段祺瑞见电稿没有及时发出，万分惊讶之下马上打电话给张一磨和徐世昌，他们俩也是一头雾水。段祺瑞和徐世昌一合计，感觉不妙，立刻相约同往中南海找袁世凯问个究竟。看到他们赶来查询，袁世凯无奈之下，只好顺水推舟地说， “昨天送去后，我觉得有几个字不太恰当，叫人取回来改。”
段祺瑞这才长出一口气：阿弥陀佛，谢天谢地，可别再出乱子了。
3月22日，政事堂发布政令取消帝制，袁世凯只做了83天的皇帝。任命徐世昌为国务卿，第二天，段祺瑞被任命为参谋总长。同时“废止洪宪年号，仍以本年为中华民国五年”。
洪宪元年，只此一年。
一代枭雄的落寞
袁世凯在众怒之下，终于取消了帝制，大家都以为事情可以平息了。段祺瑞也是这样看的，所以他踌躇满志，准备接下来要大干一番。谁知，事情可没那么简单。原因就是，袁世凯的地位问题。
帝制取消，段祺瑞马上与西南军阀们联络，认为你们发起护国战争不就是为了恢复中华民国吗，现在已经恢复了，那你们就应该撤兵了，独立的事情也就算了吧。可是这时候的护国军刚取得胜利，气焰逼人，哪肯轻易罢休。撤兵可以，但有条件：袁世凯退位。
蔡锷在通电中道：以法理言，项城承认帝位时，已有辞退总统之明令，那就是国会选举之效力已不存在，这时袁世凯又来继续做总统，太没道理了，世上岂有未经选举之总统？如果囫囵吞枣，那成何国家？以情势言，项城身为总统不能自我克制，等到承认帝位又不能自我坚持，一人之身数月之间而号令三变，将威信当作什么东西了？此后仍为总统，纵使指天誓日，也不能使人民再相信他了。
由皇帝变为大总统的袁世凯却坚决不退位，不光不退位，还在4月1日他用黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人的名义向护国军提出六项议和条件：1．滇、黔、桂三省取消独立；2．三省治安由三省长官负责维持；3．三省新兵一律解散；4．三省派往战地的士兵一律撤回；5．三省自即日起，不准与官兵交战；6．三省各派代表一人来京筹商善后。袁世凯大概觉得自己还是中国最高统治者，对西南军阀用的还是训斥属下的口气，这下更激怒了军阀们，连段祺瑞都觉得这条件未免欺人太甚。
此时的护国军风头正劲，哪肯让步，也针锋相对提出六条：1．袁退位后免其一死，但须逐出国外；2．诛帝制祸首杨度等13人以谢天下；3．大典筹备费及用兵费6000万，应查抄袁氏及帝制祸首13人的财产赔偿之；4．袁氏子孙三世应剥夺公民权；5．依照民元《约法》推举黎副总统继任大总统；6．除国务员外，文武官吏均照旧供职，但关于军队驻地，须接受护国军都督的指令。
好家伙，够狠的吧，第一、二条还说得过去，可第三条6000万的军费让袁世凯和几个幕僚们掏，那不是跟抄家一样吗，别看袁世凯掌握全国军政大权，真要论私产，别说6000万，60万恐怕都够呛。尤其是第四条，更是将他们对袁世凯的愤怒发泄到了极点，袁家三代人没有公民权，那算什么，搁现在我等小百姓出门吹牛还可以说： “我们都是有身份证的人”，袁家三代人连身份证都没有，黑户口！
袁世凯的回答倒也痛快：扯淡！
这个答复够男人，可并不解决问题，北洋军已经不听招呼，徐世昌又因为跟西南军阀不太熟，无法对他们产生什么影响力，只好请求辞职。袁世凯别无选择，只有让段祺瑞接替徐世昌出任国务卿。段祺瑞正式出任国务卿后，觉得政事堂、国务卿都是帝制时的产物，于是改政事堂为国务院，段祺瑞为国务总理。
当然，袁世凯重新启用段祺瑞是迫不得已，事实上他还是对段祺瑞持防范态度的，表现在段祺瑞一上任就要启用徐树铮做秘书长，但袁世凯坚决主张用王式通，以至于段祺瑞刚上班就和袁世凯发生了摩擦。接着，段祺瑞又要裁撤总统府机要局、统率办事处、军政执法处这三个机关，袁世凯依然不答应，还暗中让梁士诒处处掣肘，种种迹象表明，由于段祺瑞鲜明的帝制立场，他并没有得到袁世凯充分信任。这就让本想继续扶持袁世凯的段祺瑞逐渐产生了联合西南军阀反对袁世凯的念头。
