但是，他们低估了中国人的决心，一旦觉醒过来，那就不是任何势力所能吓倒的。拿破仑都说过： “中国是东方的一只睡狮，一旦他醒来，世界都会颤抖！”他说对了！
6月10日，北京各界在天安门召开有20万人参加的反对英、日帝国主义残杀同胞雪耻大会，会后游行，他们冒着风雨来到了执政府门前，要求面见段祺瑞。段祺瑞哪敢见他们，一是没有什么驳斥他们的理由，同时自己又需要仰仗外国人的支持，真是风箱里的老鼠两头受气。迫于压力，段政府还是命令外交部拿出一点抗议的态度来，于是外交部向北京公使团发出第三次照会，提出租界的官吏应取消当地戒严令、撤退海军陆战队、解除商团和巡捕的武装、释放被捕者、恢复被封占的学校原状等一系列要求。
帝国主义国家与中国政府就此开始了谈判！
中国政府派出的是沪案委员会，帝国主义国家派出的是六国委员团。双方在谈判桌上唇枪舌剑，激烈争吵，互不相让。六国委员团态度坚决，认为中国政府的要求太过分，他们将考虑退出谈判，武力解决！
为了顾全大局，上海总商会首先表示出了一定的退让，把原上海工商学联合会提出的17条意见改为13条，删除了其中的“撤退外国军警，取消领事裁决权，工人有集会、结社、罢工之自由”等条款，沪案委员会就以此为谈判基础，但六国委员团毫无诚意，先是拒绝以13条为谈判基础，后又把13条划成两部分，前5条可以拿到沪案谈判桌上，后8条等沪案解决后，另行讨论。
帝国主义者们一方面以进行司法调查和召开关税会议，安抚收买段政府和中国民族资产阶级，一方面又以停止借款、通汇，停止运输和电力供应相威胁。在内外压力下，段祺瑞宴请日本公使芳泽，同意日本提出的解决方案：顾正红案单独解决，不与英国制造的“五卅惨案”并案处理。
7月6日，北京外交团根据六国委员团调查的结果，对“五卅惨案”做出三项决定：一、惩戒工部局董事；二、租界巡捕房总巡捕免职；三、处罚下令开枪的爱活生。完全是个轻描淡写的处理意见。段祺瑞觉得事情就可以到此为止了，7月15日，他给各省军民长官下令，要求民众平心静气下来，不要再有游行罢工这样的越轨行为，以免“滋生事端”，给杀人者杀人的“口实”。这样的处理意见实在难以让具有爱国热情的中国人满意，但现实中的中华民国本就是一个残缺不全的国家，政权不稳，主权分裂，中央政府没有号召力，让段祺瑞做到过分强硬，首先没有能力，其次没有资本，光有良好愿望是不管用的，所以说到底，政府的先天不足决定了段祺瑞唯一能做的也就只剩下委曲求全、息事宁人了！
当时的军阀里面，冯玉祥和他的国民军比较鲜明地支持革命群众运动，对工人的斗争没有横加干涉，有时还给予同情和支持。冯玉祥在“五卅惨案”发生后，先是主张由政府出面交涉，提出惩凶、赔偿，并实行经济绝交的要求。6月23日，英国帝国主义者在广州沙基开枪扫射游行示威的群众，当场死亡52人，重伤170多人，轻伤无数，造成沙基惨案。冯玉祥闻讯大怒，通电主张对英抗战，并表示愿率20万国民军为中国民族而战，也为全世界被压迫的民族而战。国民：二军军长岳维峻也一再致电段祺瑞，请其饬外交部对英国人残杀同胞之事进行严重交涉，同时通电全国表明此态度；他还向段表示愿率他的军队为前驱，作外交的后盾。
段祺瑞对帝国主义列强一再退让以换取谅解和支持。7月下旬，英国外交大臣张伯伦为推翻六国委员会的报告，提出要由各国派司法人员到沪进行所谓“五卅惨案”的“司法调查”，遭到中国政府乃至法、比、意三国的反对。但是由于英国的坚持，外交使团还是在10月1日照会北京外交部，声称要详细研究沪案的责任，以及由此而生的结果问题，并开议其余一些问题。段祺瑞也不坚持了，同意其“开议”，默认英、日、美三国派法官到沪做司法调查。调查官的最后决定是：麦高云和爱活生二人引咎辞职，上海公共租界工部局拨出7．5万元作死伤抚恤费。如此轻描淡写的处理，中国人民感到了深深的侮辱。
在全国民众强大的压力下，北京政府的外交部也不得不作出象征性的表态：公使团的决定纯属单方面意见，中国政府不予承认，对于工部局拨出的7．5万元抚恤支票立即退还，然后再通过正常途径解决。
