1913年3月21日，宋教仁由上海启程往北京，参加国会的开幕典礼。刚上火车的时候，突然有人对准他放了一枪，击中了腰部。宋大叫一声，“有人刺我！”随即倒在地下。出事时间是晚10时左右。凶手在夜幕沉沉中向车站外逃走，因为刚下过一阵毛毛雨，凶手在湿漉漉的沥青马路上一脚滑倒，巡捕追踪赶来，他飞快地爬起来开枪拒捕，一霎眼不知去向。巡捕认得出逃犯是个穿黑呢子军服个子很矮的人。
到车站送行的国民党人黄兴、陈英士、廖仲恺、于右任等急忙把宋扶上汽车，送往附近靶子路沪宁铁路医院急治。当晚动手术，在宋的右腰钳出子弹一颗，发现弹头有毒，伤势十分严重。半夜里宋从昏迷中醒转来，睁开眼睛问道：“我的朋友呢？”留在医院的黄兴抢步上前喂了他一口开水，连声问道：“怎么样，怎么样？”他一面喘着气一面断断续续地说：“现在外患日深，库伦形势险恶。我本来打算到北京和其他地方去，调和南北意见，以便一致对外。可是……”他说到这里，感到伤口剧痛难忍，他勉力支撑着喊道：“快拿笔墨来，替我写上，我要发一个电报给袁世凯！”
黄兴急忙拿过纸笔来，照他口中所念的词句写道：“望总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国会确立不拔之宪法，则仁虽死犹生。”
此后宋又陷入昏迷状态，延至22日上午4时身亡，年仅32岁。他是国民党的代理理事长，所以国民党上海交通部发出紧急通告，叫全体党员“一律臂缠黑纱为宋先生服丧”。孙中山在东京接到噩耗，于25日匆匆赶回上海，参加治丧典礼，并亲笔撰写挽联如下：“作民权保障，谁非后死者！为宪法流血，公真第一人！”
这是民国成立以来第一次发生的政治大血案。过去彭家珍刺死良弼，周符麟暗杀吴禄贞，黎元洪勾结袁世凯杀害张振武，都曾震动一时，但都不及这次血案影响之大。这是因为，这次血案的被害人是国民党的领袖之一，此时国民党与北洋派明争暗斗，“武力统一”与“二次革命”之说甚嚣尘上，而这位国民党领袖又是一个主张调和南北的温和派，此番被人暗杀，可能引起又一次南北战争。因此全国人心惶惶，预感大祸将临。
此案发生后，全国各方面纷纷揣测，这件政治谋杀案究竟是谁主使的呢？袁世凯是惯于用暗杀手段对付政敌的老手，可能是他主使的。但是，国民党已经公开表示拥护他为正式总统，宋教仁又是主张与他继续合作的中坚分子，杀一宋教仁而与国民党破裂，南北统一之局也将不保，对袁有何好处？从这一点看来，此案又不像是袁所主使的。
仅仅隔了一天，这个问题的答案就非常清楚地摆出来了。
3月23日，有一个做古董生意的河南人王阿发，跑到四马路中央巡捕房自行投案。他说：“十天以前，我在文元坊应桂馨的家里兜售古董。他给我一张照片，叫我下手暗杀此人，许我事成之后酬洋一千元。我是一个安分守己的生意人，没有干过杀人勾当，所以一口拒绝了。今天看见报上登出来的宋先生的照片，正是应桂馨叫我暗杀的人，所以特来投案说明。”
捕房根据报告，立即派眼线去跟踪应桂馨，当天在湖北路迎春坊二十八号妓女胡翡云家找到，当场予以逮捕。第二天，捕房派人搜查文元坊应宅，又在那里捉到了一个形迹可疑的矮子，并搜出五响手枪一支，应桂馨与现任内阁总理赵秉钧、内务部秘书洪述祖二人电报往来的密电码以及其他有关证件多起。这些证件充分说明：行凶的主谋犯不是别人，正是现任大总统袁世凯、现任内阁总理赵秉钧；教唆犯是内务部秘书洪述祖，组织行凶者是上海大流氓应桂馨，直接杀人者是失业军人武士英。