不过，等不到段祺瑞有什么实质性的行动，袁世凯自己却撑不住了。护国战争开始不久，他的身体就已经出现了严重的疾病，差不多是卧床不起，一段时间后又患上腰子病，更让他的身体每况愈下。就在他苦苦支撑着还想有所作为的时候，真正致命的一击来了，那就是所谓的“二陈汤”事件。
在袁世凯称帝初期，袁氏依靠自己“忠实” 的部下掌握着全国绝大部分地盘的实际控制权，但很快变故接二连三发生，先是自己最信任的陕南镇守使陈树藩宣布陕西独立，接着是四川将军陈宦宣布四川独立，更要命的是湖南靖武将军汤芗铭的反叛。陈树藩的陕军本来属于北洋系，他本人更是段祺瑞的心腹，他的背叛标志着北洋高级将领开始公开抛弃袁世凯。而陈宦是袁世凯一向倚重的亲信中的亲信，还是袁克定的把兄弟。在接受任命去四川前，他曾对袁世凯行三跪九叩大礼，说： “您称帝时我赶不回来祝贺了，预先行礼吧！”可在袁世凯形势危急的时候，他却来了这样一份电报： “自今日始，四川省与袁氏个人断绝关系。”宣告了四川独立，袁世凯接到电报气得半天一句话都说不出来。汤芗铭是汤化龙的弟弟，是鼓吹帝制的干将，因为捧袁有功，袁世凯称帝后封他为八位侯爵之首。他的背叛对袁世凯又是一个沉重的打击。在众叛亲离、四面楚歌的情势下，袁世凯的病情越来越重。
6月2日，袁世凯命人将徐世昌从河南接来，与段祺瑞、王士珍等一同接受遗嘱。6月5日，他已病入膏肓，奄奄一息了，弥留之际，他挣扎着对段祺瑞说出了最后的话： “芝泉，我不行了，以后全靠你了。”段祺瑞尽力安慰，但袁世凯只是苦笑，再也不发一言。
1916年6月6日早晨，一代枭雄袁世凯死于中南海居仁堂，终年57岁。消息传出，万民同庆。
袁世凯死后，段祺瑞与他的矛盾自然消失，但段祺瑞念及自己曾深受老袁的提拔之恩，并没有落井下石，相反还以最隆重的礼节为袁世凯举行了国葬。袁世凯遗体入殓时，头戴平天冠，身穿祭天大礼服，俨然“大行皇帝”
的模样。段祺瑞还通令全国下半旗志哀，禁止人民娱乐活动一天，出殡那天段祺瑞亲自执绋送葬，在101响礼炮声中，他将袁世凯的灵柩一直送到彰德，安葬于袁世凯老家洹上村东北的太平庄。
老大走了谁当家
袁世凯一死，为人清廉、敢担责任，具有反袁称帝的良好声誉，长期主管军事教育并把握军政多年，在北洋集团内部培植了一个以他为首的强势派系——皖系的段祺瑞迅速接管北京中央政府的全部军政大权，从实际上承继了北洋军阀领袖地位，就势登上总统之位似乎顺理成章。但是，政治向来都是复杂的，集大权于一身的段祺瑞想当总统，却面临几个难题。
首先，西南六省还处于独立状态，护国军没有撤兵，南北议和的条件是必须推举黎元洪为大总统。按说黎元洪跟西南军阀毫无关系，为什么他们如此热心推举黎元洪，还是一个利益分配的问题。西南军阀们其实个个都想做大总统，但首先他们内部意见就不一致，你干我反对，我干他反对，他干你又不同意，得，干脆谁也别做。但让北洋军阀中任何一位出来做大总统，西南军阀们是绝对不会同意的。黎元洪既不是西南同道中人，也不是北洋系，又能为各省各派接受，是现成的最佳人选。用一句话说，黎元洪不是最好的，但却是最合适的。
另外，北洋内部也同样派系林立，互不相让。徐世昌、冯国璋都有出任总统的实力。徐世昌是老官僚，在北方政界的声望高于段祺瑞；江苏将军冯国璋虽远在江苏南京，但手握重兵。只是他俩和段祺瑞一样，都没有袁世凯那样在北洋派中独一无二的威望和能力，无论谁继任总统，都可能引起北洋派的大分裂，从维护北洋系利益出发，这是段祺瑞等人所不愿看到的。
再一点，重要的是帝国主义国家也在此时表了态：6月6日上午10点袁世凯死，下午1点各国驻京公使就表示他们欢迎黎元洪继任大总统，并声明给予他道义上的支持，在此情况之下，黎元洪出任总统势成必然。
