一天，布鲁诺根据《圣经》上诺亚方舟的故事，编写了一则反对教会的新寓言故事，结果惹出一场大祸。
《圣经》上诺亚方舟的故事梗概如下。据说由于人间充满强暴、仇恨等罪恶，上帝大为震怒。他要把这败坏的世界一举消灭，但他要把他认为是惟一的好人诺亚保留下来。于是他对诺亚说：“我要让泛滥的洪水毁灭天下所有的生灵。你可带上你的家人进入方舟，并且带上每种有血有肉的动物公、母各一个。”诺亚依上帝之令建造方舟，并告诉人们赶快悔改，以便求得上帝宽恕，否则大祸将至。可是人们已习惯了原来的生活，认为诺亚的“洪水将至”是危言耸听，并讥笑诺亚头脑有病，于是照样玩乐。120年过去了，诺亚终于造成了一只庞大的方舟，他和全家以及一对对动物都住进了方舟。人们看到后更是大声嘲笑诺亚有精神病。又过去7天，人们再次集结到诺亚的方舟前去嘲笑时，倾盆大雨从天而降，持续了40个昼夜。整个人间成了水乡泽国，万物被洪水吞没。洪水150天后才开始退落，诺亚才驾着方舟回到陆地。
布鲁诺自编的故事如下：避难漂流在诺亚方舟上的动物们开展了一场题为“世界上谁最圣洁”的辩论。有的说上帝最圣洁，因为他创造世界，造福万物；有的说圣母玛利亚最圣洁，因为她生了耶稣，拯救世人；有的说诺亚最圣洁，因为他建造方舟，拯救了大家；也有的说鸽子最圣洁，因为它美丽善良，祥和平安。在争论不已，难分高低之时，一个动物却说：“只有驴子最圣洁，因为它忍辱负重，粗食力大，埋头苦干，从不自夸。”布鲁诺此时感叹地写道：“噢，神圣的驴子一样的愚蠢，神圣的不学无术，神圣的痴呆和虔诚啊：你使得人们的心地这样的纯良，在你面前，简直没有什么智慧与知识。”
在这篇寓言中，布鲁诺不但尖锐地抨击了那些闭着眼睛重复《圣经》教条的僧侣学者们，连罗马教廷，连一向被人们顶礼膜拜的古希腊权威亚里士多德也一并被讥讽或怀疑：连西方视为“最蠢”的驴子都比他们圣洁！
这还了得！一个教士竟敢不守教规，反对教义。于是罗马教廷收到布鲁诺是“异端邪说”、列有130条罪状的控告。接着，布鲁诺就被修道院监视起来。
1576年，布鲁诺毅然逃出修道院，开始了流浪生活。他在意大利各地流亡了3年，但这些地方和那不勒斯别无二致，镇压“异端”的机构——宗教裁判所遍布全国，他没有立锥之地。他不得不离开自己可爱的家乡，逃亡到举目无亲的阿尔卑斯山那一边的外国去，寻求正义和真理。从1578～1591年这13年间，他的足迹遍布整个欧罗巴：日内瓦、土鲁斯、巴黎、伦敦、马因茨、威斯巴登、马尔堡、威登堡、布拉格、法兰克福……在这13年的流亡岁月中，布鲁诺发展了哥白尼学说。通过思辨得到了宇宙无限的概念，因而人们公认他是一位伟大的科学家、思想家和哲学家。其思想对后来的莱布尼兹、荷兰著名哲学家斯宾诺莎（1632~1677）产生过很大的影响。
哥白尼的贡献是推翻地心说，建立日心说，这已经使传统势力和教会不快。布鲁诺则走得更远，他认为宇宙是无限的，太阳只不过是无数恒星之一，并不是宇宙的中心，宇宙没有中心，宇宙中可供生物生存的星球是很多的。这当然更是罪不容诛。1583年，布鲁诺开始在伦敦写成了哲学著作《论原因、本原和太一》和《论宇宙的无限和诸世界》，于1584年出版。这两本书都宣扬了他的上述观点。
哥白尼的日心说摧毁了地心说，使人们摆脱了教会精神枷锁的束缚，开辟了各门科学的新时代，布鲁诺对此赞赏道，哥白尼的学说“如同一道霞光，它的出现应当使数百年来埋藏在盲目、无耻和嫉妒愚昧的黑暗山洞里的古代真正科学的太阳也放射光明”。不但如此，他并不拘泥于哥白尼的封闭有限宇宙的天球模型，勾勒出开放无限宇宙的图景。在大约300年后，他这一超前时代的构想，得到了科学界的公认。其标志之一是，1889年6月9日，在百花广场上，树立起布鲁诺的铜像，六千多名来自世界各地的人参加了揭幕典礼。
然而，布鲁诺的学说严重触犯了教会的教义，危及教会的利益。罗马宗教裁判所和教会暴跳如雷，派人到处捕捉他，但却一次次扑空。对于这种危险，布鲁诺却坦然面对，毫不畏惧地继续战斗。
