进出境动物和动物产品检疫结果的判定主要是指实验室检验结果的判定。检疫结果是出具检疫证书的科学基础，检疫证书是检疫结果的书面凭证，检疫结果的判定和出证是确定动物及其产品是否符合有关规定的必然要求和最终表现，是对进出境动物与动物产品放行、进行检疫处理和货主对外索赔的科学依据。
§§§第一节检疫结果判定的依据
一、检疫结果判定的依据
1.国际标准
世界贸易组织规定，在动物卫生领域的国际标准采用国际兽医局（OIE）制定的标准，《陆生动物诊断试验和疫苗标准手册》和《水生动物诊断试验手册》，包括OIE的所有A类和B类病的诊断方法和判定标准。
2.双边协议
目前，我国已和50多个国家签署了近200个进出境动物和动物产品检疫议定书（双边协定），如与朝鲜、阿根廷、前苏联等签订的动物检疫及兽医卫生合作协定，与德国、英国、日本、丹麦、新西兰、加拿大、法国、美国等签订的进（出）口动物检疫单项条款，与丹麦、新西兰、澳大利亚、美国等签订的动物检疫备忘录，与南非、摩洛哥、斯洛伐克、马其顿等国家签订的动植物检验检疫合作议定书等。在这些议定书中，明确规定了各种疫病的诊断方法和结果判定标准，缔约双方开展检疫时，必须严格遵循议定书中规定的方法和判定标准。
3.国家标准
全国动物检疫标准化技术委员会负责组织制定、修订和审定动物检疫和动物卫生方面的标准。目前有关动物检疫和动物卫生方面的国家标准达数十个。
4.检疫规程
贸易双方无检疫议定书，又无国家标准可供依据时，可参照国家质检总局制定的检疫规程。
二、检疫结果的判定
检疫结果的判定将决定检疫处理的方式，而检疫处理不仅直接关系到动物疫病传入、传出国境，而且牵涉到进出口商的利益。这就要求试验结果判定者不仅要具备很高的技术水平，还要具有科学的态度和高度的责任心，对试验结果进行客观公正的判断。将阳性判为阴性，会造成动物疫病传入或传出国境；将阴性判为阳性，进口的动物和动物产品就要做退回或销毁处理，不仅影响对外贸易的发展，而且有损于中国检验检疫机关的形象。任何一项检疫结果都必须具有可重复性，当进出口商或国外检疫当局对检疫结果有疑问并需要复查时，检验检疫机关不仅要出示原始检疫记录、试验操作规程、结果判定标准，而且还要对原有样品进行复试。只有公正客观地对检疫结果进行判定，才能公正地执法。
§§§第二节检疫出证
检疫出证包括出具检疫证书和证单两种形式。一般证书用于对境外官方出具，证单用于对境内有关部门和团体出具。证书多使用中英文表述，证单用中文表述。证书和证单格式均由国家质检总局统一设计印制。
出入境动物、动物产品的检疫证书由授权的检疫官签发，加盖口岸出入境检验检疫机构印章方为有效。检疫证书一般采用一份正本、四份副本对外签发，检验检疫部门除留一份副本存档外，其余均交报检人。特殊情况如信用证指明必须两份或以上正本的，经审批后可以签发，但必须在证书备注内声明“本证书是×××号证书正本的重本”。
检疫证书一般使用中文签发，如货主或其代理人有特殊要求需要使用其他语言签证的，也应尽力予以配合。应申请人要求签发两种语言语种证书时，签发多语种证书必须中外文对照编制，以避免产生误解。对于证书的重要栏目，如数量、重量等的数字左右加上限制符号“-”。证稿应符合有关法律法规，符合国际贸易通行规范，用词明确、恰当，文字通顺，并按照规定的证稿规范拟制。证书的证明内容编制结束后，应在下一行打上8个结束符号“*”以示证书正文内容结束。所有与检疫内容无关的项目，应加注在证书结束符号以下的备注栏内。用于对外索赔、结算等的检疫证书须在备注栏内加注检疫费用。
出入境动物、动物产品一般应以检讫日期作为对外签证日期，证书超过使用有效期限后，则视为自行失效。换证凭单以标明的有效期为准。
检疫证书发出后，如须更改或补充内容，应由报检人填写《更改申请单》，收回原签发的证书后，经施检部门审核同意，重新签证；如果已签发的证书正本或副本遗失，报检人必须书面说明理由，经法人签字、加盖印章，并在指定的媒体公布声明，经审核后方可重新签发证书。更改、补充或重发的证书沿用原证编号，更改证书（REVICION）在原证编号前加“R”，补充证书（SUPPOEMENT）在原证编号前加“S”，重发证书（DUPOICATE）在原证编号前加“D”；并根据情况在证书上加注“本证书系×××号证书的重本，原发×××号证书作废”。经检疫合格的动物、动物产品，货主或其代理人可凭施检部门的检疫结果或签署的意见，到检务部门签发通关单予以放行。
一、入境动物的出证
入境动物抵达时，货主或其代理人凭检务部门签发的《入境货物通关单》与施检部门联系进行现场检疫、卸离或运输工具熏蒸、消毒处理，并出具《熏蒸/消毒证书》。
