实验说明这三等份是一种物质中同样的、相等重量的原子与其他物质中不同重量原子的结合。（拿水来说，它是由一个氧原子与两个氢原子结合起来的。）这种原子模型有助于解释道尔顿在化学实验中所看到的现象。
关于原子的存在，还有更多的证据。当你通过显微镜观察水中的小颗粒，比如花粉微粒时，你会发现它们在抖动。为什么呢？科学家推理说，也许它们正在受到移动的原子的冲击，或者原子被聚合到分子中。（这里的分子是指水分子。）
相信原子存在的科学家们认为，原子是一些带电荷的粒子，呈现很小的球形。正电荷和负电荷粒子很完美的结合在一起，使整个原子成为不带电的中性。但是新西兰科学家欧内斯特·卢瑟福，在1907年通过一些实验证明，这种设想并不是完全正确的。
卢瑟福把带正电荷的粒子快速射到金箔上。他设想这些粒子应该全部穿过金箔。结果只有一部分穿过金箔，而其他的却反弹了回来，就好像被金箔中的什么东西用力击退了一样。卢瑟福大吃一惊，他说这好比你对着一张纸发射出一发炮弹，结果被反弹回来打到自己身上！
卢瑟福的这个实验让原子的存在得到了进一步的证实，也揭示了原子应有的形态。这说明正电荷和负电荷并没有混合成一个同质的球体。另外，除非它们遇到完全不带电的球体，带正电荷的粒子是不会被击退回来的。
反而，在原子的中央有一团颗粒，是由带正电荷的质子和不带电的中子组成的。相隔较大的距离，带负电荷的电子围绕着这个原子核运转。由于正负电荷相互抵消，整个原子就成了中性的，它不含有电荷。
但是原子核本身是一团正电荷。卢瑟福实验中的一部分正电荷粒子在射入时，距离金箔带正电荷的中心相当近。因为正电荷相互排斥，靠近原子中心的粒子就反弹回卢瑟福的身上。这对他发现原子的结构提供了重要的线索。
现在，科学家们认为质子和中子是由一些更小的粒子组成的，叫做“夸克”。
夸克是用来说明原子运动方式的一种更加崭新的模型。就如同科学家当初试图寻找原子存在的证据一样，当代的科学家们正在努力去证明夸克的存在。
观察原子与让原子运动
虽然科学家们早就知道了原子的存在，但是在很长一段时间里，却因为无法真正看到它们而感到沮丧。而现在的科学家可以通过一种叫做“扫描隧道显微镜”（STM）的特殊仪器，从电脑屏幕上观察实际存在的原子的图像，也能让真正的原子在物质表面上运动。
使用一般的显微镜是看不到原子的，因为它们非常微小——只有一英寸的4到16十亿分之一。你手上的一根细细的汗毛，都比原子要粗上百万倍。我们用可见光也无法将原子照亮，因为一般的光的波长是它本身原子的2000～2500倍。
但是使用STM的话，我们就可以看到原子了。它是一种电脑化工具，有着一个能在物质表面上细微移动的针尖。随着针尖的运动，电子在针尖与物质表面之间的针口处跳动，产生了一股微小的电流。随着针尖与物质表面之间的距离发生变化，电流也开始改变。在原子能级中，看上去非常光滑的表面其实是崎岖不平的。针尖要经过那些在表面像山峰一样凸起的原子，计算机通过生成原子的影像，来绘制物质表面的图像。这样，我们就能“看到”原子了。
科学家们同样可以使用STM来操纵原子。首先，他们把原子冷冻到大约零下453华氏度，这几乎接近了科学家们所说的“绝对零度”，这时原子几乎不再运动了。就像你用一块磁铁去移动一个别针一样，不用碰到它，科学家用STM的针尖轻轻推动原子，把它们排列成字母的形状。这些字母就像一种盲文，只有STM才能读得懂。
气体分子，它很有可能是氮气分子。空气中氧气的含量达到77%，氧气则占21%多一点，其余的部分是由其他气体和一些水蒸汽组成的。
上面说的其他气体包括二氧化碳（用来制造汽水）、氖气（用于电力照明）、氦气（用于热气球）、甲烷、氪、一氧化二氮（又称“笑气”，经常被牙医使用）、氢气、臭氧和氙气。
这些常见或罕见的气体分子，适度而均匀地混合在空气中。（虽然大多数臭氧都集中在15英里以上的薄层之中。）它们以每小时700英里～3000英里的速度从你我们周围呼啸而过，但由于体积过小，人类的肉眼是无法看到的。也许就在你阅读这一句话的时候，一个氪气分子正从你的鼻子上快速穿过呢。
分子是一串串的原子，就像葡萄一样。挤在一起的原子越多，分子的体积也就越大。（一个水分子中含有两个氢原子和一个氧原子。但是一些大的分子，比如人体细胞中的DNA，是由数千万个原子组成的。）