然而，执政府也仅仅这一点点不像样的抗议表示，然后此事就不了了之了。
除了打，还是打对段祺瑞执政府来说，最为严重的危机是大规模频繁的军阀混战，他自任临时执政以来，就没过过一天太平日子。
第二次齐卢战争，奉系名义上为卢永祥夺回了江苏地盘，实际上是把自己的势力范围扩展到了江苏。得陇望蜀的张作霖这次将自己扩展的目光盯到了山东，只有控制了山东，才能对长江一线形成威慑。于是一场争夺山东地盘的斗争又搬到了前台。
当时的山东督军是郑士琦，本身属于皖系人马，第二次直奉战争中联合奉系赶走了直系势力，但奉系根本不顾之前的那点交情，一定要赶他走。段祺瑞此时是胳膊扭不过大腿，只得挥泪斩马谡，任命张作霖的嫡系张宗昌为山东督办，为了安慰郑士琦，将他调任自己的家乡做安徽督办。
郑士琦自然不服，暗中与冯玉祥的国民军联络反对张宗昌进山东。张宗昌得知消息，来了个霸王硬上弓，不等郑士琦离开，便以武力解决了鲁军，张宗昌还不许郑士琦从山东带兵赴安徽，郑士琦无兵无将，不敢赴任。段祺瑞因为安徽是自己的老家，不愿意让奉系染指，便令王揖唐在郑士琦到任前办理安徽军政事务，但王揖唐受奉系的逼迫，很快就弃职回京了。一时间，安徽成了没有军政长官的真空地带，张作霖便又趁机向段祺瑞保举姜登选管理安徽，段祺瑞一听，气往上冲，愤然说道：“安徽是我的家乡，我都管不了，我还留在北京干什么！”张作霖看段祺瑞真急了，也只好先放下控制安徽的打算。于是，皖系的吴炳湘被段祺瑞任命为皖省省长兼督办。
安徽有段祺瑞撑腰，暂时一下子还啃不下来，张作霖比较郁闷。现在的他还不愿意与段祺瑞翻脸，就在他左右四顾时，老天爷垂青，竟然送来了一个大好机会，那就是上海发生的“五卅惨案”，高度敏感的张作霖一听说这件事，马上借口维持上海秩序，让张学良率领2000人的部队进入上海接防。
其实区区2000人，还不够塞牙缝的，但张作霖真正用意是投石问路，让他大感意外的是，居然没人站出来公开反对，第一步成功，张作霖马上派遣邢士廉率所部进入上海，正式接管了中国第一大城市的防务，上海就这样成了奉系的势力范围。
吃着碗里的，看着锅里的，轻而易举得了淞沪的张作霖野心骤然膨胀，又把目光盯上了苏皖。江苏督办卢永祥表面上回到了自己的地盘，然而却不过是奉系手中的玩物，手里既没有兵，也没有实权，光杆司令一个。这倒也合乎逻辑，因为他能回来，全靠奉系军队撑腰。卢永祥为恢复往日局面，就想重新培植自己的势力，奉系军阀们哪能让他的如意算盘得逞，于是他提出一项议案，被否定，再提出一项意见，还是被否定。他想招兵，奉系就说军饷不够拒绝征兵。他想用几个人，奉系就说没有空缺。卢永祥不堪忍受，终于面见段祺瑞要求辞职。段祺瑞自己也是势单力薄，没法帮他，于是采用拖延战术，迟迟不理睬卢永祥交上来的辞职书。张作霖便施加压力，迫使段祺瑞不得不再次做出决定，同意了卢永祥辞职。任命奉系的杨宇霆为江苏督办，同时又令姜登选接任安徽督办，吴炳湘只做了个没兵没权的安徽省长，就这样江苏和安徽又到了奉系的手里。
奉系再度南扩，直接威胁到长江中下游直系的势力，浙江的孙传芳首当其冲。
孙传芳一直在整军经武，他把保定军校出身的青年军官提拔为各部重要军官，并且天天在高强度操练，没有一天敢偷懒，为的就是防范奉系，所以奉系一直找不到什么像样的机会。为了将奉系的力量赶出长江沿线，孙传芳召集浙、闽、苏、皖、赣五省代表举行会议，决定成立五省联盟，组织“浙闽苏皖赣联军”，并借国庆秋操之机，一方面指责奉军违反“上海永不驻兵”的协定，一边下动员令，准备对苏州、上海奉军发动进攻。
奉军这时在山海关、天津、徐州、南京、上海一路驻兵，形如长蛇，兵力极为分散。孙传芳通电就任浙闽苏皖赣五省联军总司令职位，并下总攻击令。段祺瑞赶紧劝慰双方，希望平息战火，但没有效果。联军初战便告捷，上海、南京相继被占领。张作霖大发雷霆，召集张宗昌、诸玉璞、施从滨等重要将领开会。张宗昌自愿率领他的5000白俄军收复南京，施从滨则愿率其47混成旅收复安徽。张作霖就任命张宗昌为江苏善后督办，施从滨为安徽善后督办，重组大军，再度南下。