由于教会和宗教裁判所对在国外鞭长莫及的布鲁诺无能为力，便设下了一个罪恶的圈套，将布鲁诺抓获。
1591年2月的一天，意大利某市的一家大书店里，来了位不速之客，他叫莫森尼格。他拿着一本布鲁诺的著作对店主说：“请问贵店有这本书吗？”对于突如其来的陌生人的提问，店主看了看书名，便慌忙否定。他知道，这种书在意大利是“异端邪说”，如果经营这类书，不但会被勒令关门，而且还会被“绳之以法”。但莫森尼格却和蔼地说：“请别误会，我是说这本书写得好，我十分钦佩。”“是的，这类著作中都有些新思想。”店主这才稍微放下心来，放松了警惕。接着，两人经过长谈，在彼此认为走到一起来了的时候，莫森尼格单刀直入：“我能否见到作者，我想当面向他请教！”店主认为自己已经碰到了知音，便回答道：“他此时在法兰克福，你可以到那儿去找他。”莫森尼格却说：“我想请他回国，住在我的庄园里，以便经常向他请教。我可提供一切方便让他安心写作和研究。安全也可保证，教廷的密探是不能进入我的庄园大门的。”店主相信了他的话，很快向布鲁诺发出了一封热情的邀请信。
1592年5月23日，威尼斯港一个风和日丽的日子，布鲁诺怀着对祖国的眷恋兴高采烈地走下木帆船。他的矮胖的贵族“朋友”莫森尼格笑容可掬地迎了上去，突然，几个彪形大汉一拥而上……次年2月，布鲁诺被押解到罗马，囚禁达7年之久，遭受种种酷刑折磨，但他拒绝悔“罪”，拒绝向教会乞求宽恕。
宗教裁判所对不屈服的布鲁诺一筹莫展，只能由红衣主教亲自出面拷问已半死不活、骨瘦如柴的这个“犯人”。教士把热腾腾的油一勺又一勺地浇在捆在长凳之上的布鲁诺。但是，这些惨无人道的酷刑也没能使他屈服。他坚信：“愚昧无知的法庭吓唬你，你一定得坚韧不屈。将来一定会有能辨明光明与黑暗的理性的崇高法庭，会做出公正的判决！”面对魔鬼般凶残的教士，他大气凛然地回答道：“高加索山上的冰川，也不能冷却我心中的烈火！”不但对教廷的严刑拷打不屈不挠，他还公开揭露教会的黑暗、卑鄙和无耻。于是1599年10月21日的档案记录中只好记录下这样的内容：“布鲁诺宣布，他不打算招供，他没有作过任何可以反悔的事情，因而也没有理由去这样做……”
教会无计可施，终于由宗教裁判所对布鲁诺判以火刑。当判决书念完后，大气磅礴的布鲁诺轻蔑地高声说道：“你们向我宣布判决，比我听到宣判死刑更加恐惧！”
1600年2月17日，布鲁诺被五花大绑押往百花广场。广场上，军警林立，人头簇簇，人们冷若冰霜地直立在广场周围。身体瘦弱，面容憔悴的布鲁诺被架在广场中央的十字架上，下面堆满了干柴。教皇克里特八世和他的枢机员、红衣主教、主教们也来到这里，对布鲁诺进行最后一次“劝导”，要他放弃“可怕的思想”，以免于一死。但直到火舌燎着布鲁诺的衣裳时，他仍坚定地宣称：“火并不能把我征服，为真理而斗争是人类最大的乐趣。未来的世界会了解我，知道我的价值。”
是的，历史已做出了公正的判决。一位历史学家描述说：“布鲁诺真是维苏威火山和地中海地带的产儿，他自己就是一座维苏威，不断地往外喷火石，飞焰熊熊不拘形式，把全世界引入惊奇慌乱中，为他的爆发和光明所激荡，连他自己也燃烧在他自己的火焰中，结果焚骨成灰，死而无悔。”1983年，罗马教皇也不得不宣布，当年对布鲁诺的判决是不公正的。而此前的1889年，罗马宗教法庭已为布鲁诺平反。
那为什么哥白尼、布鲁诺的“地动说”会触犯教会的根本利益呢？罗马教皇说，如果地球不是宇宙中心，而“是众行星之一，那么《圣经》上所说的那些大事件就完全不会在地面上出现了，便会无法无天了”。后来德国大诗人哥德（1749~1832）对此写道：“因为若地球不是宇宙中心，那么无数古人相信的事物将成为一场空了。谁还会相信伊甸的乐园，赞美的诗歌，宗教的故事呢？”由此可见，地心说的毁灭，将动摇教会统治、奴役人们的根基，人们将会“无法无天”，统治者的末日也就到了。因此，教会必然会不惜一切代价对鼓吹地动说的人加以迫害，以维持其封建统治。据估计，欧洲在15、16世纪的约200年间，类似布鲁诺这样被指为“妖言惑众”而被迫害至死的人，达75万以上。
