公元前213年，在秦的都城成阳燃起了焚书的烈火。随后焚书之举很快就蔓延到全国各郡，第二年，在政府文化机关供职的诸生460多人被活埋，700多人被杀，无数被流放到偏远之地，这就是历史上著名的“焚书坑儒”，是秦统一后为统治思想文化、加强文化专制而采取的措施。
战国虽是一个动荡不安的时代，但文化非常繁荣。随着秦朝中央集权的建立，不仅政治经济上，文化上也要求实行专制统治。刚开始，秦始皇派人从六国宫廷和民间搜集了大量古典文献，并征召了70多位博学的老者，授予博士的官职，在博士官下，又设了2000余名诸生，让他们整理文献，把不利于封建专制政权的书剔除出去。这些学人多信奉儒家思想，推崇周礼，赞赏分封，对新建的专制政权多有议论。他们最初还受到了较优厚的待遇。
公元前213年，博士淳于越向秦始皇建议废郡县立分封，理由是中央权力集中之后，一旦权臣专政，皇帝就会孤立无援，所以应该分封子弟，作为皇上的辅枝。秦始皇将淳于越的建议交给群臣讨论。代表新兴官僚商人集团利益的丞相李斯坚决反对，认为这是旧儒的复古思想在作怪，所以才以古非今。而现在时代形势变了，情况不同了，不能再用老办法来治理国家，儒生们复古的思想只会扰乱人民的思想，不利于皇帝的统治。在李斯的建议下，秦始皇采取了一系列严酷的文化专制措施：除秦国的历史典籍、博士官所掌管研究的一套书、农医之书，以及求神问卜、之书外，其他私藏《诗》、《书》和诸子百家典籍全部烧毁；有敢于谈论《诗》、《书》的一律问斩；以古非今的人连族诛灭；官吏知情不报的，治以同罪；命令颁布后30天还没照办的，在脸上刺字并发配边疆做苦役。第二天，成阳城就燃起了焚书的熊熊烈火，秦以前的文化典籍，尽数灰飞烟灭，中国古代的思想文化遭到前所未有的摧残。
然而，事情到此并没有结束，“焚书”之后，怀有复古思想的旧贵族文人依然在政府机关掌管着文化事业，散布不利于专制统治的言论。秦始皇为了肃清这些反对派，又制造了“坑儒”惨剧。
公元前212年，秦始皇命侯生、卢生两个方士寻求长生不死的仙药。当时，秦始皇迷信神仙方术，重用方士，经常派人到深山远海寻找长生不死的仙药。侯生、卢生看见当时政治日益专制独断，始皇为人又凶狠刚复，为所欲为，十分担心以后会有什么不幸降临到自己身上。二人商量之下，觉得在朝中不能再呆下来了，便一起逃走了。秦始皇听到了这个消息后，龙颜大怒，指责方士们的过错，说韩终去找仙药一去不返，徐市等人花了数以万计的钱财也没有任何结果；他待方士已经很优厚，他们却诽谤皇上，妖言感众，搅乱民心。于是始皇派人搜捕可疑的诸生进行拷问，儒生们相互牵连，触犯禁令的共有460余人，这460多个人都被活活埋在成阳城外的大坑中。始皇又诏告天下，此后若再有这样的情况发生，必将严惩不贷，并将有过失的诸生发配到边远地带。又过了一段，始皇命人假装冬季在骊山上种瓜结出了果实，让诸生前去观看，暗中埋伏了大批武士，将他们活埋，共有700多人遇难，这就是坑儒事件。二世统治时期，也曾发生过坑儒事件。
焚书坑儒是当时作为“官学”的法家对“私学”儒家的排挤，是加强中央专制的需求，它沉重打击了儒家学派和广大知识分子，是对文化极为严重的摧残，给民族文化造成了不可弥补的损失。