由于这件事影响实在太大，袁世凯自己也兜不住了，全国人民要求查明真相、惩办凶犯的呼声一浪高过一浪，国会也召开特别会议，责成尽快破案。案情并不复杂，很快查明，凶犯就是武士英，而他的幕后则是上海青帮头子应桂馨，应桂馨又供出了洪述祖，这就不用往下查了。一时间群情激奋，舆论滔滔，袁世凯一看事闹大了，不好收场，为了丢车保帅，只好牺牲赵秉钧这位忠心耿耿的马前卒了。于是赵秉钧因为宋案“引咎辞职”，袁世凯立马批准，同时任命段祺瑞为代理总理。
民主共和的概念，说起来容易做起来难。段祺瑞这位从晚清政治漩涡中走出来的政治家也不例外，从个人操守上说，段祺瑞不愧为北洋时期不可多得的清官，个人生活简朴，从来不以权谋私，也没有什么特别不良的嗜好，唯独有一样东西，是段祺瑞一生追求的，那就是权力。
段祺瑞的性格刚烈耿直，性如烈火，而且做事情向来独断专行，根本容不得别人在他面前指手画脚。他在做代总理时，除了必须参加的国务会议外，从不到国务院办公，有时甚至连国务会议也不参加，因为他从来就没有将国务会议放在眼里，每天都在自己的办公室办公，而他处理的也主要是军事问题。国务院秘书长张国淦不主张对南方用兵，认为北方军力虽然强过南方，但现在民国了，民众的民意是支持和而不是战，应当考虑民意的向背。
段祺瑞一听大怒，就像老师训斥小学生一样板起面孔斥责：“你不过是个文人，军事的事你懂什么，闭上嘴吧！”堂堂的中华民国国务院秘书长竟然被人毫不客气地剥光了面子，盛怒之下的张国淦气得立即递了辞呈。袁世凯知道了赶紧挽留，因为张国淦是湖北人，南北议和时是湖北省代表，袁想借张充当他和黎元洪之间的桥梁。可段祺瑞对张国淦一百个不满，连老袁的面子也不给，干脆派自己的秘书卢弼代理秘书长，把张国淦一脚踢出了国务院。
段祺瑞大权在握，我行我素，从来就不把国会当回事。当时段祺瑞主持推动“善后大借款”的决议，为了弄清楚这～决议的本质和其他细节，国会两院要求国务员接受质询，但是段祺瑞竟然派兵封锁了出入国会的道路，荷枪实弹全副武装的士兵包围了国会会场，气氛一下子紧张万分。议员们一辈子都没见过这样的阵势，开始心里打鼓。这时候段祺瑞一身戎装，威风凛凛地走进会场，士兵们全体立正，口令山响，而段祺瑞神态自若，微笑颔首，向士兵们挥手致意。议员们面面相觑、目瞪口呆，好半天回过神来，才有议员战战兢兢提出今天的主题，要求解释借款案。段祺瑞却倒也痛快，给出了最简洁的解释：“这事已经是生米煮成了熟饭，没必要再议了！”一席话落，斩钉截铁，从此再也没有人敢提出异议。
为了集大权于一身，袁世凯一直在积极备战要解除国民党的武装，在孙中山的指挥下，李烈钧于7月12日占领江西湖口，组织讨逆军，发布《讨袁檄文》，宣布独立。“二次革命”就此开始。接着，安徽、广东、福建、湖南、四川及上海先后响应革命，宣布独立。
但天下之事往往就是这样，新生事物要想获得成功，总是要付出代价的，我们现在有一个特别好听的名词叫做“交学费”，国民党因为政治上还不成熟，内部缺乏统一领导，很快被袁世凯各个击破，大权独揽的袁世凯现在可是神气十足，决定要把自己的临时大总统变成正式大总统。怎么变？民国了，不是皇帝时代想怎么干就怎么干，还是要走一下形式的，选举吧！袁世凯做事情向来不犹豫拖拉，为了在最短时间内完成选举，他都懒得费工夫游说这个那个人了，直接用大把的银元收买，很快袁世凯如愿以偿，被国会选举为正式大总统。
现在的老袁已经不是前清时期的一人之下万人之上了，而是真正的中华民国第一人，集大权于一身，按说应该满足了吧，但这就是政治家与老百姓的区别。即使是这样，老袁仍然忧心忡忡，他担心什么？担心有人随时取代他。现在毕竟是民国，共和了，他这个总统又不是皇帝，哪天一不小心差两票就给选下去了。放眼全国，能跟他争位子的人能有谁？孙中山的国民党人都跑了，剩下还有一个人有资格：副总统黎元洪。