由此可见，科学之路极不平坦，有时甚至会血雨腥风。这是我们从布鲁诺悲剧得到的第一个启示。说到不平坦的科学之路，这里不妨多说几句。
第一，科学规律总要披上一层层神秘的面纱来迷惑人们，要揭开它不是可以一蹴而就的。
像古希腊亚里士多德那样伟大的哲人和科学家，竟会产生“力是维持运动的原因”等失误。这种在今人看来是不可思议的浅薄，只要读一下著名生物学家达尔文那句半开玩笑半认真的话就不足为奇了：“大自然是一有机会就会说谎的。”
第二，更“糟糕”的是，要揭开上述面纱，进而揭示出发现科学规律的方法，人们事前往往无能为力。有的方法可以解决一系列问题，但就像包治百病的“灵丹妙药”并不存在一样。科研中不确定的因素太多，科学家们常常不能用同一种方法保证研究的成功以及何时成功。我们听一下法国细菌学家和医生查理·尼科尔（1866~1936）的话就明白了：“谬误无所不在，无孔不入，没有一种方法是万无一失的。”
第三，科学的道路没有终点，科学的攀登没有顶峰。攀登的人，只能达到阶段性的“顶点”。当你认为“一览众山小”时，会发现远方“还有那山高”。
正因为以上三个原因，有远见卓识的科学家们非常注意科学研究特别是基础研究的两个重要规律：长期性而不是急功近利，允许失败而不是注定成功。
第四，揭示科学规律的人总是必须做出各种各样的牺牲，包括名誉、地位、金钱、财产、休闲、友情、爱情、乃至生命……他们会被人们误称为是疯子，会牺牲生命，他们的妻儿怨声载道……第五，即使在揭露、认识了科学规律之后，要想得到世人公认，并造福于人类，如果科学规律与一些人的利益相冲突，可能连性命都保不住。
综上所述，科学之路的确崎岖漫长，有时甚至险恶无比，以致马克思把但丁写在地狱门口的诗句移到科学的入口处：“这里必须杜绝一切疑虑，任何犹豫都无济于事。”
布鲁诺被迫害致死是人类文明史上最黑暗、最卑鄙的宗教迫害科学的事件之一。只要没有政治民主和学术自由，科学就不会发展、繁荣；科学家也必然会受到打击迫害。这是我们从布鲁诺悲剧得到的启示之二。
破除迷信、消除愚昧、解放思想、捍卫科学，是保持社会稳定，发展科学的必要条件。当时意大利这些条件都不具备，所以宗教得以为所欲为，以致酿成如此悲剧。这是我们从中得到的第三个启示。
患肺炎笛卡儿早逝
1647年深秋的一个夜晚，在巴黎近郊，两辆疾驰的马车在教堂高大的铁栅大门前停了下来。一批身佩利剑的士兵押着一个面容憔悴、瘦小枯槁的老头走进教堂。教堂内，白色的烛光照在圣母玛利亚的塑像上，塑像前审判席上一批凶神恶煞的神父坐成一长排。其中一个戴着一只单眼镜的神父，用沙哑的声音宣判了对这个老头的判决：散布异端邪说，违背教规，亵渎教义；为纯洁教义，荡涤谬误，所著之书宣布为禁书，并由本人当庭焚毁。老头一下子愣住了，瘦削的脸上现出沉痛而愤怒的表情。他想申辩，突然，伽利略被罗马教会迫害致死的一幕在他的脑海中闪现，顿时毛骨悚然。他知道，上述教会的判决是不允许违抗的，他只好屈服了，用颤抖的手拿起一本本凝结着他毕生心血的著作，无可奈何地投入火中……这个老头是谁？他的书为何被教会列为禁书而命令他焚毁？
他就是法国数学家、哲学家笛卡儿。
1596年3月31日，笛卡儿出生在法国北部土伦郡的小镇拉哈一个贵族之家，父亲是地方议会议员，母亲在他出生不久后就因病去世了。他从小就像他母亲一样瘦弱多病，是在保姆的精心照料下才长大的。
笛卡儿从小就听父亲讲一些科学故事，喜欢寻根究底，父亲因此亲昵地称他为“小哲学家”，后来他果真当上了欧洲的唯心主义哲学大师。8岁那年，笛卡儿进了由国王亨利四世创办的当时欧洲最好的教会学校。校内环境优雅、训练认真，教规很严，功课也很繁重。学校主要学神学、教会的哲学、数学。笛卡儿学习用功，是学校有名的优等生。但有趣的是，他却是一个睡懒觉的大王——校长照顾他体弱多病，特许他早晨可以睡到他愿意起床上课时为止。这就养成了他早上躺在床上思考问题和晚起的习惯，这一持续终身的坏习惯损坏了他的身体，使他更加体弱多病，以致最终不能适应早起的寒冷染病而死，这是后话。