好友的忠告使贝比·鲁斯十分感动。他请来一位牧师，做了忏悔。第二天早上祈祷过后，他的情绪平静多了。手术时，医生分别把引起他眼睛、喉咙痛的神经切除，然后再接某些地方，使机能不致受损。
手术之后，又进行X光治疗，拍了许多X光片，为此贝比·鲁斯头部两侧的发根都枯萎了，护士小姐替他梳头时，他的头发差不多已掉光了。由于手术后无法吞咽，贝比·鲁斯有好几星期都是靠注射以补充营养。后来有好长一段时间，他完全没有食欲，即使吃了也食不知味，体重一下减轻了三四十公斤，他觉得自己的寿命快要到头了。对于好动的他来说，病床上的日子真是比什么都难过。
克莱尔不分日夜地照顾他，球迷们也不断写信来安慰、鼓励他。他们此时对贝比·鲁斯的关心比过去任何时候都有用。几乎全世界的球迷都非常关心贝比·鲁斯的病况，开始时他几乎不敢相信仍有这么多人记得他。因为这几年他的景况是如此凄凉，现在又一个人孤零零地躺在病床上，忍受疾病的折磨。
贝比·鲁斯住院期间所收到的球迷信件有几万封，其中约有半数是小球迷写的。他们常用铅笔稚气地写下简单的几个字：“祝你早日康复！”这些孩子恐怕绝大多数没有看过他的球赛。因为他们都是在他退休之后才出生的，可是孩子们同样把他当成朋友般安慰他，这也正是贝比·鲁斯所需要的。贝比·鲁斯这时连信都不能自己看，是克莱尔和朋友们读出来给他的听的。
拥有这么多人的关心，贝比·鲁斯下决心一定要把病治好，恢复健康以后，要像过去那样帮助那些需要帮助的孩子们。过了一段时间，他终于可以自己读信，有位少年球迷如此写着：
鲁斯先生，我们全班的同学都祈祷您能早日恢复健康。随信寄上一枚徽章，您戴上它病很快就会好了。等您的病好了以后，请您打出61支全垒打，我相信您一定能办得到的。
您的好朋友迈克
贝比·鲁斯果真把那枚奇妙的徽章别在睡袍上，一直没有取下来。他嘱咐妻子每封信都要回，当然多数是由别人按照他的意思写好，然后由他来签名，这种权力他从不肯放弃。
快要出院的那段日子，贝比·鲁斯变得很忙碌，因为医生允许他接见来探病的访客了。第一个和贝比·鲁斯见面是全美职业棒球协会的主席，这人高高瘦瘦的身材，为人很亲切。贝比·鲁斯和他并不十分熟悉，见面不知说什么才好。只是贝比·鲁斯的眼泪一直往下掉，现在他在身心两方面都十分脆弱。主席忙安慰他：“你很快就会康复的，贝比。”
2月7日，大家为贝比·鲁斯庆祝52岁的生日，很多人写信或打电报来祝贺。他在回信上说：“我正在加油，可能最近就能出院了，非常感谢大家的鼓励和关怀，我将永难忘怀。”
生日后一个星期，贝比·鲁斯出院了。出院时，他的气色非常的差，不明内情的人可能认为他是为了想在家里度过最后的时刻才出院的。贝比·鲁斯却简单地告诉自己，决不能死，要与克莱尔幸福地生活下去。
贝比·鲁斯出院不久，职业棒球的全国性委员会发表一个消息：4月的最后一个星期日，将在全国举办“贝比·鲁斯日”的活动。声明是这样写的：
不仅是美国人，全球喜好运动的人都很关心这位留给我们深刻印象的棒球名将的病况。贝比·鲁斯已经动过大手术，目前正在康复中。
我们要请各位棒球迷、棒球球员以及球队的经营者共同来对贝比·鲁斯表示敬意，一起祈祷他早日复元，因此我们决议举办“贝比·鲁斯日”。
他是一位对我们的国家棒球有重大贡献的人物，让我们一起来向他致敬。
这份声明发表后，有些人还提议把当天入场券的收入的一部分赠送给他。贝比·鲁斯感激地告诉大家：“你们的好意我心领了，我个人并不需要这笔钱。可能的话，请把这些钱用在那些孤苦无依的可怜儿童身上吧。”这就是贝比·鲁斯设立“贝比·鲁斯基金会”的动机。
在“贝比·鲁斯基金会”设立之前，福特汽车公司已经提出了以儿童福利为主的工作。福特公司对美国少年棒球联盟提供各种服务，他们曾邀请贝比·鲁斯到各州的少年棒球队去看看，充当他们的临时顾问，贝比·鲁斯欣然同意。
