷兰考察造船，前来向他表示敬意。英国女皇驾临这座小城，为的是从显微镜中看一眼连至高无上的皇帝也无法看到的小动物。
列文虎克从1632～1723年一直活了91岁，他一共向皇家学会寄送了375篇论文。
自然发生说与母体说
在中世纪以前，人们相信，许多低等生物是自然产生的，比如肉腐烂了，就会长出蛆来，霉烂的麦子会生出老鼠。这就叫自然发生说。
第一个向自然发生说发出挑战的是意大利医生雷荻。他做了一个实验，把两块肉分别放到两个容器中，一个容器上盖有纱布，一个不盖。过了几天，没有盖纱布的那块肉上长出蛆来，盖纱布的那块肉虽然也腐烂了，臭气熏人，却没有生蛆。
雷荻认为，是苍蝇在肉上产的卵，变成了蛆。用显微镜，人们果然发现了苍蝇卵。自然发生说被击败了。
可是不久，微生物被发现了。自然发生说又复活了，许多人相信，至少这种看不见的微生物是自然产生的。
意大利博物学家斯帕兰扎尼不同意这种观点，他坚信，微生物像其他动物一样，也必有母体。
斯帕兰扎尼准备了两组瓶子，都盛有肉汤，一组开口，可以让空气进入，一组煮沸，把各种微生物都杀死后再密封起来。头一组瓶子中很快长满了细菌，而第二组瓶子存放很长时间，始终没有细菌。