证件的主要部分有下面几个文件：
（1）民国二年（1913年）1月14日赵秉钧致应桂馨密函一件，上面写着：“密电码送请检收。以后有电，直寄国务院可也。”外附密电码一本，上注“国务院应密，民国二年一月十四日”。
（2）2月2日应桂馨致赵秉钧“应密冬电”一件，内称：“民党（国民党）主宋（教仁）任总理……已由日本购孙、黄、宋劣史，印十万册，拟从横滨发行。”
（3）2月1日、2日洪述祖致应桂馨密函两件，上面写着：“大题目总以做一篇激烈文章乃有价值。”“紧要文章已略露一句，说必有激烈举动。”“弟（洪称应）应于题前径电老赵，索一数目。”
（4）2月4日洪述祖致应桂馨密函一件，上面写着：“冬电（2月2日应的电报）到赵处，即交兄（洪自称）手，面呈总统。阅后颇色喜，说弟颇有本事，既有把握，即望进行。”
（5）2月22日洪述祖致应桂馨密函一件，上面写着：“来函（应的函件）已面呈总统、总理阅过。以后勿通电国务院，因智（智庵，赵秉钧号）已将应密本交来，纯归兄一人经理。”
（6）3月13日洪述祖致应桂馨密电，内称：“毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理。”
（7）3月14日应桂馨致洪述祖密电，内称：“梁山匪魁四出扰乱[4]，危险实甚，已发紧急命令设法剿捕之。”
（8）3月21日应桂馨致洪述祖密电，内称：“匪魁已灭，我军无一伤亡。”证据确凿不移地说明：袁世凯决定要暗杀他的政敌宋教仁，叫特务头子赵秉钧去执行。赵手下有个秘书叫洪述祖，跟上海流氓帮会有往来，赵叫他物色一个流氓去办这件事情。洪找到了大流氓应桂馨，许以厚利，叫他执行暗杀任务。通过洪的介绍，赵发下密电码一本，与应直接通电联系。随后赵察觉到直接通电容易暴露，便又叫洪到上海向应说明，以后由洪居间联系。洪回到北京后，一面写信催应从速动手，这就是密函中所讲的要“做一篇激烈文章”，一面向袁汇报情况，袁许以事成之后以勋位为酬。
洪述祖并非无名之辈。清朝末年，他做过直隶候补道，跟唐绍仪拉上了交情。袁任内阁总理大臣时，通过唐的介绍，他上了一道秘密条陈，主张袁在清政府与革命军之间玩弄两面手法，以便从中取利。袁虽没有直接表示，可是心中暗暗赞许。后来唐组织内阁时，派他为内务部秘书，此后他便成为内务总长赵秉钧身边的一个谋士，有时也能直接跟袁交谈。
应桂馨又名夔丞，是上海流氓帮会的大头目之一。辛亥革命初期，中部同盟会联络会党军警起义，他投机混进了革命阵营，陈其美任为沪军都督府谍报处处长。沪军都督府撤销后，转入江苏都督府任江苏巡查长。他自称“中国共进会会长”，吹嘘全国共进会会员在1亿人以上，占总人口的四分之一。
武士英是山西人，年22岁，就是在应桂馨家中被捕的那个矮子。他在云南当过营长，因军队被裁流浪到上海来，加入了共进会，成了应桂馨的门下食客。
此案发生后，只有一两天工夫，就把全部内幕揭穿，人证俱获，铁案如山，全国人民无不为之骇然。原来当今大总统是这样一个货色，他手中持有两件法宝：一件是黄金，一件是白刃。他对付一切政治敌人总不离乎这两手：要么用金钱收买过来，要么用武器暗杀掉。他曾经用金钱和高官厚禄收买宋教仁而无效，就决定用另一手来对付他。