在“贝比·鲁斯日”的前一天，有一位意外的访客前来看望贝比·鲁斯，他就是强尼。算起来他们第一次见面已经是20年前的事了，贝比·鲁斯亲自去探望过生病的他。20年后，他再度见到强尼时，强尼已经大学毕业，目前任一个大企业下属工厂的厂长。
强尼坐在客厅里等贝比·鲁斯，他微微有些紧张地对克莱尔说：“如果鲁斯先生还记得我，那有多好。”贝比·鲁斯一边走进客厅，一边大声说：“这可不是什么问题，我从没有忘记过你。”强尼以前又瘦又小，现在却十分强壮，贝比·鲁斯可以说起到了很关键的作用。那天晚上，他们三个人聊得十分愉快。
“贝比·鲁斯日”是贝比·鲁斯一生中最受感动的一天，来到洋基棒球场的约有6万球迷。贝比·鲁斯忽然想起格里克的告别会，他怀着肃穆的心情走进球场。对棒球运动非常热心的大主教，特地为了棒球运动和贝比·鲁斯在球场进行了祈祷。他的祈祷文如下：
神啊，今天为了赞美运动场上的英雄、优秀的运动战士、年轻而富男子气概的领导者，我们在此集会。
神啊！请帮助年轻人去享受运动，同时设计出有益于年轻人身心的运动。愿年轻人能透过运动而爱他人、爱国家民族，更进而使世界得到和平，请神保佑，阿门。
贝比·鲁斯用尽可能大的声音发表了他的讲话：
各位，棒球运动是在青少年时期就产生兴趣的运动。换句话说，打棒球是由儿童时期开始，而职业棒球球员就是典型的由少年时期一直打棒球到退休为止的人。世界真正了不起的运动就是棒球，至少我是这么想。我很感激大家今天为我所做的一切，更感谢大家的赞美。
当贝比·鲁斯把话说完，走回座位时，观众发出热烈的掌声，他不禁感动得流下泪来。
“贝比·鲁斯日”的活动圆满地结束了。不久，贝比·鲁斯基金会也成立了。基金会的主要目的在于提倡少年运动，使年轻的一代能成为身心健全的人；其次是帮助那些家境贫困的少年，设置奖学金以便他们能顺利完成学业。
为了筹募这笔基金，一些曾经享有盛名的棒球球员聚在一起，举行了一次盛大的比赛。贝比·鲁斯很想穿上棒球服到比赛中去一展当年的威风，可惜如今的他只能做一名观众了。但是贝比·鲁斯觉得，这是他看得最痛快的一次棒球赛。
泰·柯布是第一棒打击手，他的机灵丝毫不比从前逊色。当他站上打击位置时，他对捕手说：“我已经有很多年没有拿过球棒了，等下挥棒时难保球棒不会脱手而出。为了避免危险，你最好稍微退后一点。”捕手真的按照他的话，比平常稍退后一点摆好接球姿势。这时，泰·柯布就安稳地采用短打，轻松地上了一垒。
1947年6月，贝比·鲁斯看上去已有起色的病情又复发了，他再次感受到开刀前的那种痛楚。一开始时，他想隐瞒下来，不对任何人提起。可是他越来越痛苦，连睡觉都不得安宁，就连一些柔软的食物也无法下咽，除非弯着上身强忍着痛，才能勉强吃下一点东西。
许多医生会诊后，决定采用最新的治疗法。但是这种治疗法目前还没人使用，效果无法肯定，说不定还会使病情恶化。贝比·鲁斯听完医生的解释后，自己也失去了主张。他又想，如果他先接受试验，而使新疗法的研究有所突破，从而促进医学技术的进步，不也是一件好事吗？而且有许多人忍受着与自己相同的痛苦，若经由他而使这些人恢复健康，那岂不是利人利己？贝比·鲁斯想通了之后，于是毅然地做了决定。
在接受新治疗后，贝比·鲁斯原本瘦了许多的身体又长胖了不少。当他的病情严重时，体重又忽然大减，虚弱到站立都很困难。一天，他低头忽然见到自己的脚，不禁吃了一惊，因为他自从进入洋基队之后，由于体重上升肚子凸出，很难轻松地站着见到自己的脚。他现在又再度与他的脚见面了。
不幸的是，良好的情况并没有维持太久。8月16日，这位著名的棒球队员因病逝世了，享年53岁。贝比·鲁斯是带着希望和遗憾离世的，他渴望能够战胜病魔并一直坚信这一点，他同时又希望再次在棒球领域有所发展，可惜这一切都不能实现了。举行过盛大的追悼会后，贝比·鲁斯的遗体被暂时安置在洋基棒球场内，在那里举行连续两天的告别式，以便让球迷去瞻仰遗容。当时前来送别的球迷有15万人之多，可见他在球迷心中的分量。