意大利之旅
歌德假扮成商人，坐着马车，从魏玛出发，一路向南。当时歌德最感兴趣、最关心的是绘画艺术，他对这种通过变化莫测的光线来展现无限想象力，并体现种种现实景象和思绪的艺术形式表现出莫大的求知欲。曾经在意大利接触到的古罗马文化，经历过的充满活力的民众生活，无一不诱惑着他通过这些恢复原来的活力。用另一种眼光来看，也许他渴望灿烂的阳光和色彩鲜艳的风景以及热情美丽的南方女性，所以就放下一切前往意大利。歌德在日记上，曾经详细地写下了途中的观感：
波西米亚是一片肥沃的盆形洼地，这片美丽丰饶的土地被缓缓倾斜的丘陵所包围，丘陵上到处是广阔的林地，这里的土质稍显破碎。此处地势虽高，但土壤肥沃，风景怡人。
这段描写，反映出歌德在这次旅游中，一改从前幻想与感性的主观意识，而开始客观地用眼睛观察、欣赏艺术品及风景画。他自己也说：“我学会了尽量否定自己，努力体会目标物纯粹的内在本质。我此后将忠实地遵守这个原则。”
歌德一路上行色匆匆，拼命赶路，每天黎明就动身，夜里只是和衣而卧，好像深怕有人会突然出现来阻挠他的前行。途中许多山明水秀的地方，如威尼斯、佛罗伦萨等，他都走马看花，无暇多顾，只一直向着他的目的地——罗马。
他离罗马仅剩三天路程的时候，曾觉得罗马“仍像远在天边，这般遥远”。由此可见他心中的迫切。
1786年10月底，歌德终于到达罗马了。
我终于抵达这古代的世界之都——罗马。如果在15年前，我一定会因为有最好的同伴和深具思考力的向导同行而庆幸不已，但现在，我是独自一人，用自己的眼光来看这个都市。虽然如此，我却有些庆幸自己来晚了15年。在罗马，我的心情是这般宁静。
我用自己的眼睛，印证记忆中熟识的印象，开始了新的生活，将我年轻时代的梦境，变成活生生的记忆。幼年时代，父亲悬挂在家中的罗马系列风景画，如今已变成真实的景物，一一呈现在我眼前。我最初从铜版画、木版画、素描或石膏像等获得的有关罗马的一切印象，全部还原成原来的面目。无论我走到哪儿，都可以在这全新的世界看到我梦寐以求、似曾相识的景物。这种经验是崭新的，以往不曾有过的。
我的观察和理念并没有出现大的颠覆，因为一切都是这么熟悉。但以前那些古老的印象却被赋予了新的清晰的生命，印象与事实的重叠也是一种全新的体验。
这一次，歌德在罗马停留了四个月，罗马的艺术品和南国的风景深深地吸引着他，参观博物馆、观赏戏剧演出、参加游行和宗教祭典是他当时的生活重心。
到处都可以看见伟大和破坏的痕迹，二者并存不悖。在其他地方必须刻意寻找的特殊事物，在这儿却俯拾即得。
1787年2月，适逢罗马的嘉年华会，在这里的所有全新的经验，对于经过长期忙碌政治生涯的歌德来说，无疑是灵魂的涤净剂。
随着日子消逝，我觉得内心的枷锁逐渐解除，我得到连骨髓中的本质也跟着蜕变的经验。
歌德在好几封写给友人的信中提到自己“从内心的变化中得到了再生”。他沉醉在以前从未有过，此后也不可能再有的幸福之中，他的情感和思想不受任何束缚，自由驰骋。
我终于抵达希望中的目标，正如你们所想象的那样，我一直保持着宁静的心情和清晰的头脑。我训练自己，打开心胸，接受自然，保持眼睛的澄澈明亮，不带任何主观色彩。将一切僭越的心情抛弃，因此我得到了宁静。
我每天都可能遇到印象深刻、无法忘怀的事物，接触到伟大而珍贵的艺术，我所遇到的一切，都是以往梦寐以求，长期以来仅凭想象而不曾得到的。
今天傍晚时分，我站在巍峨耸立的宫殿废墟上遥望俯瞰。面对那些景物，我不想多置一词，也无法多置一词。现在我唯一能表达的，是我精神的丰盈与内在的坚强，这种感觉使我不再觉得世上的一切都枯燥而索然无味，喜悦之情满溢而出。
有些在罗马见到歌德的人，比如一位著名画家，他对歌德抛弃一切僭越自我观念的状态感到非常惊异，他在写给朋友的信上提到：
透过你和其他朋友关于他的描述，我自认为对歌德已有某种程度上的了解，至少按照我的想象，他应该是个热情洋溢的人，但是这一次见面，你绝对无法想象，我从他身上竟然感受到宁静安祥的气息。更令我感到意外的是，他对任何事物都非常熟悉，在任何场所都自由自在。他的生活状况十分简朴，他与我合租一个房间，并且只要求一些非常简单的食物。