这篇文章做得如此不干不净，闹得通国皆知，袁做贼心虚，不得不假惺惺地下了一道缉凶命令，讲什么“穷究主名，务得确情，按法严办”；还装腔作势地说了些“暗杀之风，万不可长，尤乖人道”的鬼话。他知道单靠一纸命令不能杜人之口，于是又派工商总长刘揆一以吊丧为名到上海，竭力解释宋案与他无关，千万不要误会。刘与黄兴、宋教仁都是华兴会的老同志。他到上海后，黄兴和国民党人骂他做官心热，变节求荣，他只得灰溜溜地回北京去了。
由于全国人民口诛笔伐，袁、赵二人心慌意乱，便又做了一篇空中楼阁的文章，企图转移视线。3月26日，国务院通电全国称：“据应夔丞23日函称，上海发现一种监督政府、政党之裁判机关，其宣告文内列有宋教仁、梁启超、袁世凯、赵秉钧、汪荣宝等罪状，于3月9日开审，先判处宋教仁以死刑，于20日执行。”这篇文章请出梁启超、汪荣宝这些不相干的人做陪客，又把杀人主谋犯混在一起，其目的是要使人们相信上海果真有这样一个杀人机关，这个机关不仅与国民党为敌，也与其他各政党为敌，不仅与政党为敌，也与政府为敌。
这篇文章也仍然无济于事，反而招来更大的反感。在这种千夫所指的情况下，即使平日杀人不眨眼的大特务赵秉钧，也不免心惊肉跳，坐立不安。他一面向新闻记者发表谈话，说他跟宋教仁如何要好，外间谣言之来，真不知从何说起；一面向袁辞职。毕竟袁比他更加狡狯，认为此时辞职反而证明心中有鬼，因此劝他说：“不妨告个假儿，我叫芝泉代替你的职务。”于是赵改辞职为请假，袁派陆军总长段祺瑞代理内阁总理。
宋案发生后，国民党方面当然异常紧张，急需决定对策。3月26日，也就是孙中山由日本赶回上海的第二天，孙中山、陈英士、居正、戴季陶等多人在同孚路21号黄兴宅举行紧急会议。此时上海方面盛传袁向帝国主义进行一笔大借款，将用以提充军费，发动内战。孙中山主张乘借款未成之际，在国民党势力所及的南方五省，大兴讨袁之师，以便先发制人。黄兴等人则认为：第一，自袁窃据总统地位以来，大力扩张北洋军，此时袁的军事力量已经大为加强，国民党的势力仅及江西、湖南、安徽、广东、福建五省，而在这五省之内，情况也非常复杂，如果不量力而行，南方五省也将保不住。第二，列强迄今尚未承认民国，边地各省的分裂运动也在日趋恶化，如果发生内战，列强借口干涉，中国就有瓜分亡国的危险。第三，国会即将召开，宋案可由法律解决，而不必诉之于武力。总之，他们认为国民党在政治上处于绝对优势，而在军事上则处于劣势，不宜舍其所长而用其所短。由此可见，宋教仁虽死，宋教仁的精神不死，迷信议会政治者仍然大有人在。
国民党人对于孙、黄二人一向抱有一种偏见，认为孙是理想家，黄是实行家。关于理论方面，大家愿意听孙的话；关于军事方面，则唯黄之马首是瞻。黄既不赞成以武力解决，大家也就相对无言。最后决定宋案依法律程序处理，并建议组织特别法庭专审此案，推黄郛为大主裁，王宠惠、伍廷芳为承审官，以避免北京行政方面的压力。此议推江苏都督程德全向北京提出。同时，密令南方五省当局，加强战备，组织攻守同盟，以防北洋派的突然进攻。