还在袁世凯将死未死的时候，段祺瑞就已经在考虑善后问题了。他主持召集幕僚整整开了一夜会，商讨要不要让副总统黎元洪继任总统。段祺瑞拿着笔，考虑了一夜，想不出好主意，最后把笔向地上一甩说： “好吧，把他接来吧！”然后他派人分别征求了冯国璋和徐世昌的意见。冯国璋看段祺瑞都不出来做，自己更没有可能，而黎元洪本来就是副总统，顺理成章的事情，所以表示支持。徐世昌当然也想自己做，但考虑自己的实力不如段祺瑞，人家都不做，自己要想上位难于登天。于是他对段祺瑞说： “我对黎元洪接任总统没意见，但别人答不答应不好说，要是有人捣乱，北京秩序最好由段祺瑞来主持。”
段祺瑞又是一番纠结，最后咬咬牙一狠心说：“你既然这样说，那就这样吧！”
徐世昌的担心不是没有道理的，事实上袁世凯的死讯刚一传出，北京的形势就一片混乱：当官的纷纷挟私出逃，老百姓怕有变乱，都关门闭户。更有许多人逃往天津，以至开往天津的火车上，乘客比平时多了三倍，临时加车也不够用。而京城中外国人开的寓所爆满，有钱人一个个把财物转移到东交民巷，这种场面往往意味着大祸将至，首都要乱。段祺瑞在这个时候站出来力挽狂澜，维持了北京的秩序，连孙中山都发来电报赞扬段祺瑞勇于负责的精神，梁启超更是不吝溢美之词！这让段祺瑞的虚荣心很是满足了一下。
得意归得意，该做的事还得做。稳定住北京后，段祺瑞便拉着张国淦到黎元洪的副总统府。张国淦是湖北人，因为跟黎元洪是同乡，能得到黎元洪的信任，以前袁世凯就老是拉着他做说客，现在段祺瑞依样画葫芦，做黎元洪的工作，还非得他张国淦不行。
段祺瑞和张国淦上了汽车，段只对司机说了声“东厂胡同”，以后一路上不发一言，表情严肃。待到了东厂胡同黎元洪家门口，张国淦抢先进去报告：“总理来了！”
黎元洪已经知道袁世凯死了，这时一听段祺瑞来了，他忙出来迎接。段祺瑞首先向他鞠了躬，然后进屋坐下来；黎元洪在另一头坐着，两人相对而视却都不说话，张国淦更不便启齿，就这样三人演哑剧似的呆坐了半天。
段祺瑞在想什么？他在想袁世凯生前曾对黎元洪说过这样的话： “今日之我，为的是将来之你。人多颂扬我的才，我看还不如你的福。”老袁自我吹嘘就不计较了，毕竟人已经故去，人死为大。但这个黎元洪的运气也实在是太好了，武昌革命本来就没他什么事，是被人拿枪逼着干的，可是人家就是有福，莫名其妙、稀里糊涂地就当上了大总统。他段祺瑞一步步地奋斗，好几次都差点丢了性命，现在终于看到了黎明前的曙光，内外部条件都有利于自己，可是却依然登不上权力的最高峰，那个郁闷啊！
段祺瑞看着眼前这个胖乎乎的黎元洪，怎么也开不了口说出那句也许将来会后悔的话。他也知道，这个人再怎么废物，自己还是不得不扶他起来。
沉默良久的段祺瑞突然站了起来，依然一言不发地同黎握握手，用了一种巧妙的方式结束这场哑剧。他对张国淦说： “黎总统这里没有人，你就在这里帮忙吧！”这就等于向黎元洪发出了邀请函！他想象中黎元洪应该是极度兴奋感激不尽的，没想到占了天大便宜的黎元洪却说出一句话： “我干不了，你找别人吧！”我的天，段祺瑞快崩溃了，你以为谁愿意找你呢！多少人求都求不来的事，你倒好，拿起架子来了！其实他误会了，黎元洪还真不是拿架子，他知道自己的实力，有那么多北洋系的人在等着呢，再怎么也轮不到自己。他知道，段祺瑞也是不得已才找自己，他姓段的可以为了大局牺牲一下，可北洋派中的许多军人却想不通。也的确如此，当天晚上位于府学胡同的段宅里就到处挤满了军人，他们都是反对黎元洪做总统，要求段拥护徐世昌出来的。
黎元洪想知道究竟有多少人支持自己，便让张国淦去打听段祺瑞对军人闹事的态度，其实他是非常担心的。张国淦便把黎元洪的担忧告诉段祺瑞，段祺瑞气冲冲地说： “用得着他担心吗？我主张姓黎的干，我说了就不会变，不管有什么天大的事，我姓段的一力担当，与姓黎的不相干。”
经段祺瑞向军人们一再解释，约到夜里三点钟左右，这些军人逐渐散去。为免节外生枝，段祺瑞又一再在公开场合表示他支持黎元洪，并于7日上午亲率各总长出席黎元洪的就职典礼。