现在，他正住在那个房间里，早上九点以前，他埋头写作。之后，便外出参观罗马伟大的艺术。由此可见，他的生活是多么真实而简朴。
除了艺术家之外，他从不与俚俗的人打交道，他很少外出拜访朋友，也几乎没有什么访客。
1787年2月到6月，歌德离开罗马前往意大利南部旅行，以那不勒斯为歇脚处，参观了庞贝城遗迹等地。他在这些遗迹当中看到了古代人的理想、美感、纯洁、自主与平衡感。追求“静寂”和“纯粹”渐渐成为他日常生活的原则。不久之后，歌德决心放弃做画家的志愿。在离开意大利的前一个月，他将文学确定为自己终生的使命。
这期间，歌德还曾与传授他水彩画的画家一起前往西西里岛。此次旅行使歌德收获颇丰，他后来觉得，如果没有去过西西里岛，他心里将无法描绘出意大利的全貌。
西西里岛给歌德的第一个收获是，他对荷马的《奥德塞》有了新的理解，并计划以其中的人物为中心，写一出荷马式的古典剧，歌德后来回忆道：“在西西里后半段的旅行大部分是以完成这出古典剧为目的的。”
逗留在西西里岛的第二个成果，便是关于自然科学的研究。歌德数年以来，一直对动植物进化法则兴趣盎然，也展开了一些研究。他在西西里岛的植物园中，观察“原始植物”，从植物初生的角度，归纳发现植物生长的统一性原理，他写信给一位挚友：
我迫切地要告诉你一件事，我已发现植物生长及组织的秘密。当然，只有在西西里岛，才能完成这伟大的观察。我还有一些问题与观点尚未完全澄清，尚须努力。
因为看到了这伟大的原始植物，我更加佩服大自然的神妙。由植物进化的规律，我们可以推测植物在未来的发展。也就是说某种植物目前可能还不存在，但经过演化，将来必定会出现。这绝不是文学虚幻，而是基于一种内在的真实的必然性。由此可见，同一法则应该可以适用于一切具有生命的生物。
从意大利南部返回罗马之后，歌德又在那儿停留了一年。这“二度的罗马之行”，对他的心灵震撼远不及首次。
在这期间，歌德画了数百幅褐色素描，并且完善了以前的一些作品。戏剧《爱格蒙特》完稿，还有些作品的片断被完成。为了《爱格蒙特》的配乐，歌德经常去聆听古教堂曲。《浮士德》里有一幕充满了北方阴森气象的片断也是他在这南方明媚的花园别墅中写成的。
南国温煦的日光下，歌德完全自由而了无牵挂，他似乎感到青春的恢复，像是痛饮了青春之酒而醉了一般。他的心里时常泛起年少时的一些情绪，但这些都像回光返照般，不一会儿就烟消云散了。
终于要告别罗马了，这是令歌德最痛苦的一件事。他在最后的几天里经常浴着月光，满怀别情地徘徊在街道上。20多年后刊行的《意大利游记》中，歌德提到了他当时心中的郁闷和不舍：
最后数天，散漫而哀伤的气氛使我无法自已，除了和少数几个好朋友去散步外，我试着一个人走在长长的寂静的街道上，往昔熟悉的景物如今却似乎陌生无比。漫无目的地踱到圆形竞技场遗迹，俯伏在格子窗上，幻想曾经喧嚣繁华的情景，我无法接受自己即将离去的事实。
就在这徘徊沉思中，我为罗马之行下了一个结论。“巨大”给予人易于了解的独特印象，一种英雄的、悲壮的气氛由我内心深处涌出，逐渐地酝酿成诗的形式。
在同样的一个月光之夜，被迫离开罗马的命运，像一首宇宙的悲歌，瞬间又回到我记忆之中。往日的情景清楚地浮现在脑际，我几乎错以为时光倒流。一首尝试写作而无法完成的诗再三地使我吟哦不已……
罗马最后之夜，
凝结一夜的悲哀在心中浮现，
残存心中多少珍贵的往事，
泪珠潸潸地溢出眼眶。
尘世喧嚣逐渐静谧，
皓月高踞天空俯视夜之马车，
仰望明月寻找我们的守护神，
我眺望的眼光却停驻在……
在战争中
1788年，歌德回到了魏玛，意大利自由自在的生活过去了。在南方的欢乐岁月中，歌德沉浸在古典美的清明中，怀抱着对将来的憧憬客观地审视自己的现实生活。现在忽然回到他身为官员的旧土中，幻灭后的失望和悲哀必然一直纠缠着他的心。基于此，歌德回到魏玛后，态度变得非常冷淡，与许多朋友日渐疏离。