袁对于宋案，曾一再表示认真处理，对于国民党所提的组织特别法庭专审宋案的建议，表示“完全同意”。可是，司法总长许世英出面来反对，他说特别法庭不合司法系统，此案只能在地方法院内加设特别旁听席，以接待有关人士。于是袁“无可奈何”地表示说：“我虽赞成组织特别法庭，其如司法总长不赞成何！司法总长不赞成，不肯副署命令，我就不能发布这道命令！”
好一个极端守法的总统！他似乎忘记了十个月以前，未经内阁副署，他曾经发表过派王芝祥为南方宣慰使的命令。黄兴打电报给袁，说明宋案不能由普通法庭审理的理由，因为本案主使犯为内阁总理赵秉钧，如果按照普通程序上诉到北京，请问如何执行。他还尖锐地指出，许世英乃是赵内阁的一位阁员，应当连带辞职，有什么资格玩弄法律！
4月16日，上海会审公堂将应桂馨、武士英两名犯人移交上海地方检察厅接收看管。
武士英自被捕入狱以来，就受人指使，叫他把杀人动机和一切责任都承担下来，将来自有解救之法，因此他一口咬定此案无人主使，拒绝吐露实情。在他移解中国法院后的第八天，他突然在狱中暴毙。这样一个新鲜活跳的人儿，死得不明不白，人们不禁想起中国历史上所常有的一篇老文章，这篇文章叫作“杀人灭口”，或者叫作“死无对证”。这篇文章使人一望而知，做得也不高明。
4月26日，江苏都督程德全、民政长应德闳通电公布宋案全部证件。这是对袁赵二人的一次公开打击，因此许世英又以“力争法权”为名，通电指斥地方行政长官宣布罪证为“违法越权”。
这个时候，应桂馨在狱中潇洒自如，似乎有所恃而无恐。他公然要求吸食鸦片，而法院也就破例许其公开吸食。
另一要犯洪述祖，自宋案揭露后，安详自若地从北京跑到青岛去避风头。德国胶州总督不明个中底细，以其为杀人教唆犯而加以逮捕。袁命内务部次长言敦源往青岛交涉，表面要求引渡归案处理，暗中替他说情。德国人当然没有什么不可以，于是言敦源回报说，洪述祖已被德国胶州总督释放，查缉无踪，就此了事。5月3日，洪述祖公然在青岛发出通电，吹嘘他过去“协助唐绍仪建立共和有功”，而斥宋教仁“借政党内阁之名，以遂其植党营私之计”。他并不讳言曾经说过“毁宋”的话，因为这是白纸黑字写明，无法抵赖，但他狡辩说：“毁宋仅欲毁其名，并无夺其生命之意。”
由于国民党公布了宋案证件，袁、赵二人置身无地，于是袁又授意他的爪牙遇有适当的机会，尽可能地为他洗刷罪名。当北京各界人士举行宋教仁追悼大会的时候，京兆尹王治馨前往致悼词。他自作聪明地解释说：“去年应桂馨到北京，向赵总理自告奋勇，要动手杀害宋先生。总理即向总统请示。总统表示，政见虽有异同，暗杀之风究不可长。这些经过情形，可以证明总统、总理与宋案毫无关系。”这种解释与袁、赵二人抵赖罪行的说法并不合拍，因此成了一篇“欲盖弥彰”的文章，恰恰反证了袁、赵二人与宋案有关。
此案一步紧似一步，到5月8日，上海地方检察厅根据原告律师的请求，票传赵秉钧、洪述祖到案对质。袁、赵二人知道正面文章已经写不下去了，不得不动脑筋另写一篇反面文章。