经隔离检疫、实验室检疫、综合判定后，至少在检疫期满前2d将检疫全部记录、检疫结果报送施检部门领导，经审查无误后出具证单。
检疫合格的或经检疫处理后合格的，出具《入境货物检验检疫证明》，证稿由施检部门检疫人员签字，主管人员核签，予以放行。检疫不合格的，发现疫情以及不符合双边协定或贸易合同需对外索赔时，出具《检验检疫证书》，其证稿必须由施检部门的负责人审核，并由授权签字人签字。
遇到以下几种情况其证稿应由施检部门负责人召集相关人员进行讨论并报告主管局长核定，并依据有关的法律法规进行检疫处理，出具《检验检疫处理通知书》，通知货主或其代理人，在检疫机关监督下做检疫处理。
（1）案情本身复杂、索赔数额较大或损失折价较大的；
（2）其他机构检验或由用货单位自行验收，其结果与检验检疫机构相差较大的；
（3）转给其他检验检疫机构办理异地检验检疫后需要改变原检验检疫机构评定意见的；
（4）涉外资产价值鉴定核定价值与报价相差较大的。
二、出境动物的出证
检疫合格的动物在离境前，由口岸检验检疫部门做最后一次临床检查，确认健康的，出具检疫证书和证单，包括《动物卫生证书》、《熏蒸/消毒证书》和《出境货物通关单》。货主凭证单向海关办理动物出境手续。出境动物证书一般以检讫日期为签证日期。检疫证书的证稿必须由动检部门负责人审核，授权签字人签字；检疫不合格的动物，出具《检验检疫处理通知单》，由经办人拟证稿签字，施检负责人审核签字并通知货主或其代理人，在检疫机关监督下进行检疫处理。
动物装运前要对运输工具、装运场地进行消毒处理，对运输途中所用的草、料和铺垫材料检疫或检疫处理后，出具相应的《植物检疫证书》或《熏蒸/消毒证书》。
输入国没有检疫要求，不需要出具证书的，经检疫合格后，签发《出境货物通关单》，予以放行。
三、入境动物产品的出证
入境动物产品需调离海关监管区外进行检验、检疫、处理时签发《入境货物通关单》。检疫合格的动物产品出具《入境货物检验检疫证明》，由检疫人员签字，主管人员核签，同意入境加工、使用或销售，对其运输工具进行消毒处理后，出具《熏蒸/消毒证书》，准予放行。
检疫不合格的，在索赔有效期内（一般在货物到达口岸时起40d，或者在贸易合同中订明索赔期限）出具《检验检疫证书》，其证稿由施检部门负责人审核，授权签字人签字，关系到几个部门的，应进行会签，以此作为对外索赔的依据。检出我国进境动物一、二类传染病、寄生虫病体时，出具《检验检疫处理通知单》，由施检部门负责人签字并通知货主或其代理人，在检疫机构的监督下做防疫、消毒、除害、销毁或原包装退回处理。
属于一批到货分拨数地（分港卸货或异地检验检疫），口岸检验检疫机构只对本港卸下的货物进行检疫，先期卸货港的口岸检验检疫机构应出具《入境货物检验检疫情况通知单》，将检验检疫情况汇总其他分卸港或异地检验检疫机构，此单一式两联，一联本局存档，一联交异地局。此单仅限于检验检疫系统内部使用，货主可凭口岸检验检疫机构出具的《入境货物通关单》，办理运输手续。在分卸港实施检疫中发现疫情并必须进行船上熏蒸、消毒时，由该分卸港的口岸检验检疫机构统一出具《熏蒸/消毒证书》，并及时通知其他分卸港的口岸检验检疫机构。需要对外出证的，由卸毕港的口岸检验检疫机构汇总后统一出具检验检疫证书，由授权签字人审核后签发。
四、出境动物产品的出证签字
出境的动物产品经检疫合格的或经除害处理后合格的，依据输入国家或地区和中国有关检疫规定、双边检疫协定以及贸易合同中的要求，出具《兽医卫生证书》，其证稿由施检部门负责人审核，由授权签字人签字。证书一般以检讫日期为签字日期，有效期为21d。在启运前对其运输工具实施熏蒸或消毒处理，并出具《熏蒸/消毒证书》。对俄罗斯出口的肉产品需出具专用的《兽医卫生证书》，证书的固定内容部分（包括证语）均用中俄文对照印刷在证书上，空白内容由出证的口岸检验检疫机构根据实际情况用英文打印。
检疫合格或经卫生处理后合格，不需要证书的，签发《出境货物通关单》和《熏蒸/消毒证书》，予以放行，货主凭此单通关。检疫不合格通知货主或其代理人又无有效方法做除害处理的，不准出境，并出具《检验检疫处理通知单》，通知货主或其代理人，在检疫机关监督下做检疫处理。
分批预检并批出口的动物产品，由施检部门做出结论并拟出证稿，授权签字人签字，由检务部门办理并批出口通关和出证。分批出口的预检动物产品，经动检人员查验合格后可分批通关或出证，在《出境货物换证凭单》上核销本批出口货物的数量并留下影印件备案，原《出境货物换证凭单》由检务部门退回报检人，供以后继续出口换证之用，待本批预检货物全部出口完毕后收回《出口货物换证凭单》存档。