我从形象丰富的意大利，回到文化贫瘠的德国，仿佛由明朗的天空下回到阴郁潮湿的小角落。我在遥远的彼方所经历过的感动，以及重回现实、陌生而被遗忘所感受到的苦恼和叹息，似乎没有朋友能了解。他们不再关心我，不再慰藉我。这一切都使我陷入绝望之中。
歌德觉得被遗忘、被孤立了。最初赏识他的奥古斯都公爵，为了自己的任务长年出使在外；赫尔德觉得自己对歌德的影响力不如从前，也阴郁不快地疏远他了；施泰因夫人则因歌德意大利之行的不告而别耿耿于怀，事后总不肯谅解歌德的行为，到1789年初，二人以绝交收场。
回到魏玛公国后，歌德再度成为政府官员，不过他只接受了从前任务中的一小部分，形式上他仍是枢密顾问，但他全心贯注的，却是公国的学术和艺术设施。其中他最关心的是耶拿大学的改进，他兴致勃勃全力以赴，并时常留在耶拿大学与教授们交往。在此期间，歌德和席勒曾数度会面，但二人之间并没有产生亲密的友谊，席勒认为他们最初的疏远是因为彼此思考方式的不同：“歌德的哲学多半由感觉而来，而我却是得自心灵……”席勒一开始对歌德的印象是这样的：
经常处在歌德身边，可能会使我陷入不幸。他对亲近的朋友从不表现出感动的情绪。要探索他在想什么是件很不容易的事，我甚至觉得他是个极端自我的人。他善于观察人心，注重小节，有透视他人内心，与他人沟通但又使自己本身随时保持自由的才能；他不吝啬做善事，但却不牺牲自身。我认为这是他做人的一贯准则，简单点说就是自我主义的极致。本质如此的人，身边不应该招聚过多的人。本来我对他的才华非常倾心，但由于他的态度易招致别人的误解、怀恨，他在我心里唤起的是一种混合着憎恶与喜爱的情绪。我极想改变他的精神，却又敬慕他成熟的思想。我决定在可能的范围内，利用别人来观察他。
席勒的这种印象跟魏玛舆论界对歌德私生活的批评有很大关系。歌德由罗马回来后不到一个月，就被一个“个性极端自然”的穷苦小市民的女儿深深地吸引了。不久之后两个人便住在了一起，这个女人就是后来的歌德夫人克丽斯汀。
对于魏玛社交界的否定态度，歌德轻描淡写，用了这样一句话来回应：“我们在不经任何仪式的情形下结婚了。”这桩婚姻带给歌德安静而满足的家庭生活，当然，这是因为歌德对克丽丝汀的精神世界一无所求。同居后的第二年，也就是1789年，他们的长子奥古斯特诞生，但这唯一的儿子却在歌德晚年时，纵情酒色，客死他乡。
1791年，歌德和耶拿大学的一些教授一起开办了魏玛宫廷剧院，这个剧院两三年间便发展成为德国最大的剧院之一。可惜当时的人们对歌德和席勒的戏剧都缺乏兴趣，而是热衷于以娱乐为本位的通俗戏剧，歌德对此极为失望。
这一时期，歌德完成的文学作品也为数不少，如《罗马悲歌》等，还有一些即兴的戏曲作品。
当时歌德对自然科学的兴趣已经胜过了文学，他不再实验光学、植物学、解剖学，而是以“原始植物”的构想为基础，发展植物进化论学说。他将自己的学说命名为《植物的蜕变》。这本书在1790年出版，歌德在书中证明植物是由蕨叶的某一部分发展而来，是经过多阶段的变态才发展成现在的样子，且就种种变态加以解释。
植物萌芽、开花之后结成果实，但这些都是负有某种任务才发生的。经常改变形态以实现自然法则的是植物的同一个部分。在茎或叶长出的同时，相同功能的构造变为花萼、花瓣的形态，成为繁衍的器官，最后即发展成为果实。
这期间，歌德对骨骼学也展开了思考和研究。1790年，歌德在一个犹太人家里，偶然拾到一个羊的头盖骨。他发现动物的头盖骨，都是由类似的脊椎发展而成。
18世纪的后十年间，正是欧洲大陆破旧立新的时代。1789年爆发的法国大革命令歌德有些不安。受到植物进化论的影响，歌德认为人类社会的改革也必须循序渐进，不可诉诸暴力。
席勒、赫尔德等人很赞赏巴士底狱事件，而歌德对这种狂热的激情却极力表示反对，他认为革命性的本能解放会使一切精神文化产生危机，造成不安。此后五年间，他的一些戏剧作品，诸如《大科夫塔》、《平民将军》、《列纳狐》、《德意志逃亡者对话录》等，都针对政治暴力行为加以讽刺。
歌德关于革命的看法自然不会被民众所接受，他们不关心歌德崇尚的自然进化论，只在乎自己的权利是不是得到了保障。歌德的这些言论会招致非难也是意料中的事。