黎元洪不是北洋嫡系，他以副总统之位兼湖北都督，湖北这地方向来有九省通衢的说法，其地理位置非常重要，而且黎元洪还有“开国元勋”之声誉，这个人有地盘、有军队，还有政治影响力。袁世凯对他怎么也不放心，于是就想把黎元洪调到自己能掌握的地方，所以，在他当选正式大总统之后，干的第一件正经事就是请黎元洪进京。黎元洪不是傻子，知道自己一离开了湖北怕是这辈子都回不来了，因此一再拒绝。软的不行来硬的，袁世凯干脆来了个“霸王请客”，派段祺瑞亲到武汉“迎驾”。
段祺瑞办事也够干脆的，他到湖北只待了一天，说是第二天就要回京，中国人是很讲究礼节的，朋友要走怎么也得去送送吧，黎元洪于是去送他过江，没想到这一送成了“肉包子打狗”，到了火车站，黎元洪自己反而被送上了车，段祺瑞却下车回到了都督府。黎元洪在袁世凯的谋士陈宦押解式的陪同下，乘专列赴京。黎元洪还在路上，命令段祺瑞为湖北都督的公文就下来了，湖北这么个好地方就这样轻而易举地变成了段祺瑞的地盘。而黎元洪一到北京就被袁世凯客气地安置在北京新华门内南海瀛台居住，虽不算是软禁，但黎元洪离开湖北就成了无本之木，袁世凯自然再也懒得理他了。
飞乌尽，良弓藏
现在天下是袁世凯的了，放眼全国再无对手，接下来该干点什么呢？我们想不到，袁世凯想到了，那就是他部下兼亲戚段祺瑞。
袁世凯是以北洋军发家的，深知掌握军队对统治者来说就是掌握了自己的命根子。
段祺瑞自北京政府成立起，就历任各界内阁中的陆军总长，等于是掌握袁世凯命根子的人。段祺瑞自从镇压“二次革命”后，他主管的陆军势力膨胀，陆军部范围内的大事段祺瑞往往自作主张，其门生、故旧迅速得到提拔、重用，像被人称作“小扇子军师”的徐树铮做了陆军部次长；人称“四大金刚”的靳云鹏任山东都督；吴光新升了陆军中将；傅良佐做了总统府军事处处长；曲同丰为将军府参军，段祺瑞不带兵但可控制的兵能左右大半个中国，尤其是北京城。这使袁世凯感到了隐隐的威胁。
如果段祺瑞死心塌地追随自己倒也罢了，偏偏这位段大爷生就一副臭脾气，他性格耿直，遇事一般不轻易表态，但是他一旦表了态，你要是不听那就麻烦了。就是在袁世凯面前，老段这脾气也丝毫不改。逼急了他还敢跟袁世凯拍桌子，袁世凯觉得想完全驾驭段祺瑞是不可能的，为了剪除后患，袁世凯开始一步步限制段祺瑞。
1914年5月8日，袁世凯撤销了总统府军事处，下令成立“大总统府陆海军大元帅统率办事处”，侍从武官长荫昌、王士珍、陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄、海军司令萨镇冰、参谋次长陈宦、原云南都督蔡锷一律为办事员。办事员轮流在处值班，王士珍主持常务，一切军事要政都由当值办事员呈袁世凯定夺。表面上看来，陆军、海军、参谋三部的军事集中统筹，实际上袁世凯是要总揽所有军权。段祺瑞一眼就看出了老袁的用意，心里非常生气。
一次开会，段祺瑞自始至终绷着脸不发一言，当袁世凯提出让王士珍担任陆海军大元帅统率办事处的座办时，问段的意见，段祺瑞气鼓鼓地说：
“行，总统要办的事还有不行的？”袁一看段这态度，为免过分激怒他，事后也找到他向他解释，但无论如何，段祺瑞是知道袁世凯对他不信任了。他干脆来了个消极抵抗，不但经常借故不参加统率办事处的会议，连陆军部的部务也全交给次长徐树铮代办。
接着，袁世凯下令把各省的都督改称为将军，督理本省军务，其性质为统率办事处派出的驻地军事指挥官，“有特殊功勋者”封为“上将军”；另外，他在北京又建了将军府，专门安置没有地盘和军队的闲散将领，这既是“安慰奖”又利于控制自己信不过的将领们。段祺瑞就被封为“建威上将军”，兼管将军府事务，名声虽好听，但段祺瑞的实权没有多少。
袁世凯为了重新造就一批绝对服从自己又有新军事才能的军人，也为树立长子袁克定在军队中的威信，决定在统率办事处下另行编练模范师，由王士珍、袁克定、张敬尧、陈光远为筹备员，并先成立了相当于一个混成旅的军事模范团。
第一期模范团，袁世凯为培养接班人，想让长子袁克定来做团长，于是找段祺瑞商量。段祺瑞毫不客气地说：“我看他不行吧。”袁世凯早就习惯了段祺瑞这臭脾气，他努力克制自己，极力说服，但谈了半天，老段硬是不同意，袁世凯也冒火了，最后甩出一句：“你看我行不行呢？”这下子段祺瑞才不吭声了，于是第一期模范团的团长就由袁世凯自兼，段祺瑞口头上不说什么，心里直生闷气。别人生闷气可能看不出来，段祺瑞却不一样，他一生气鼻子会歪到一边去（关于这一点，倒是查过不少相关书籍，但是没有发现与之相似的记载）。