张作霖平时瞧不起冯玉祥的国民军，现在与南方的直系开打，胜负的关键却已经不是南方，而是国民军的态度。一旦自己全力投入南方战事，后方就显得极为重要，如果此时国民军拦腰截击，自己将首尾不能兼顾很可能就此功亏一篑，不光新的地盘要丧失，原来的地盘恐怕都难以保住。于是张作霖又开始极力拉拢冯玉祥，并表示愿意将奉军撤出保定、大名、廊坊，由国民军驻扎，希望能借此获得冯的支持。冯玉祥一时看不出形势，难以判断双方优劣，只好以表面上维持中立姿态和模棱两可的态度在双方之间周旋，对张作霖伸来的橄榄枝没有接手。冯玉祥应段祺瑞的要求，致电孙传芳、张作霖，希望双方互让互退，以谋和平。暗地里，冯玉祥则与孙传芳秘密往来。
五省联军北上顺利，奉军节节败退。张作霖一面在10月23日通电表示愿意维持和平，一面继续派人与冯玉祥磋商合作事宜，冯玉祥仍然模棱两可。
此时，在津浦线，五省联军和奉军在进行着非常惨烈的战斗。奉系这方的主要战将是施从滨，当时已经是70多岁了，头发胡子没有一根是黑的，也难为了他，这么大年纪还不肯放下权欲，还在跟一帮小年轻玩官兵抓强盗的游戏。但他赖以自豪的铁甲车部队却因为孙传芳部队绕道后方，把铁轨拆掉，铁甲车倾倒路旁，施从滨和随从人员全部被俘。
被俘后的施从滨倒没有什么慌乱，就跟平时下班一样，很自然地对前来抓他的孙传芳部下说： “你们辛苦了。”孙传芳手下大将谢鸿勋俘虏他后不敢怠慢，派人把他送到蚌埠总司令部，还写报告给孙传芳，要求优待施从滨。
混了一辈子的施从滨什么场面没见过，但这回该他倒霉，因为他遇见的是一个他下辈子才能遇见的混蛋孙传芳。孙传芳似乎不知道中国有一个敬老爱老的传统，看见施从滨进来，他躺在床上动也没动，便笑着说：“施老，你好，你不是来当安徽督办吗？你马上去上任吧！”就命人把施从滨拖出去枪杀了。
前文已经交代过，民国时期的政治纷争就如同一台大戏上演，来来往往的军阀政客们如过江之鲫。但既然是游戏，就一定有他的规则，否则就没法玩了。有些规则是明文规定，更多的都是心照不宣的“潜规则”，那就是：
出来混，总是要还的。大家为了地盘和权力可以争来斗去，但仅限于政治军事上的，轻易不会升级为肉体消灭（当然，这里仅针对中国政治舞台上出演角色的政客军阀，不涉及充当炮灰的老百姓）。
孙传芳此时得意忘形，儿戏般地枪杀了施从滨，给自己惹下了杀身之祸。10年后，他穷途潦倒。一日，他正在天津英租界的居士林佛堂合掌闭目、口诵经文的时候，一个中年妇女朝他连开三枪，杀死了他，开枪之人正是施从滨的女儿施剑翘。
当然，这是后话！
孙传芳联军攻克蚌埠以后，又以东西南扇形之势围攻徐州，河南岳维峻的国民二军在与孙军联络好之后，兵分三路向东开进，进攻山东、直隶的奉军。张作霖见此形势，急令奉军撤出徐州，退守山东。为防冯玉祥的国民一军抄了后路，张作霖派重兵把北京包围起来，隔断国民军一军、二军、三军之间的联系。
张作霖围了国民军控制的北京城，陆军总长吴光新害怕因为自己同张作霖关系密切，而被国民军抓了去，便向段祺瑞请求辞职，由次长贾德耀代行其职，同时交出所辖的执政府卫队旅。结果教育总长章士钊、交通总长叶恭绰、财政总长李思浩、警察总监朱深以及许世英等人也纷纷向段提出辞职。
他们一走，政府形同瘫痪，令段祺瑞顿感手足无措，有人劝他就此自动下野，以免将来难堪。段祺瑞还是贪恋权位，思考再三后还是拒绝了。
11月8日，联军进占徐州、海州等地。至此，孙传芳达到了他将奉军逐出江苏，并控制苏、皖、浙、闽、赣五省的目的。
浙奉战争后期，国奉已经开始决裂，张学良携张作霖的进攻令入关，抵达天津召集众将领开会，商讨对冯玉祥的处理办法，没想到满脸杀气的张作霖碰到了这样的场面：手下大将都不愿意与冯玉祥开打；手握重兵的郭松龄已在暗中酝酿联冯反张，不同意打；李景林想坐稳直隶位置，生怕节外生枝，不愿意打。
段祺瑞见此情形，积极予以调解，劝张作霖主动妥协，同意将保定、大名重新让给国民军，并从京畿周围撤军，张作霖只好半推半就，同意了段祺瑞的意见。