5月11日，北京方面有一个打扮得妖里妖气的女学生，名叫周儆予，向京畿军政执法处自首。她自称是女子暗杀团团长，奉“血光团团长”黄兴之命，在北京、天津一带组织暗杀机关，企图颠覆政府，暗杀当权人物。她供出血光团的经济负责人为谢慧生。此事发生后的第二天，天津军警捕获身藏炸弹的“暗杀犯”刘士廷一名，自供为血光团团员，并且供出血光团的财政长为谢慧生。17日，军政执法处派稽查员郝占元率领宪兵逮捕了谢慧生，原来此人就是参议院川籍议员、国民党党员谢持。根据国会组织法，现任国会议员非经国会同意，政府不能擅加拘捕。因此，参议院致函国务院提出质问。国务院回答说，军警机关事前不知道谢慧生就是谢持，因而误行拘捕。随即将谢送回到参议院。
上述事件接连发生后，袁政府立即大肆宣传，好像北京、天津真有这样一个杀人机关，其主持人就是国民党领袖黄兴。袁政府将此案移送法庭处理，北京地方检察厅立即票传黄兴到案对质。这真是“无巧不成书”，上海法院票传赵秉钧，北京法院票传黄兴，这出针锋相对的闹戏，把全国观众的视线引入五里雾中。黄兴住在上海公共租界内，中国法院不能直接票传。租界对于政治犯有保护的义务，但是对于杀人犯却不能置之不理。6月11日，上海会审公堂根据北京地方检察厅的来文，票传黄兴待质。黄兴大笑说：“这个把戏倒也变得好！”他一传就到，而且保证随传随到。
在此以后，袁政府和国民党的机关报就公开对骂起来，一边说“总统杀人”，一边说“伟人造反”。局势演变到这一步，全国各方面所关心的倒不是宋案如何处理的问题，而是南北战争能否避免的问题。
写到这里，应当概括地回顾一下。从临时政府迁往北京到宋教仁被刺身死，这是同盟会及其后身国民党与袁世凯“和平合作”的时期。但是，在这不到一年的短短时期内，“和平”经常受到威胁，例如袁世凯制造兵变事件，拒绝到南京就职；随后又破坏约法上所规定的责任内阁制，逼走了内阁总理唐绍仪；在唐内阁倒台后，他又指使军警威胁参议院，通过他所提出的补充阁员名单；同一时期，又以军事审判杀害了同盟会会员张振武等等。国民党对于这些事件，都采取了息事宁人的态度；而国民党每退一步，袁就进一步。和平之所以未破裂，唯一原因在于国民党的节节退让。当初孙中山让位于袁时，对袁筑起了三道防线，即民国定都南京，新总统必须南下就职，必须遵守《临时约法》。通过北京兵变和唐内阁的倒台，这三道防线都被袁突破了。此后，孙、黄二人到北京参加“建设会议”时，还企图以自己的人格感化袁，使之改邪归正，甚至委曲求全地列名于袁所独自炮制的“四人联合宣言”。这些善良愿望，不但未起保障和平的作用，反使对方认为软弱，助长了袁的破坏和平和武力统一的野心。由此可见，无原则的妥协换得来的和平，不是真正的和平与持久的和平，而是假和平与短暂的和平。此外，南京临时政府时期，由于财政困难，黄兴大力裁兵节饷，解除了自己的武装。接着，宋教仁等又主张放弃对袁的武装斗争，企图在政治上保持国民党的优势，继续与袁合作。他们认为，军队不过是政权的附属物，有了政权就可以指挥军队。他们忽视了这样一件事实：唐内阁不也是责任内阁吗？唐内阁被迫下台，责任内阁制已经完全破产了，即使宋教仁的政党内阁能够实现，不还是一样可以受到枪杆子的摧残吗？他们另有一种天真的看法，认为政党内阁是由正式国会产生的，而正式国会又是神圣不可侵犯的。请问，袁不把临时参议院放在眼下，他能够尊重国会吗？直到宋案发生，国民党人还主张法律解决而反对武力解决。这些事件说明，国民党对一切事物的发展都寄托在主观愿望上，以幻想代替现实，抓着稻草当作救命圈。