直接导致袁世凯下定决心解决段祺瑞影响力的，是蒋方震事件。
蒋方震，字百里，浙江海宁州人。他是日本士官第三期毕业的，在第三期中国留学生毕业考试中名列第一，回国后又被派到德国留学深造。蒋方震是个军事理论家，不问政治斗争，他雄心勃勃地提出了一整套的军事教育计划并拟制了军费预算，但遭到了陆军部军学司司长魏宗瀚搁置不理。
魏宗瀚是北洋军官速成学校出身而被段祺瑞安插在陆军部里。当时的中国军界人物里，北洋速成派跟日本士官派的明争暗斗很激烈，这两派的幕后老板分别是段祺瑞与袁世凯。所以，段祺瑞不喜欢的人，魏宗瀚也不会在乎。
蒋方震见自己的计划久未得到回音，便托总统府军事处的副处长傅良佐打听，魏宗瀚推说日后再议。又过了一段时间，蒋亲自找到魏追问，魏宗瀚干脆连推脱都省了，直接告诉他，这事不批。
蒋方震说，这事已在全校师生会上宣布过了，总统和军事处也都赞成。
魏宗瀚更不客气了：“那你找我干什么？找总统去吧！”蒋方震气得浑身颤抖，回到军校召开大会，向大家说明了整个事件的来龙去脉，越说越伤心，越说越气愤，突然他掏出手枪就向自己开枪，当时身边有人反应快，赶紧伸手推了他一下，子弹从身体表面擦过，没有击中要害，经医院全力抢救终于脱险。
造成蒋方震自杀的前因后果，袁世凯心知肚明。表面上他超然事外，没有追究魏宗瀚，但在暗地里，袁世凯却加紧了清除段祺瑞势力的步伐。山雨欲来风满楼，平静的背后，政治较量却是波涛汹涌！
袁世凯第一个想除掉的，就是段祺瑞的第一智囊、人称“小扇子军师”的徐树铮。
徐树铮其人
徐树铮，字又铮，曾用名徐则林。他也真敢取名，反过来念就成了林则徐，只不过人家林则徐是历史知名的政治家，其文才武略早已是名留青史，而他徐树铮不过是一介籍籍无名的秀才而已。
袁世凯做山东巡抚编练新军时，小徐慕名投奔。他献给袁的见面礼是一纸万言书《国事条陈》。袁世凯看后觉得这个才22岁的青年人的确才气逼人，见解不凡，也有心接纳，但阴差阳错，最后小徐投袁未成。就在他失意彷徨之际，偶然机会他结识了其时正在袁世凯手下任武卫右军炮队统带及随营武备学堂总办的段祺瑞，段非常赏识他，让他当秘书，从此结下了不解之缘。
段祺瑞在保定办军事学堂时，徐树铮虽然只是个文职幕僚，却天天和士兵一道操练，段祺瑞因此称赞他“艰苦卓绝，志趣异人”，并于1905年送他到日本士官学校步兵科留学。回国之后，自负文才武略样样精通的他就一直跟随段祺瑞，成为段跟前不可或缺的人物。
士为知己者死，小徐一生的确对段祺瑞忠心耿耿，从来没有二心。而段祺瑞对徐树铮也给予了少见的信任，可以说，在国事和军事上段祺瑞做出的每一项重大决定，都有徐树铮的影子。
这个徐树铮的确也颇有真才，据说他的记忆力非常好，可以说是过目不忘，什么公文、条例，他既看得快，又记得熟，只要段祺瑞一问他，他总是对答如流。段祺瑞对徐树铮的提拔也是连升三级，很快就让他做到了自己的副手，一人之下万人之上。并且他还特别欣赏小徐，基本上是言听计从，真不知道徐树铮给段祺瑞吃了什么迷魂药。更让人难以理解的是，段祺瑞对徐树铮如此高恩厚义，徐树铮对段祺瑞却并不是言听计从，段祺瑞吩咐下来的事，徐树铮不喜欢的就直接驳回，不想办的事情就扔在那里理都不理。就是这样，段祺瑞居然好像并不怎么生气，按他的脾气绝不应该是这样的。想必段祺瑞和徐树铮是“王八瞧绿豆——对眼了”，因为段祺瑞也是这么个倔脾气，顶撞起袁世凯来也是一样的！
有一次，袁世凯的大儿子袁克定想在陆军部安插个熟人，就随便跟段祺瑞打了个招呼。在袁克定看来，这种事对段祺瑞来说还不是举手之劳吗，可过了好些天也没动静，原来段祺瑞对袁世凯父子在陆军部安插人很不满，这次就没办。当袁克定再次找段，段推说已交徐树铮去办了。袁克定便让被推荐的人去找徐树铮查问。
徐树铮正在开会，就叫这人等几天再来。几天后，这人又来了，徐树铮打发他说：“你去查查批文吧。”